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Fix typos.
authorbangerth <bangerth@0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d>
Wed, 26 Dec 2012 20:17:45 +0000 (20:17 +0000)
committerbangerth <bangerth@0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d>
Wed, 26 Dec 2012 20:17:45 +0000 (20:17 +0000)
git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27855 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

deal.II/doc/external-libs/mumps.html

index 906c6732624580ac455a01519646605407d0366e..9e88efb34bd2732a8a8b7f41e9cfcf9d2e6b1b4a 100644 (file)
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-<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"                  
-         "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">                        
+<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"
+         "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
 
-<html>                                                                          
-  <head>                            
+<html>
+  <head>
     <title>The deal.II Readme on interfacing to PETSc and Trilinos</title>
     <link href="screen.css" rel="StyleSheet">
-    <meta name="author" content="the deal.II authors <authors @ dealii.org>"> 
-    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2010, 2011 by the deal.II authors">
+    <meta name="author" content="the deal.II authors <authors @ dealii.org>">
+    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2010, 2011, 2012 by the deal.II authors">
     <meta name="date" content="$Date: 2010-05-05 (Thu, 05 May 2010) $">
     <meta name="svn_id" content="$Id: readme-mumps.html$">
-    <meta name="keywords" content="deal.II"> 
-  </head>                                                                      
-  <body> 
+    <meta name="keywords" content="deal.II">
+  </head>
+  <body>
 
     <h1>Interfacing <acronym>deal.II</acronym>
       to <acronym>MUMPS</acronym></h1>
-    
+
     <p> This documentation describes the compilation process
       of <acronym>MUMPS</acronym> and its dependencies starting with
       <acronym>BLACS</acronym> and following
       walk-through mentioning the most important parameters needed for
       successful compliation and linking.
     </p>
-    
+
     <p> The compilation scheme involves repeating the same three steps
       for each piece of software we want installed: (i) Selecting an
       appropriate makefile; (ii) Modifying symbols in this makefile to
       suit the environment; and (iii) running make to actually compile
       the software.
     </p>
-    
+
     <p> Note: If you are using a system, which provides
       Intel's <acronym>MKL</acronym>, you should only have to compile
       <acronym>MUMPS</acronym>, since <acronym>BLACS</acronym> and
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       considered. Otherwise start right below with the installation
       of <acronym>BLACS</acronym>.
     </p>
-    
+
     <h2>1. BLACS</h2>
-    
+
     <p> The <a href="http://www.netlib.org/blacs/">BLACS</a> library
       provides basic linear algebra routines together with a
       communication model such that they can be used in parallel. The
@@ -57,7 +57,7 @@
       and software used and we can only give a general guide through
       the configuration process.
     </p>
-    
+
     <p> The library can be found on the
       official <a href="http://www.netlib.org/blacs/">BLACS
        webpage</a>. We require the three
       conventional: <code>Bmake.XXX-YYY</code>,
       where <code>XXX</code> stands for the message passing software
       of your system
-      (<i>eg..</i> <acronym>MPI</acronym>, <acronym>PVM</acronym>)
+      (<i>e.g.</i> <acronym>MPI</acronym>, <acronym>PVM</acronym>)
       and
-      <code>YYY</code> for the system architecture (<i>eg.</i> LINUX,
+      <code>YYY</code> for the system architecture (<i>e.g.</i> LINUX,
       SUN4, SUN4SOL). Pick the corresponding file for your combination
       of message passing software and system architecture, copy it to
       the root directory of <acronym>BLACS</acronym>, and rename it
       <code>Bmake.inc</code>. Now that we have the correct makefile,
       we have to adapt it to the system we are using.
     </p>
-    
+
     <p> We start by opening Bamke.inc in our favourite text editor and
       taking a look at the following three sections:
-      
+
       <ul>
        <li> In <code>SECTION 1: PATHS AND LIBRARIES</code> set the
          MPI environment correctly by changing the
@@ -91,9 +91,9 @@
          <acronym>MPI</acronym> installation is located
          in. Furthermore you will probably have to adjust the
          variables <code>MPILIBdir</code>,
-         <code>MPIINCdir</code> and <code>MPILIB</code>. 
+         <code>MPIINCdir</code> and <code>MPILIB</code>.
        </li>
-       
+
        <li> In the section <code>SECTION 2: BLACS INTERNALS</code>
          the most important variables are <code>INTFACE</code> and
          <code>TRANSCOMM</code>. If you are using OpenMPI, then set
            webpage</a> for details on how to set these values
            correctly.
        </li>
-       
+
        <li> The last section is named <code>SECTION 3:
            Compilers</code>. Here we set the
            variables <code>F77</code> and <code>CC</code> to
          correspond to the <acronym>MPI</acronym> Fortran and CC
-         compiler respectively, <i>eg.</i>
+         compiler respectively, <i>e.g.</i>
          <code>mpif77</code> and <code>mpicc</code>. An important
          issue here are the variables <code>F77FLAGS</code>
          and <code>CCFLAGS</code>. It is absolutely vital to add the
          libraries are enabled.
        </li>
       </ul>
-    </p>      
-    
+    </p>
+
     <p> Assuming we have done all of that correctly, we go back to
       the <acronym>BLACS</acronym> root directory and compile the
       library with the command <code>make mpi</code>.
     </p>
-    
+
     <h2>2. SCALAPACK</h2>
-    
+
     <p> The <a href="http://www.netlib.org/scalapack">SCALAPACK</a>
       library provides high-performance linear algebra routines for
       distributed-memory message-passing <acronym>MIMD</acronym>
       webpage</a>. We require the
       file <b><code>scalapack.tgz</code></b> version <= 1.8.0 only.
     </p>
-    
+
     <p> After extracting the file and changing to the directory which
       was created, we find a file
       called <code>SLmake.inc.example</code> and rename it
       to <code>SLmake.inc</code>. In this file we have to set a few
       parameters as we did before with <acronym>BLACS</acronym>'
       own <code>Bmake.inc</code>.
-      
-      <ul>    
+
+      <ul>
        <li> The first important variable is the
          variable <code>home</code>. Here you have to take care, that
          this points to the <acronym>SCALAPACK</acronym> directory
          variable <code>SMPLIB</code> to the <acronym>MPI</acronym>
          library.
        </li>
-       
+
        <li>Now we have to get <acronym>SCALAPACK</acronym> to know
          about the location of the <acronym>BLACS</acronym> library,
          which we installed first. This is done by editing the
          following bunch of variables <code>BLACSFINIT</code>,
          <code>BLACSCINIT</code>, and
-         <code>BLACSLIB</code>. 
-         
+         <code>BLACSLIB</code>.
+
          <ul>
            <li> <code>BLACSFINIT</code> has to point to your
              F77init-library of <acronym>BLACS</acronym>. Check the
            </li>
          </ul>
        </li>
-       
+
        <li> Next we set the compilers correctly
          again. <code>F77</code> and <code>CC</code> should point to
          your <acronym>MPI</acronym> Fortran and CC compiler
          variable <code>INTFACE</code> in the configuration
          file <code>Bmake.inc</code> in <acronym>BLACS</acronym>.
        </li>
-       
+
        <li> Finally, we should check that the variables
          named <code>BLAS</code> and
          <code>LAPACK</code> point to your <acronym>BLAS</acronym>
        </li>
       </ul>
     </p>
-    
+
     <p> If all variables are set correctly we can go ahead and compile
       the <acronym>SCALAPACK</acronym> library with the
       command <code>make</code>.
     </p>
-    
+
     <h2>3. MUMPS</h2>
-    
+
     <p> Now we come to the main program for which we are doing all
       this. We want to install the parallel sparse direct
       solver <a href="http://graal.ens-lyon.fr/MUMPS">MUMPS</a>.
     </p>
-    
+
     <p> After downloading the solver from its
       official <a href="http://graal.ens-lyon.fr/MUMPS">webpage</a>,
       extracting it, and changing to the directory which was created, we
       the <acronym>MUMPS</acronym> root directory and rename it
       as <code>Makefile.inc</code>.
     </p>
-    
+
     <p> As before, we open the makefile <code>Makefile.inc</code> in
       our favourite text editor and start modifying variables:
-      
+
       <ul>
        <li> The first variables we have to edit are the compilers
          again. As usual the variable <code>CC</code> should point to
          your <acronym>MPI</acronym> CC
-         compiler, <i>eg.</i> <code>mpicc</code>. The
+         compiler, <i>e.g.</i> <code>mpicc</code>. The
          variables <code>FC</code> and <code>FL</code> should both
          point to your <acronym>MPI</acronym> Fortran90 compiler,
-         <i>eg.</i> <code>mpif90</code>.
+         <i>e.g.</i> <code>mpif90</code>.
        </li>
-       
+
        <li> Now let us consider the
          variable <code>SCALAP</code>. This one should point to your
          <acronym>SCALAPACK</acronym>0 and <acronym>BLACS</acronym>
            variable <code>INCPAR</code> should point to
            the <acronym>MPI</acronym> include directory.
        </li>
-       
+
        <li> Now we turn to the variable <code>LIBPAR</code> which
          should contain the same value as the
          variable <code>SCALAP</code> plus a pointer to
          variable <code>LIBBLAS</code> points to your BLAS
          installation. The variable
          <code>CDEFS</code> has to contain the same value as the variable
-         <code>INTFACE</code> of 
+         <code>INTFACE</code> of
          <acronym>BLACS</acronym>' own <code>Bmake.inc</code>. If you
          are using OpenMPI this should be the
-         value <code>-DAdd_</code>. 
+         value <code>-DAdd_</code>.
        </li>
 
        <li> Finally we add the flag <code>-fPIC</code> to the
        </li>
       </ul>
     </p>
-    
+
     <p> Now we are done with configuration and can
       compile <acronym>MUMPS</acronym> with the
       command <code>make</code>.
     </p>
-    
+
     <h2>4. Linking with deal.II</h2>
-    
+
     <p> To be able to use the interface of <acronym>deal.II</acronym>
       for the MUMPS solver we then
       configure <acronym>deal.II</acronym> with the following
        </code>
       </pre>
     </p>
-    
+
     <p>
       Note: Throughout this description of the compilation process
       of <acronym>MUMPS</acronym> we have emphasised adding the

In the beginning the Universe was created. This has made a lot of people very angry and has been widely regarded as a bad move.

Douglas Adams


Typeset in Trocchi and Trocchi Bold Sans Serif.