]> https://gitweb.dealii.org/ - dealii.git/commitdiff
Update documentation add news entry for mumps removal 417/head
authorMatthias Maier <tamiko@kyomu.43-1.org>
Sun, 11 Jan 2015 14:28:52 +0000 (15:28 +0100)
committerMatthias Maier <tamiko@kyomu.43-1.org>
Sun, 11 Jan 2015 14:28:52 +0000 (15:28 +0100)
doc/doxygen/options.dox.in
doc/external-libs/mumps.html [deleted file]
doc/news/changes.h
doc/readme.html
doc/users/cmake.html
doc/users/cmakelists.html
doc/users/config.sample

index 34513c48803130f1bb4bce5e8900878d9a75e343..15949df433e5e015c2b82703d8e410cc191e4f4c 100644 (file)
@@ -163,7 +163,7 @@ PREDEFINED             = DOXYGEN=1 \
                          DEAL_II_USE_MT_POSIX=1 \
                         DEAL_II_WITH_ARPACK=1 \
                         DEAL_II_WITH_METIS=1 \
-                        DEAL_II_WITH_MUMPS=1 \
+                        DEAL_II_WITH_MUPARSER=1 \
                         DEAL_II_WITH_P4EST=1 \
                         DEAL_II_WITH_MPI=1
 
diff --git a/doc/external-libs/mumps.html b/doc/external-libs/mumps.html
deleted file mode 100644 (file)
index 400c849..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,353 +0,0 @@
-<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"
-         "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
-
-<html>
-  <head>
-    <title>The deal.II Readme on interfacing to MUMPS</title>
-    <link href="../screen.css" rel="StyleSheet">
-    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2010, 2011, 2012, 2013, 2015 by the deal.II authors">
-    <meta name="keywords" content="deal.II">
-  </head>
-  <body>
-
-    <h1>Interfacing <acronym>deal.II</acronym>
-      to <acronym>MUMPS</acronym></h1>
-
-    <p>
-      <a href="http://mumps.enseeiht.fr" target="_top">MUMPS</a>
-      should be readily packaged by most Linux distributions.
-      Don't forget to install a develpment version of the library.
-    </p>
-
-    <p>
-      Below is a detailed instruction on how to compile and install
-      <acronym>MUMPS</acronym> and some of its dependencies by hand (for
-      the case you wish to do so).
-    </p>
-
-    <h2>How to compile and install <acronym>MUMPS</acronym> by hand</h2>
-
-    <p>
-      In the following, we describe the compilation process of
-      <acronym>MUMPS</acronym> and its dependencies starting
-      with <acronym>BLACS</acronym> and following with
-      <acronym>SCALAPACK</acronym>.
-
-      The compilation of <acronym>MUMPS</acronym> and its dependencies
-      is not as straightforward is we would like, however, it is not
-      so difficult that we can not talk about it. That said, we cannot
-      discuss every possible choice of parameters, because this is too
-      involved (and we would probably much rather be doing something
-      productive with the interface and <acronym>deal.II</acronym>). Thus
-      we give only a short walk-through mentioning the most important
-      parameters needed for successful compliation and linking.
-    </p>
-
-    <p> The compilation scheme involves repeating the same three steps
-      for each piece of software we want installed: (i) Selecting an
-      appropriate makefile; (ii) Modifying symbols in this makefile to
-      suit the environment; and (iii) running make to actually compile
-      the software.
-    </p>
-
-    <p> Note: If you are using a system, which provides
-      Intel's <acronym>MKL</acronym>, you should only have to compile
-      <acronym>MUMPS</acronym>, since <acronym>BLACS</acronym> and
-      <acronym>SCALPACK</acronym> are already included in the
-      <acronym>MKL</acronym>. Therefore you can jump directly to
-      section 3, where the compilation of <acronym>MUMPS</acronym> is
-      considered. Otherwise start right below with the installation
-      of <acronym>BLACS</acronym>.
-    </p>
-
-    <h3>1. BLACS</h3>
-
-    <p> The <a target="_top" href="http://www.netlib.org/blacs/">BLACS</a> library
-      provides basic linear algebra routines together with a
-      communication model such that they can be used in parallel. The
-      compilation of this library is highly dependent on the system
-      and software used and we can only give a general guide through
-      the configuration process.
-    </p>
-
-    <p> The library can be found on the
-      official <a target="_top" href="http://www.netlib.org/blacs/">BLACS
-       webpage</a>. We require the three
-      files <b><code>mpiblacs.tgz</code></b>,
-      <b><code>mpiblacs-patch03.tgz</code></b>, and
-      <b><code>blacstester.tgz</code></b>. After extraction of these
-      three files <i>in the same directory</i>, we find a subfolder
-      named <code>BMAKES</code> in that directory. Inside this
-      subfolder there are lots of different Bmake-files for
-      different architectures. The naming of the files are
-      conventional: <code>Bmake.XXX-YYY</code>,
-      where <code>XXX</code> stands for the message passing software
-      of your system
-      (<i>e.g.</i> <acronym>MPI</acronym>, <acronym>PVM</acronym>)
-      and
-      <code>YYY</code> for the system architecture (<i>e.g.</i> LINUX,
-      SUN4, SUN4SOL). Pick the corresponding file for your combination
-      of message passing software and system architecture, copy it to
-      the root directory of <acronym>BLACS</acronym>, and rename it
-      <code>Bmake.inc</code>. Now that we have the correct makefile,
-      we have to adapt it to the system we are using.
-    </p>
-
-    <p> We start by opening Bamke.inc in our favourite text editor and
-      taking a look at the following three sections:
-
-      <ul>
-       <li> In <code>SECTION 1: PATHS AND LIBRARIES</code> set the
-         MPI environment correctly by changing the
-         variable <code>MPIDIR</code> to the directory, where your
-         <acronym>MPI</acronym> installation is located
-         in. Furthermore you will probably have to adjust the
-         variables <code>MPILIBdir</code>,
-         <code>MPIINCdir</code> and <code>MPILIB</code>.
-       </li>
-
-       <li> In the section <code>SECTION 2: BLACS INTERNALS</code>
-         the most important variables are <code>INTFACE</code> and
-         <code>TRANSCOMM</code>. If you are using OpenMPI, then set
-         these as follows: <code>INTFACE = -DAdd_</code>
-         and <code>TRANSCOMM = -DUseMpi2</code>. Otherwise, consult
-         the
-         <a ref='http://www.netlib.org/blacs/BLACS/Install.html'>BLACS
-           webpage</a> for details on how to set these values
-           correctly.
-       </li>
-
-       <li> The last section is named <code>SECTION 3:
-           Compilers</code>. Here we set the
-           variables <code>F77</code> and <code>CC</code> to
-         correspond to the <acronym>MPI</acronym> Fortran and CC
-         compiler respectively, <i>e.g.</i>
-         <code>mpif77</code> and <code>mpicc</code>. An important
-         issue here are the variables <code>F77FLAGS</code>
-         and <code>CCFLAGS</code>. It is absolutely vital to add the
-         flag <code>-fPIC</code> to both of them, otherwise it will
-         not be possible to link <acronym>deal.II</acronym> with the
-         <acronym>BLACS</acronym> library correctly when shared
-         libraries are enabled.
-       </li>
-      </ul>
-    </p>
-
-    <p> Assuming we have done all of that correctly, we go back to
-      the <acronym>BLACS</acronym> root directory and compile the
-      library with the command <code>make mpi</code>.
-    </p>
-
-    <h3>2. SCALAPACK</h3>
-
-    <p> The <a target="_top" href="http://www.netlib.org/scalapack">SCALAPACK</a>
-      library provides high-performance linear algebra routines for
-      distributed-memory message-passing <acronym>MIMD</acronym>
-      computers. The library can be found on the
-      official <a target="_top" href="http://www.netlib.org/scalapack">SCALAPACK
-      webpage</a>. We require the
-      file <b><code>scalapack.tgz</code></b> version &lt;= 1.8.0 only.
-    </p>
-
-    <p> After extracting the file and changing to the directory which
-      was created, we find a file
-      called <code>SLmake.inc.example</code> and rename it
-      to <code>SLmake.inc</code>. In this file we have to set a few
-      parameters as we did before with <acronym>BLACS</acronym>'
-      own <code>Bmake.inc</code>.
-
-      <ul>
-       <li> The first important variable is the
-         variable <code>home</code>. Here you have to take care, that
-         this points to the <acronym>SCALAPACK</acronym> directory
-         (<i>i.e.</i> where you are right now). Next, the variable
-         <code>BLACSdir</code> points to the directory, where your
-         <acronym>BLACS</acronym> libraries are located. Then set the
-         variable <code>SMPLIB</code> to the <acronym>MPI</acronym>
-         library.
-       </li>
-
-       <li>Now we have to get <acronym>SCALAPACK</acronym> to know
-         about the location of the <acronym>BLACS</acronym> library,
-         which we installed first. This is done by editing the
-         following bunch of variables <code>BLACSFINIT</code>,
-         <code>BLACSCINIT</code>, and
-         <code>BLACSLIB</code>.
-
-         <ul>
-           <li> <code>BLACSFINIT</code> has to point to your
-             F77init-library of <acronym>BLACS</acronym>. Check the
-             name of the <acronym>BLACS</acronym> library file
-             containing <code>F77init</code> in its name and put in
-             this name here;
-           </li>
-           <li> <code>BLACSCINIT</code> has to point to
-             the <acronym>BLACS</acronym> library file
-             containing <code>Cinit</code> in its name;
-           </li>
-           <li> Finally, <code>BLACSLIB</code> points to the remaining
-             <acronym>BLACS</acronym> library file.
-           </li>
-         </ul>
-       </li>
-
-       <li> Next we set the compilers correctly
-         again. <code>F77</code> and <code>CC</code> should point to
-         your <acronym>MPI</acronym> Fortran and CC compiler
-         respectively. Also at this place we have to add the
-         flag <code>-fPIC</code> to the <code>F77FLAGS</code> and to
-         the <code>CCFLAGS</code>. To the variable <code>CDEFS</code>
-         you have to add the value of the
-         variable <code>INTFACE</code> in the configuration
-         file <code>Bmake.inc</code> in <acronym>BLACS</acronym>.
-       </li>
-
-       <li> Finally, we should check that the variables
-         named <code>BLAS</code> and
-         <code>LAPACK</code> point to your <acronym>BLAS</acronym>
-         and <acronym>LAPACK</acronym> libraries compiled on your
-         system.
-       </li>
-      </ul>
-    </p>
-
-    <p> If all variables are set correctly we can go ahead and compile
-      the <acronym>SCALAPACK</acronym> library with the
-      command <code>make</code>.
-    </p>
-
-    <h3>3. MUMPS</h3>
-
-    <p> Now we come to the main program for which we are doing all
-      this. We want to install the parallel sparse direct
-      solver <a target="_top" href="http://graal.ens-lyon.fr/MUMPS">MUMPS</a>.
-    </p>
-
-    <p> After downloading the solver from its
-      official <a target="_top" href="http://graal.ens-lyon.fr/MUMPS">webpage</a>,
-      extracting it, and changing to the directory which was created, we
-      find a subfolder named
-      <code>Make.inc</code> where there are bunch of different
-      Makefiles for different machine architecture. Here it is
-      important to realize that for each architecture there are two
-      different files &mdash; one with the ending <code>.SEQ</code>
-      and one without. The makefiles with the extension
-      <code>.SEQ</code> are the ones required for the sequential
-      version of MUMPS. Since we want to use <acronym>MUMPS</acronym>
-      in parallel, we take the file
-      <i>without this extension</i> which looks suitable for the
-      architecture we are building on and copy this into
-      the <acronym>MUMPS</acronym> root directory and rename it
-      as <code>Makefile.inc</code>.
-    </p>
-
-    <p> As before, we open the makefile <code>Makefile.inc</code> in
-      our favourite text editor and start modifying variables:
-
-      <ul>
-       <li> The first variables we have to edit are the compilers
-         again. As usual the variable <code>CC</code> should point to
-         your <acronym>MPI</acronym> CC
-         compiler, <i>e.g.</i> <code>mpicc</code>. The
-         variables <code>FC</code> and <code>FL</code> should both
-         point to your <acronym>MPI</acronym> Fortran90 compiler,
-         <i>e.g.</i> <code>mpif90</code>.
-       </li>
-
-       <li> Now let us consider the
-         variable <code>SCALAP</code>. This one should point to your
-         <acronym>SCALAPACK</acronym>0 and <acronym>BLACS</acronym>
-         installations as follows:
-         <code>-L/XXX -lscalapack -L/YYY -lblacs -lblacsCinit
-           -lblacsF77init -lblacs -lblacsCinit</code>;
-           where <code>XXX</code> stands for the directory containing
-           the <acronym>SCALAPACK</acronym> library
-           and <code>YYY</code> for the directory containing the
-           <acronym>BLACS</acronym> library.  The
-           variable <code>INCPAR</code> should point to
-           the <acronym>MPI</acronym> include directory.
-       </li>
-
-       <li> Now we turn to the variable <code>LIBPAR</code> which
-         should contain the same value as the
-         variable <code>SCALAP</code> plus a pointer to
-         the <acronym>MPI</acronym> library. Therefore we propose to
-         set it to the following value: <code>$(SCALAP) -L/XXX
-         -lmpi</code>, where <code>XXX</code> stands for the
-         directory containing your <acronym>MPI</acronym>
-         libraries. Please check, if the
-         variable <code>LIBBLAS</code> points to your BLAS
-         installation. The variable
-         <code>CDEFS</code> has to contain the same value as the variable
-         <code>INTFACE</code> of
-         <acronym>BLACS</acronym>' own <code>Bmake.inc</code>. If you
-         are using OpenMPI this should be the
-         value <code>-DAdd_</code>.
-       </li>
-
-       <li> Finally we add the flag <code>-fPIC</code> to the
-         three compiler flag variables <code>OPTF</code>,
-         <code>OPTC</code>, and <code>OPTL</code> which follow
-         immediately after the above. Without adding this last flag it
-         will not be possible to link <acronym>deal.II</acronym> with
-         <acronym>MUMPS</acronym> as a shared library.
-       </li>
-      </ul>
-    </p>
-
-    <p>
-      Now we are done with configuration and can
-      compile <acronym>MUMPS</acronym> with the
-      command <code>make</code>.
-    </p>
-
-    <h2>Linking with deal.II</h2>
-
-    <p>
-      Support for <acronym>MUMPS</acronym> will be enabled automatically
-      if a system wide installation of <acronym>MUMPS</acronym>
-      can be found.  To use a self compiled version, specify
-      <pre>
-
-    -DMUMPS_DIR=/path/to/mumps
-      </pre> on the command line when invoking <code>cmake</code>.
-    </p>
-
-    <p>
-      For <acronym>SCALAPACK</acronym> and <acronym>BLACS</acronym> a hint
-      - if necessary - may be given by
-      <pre>
-
-    -DSCALAPACK_DIR=/path/to/scalapack
-    -DBLACS_DIR=/path/to/blacs
-      </pre>
-    </p>
-
-    <p>
-      You can override the autodetection by manually specifying
-      <pre>
-
-    -DDEAL_II_WITH_MUMPS=OFF|ON
-      </pre>.
-    </p>
-
-    <p>
-      <b>Note:</b> Throughout this description of the compilation process
-      of <acronym>MUMPS</acronym> we have emphasised adding the compiler
-      flag <code>-fPIC</code>. This is a definite requirement if we
-      are compiling <acronym>deal.II</acronym> with shared libraries
-      (which is the default). If we had preferred to be compiling
-      <acronym>deal.II</acronym> without shared libraries, that's ok too;
-      in that case we would do exactly the same thing as described above,
-      but this time omitting the <code>-fPIC</code> flag from the scheme.
-    </p>
-
-    <hr />
-    <div class="right">
-      <a href="http://validator.w3.org/check?uri=referer" target="_top">
-        <img style="border:0" src="http://www.w3.org/Icons/valid-html401" alt="Valid HTML 4.01!"></a>
-      <a href="http://jigsaw.w3.org/css-validator/check/referer" target="_top">
-        <img style="border:0;width:88px;height:31px" src="http://jigsaw.w3.org/css-validator/images/vcss" alt="Valid CSS!"></a>
-    </div>
-  </body>
-</html>
index ee01cf9ebc06657c7d8402881bfd6adb33c094f7..20b9722f6133f549b998bab265c7359e0a04845a 100644 (file)
@@ -38,6 +38,14 @@ inconvenience this causes.
 </p>
 
 <ol>
+  <li> Removed: The direct Mumps interface through
+  <code>SparseDirectMUMPS</code> has been removed. The MUMPS solver is
+  still available through the Trilinos or PETSc interfaces. Alternatively,
+  there is <code>SparseDirectUMFPACK</code>, which has a similar interface.
+  <br>
+  (Matthias Maier, 2015/01/11)
+  </li>
+
   <li> Removed: This release removes a number of functions that have long
   been deprecated and that were previously already marked as
   deprecated (i.e., they would have yielded warnings by the compiler whenever
index f0ccb6284c02568a4528985bc7dea3b70e88938c..bdac0569b64b66448da422687f57a8ac085ef067 100644 (file)
       </dd>
 
 
-      <dt><a name="mumps"></a><a href="http://mumps.enseeiht.fr" target="_top">MUMPS</a></dt>
-      <dd>
-       <p>
-         <a href="http://mumps.enseeiht.fr" target="_top">MUMPS</a>
-         (MUltifrontal Massively Parallel sparse direct Solver)
-         is a sparse direct solver that can factorize matrices within or
-         across nodes of a cluster.
-         <a href="http://mumps.enseeiht.fr" target="_top">MUMPS</a>
-          should be readily packaged by most Linux distributions.
-          (Don't forget to install a development version of the library).
-          To use a self compiled version, provide the
-         <code>-DMUMPS_DIR=/path/to/mumps</code> argument to <code>cmake</code>.
-         For a detailed description on how to compile MUMPS (and
-         some dependencies) and linking with deal.II, see
-         <a href="external-libs/mumps.html" target="body">this page</a>.
-       </p>
-      </dd>
-
-
       <dt>
        <a name="muparser"></a>
        <a href="http://muparser.beltoforion.de/">muparser</a>
index 1d300507163599f5aa0d9033388bc5b4f96752f9..24ffdc20057d88e874e215b0e0591daa50c44e4b 100644 (file)
@@ -451,7 +451,6 @@ DEAL_II_WITH_HDF5
 DEAL_II_WITH_LAPACK
 DEAL_II_WITH_METIS
 DEAL_II_WITH_MPI
-DEAL_II_WITH_MUMPS
 DEAL_II_WITH_MUPARSER
 DEAL_II_WITH_NETCDF
 DEAL_II_WITH_OPENCASCADE
@@ -597,7 +596,6 @@ BOOST_DIR,
 HDF5_DIR,
 LAPACK_DIR (and BLAS_DIR),
 METIS_DIR,
-MUMPS_DIR (and SCALAPACK_DIR, BLACS_DIR),
 MUPARSER_DIR,
 P4EST_DIR (and SC_DIR),
 PETSC_DIR and PETSC_ARCH (forming ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}),
index cf5be5746088a8a0c7773edc8459c0e4405127c7..4282118f25541b48c9e062cef17a76cefba676eb 100644 (file)
@@ -796,7 +796,6 @@ DEAL_II_WITH_HDF5
 DEAL_II_WITH_LAPACK
 DEAL_II_WITH_METIS
 DEAL_II_WITH_MPI
-DEAL_II_WITH_MUMPS
 DEAL_II_WITH_MUPARSER
 DEAL_II_WITH_NETCDF
 DEAL_II_WITH_OPENCASCADE
index 09f749a6fb899757a32b41f7b355ffb388824686..2438b392522610cc455214b90088e6075a0c581a 100644 (file)
 #
 
 
-#
-# Mumps:
-#
-# SET(DEAL_II_WITH_MUMPS ON CACHE BOOL
-#   "Build deal.II with support for mumps"
-#   )
-#
-# Automatic detection:
-#
-# Specify a hint with CMAKE_PREFIX_PATH or by setting
-# SET(MUMPS_DIR "/.../..." CACHE PATH "")
-# also, if necessary, SCALAPACK_DIR and BLACS_DIR
-#
-# Manual setup:
-#
-# SET(MUMPS_FOUND TRUE CACHE BOOL "")
-# SET(MUMPS_LIBRARIES "library;and;semicolon;separated;list;of;link;interface" CACHE STRING "")
-# SET(MUMPS_INCLUDE_DIRS "semicolon;separated;list;of;include;dirs" CACHE STRING "")
-# SET(MUMPS_LINKER_FLAGS "..." CACHE STRING "")
-# SET(MUMPS_VERSION "x.y.z" CACHE STRING "")
-# SET(MUMPS_VERSION_MAJOR "x" CACHE STRING "")
-# SET(MUMPS_VERSION_MINOR "y" CACHE STRING "")
-# SET(MUMPS_VERSION_SUBMINOR "z" CACHE STRING "")
-#
-
-
 #
 # muPaser:
 #

In the beginning the Universe was created. This has made a lot of people very angry and has been widely regarded as a bad move.

Douglas Adams


Typeset in Trocchi and Trocchi Bold Sans Serif.