--- /dev/null
+#include "../tests.h"
+#include <deal.II/base/logstream.h>
+#include <deal.II/dofs/dof_handler.h>
+#include <deal.II/dofs/dof_tools.h>
+#include <deal.II/fe/fe_q.h>
+#include <deal.II/fe/fe_system.h>
+#include <deal.II/fe/component_mask.h>
+#include <deal.II/fe/mapping_q.h>
+#include <deal.II/grid/grid_tools.h>
+#include <deal.II/grid/tria.h>
+#include <deal.II/lac/constraint_matrix.h>
+
+#include <iostream>
+#include <utility>
+
+#include <fstream>
+std::ofstream logfile("dof_tools_21_b/output");
+
+using namespace dealii;
+
+//
+// Test
+// DoFTools::
+// make_periodicity_constraints (const FaceIterator &,
+// const FaceIterator &,
+// dealii::ConstraintMatrix &,
+// const std::vector<bool> &,
+// bool, bool, bool)
+// for correct behaviour on non standard oriented meshes.
+//
+
+
+/*
+ * Generate a grid consisting of two disjoint cells, colorize the two
+ * outermost faces. They will be matched via collect_periodic_face_pairs
+ *
+ * The integer orientation determines the orientation of the second cell
+ * to get something else than the boring default orientation.
+ */
+
+/* The 2D case */
+void generate_grid(Triangulation<2> &triangulation, int orientation)
+{
+ Point<2> vertices_1[]
+ = {
+ Point<2> (-1.,-3.),
+ Point<2> (+1.,-3.),
+ Point<2> (-1.,-1.),
+ Point<2> (+1.,-1.),
+ Point<2> (-1.,+1.),
+ Point<2> (+1.,+1.),
+ Point<2> (-1.,+3.),
+ Point<2> (+1.,+3.),
+ };
+ std::vector<Point<2> > vertices (&vertices_1[0], &vertices_1[8]);
+
+ std::vector<CellData<2> > cells (2, CellData<2>());
+
+ /* cell 0 */
+ int cell_vertices_0[GeometryInfo<2>::vertices_per_cell] = {0, 1, 2, 3};
+
+ /* cell 1 */
+ int cell_vertices_1[2][GeometryInfo<2>::vertices_per_cell]
+ = {
+ {4,5,6,7},
+ {7,6,5,4},
+ };
+
+ for (unsigned int j=0;j<GeometryInfo<2>::vertices_per_cell;++j) {
+ cells[0].vertices[j] = cell_vertices_0[j];
+ cells[1].vertices[j] = cell_vertices_1[orientation][j];
+ }
+ cells[0].material_id = 0;
+ cells[1].material_id = 0;
+
+ triangulation.create_triangulation(vertices, cells, SubCellData());
+
+ Triangulation<2>::cell_iterator cell_1 = triangulation.begin();
+ Triangulation<2>::cell_iterator cell_2 = cell_1++;
+ Triangulation<2>::face_iterator face_1;
+ Triangulation<2>::face_iterator face_2;
+
+ // Look for the two outermost faces:
+ for (unsigned int j=0;j<GeometryInfo<2>::faces_per_cell;++j) {
+ if (cell_1->face(j)->center()(1) > 2.9)
+ face_1 = cell_1->face(j);
+ if (cell_2->face(j)->center()(1) < -2.9)
+ face_2 = cell_2->face(j);
+ }
+ face_1->set_boundary_indicator(42);
+ face_2->set_boundary_indicator(43);
+
+ triangulation.refine_global(0);
+}
+
+
+/* The 3D case */
+void generate_grid(Triangulation<3> &triangulation, int orientation)
+{
+ Point<3> vertices_1[]
+ = {
+ Point<3> (-1.,-1.,-3.),
+ Point<3> (+1.,-1.,-3.),
+ Point<3> (-1.,+1.,-3.),
+ Point<3> (+1.,+1.,-3.),
+ Point<3> (-1.,-1.,-1.),
+ Point<3> (+1.,-1.,-1.),
+ Point<3> (-1.,+1.,-1.),
+ Point<3> (+1.,+1.,-1.),
+ Point<3> (-1.,-1.,+1.),
+ Point<3> (+1.,-1.,+1.),
+ Point<3> (-1.,+1.,+1.),
+ Point<3> (+1.,+1.,+1.),
+ Point<3> (-1.,-1.,+3.),
+ Point<3> (+1.,-1.,+3.),
+ Point<3> (-1.,+1.,+3.),
+ Point<3> (+1.,+1.,+3.)
+ };
+ std::vector<Point<3> > vertices (&vertices_1[0], &vertices_1[16]);
+
+ std::vector<CellData<3> > cells (2, CellData<3>());
+
+ /* cell 0 */
+ int cell_vertices_0[GeometryInfo<3>::vertices_per_cell] = {0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7};
+
+ /* cell 1 */
+ int cell_vertices_1[8][GeometryInfo<3>::vertices_per_cell]
+ = {
+ {8,9,10,11,12,13,14,15},
+ {9,11,8,10,13,15,12,14},
+ {11,10,9,8,15,14,13,12},
+ {10,8,11,9,14,12,15,13},
+ {13,12,15,14,9,8,11,10},
+ {12,14,13,15,8,10,9,11},
+ {14,15,12,13,10,11,8,9},
+ {15,13,14,12,11,9,10,8},
+ };
+
+ for (unsigned int j=0;j<GeometryInfo<3>::vertices_per_cell;++j) {
+ cells[0].vertices[j] = cell_vertices_0[j];
+ cells[1].vertices[j] = cell_vertices_1[orientation][j];
+ }
+ cells[0].material_id = 0;
+ cells[1].material_id = 0;
+
+
+ triangulation.create_triangulation(vertices, cells, SubCellData());
+
+ Triangulation<3>::cell_iterator cell_1 = triangulation.begin();
+ Triangulation<3>::cell_iterator cell_2 = cell_1++;
+ Triangulation<3>::face_iterator face_1;
+ Triangulation<3>::face_iterator face_2;
+
+ // Look for the two outermost faces:
+ for (unsigned int j=0;j<GeometryInfo<3>::faces_per_cell;++j) {
+ if (cell_1->face(j)->center()(2) > 2.9)
+ face_1 = cell_1->face(j);
+ if (cell_2->face(j)->center()(2) < -2.9)
+ face_2 = cell_2->face(j);
+ }
+ face_1->set_boundary_indicator(42);
+ face_2->set_boundary_indicator(43);
+
+ triangulation.refine_global(0);
+}
+
+
+/*
+ * Print out all face DoFs and support points as well as the actual
+ * matching via make_periodicity_constraints
+ */
+template<int dim>
+void print_matching(DoFHandler<dim> &dof_handler, bool constrain_only_velocity = false)
+{
+ const FiniteElement<dim> &fe = dof_handler.get_fe();
+ MappingQ<dim> mapping(1);
+
+ ConstraintMatrix constraint_matrix;
+ std::vector<Point<dim> > support_points(dof_handler.n_dofs());
+ DoFTools::map_dofs_to_support_points<dim>(mapping, dof_handler, support_points);
+
+ FEValuesExtractors::Vector v(0);
+ FEValuesExtractors::Scalar v_1(0);
+ FEValuesExtractors::Scalar v_2(1);
+ FEValuesExtractors::Scalar v_3(2);
+ FEValuesExtractors::Scalar pressure(3);
+
+ ComponentMask velocity_mask;
+ if(constrain_only_velocity)
+ velocity_mask = fe.component_mask (v);
+
+ // Look for the two outermost faces:
+ typename DoFHandler<dim>::face_iterator face_1;
+ typename DoFHandler<dim>::face_iterator face_2;
+ for (typename DoFHandler<dim>::cell_iterator cell = dof_handler.begin(0);
+ cell != dof_handler.end(0); ++cell) {
+ for (unsigned int j=0;j<GeometryInfo<dim>::faces_per_cell;++j) {
+ if (cell->face(j)->center()(dim==2 ? 1 : 2) > 2.9)
+ face_1 = cell->face(j);
+ if (cell->face(j)->center()(dim==2 ? 1 : 2) < -2.9)
+ face_2 = cell->face(j);
+ }
+ }
+
+ // Determine the orientation of the two faces:
+
+ std::vector<unsigned int> dofs_1(fe.dofs_per_face);
+ std::vector<unsigned int> dofs_2(fe.dofs_per_face);
+ const unsigned int face_1_index = face_1->nth_active_fe_index(0);
+ const unsigned int face_2_index = face_2->nth_active_fe_index(0);
+ face_1->get_dof_indices(dofs_1, face_1_index);
+ face_2->get_dof_indices(dofs_2, face_2_index);
+
+ // Print out all DoF support points on the two faces:
+ deallog << "DoFs of face_1:";
+ for (unsigned int c = 0; c < fe.n_components(); c++)
+ {
+ deallog << std::endl << " component " << c << ":";
+ for(unsigned int i = 0; i < fe.dofs_per_face; ++i)
+ {
+ if(fe.face_system_to_component_index(i).first == c)
+ deallog << " (" << dofs_1[i] << " - "
+ << support_points[dofs_1[i]] << ")";
+ }
+ }
+ deallog << std::endl;
+ deallog << "DoFs of face_2:";
+ for (unsigned int c = 0; c < fe.n_components(); c++)
+ {
+ deallog << std::endl << " component " << c << ":";
+ for(unsigned int i = 0; i < fe.dofs_per_face; ++i)
+ {
+ if(fe.face_system_to_component_index(i).first == c)
+ deallog << " (" << dofs_2[i] << " - "
+ << support_points[dofs_2[i]] << ")";
+ }
+ }
+ deallog << std::endl;
+
+
+ std::bitset<3> orientation;
+ if(not GridTools::orthogonal_equality(orientation, face_1, face_2,
+ dim==2 ? 1 : 2,
+ dealii::Tensor<1,dim>()))
+ std::cerr << " not match! oh noze!! " << std::endl;
+ deallog << "Orientation: " << orientation[0] << orientation[1] << orientation[2] << std::endl;
+
+
+ DoFTools::make_periodicity_constraints (face_1,
+ face_2,
+ constraint_matrix,
+ velocity_mask,
+ orientation[0], orientation[1], orientation[2]);
+ constraint_matrix.print(deallog.get_file_stream());
+ constraint_matrix.close();
+ deallog << "Matching:" << std::endl;
+}
+
+
+
+int main()
+{
+ deallog << std::setprecision(4);
+ logfile << std::setprecision(4);
+ deallog.attach(logfile);
+ deallog.depth_console(0);
+ deallog.threshold_double(1.e-10);
+
+ deallog << "Test for 2D, Q1:" << std::endl << std::endl;
+
+ for(int i = 0; i < 2; ++i) {
+ // Generate a triangulation and match:
+ Triangulation<2> triangulation;
+ FE_Q<2> fe(1);
+ DoFHandler<2> dof_handler;
+
+ deallog << "Triangulation:" << i << std::endl;
+
+ generate_grid(triangulation, i);
+ dof_handler.initialize(triangulation, fe);
+ print_matching(dof_handler);
+ }
+
+ deallog << "Test for 3D, Q1:" << std::endl << std::endl;
+
+ for(int i = 0; i < 8; ++i) {
+ // Generate a triangulation and match:
+ Triangulation<3> triangulation;
+ FE_Q<3> fe(1);
+ DoFHandler<3> dof_handler;
+
+ deallog << "Triangulation:" << i << std::endl;
+
+ generate_grid(triangulation, i);
+ dof_handler.initialize(triangulation, fe);
+ print_matching(dof_handler);
+ }
+
+
+ deallog << "Test for 3D, Q1, correct subface iteration:" << std::endl << std::endl;
+
+ for(int i = 0; i < 8; ++i) {
+ // Generate a triangulation and match:
+ Triangulation<3> triangulation;
+ FE_Q<3> fe(1);
+ DoFHandler<3> dof_handler;
+
+ deallog << "Triangulation:" << i << std::endl;
+
+ generate_grid(triangulation, i);
+ triangulation.refine_global(1);
+ dof_handler.initialize(triangulation, fe);
+ print_matching(dof_handler);
+ }
+
+
+ deallog << "Test for 3D, Q4:" << std::endl << std::endl;
+
+ for(int i = 0; i < 8; ++i) {
+ // Generate a triangulation and match:
+ Triangulation<3> triangulation;
+ FE_Q<3> fe(4);
+ DoFHandler<3> dof_handler;
+
+ deallog << "Triangulation:" << i << std::endl;
+
+ generate_grid(triangulation, i);
+ dof_handler.initialize(triangulation, fe);
+ print_matching(dof_handler);
+ }
+
+ deallog << "Test for 3D, Taylor-Hood with Component-Mask on v:" << std::endl << std::endl;
+
+ for(int i = 0; i < 8; ++i) {
+ // Generate a triangulation and match:
+ Triangulation<3> triangulation;
+ FE_Q<3> u(2);
+ FE_Q<3> p(1);
+ FESystem<3> taylor_hood(u, 3, p, 1);
+
+ DoFHandler<3> dof_handler;
+
+ deallog << "Triangulation:" << i << std::endl;
+
+ generate_grid(triangulation, i);
+ dof_handler.initialize(triangulation, taylor_hood);
+ print_matching(dof_handler, true);
+ }
+
+ return 0;
+}
--- /dev/null
+
+DEAL::Test for 2D, Q1:
+DEAL::
+DEAL::Triangulation:0
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (6 - -1.000 3.000) (7 - 1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -3.000) (1 - 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 100
+ 6 0: 1.000
+ 7 1: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Triangulation:1
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (4 - 1.000 3.000) (5 - -1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -3.000) (1 - 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 110
+ 4 1: 1.000
+ 5 0: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Test for 3D, Q1:
+DEAL::
+DEAL::Triangulation:0
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (12 - -1.000 -1.000 3.000) (13 - 1.000 -1.000 3.000) (14 - -1.000 1.000 3.000) (15 - 1.000 1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -1.000 -3.000) (1 - 1.000 -1.000 -3.000) (2 - -1.000 1.000 -3.000) (3 - 1.000 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 100
+ 12 0: 1.000
+ 13 1: 1.000
+ 14 2: 1.000
+ 15 3: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Triangulation:1
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (12 - 1.000 -1.000 3.000) (13 - 1.000 1.000 3.000) (14 - -1.000 -1.000 3.000) (15 - -1.000 1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -1.000 -3.000) (1 - 1.000 -1.000 -3.000) (2 - -1.000 1.000 -3.000) (3 - 1.000 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 101
+ 12 1: 1.000
+ 13 3: 1.000
+ 14 0: 1.000
+ 15 2: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Triangulation:2
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (12 - 1.000 1.000 3.000) (13 - -1.000 1.000 3.000) (14 - 1.000 -1.000 3.000) (15 - -1.000 -1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -1.000 -3.000) (1 - 1.000 -1.000 -3.000) (2 - -1.000 1.000 -3.000) (3 - 1.000 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 110
+ 12 3: 1.000
+ 13 2: 1.000
+ 14 1: 1.000
+ 15 0: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Triangulation:3
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (12 - -1.000 1.000 3.000) (13 - -1.000 -1.000 3.000) (14 - 1.000 1.000 3.000) (15 - 1.000 -1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -1.000 -3.000) (1 - 1.000 -1.000 -3.000) (2 - -1.000 1.000 -3.000) (3 - 1.000 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 111
+ 12 2: 1.000
+ 13 0: 1.000
+ 14 3: 1.000
+ 15 1: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Triangulation:4
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (8 - 1.000 -1.000 3.000) (9 - -1.000 -1.000 3.000) (10 - 1.000 1.000 3.000) (11 - -1.000 1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -1.000 -3.000) (1 - 1.000 -1.000 -3.000) (2 - -1.000 1.000 -3.000) (3 - 1.000 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 011
+ 8 1: 1.000
+ 9 0: 1.000
+ 10 3: 1.000
+ 11 2: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Triangulation:5
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (8 - -1.000 -1.000 3.000) (9 - -1.000 1.000 3.000) (10 - 1.000 -1.000 3.000) (11 - 1.000 1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -1.000 -3.000) (1 - 1.000 -1.000 -3.000) (2 - -1.000 1.000 -3.000) (3 - 1.000 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 000
+ 8 0: 1.000
+ 9 2: 1.000
+ 10 1: 1.000
+ 11 3: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Triangulation:6
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (8 - -1.000 1.000 3.000) (9 - 1.000 1.000 3.000) (10 - -1.000 -1.000 3.000) (11 - 1.000 -1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -1.000 -3.000) (1 - 1.000 -1.000 -3.000) (2 - -1.000 1.000 -3.000) (3 - 1.000 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 001
+ 8 2: 1.000
+ 9 3: 1.000
+ 10 0: 1.000
+ 11 1: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Triangulation:7
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (8 - 1.000 1.000 3.000) (9 - 1.000 -1.000 3.000) (10 - -1.000 1.000 3.000) (11 - -1.000 -1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -1.000 -3.000) (1 - 1.000 -1.000 -3.000) (2 - -1.000 1.000 -3.000) (3 - 1.000 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 010
+ 8 3: 1.000
+ 9 1: 1.000
+ 10 2: 1.000
+ 11 0: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Test for 3D, Q1, correct subface iteration:
+DEAL::
+DEAL::Triangulation:0
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (45 - -1.000 -1.000 3.000) (49 - 1.000 -1.000 3.000) (51 - -1.000 1.000 3.000) (53 - 1.000 1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -1.000 -3.000) (8 - 1.000 -1.000 -3.000) (12 - -1.000 1.000 -3.000) (16 - 1.000 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 100
+ 45 0: 1.000
+ 46 1: 1.000
+ 47 2: 1.000
+ 48 3: 1.000
+ 49 8: 1.000
+ 50 9: 1.000
+ 51 12: 1.000
+ 52 13: 1.000
+ 53 16: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Triangulation:1
+DEAL::DoFs of face_1:
+DEAL:: component 0: (45 - 1.000 -1.000 3.000) (49 - 1.000 1.000 3.000) (51 - -1.000 -1.000 3.000) (53 - -1.000 1.000 3.000)
+DEAL::DoFs of face_2:
+DEAL:: component 0: (0 - -1.000 -1.000 -3.000) (8 - 1.000 -1.000 -3.000) (12 - -1.000 1.000 -3.000) (16 - 1.000 1.000 -3.000)
+DEAL::Orientation: 101
+ 45 8: 1.000
+ 46 9: 1.000
+ 47 1: 1.000
+ 48 3: 1.000
+ 49 16: 1.000
+ 50 13: 1.000
+ 51 0: 1.000
+ 52 2: 1.000
+ 53 12: 1.000
+DEAL::Matching:
+DEAL::Triangulation:2
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+DEAL:: component 0: (45 - 1.000 1.000 3.000) (49 - -1.000 1.000 3.000) (51 - 1.000 -1.000 3.000) (53 - -1.000 -1.000 3.000)
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