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authorLuca Heltai <luca.heltai@sissa.it>
Thu, 5 Jun 2014 07:37:45 +0000 (07:37 +0000)
committerLuca Heltai <luca.heltai@sissa.it>
Thu, 5 Jun 2014 07:37:45 +0000 (07:37 +0000)
git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

77 files changed:
deal.II/cmake/configure/configure_2_trilinos.cmake
deal.II/cmake/macros/macro_check_mpi_interface.cmake
deal.II/cmake/macros/macro_filter_system_libraries.cmake
deal.II/cmake/modules/FindBOOST.cmake
deal.II/cmake/modules/FindMPI.cmake
deal.II/cmake/modules/FindPETSC.cmake
deal.II/cmake/scripts/run_testsuite.cmake
deal.II/doc/authors.html
deal.II/doc/developers/cmake-internals.html
deal.II/doc/developers/indentation.html
deal.II/doc/developers/porting.html
deal.II/doc/developers/svn.html
deal.II/doc/developers/testsuite.html
deal.II/doc/developers/toc.html
deal.II/doc/developers/writing-documentation.html
deal.II/doc/documentation.html
deal.II/doc/doxygen/tutorial/tutorial.h.in
deal.II/doc/external-libs/arpack.html
deal.II/doc/external-libs/mumps.html
deal.II/doc/external-libs/p4est.html
deal.II/doc/external-libs/petsc.html
deal.II/doc/external-libs/slepc.html
deal.II/doc/external-libs/trilinos.html
deal.II/doc/license.html
deal.II/doc/mail.html
deal.II/doc/navbar.html
deal.II/doc/news/changes.h
deal.II/doc/news/news.html
deal.II/doc/publications/index.html
deal.II/doc/readme.html
deal.II/doc/users/cmake.html
deal.II/doc/users/cmakelists.html
deal.II/doc/users/doxygen.html
deal.II/doc/users/navbar.html
deal.II/doc/users/toc.html
deal.II/examples/CMakeLists.txt
deal.II/examples/doxygen/CMakeLists.txt [new file with mode: 0644]
deal.II/examples/doxygen/theta_timestepping.cc
deal.II/examples/step-16/step-16.cc
deal.II/examples/step-17/doc/intro.dox
deal.II/examples/step-18/doc/intro.dox
deal.II/examples/step-32/doc/intro.dox
deal.II/examples/step-40/doc/intro.dox
deal.II/examples/step-47/doc/kind
deal.II/examples/step-52/doc/intro.dox
deal.II/examples/step-52/doc/results.dox
deal.II/examples/step-52/step-52.cc
deal.II/include/deal.II/algorithms/any_data.h
deal.II/include/deal.II/algorithms/newton.h
deal.II/include/deal.II/algorithms/newton.templates.h
deal.II/include/deal.II/algorithms/operator.h
deal.II/include/deal.II/algorithms/operator.templates.h
deal.II/include/deal.II/algorithms/theta_timestepping.h
deal.II/include/deal.II/algorithms/theta_timestepping.templates.h
deal.II/include/deal.II/fe/fe_tools.h
deal.II/include/deal.II/grid/tria_accessor.h
deal.II/include/deal.II/lac/petsc_solver.h
deal.II/include/deal.II/lac/trilinos_sparse_matrix.h
deal.II/include/deal.II/meshworker/functional.h
deal.II/include/deal.II/meshworker/integration_info.h
deal.II/include/deal.II/meshworker/simple.h
deal.II/include/deal.II/meshworker/vector_selector.h
deal.II/include/deal.II/meshworker/vector_selector.templates.h
deal.II/include/deal.II/numerics/data_out.h
deal.II/include/deal.II/numerics/dof_output_operator.h
deal.II/include/deal.II/numerics/dof_output_operator.templates.h
deal.II/source/base/parameter_handler.cc
deal.II/source/lac/petsc_solver.cc
deal.II/source/numerics/matrix_tools.cc
tests/algorithms/newton_01.output
tests/algorithms/newton_01_compat.output
tests/algorithms/theta_01.cc [new file with mode: 0644]
tests/algorithms/theta_01.output [new file with mode: 0644]
tests/bits/parameter_handler_4.output
tests/bits/parameter_handler_4a.output
tests/lac/gmres_eigenvalues.cc
tests/lac/gmres_eigenvalues.output

index 7b680a4f5e070f7acd94d1800e3f722e37012a66..a79505384bc7ae189fac33c7cf157d202b6b9629 100644 (file)
@@ -118,8 +118,7 @@ MACRO(FEATURE_TRILINOS_FIND_EXTERNAL var)
     ENDIF()
 
     #
-    # Trilinos has to be configured with 32bit indices if deal.II uses unsigned long
-    # long int.
+    # Trilinos has to be configured with 32bit indices if deal.II uses unsigned int.
     #
     IF(TRILINOS_WITH_NO_32BIT_INDICES AND NOT DEAL_II_WITH_64BIT_INDICES)
       MESSAGE(STATUS "deal.II was configured to use 32bit global indices but "
index 0011282f694fd2a6456fabc670c802fb86047ae9..7099bb22429782b4a47721a43d6e69c2ca1b6416 100644 (file)
 
 MACRO(CHECK_MPI_INTERFACE _feature _var)
   IF(DEAL_II_WITH_MPI)
+
     SET(_nope FALSE)
 
     FOREACH(_library ${${_feature}_LIBRARIES})
-      IF(_library MATCHES "/libmpi[^/]*\\.so")
-        LIST(FIND MPI_LIBRARIES "${_library}" _position)
-        IF("${_position}" STREQUAL "-1")
+      IF( _library MATCHES "/libmpi(|_cxx)\\.(a|so)[^/]*$")
+
+        GET_FILENAME_COMPONENT(_file1 ${_library} REALPATH)
+
+        SET(_not_found TRUE)
+        FOREACH(_mpi_library ${MPI_LIBRARIES})
+          GET_FILENAME_COMPONENT(_file2 ${_mpi_library} REALPATH)
+          IF("${_file1}" STREQUAL "${_file2}")
+            SET(_not_found FALSE)
+            BREAK()
+          ENDIF()
+        ENDFOREACH()
+
+        IF(_not_found)
           SET(_nope TRUE)
-          SET(_mpi_library ${_library})
+          SET(_spurious_library ${_library})
           BREAK()
         ENDIF()
       ENDIF()
@@ -48,7 +60,7 @@ MACRO(CHECK_MPI_INTERFACE _feature _var)
         "Could not find a sufficient ${_feature} installation:\n"
         "${_feature} has to be compiled against the same MPI library as deal.II "
         "but the link line of ${_feature} contains:\n"
-        "  ${_mpi_library}\n"
+        "  ${_spurious_library}\n"
         "which is not listed in MPI_LIBRARIES:\n"
         "  MPI_LIBRARIES = \"${_str}\"\n"
         )
index 49b4e75bf3fa77bfdbce1394f5c236f4aa49fab8..293edb030b204e90e9145bcf4a6e12ada576a0ef 100644 (file)
@@ -33,7 +33,7 @@ MACRO(FILTER_SYSTEM_LIBRARIES _feature)
       SET(_tmp_${_variable} ${${_variable}})
       SET(${_variable} "")
       FOREACH(_lib ${_tmp_${_variable}})
-        IF(_lib MATCHES "lib(c|quadmath|gfortran|m|rt|nsl|dl|pthread).so$")
+        IF(_lib MATCHES "lib(c|quadmath|gfortran|m|rt|nsl|dl|pthread)\\.(a|so)$")
           string(REGEX REPLACE ".*lib([a-z]+).so$" "\\1" _lib ${_lib})
         ENDIF()
         LIST(APPEND ${_variable} ${_lib})
index b14b063f7ca6d1079ff848b23f6341fce8ca93a9..33208996f54bd299aa2afaf992bc31af902611f6 100644 (file)
@@ -42,7 +42,9 @@ IF(NOT BUILD_SHARED_LIBS)
   SET(Boost_USE_STATIC_LIBS TRUE)
 ENDIF()
 
+LIST(REMOVE_ITEM CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/modules/)
 FIND_PACKAGE(Boost 1.44 COMPONENTS iostreams serialization system thread)
+LIST(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/modules/)
 
 #
 # Fall back to dynamic libraries if no static libraries could be found:
index 111c75a58e869ba6af75e249a610afddf399269b..cf1671594c99073b05e2450e2c1b5cc066463dd5 100644 (file)
@@ -152,12 +152,14 @@ DEAL_II_PACKAGE_HANDLE(MPI
   CXX_FLAGS OPTIONAL MPI_CXX_COMPILE_FLAGS
   LINKER_FLAGS OPTIONAL MPI_CXX_LINK_FLAGS
   CLEAR
-    MPI_MPI_H
-    MPI_HEADER_PATH
-    MPI_LIB
-    MPIEXEC
-    MPI_CXX_COMPILER
     MPI_C_COMPILER
+    MPI_CXX_COMPILER
+    MPIEXEC
+    MPI_EXTRA_LIBRARY
     MPI_Fortran_COMPILER
+    MPI_HEADER_PATH
+    MPI_LIB
+    MPI_LIBRARY
+    MPI_MPI_H
   )
 
index 4cc4aef5198fbef9b608480816584c888c87bfe5..fc0bb477d5e335d7ce04aca50fa09fce68ba23d7 100644 (file)
@@ -174,12 +174,13 @@ IF(NOT PETSC_PETSCVARIABLES MATCHES "-NOTFOUND")
 
   FILE(STRINGS "${PETSC_PETSCVARIABLES}" PETSC_EXTERNAL_LINK_LINE
     REGEX "^PETSC_WITH_EXTERNAL_LIB =.*")
+
   SEPARATE_ARGUMENTS(PETSC_EXTERNAL_LINK_LINE)
 
   SET(_hints)
   SET(_petsc_libraries)
   SET(_cleanup_variables)
-  FOREACH(_token ${PETSC_EXTERNAL_LINK_LINE}})
+  FOREACH(_token ${PETSC_EXTERNAL_LINK_LINE})
     IF(_token MATCHES "^-L")
       # Build up hints with the help of all tokens passed with -L:
       STRING(REGEX REPLACE "^-L" "" _token "${_token}")
@@ -188,21 +189,21 @@ IF(NOT PETSC_PETSCVARIABLES MATCHES "-NOTFOUND")
       # Search for every library that was specified with -l:
       STRING(REGEX REPLACE "^-l" "" _token "${_token}")
 
-      LIST(APPEND _cleanup_variables PETSC_LIBRARY_${_token})
+      IF(NOT _token MATCHES "(petsc|stdc\\+\\+|gcc_s|clang_rt)")
+        LIST(APPEND _cleanup_variables PETSC_LIBRARY_${_token})
 
-      IF(_token MATCHES "^(c|quadmath|gfortran|m|rt|nsl|dl|pthread)$")
-        FIND_SYSTEM_LIBRARY(PETSC_LIBRARY_${_token} NAMES ${_token})
-        IF(NOT PETSC_LIBRARY_${_token} MATCHES "-NOTFOUND")
-          LIST(APPEND _petsc_libraries ${PETSC_LIBRARY_${_token}})
+        IF(_token MATCHES "^(c|quadmath|gfortran|m|rt|nsl|dl|pthread)$")
+          FIND_SYSTEM_LIBRARY(PETSC_LIBRARY_${_token} NAMES ${_token})
+        ELSE()
+          DEAL_II_FIND_LIBRARY(PETSC_LIBRARY_${_token}
+            NAMES ${_token}
+            HINTS ${_hints}
+            )
         ENDIF()
-      ELSEIF(NOT _token MATCHES "(petsc|stdc\\+\\+|gcc_s)")
-        DEAL_II_FIND_LIBRARY(PETSC_LIBRARY_${_token}
-          NAMES ${_token}
-          HINTS ${_hints}
-          )
         IF(NOT PETSC_LIBRARY_${_token} MATCHES "-NOTFOUND")
           LIST(APPEND _petsc_libraries ${PETSC_LIBRARY_${_token}})
         ENDIF()
+
       ENDIF()
 
     ENDIF()
index 8d2f3a98ab362b517e37eacd2b14bf78ebc6b9fe..09d1ee4c0de830febce6afc8619192e7bd13c6d2 100644 (file)
@@ -245,7 +245,7 @@ ENDIF()
 MESSAGE("-- CTEST_SITE:             ${CTEST_SITE}")
 
 IF( "${TRACK}" STREQUAL "Regression Tests"
-    AND NOT CTEST_SITE MATCHES "tester" )
+    AND NOT CTEST_SITE MATCHES "^(simserv04|tester)$" )
   MESSAGE(FATAL_ERROR "
 I'm sorry ${CTEST_SITE}, I'm afraid I can't do that.
 The TRACK \"Regression Tests\" is not for you.
@@ -352,25 +352,28 @@ ELSE()
   # Umm, no valid subversion info was found, try again with git-svn:
   FIND_PACKAGE(Git QUIET)
   IF(GIT_FOUND)
-    EXECUTE_PROCESS(
-      COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} svn info
-      WORKING_DIRECTORY ${CTEST_SOURCE_DIRECTORY}
-      OUTPUT_VARIABLE _svn_WC_INFO
-      RESULT_VARIABLE _result
-      OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE
-      )
+    GET_FILENAME_COMPONENT(_path "${CTEST_SOURCE_DIRECTORY}" PATH)
+    IF(EXISTS ${_path}/.git/svn)
+      EXECUTE_PROCESS(
+        COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} svn info
+        WORKING_DIRECTORY ${CTEST_SOURCE_DIRECTORY}
+        OUTPUT_VARIABLE _svn_WC_INFO
+        RESULT_VARIABLE _result
+        OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE
+        )
 
-    IF(${_result} EQUAL 0)
-      STRING(REGEX REPLACE "^(.*\n)?URL: ([^\n]+).*"
-        "\\2" _svn_WC_URL "${_svn_WC_INFO}")
-      STRING(REGEX REPLACE "^(.*\n)?Repository Root: ([^\n]+).*"
-        "\\2" _svn_WC_ROOT "${_svn_WC_INFO}")
-      STRING(REGEX REPLACE "^(.*\n)?Revision: ([^\n]+).*"
-        "\\2" _svn_WC_REVISION "${_svn_WC_INFO}")
-      STRING(REGEX REPLACE "^(.*\n)?Last Changed Date: ([^\n]+).*"
-        "\\2" _svn_WC_LAST_CHANGED_DATE "${_svn_WC_INFO}")
-    ELSE()
-      SET(_svn_WC_INFO)
+      IF(${_result} EQUAL 0)
+        STRING(REGEX REPLACE "^(.*\n)?URL: ([^\n]+).*"
+          "\\2" _svn_WC_URL "${_svn_WC_INFO}")
+        STRING(REGEX REPLACE "^(.*\n)?Repository Root: ([^\n]+).*"
+          "\\2" _svn_WC_ROOT "${_svn_WC_INFO}")
+        STRING(REGEX REPLACE "^(.*\n)?Revision: ([^\n]+).*"
+          "\\2" _svn_WC_REVISION "${_svn_WC_INFO}")
+        STRING(REGEX REPLACE "^(.*\n)?Last Changed Date: ([^\n]+).*"
+          "\\2" _svn_WC_LAST_CHANGED_DATE "${_svn_WC_INFO}")
+      ELSE()
+        SET(_svn_WC_INFO)
+      ENDIF()
     ENDIF()
   ENDIF()
 ENDIF()
index 928ad2fa4529aa47e852bcbeee0f4752fef2140f..30c255ea90953f391bba14c419e5bf9efbf6eed7 100644 (file)
@@ -4,7 +4,7 @@
   <head>
     <link href="screen.css" rel="StyleSheet">
     <title>deal.II Authors</title>
-    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013 by the deal.II Authors">
+    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014 by the deal.II Authors">
     <meta name="date" content="$Date$">
     <meta name="keywords" content="deal.II">
     <meta name="svn_id" content="$Id$">
   <body>
     <h1>deal.II Authors</h1>
 
-    <p>
-      <acronym>deal.II</acronym> is a global project. It is
-      administered by a group of <i>principal
-      developers</i>. Technical decisions are made by the principal
-      developers and a group of <i>developers</i> consisting of
-      long-term contributors with a global overview of the library. A
-      large number of <i>contributors</i> have provided substantial
-      patches over the years.
-    </p>
-    <p>
-      These three groups are listed below.
-    </p>
-
-
-    <h2>Principal developers</h2>
-    <ul>
-      <li>
-       <a href="http://www.math.tamu.edu/~bangerth"
-          target="_top">Wolfgang Bangerth</a>,
-       Texas A&amp;M University, TX, USA
-      </li>
-
-      <li>
-       <a href="http://www.math.clemson.edu/~heister"
-          target="_top">Timo Heister</a>,
-       Clemson University, SC, USA
-      </li>
-
-      <li>
-       <a href="http://www.iwr.uni-heidelberg.de/groups/MathSim/"
-          target="_top">Guido Kanschat</a>,
-       Universit&auml;t Heidelberg, Germany
-      </li>
-    </ul>
-
-
-    <h2>Developers</h2>
-    <ul>
-      <li>
-        <a href="http://people.sissa.it/~heltai/"
-           target="_top">Luca Heltai</a>,
-       SISSA, Trieste, Italy
-      </li>
-
-      <li>
-        <a href="http://www.lnm.mw.tum.de/en/staff/martin-kronbichler/"
-           target="_top">Martin Kronbichler</a>,
-       Technische Universit&auml;t M&uuml;nchen, Germany
-      </li>
-
-      <li>
-        <a href="http://ganymed.iwr.uni-heidelberg.de/~maier/"
-           target="_top">Matthias Maier</a>,
-       Universit&auml;t Heidelberg, Germany
-      </li>
-
-      <li>
-      <a href="http://www.math.tamu.edu/~turcksin"
-        target="_top">Bruno Turcksin</a>,
-       Texas A&amp;M University, TX, USA
-      </li>
-
-      <li>
-        <a href="http://bluebox.ippt.pan.pl/~tyoung/"
-           target="_top">Toby D. Young</a>,
-       Polish Academy of Sciences, Poland
-      </li>
-
-    </ul>
-
-
-
-
-    <h2>Contributors</h2>
-
-    <p>Many people have contributed to deal.II over the years, some of them very
-      substantial parts of the library. Their work
-      is greatly appreciated: no open source project can survice without a
-      community. The following people contributed major parts
-      of the library (in alphabetical order), with many more that have
-      sent in fixes and small enhancements:
-    </p>
-
-    <ul>
-      <li><em>Moritz Allmaras:</em>
-       Step-29 tutorial program.
-
-      <li><em>Fahad Alrashed:</em>
-       work in PETScWrappers, various other fixes.
-
-      <li><em>Michael Anderson:</em>
-       Linear complexity grid reordering algorithm in 2d and 3d.
-
-      <li><em>Andrea Bonito:</em>
-       Step-38.
-
-      <li><em>Markus B&uuml;rg:</em>
-       Conical meshes and geometries; &nbsp; step-45 tutorial program; &nbsp;
-       VectorTools::project_boundary_values_curl_conforming; &nbsp; MUMPS
-       interface, FE_Nedelec for arbitrary polynomial degrees.
-
-      <li><em>Daniel Arndt:</em>
-       FE_Q_DG0 element, ConstraintMatrix fixes, linear algebra, periodicity, bug fixes.
-
-      <li><em>Juan Carlos Araujo Cabarcas:</em>
-       Work on ARPACK.
-
-      <li><em>John Burnell:</em>
-       Configuration on Microsoft Windows systems.
-
-      <li><em>Brian Carnes:</em>
-       Hierarchical finite element classes; &nbsp;
-       random fixes and enhancements.
-
-      <li><em>Jordan Cazamias:</em>
-       Work on tools for testing. Linear algebra.
-
-      <li><em>Ivan Christov:</em>
-       Step-25 tutorial program.
-
-      <li><em>Chih-Che Chueh:</em>
-       Step-43 tutorial program. Bug fixes.
-
-      <li><em>Denis Davydov:</em>
-       FEValuesExtractors::Tensor and associated functionality, bug fixes, various other changes.
-
-      <li><em>Kevin Dugan:</em>
-       Fixes in VectorTools::interpolate.
-
-      <li><em>Marco Engelhard:</em>
-       Better support for output for Paraview.
-
-      <li><em>J&ouml;rg Frohne:</em>
-       step-41. Fixes in many places.
-
-      <li><em>Thomas Geenen:</em>
-       Support for different geometries.
-
-      <li><em>Martin Genet:</em>
-       Make SparseDirectUMFPACK work with block matrices.
-
-      <li><em>Christian Goll:</em>
-       Abstraction of material and boundary indicators. Enhancements in
-       various places.
-
-      <li><em>Alexander Grayver:</em>
-       Fixes in PETScWrappers.
-
-      <li><em>Felix Gruber:</em>
-       Documentation.
-
-      <li><em>Ralf Hartmann:</em>
-       Ralf was one of the original developers and maintainers of the library until
-       2011. He has written significant chunks of code throughout the library.
-
-      <li><em>Eric Heien:</em>
-       HDF5 output.
-
-      <li><em>B&auml;rbel Janssen:</em>
-       Lots of work on multigrid for adaptive meshes; &nbsp; multigrid in the
-       MeshWorker framework; &nbsp; step-16. Various fixes.
-
-      <li><em>Armin Ghajar Jazi:</em>
-       Small fixes.
-
-      <li><em>Xing Jin:</em>
-       step-24 tutorial program.
-
-      <li><em>Oliver Kayser-Herold:</em>
-       Lots of work on hp finite elements; &nbsp;
-       integration of PETSc's LU decomposition; &nbsp;
-       hanging node constraints for higher order elements in 3d.
-
-      <li><em>Seungil Kim:</em>
-       Help on the step-16 tutorial program.
-
-      <li><em>Benjamin Shelton Kirk:</em>
-       Tecplot output.
-       
-      <li><em>Angela Klewinghaus:</em> FE_TraceQ, a family of face
-       elements which are the traces of H<sup>1</sup>-conforming
-       finite elements.
-       
-      <li><em>Katharina Kormann:</em>
-       Support for arbitrary nodes in FE_Q. Matrix-free
-       framework. step-37 and step-48 tutorial programs.
-
-      <li><em>Oleh Krehel:</em>
-       Documentation fixes, small fixes.
-
-      <li><em>Tobias Leicht:</em>
-       Lots of work on internal data structures: anisotropic refinement
-       (including step-30), faces
-       without level,
-       support for previously unorientable meshes;
-       &nbsp; extension of DataOut to higher order mapping functions; DataPostprocessor;
-       &nbsp; GridIn::read_tecplot;
-       &nbsp; made SolutionTransfer independent of Triangulation::user_pointers;
-       &nbsp; random bug fixes and enhancements.
-
-      <li><em>Yan Li:</em>
-       step-21 tutorial program.
-
-      <li><em>Vijay Mahadevan:</em>
-       Enhancements in the interface to PETSc. Support for reading GMSH
-       2.5 format.
-
-      <li><em>Cataldo Manigrasso:</em>
-       Work on the codimension-one meshes, DoFHandler, and finite
-       elements.
-
-      <li><em>Andrew McBride:</em>
-       FEValues extractors for symmetric tensors. step-44.
-
-      <li><em>Craig Michoski:</em>
-       Periodic boundaries
-
-      <li><em>Scott Miller:</em>
-       Enhancements to FE_Nothing, step-51, many smaller fixes.
-
-      <li><em>Helmut M&uuml;ller:</em>
-       Multiprocessor detection on Mac OS X.
-
-      <li><em>Jose Javier Munoz Criollo:</em>
-       Improvements in PETScWrappers.
-
-      <li><em>Stefan Nauber:</em>
-       Postscript output.
-
-      <li><em>David Neckels:</em>
-       step-33 tutorial program.
-
-      <li><em>M. Sebastian Pauletti:</em>
-       Making meshes embedded in higher space dimensions more usable; &nbsp; many
-       bug fixes and enhancements for codimension-one computations and
-       throughout the library.
-
-      <li><em>Jean-Paul Pelteret:</em>
-       step-44, linear algebra, bug fixes.
-
-      <li><em>Jonathan Pitt:</em>
-       Enhancements to FE_Nothing. Changes in a variety of places.
-
-      <li><em>Adam Powell IV:</em>
-       Configuration issues, Debian packages.
-
-      <li><em>Florian Prill:</em>
-        Gauss Lobatto quadrature, random bug fixes.
-
-      <li><em>Andreas Putz:</em>
-       GridIn::read_vtk().
-
-      <li><em>Daniel Castanon Quiroz:</em>
-       Torus domain and boundary.
-
-      <li><em>Michael Rapson:</em>
-       PointValueHistory class.
-
-      <li><em>Thomas Richter:</em>
-       Povray output;
-       &nbsp; multi-threading work;
-       &nbsp; refinement functions;
-       &nbsp; MinRes linear solver.
-
-      <li><em>Mayank Sabharwal:</em>
-       GridIn::read_vtk().
-
-      <li><em>Abner Salgado-Gonzalez:</em>
-       step-35 tutorial program. Other fixes.
-
-      <li><em>Anna Schneebeli:</em>
-       Help and advice for Nedelec elements, writing the excellent
-       report on Nedelec elements.
-
-      <li><em>Jan Schrage:</em>
-       Initial parts of the tutorial.
-
-      <li><em>Ralf B. Schulz:</em>
-       Support for DLLs on Windows systems.
-
-      <li><em>Jason Sheldon:</em>
-       More generic FESystems. Enhancements in a variety of places.
-
-      <li><em>Michael Stadler:</em>
-       Reading 3d data in UCD, accepting boundary data in 3d;
-       &nbsp;
-       Eulerian mappings.
-
-      <li><em>Martin Steigemann:</em>
-       Graphical user interface for the ParameterHandler
-       class. ParaSails preconditioner. Functionality in various
-       places of the library.
-
-      <li><em>Franz-Theo Suttmeier:</em>
-       Initial parts of the linear algebra libraries.
-
-      <li><em>Habib Talavatifard:</em>
-       Bug fixes in the Trilinos interfaces.
-
-      <li><em>Christophe Trophime:</em>
-       Packaging and configuration issues.
-
-      <li><em>Kainan Wang:</em>
-       Extending deal.ii for 64-bit integer support.
-
-      <li><em>Yaqi Wang:</em>
-       The step-28 tutorial program;
-       &nbsp;
-       some grid generation functions.
-
-      <li><em>Sven Wetterauer:</em>
-       Step-15 tutorial program.
-
-      <li><em>Joshua White:</em>
-       Arbitrary order Eulerian mappings.
-
-      <li><em>Christian W&uuml;lker:</em>
-       GridOut::write_svg.
-
-      <li><em>Yuhan Zhou:</em>
-       Input to the curved boundary example in step-49.
-    </ul>
-
-
-    <p>
-      deal.II draws from some ideas which were first implemented in the
-      predecessor library,
-      DEAL, developed by Guido Kanschat, Franz-Theo
-      Suttmeier, and Roland Becker. It has also benefitted from
-      knowing about DiffPack, a library developed in Norway in the
-      1990s.
-    </p>
-
-    <hr />
-    <address>
-      <a href="authors.html" target="body">The deal.II Authors</a>
-      $Date$
-    </address>
-    <div class="right">
-      <a href="http://validator.w3.org/check?uri=referer" target="_top">
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-      <a href="http://jigsaw.w3.org/css-validator/check/referer" target="_top">
-        <img style="border:0;width:88px;height:31px" src="http://jigsaw.w3.org/css-validator/images/vcss" alt="Valid CSS!"></a>
-    </div>
+  <body>
+    This page is now part of the top-level project description. See
+    <a target="_top" href="http://dealii.org/authors.html">this page</a>.
+  </body>
 
   </body>
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 <div class="right">
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+      <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">The deal.II Authors</a>
       $Date$
     </address>
     <div class="right">
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     <div class="right">
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     <div class="right">
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     <title>The deal.II Online Documentation</title>
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     <link href="screen.css" rel="StyleSheet" type="text/css">
-    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013 by the deal.II Authors">
+    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014 by the deal.II Authors">
     <meta name="date" content="2006/02/07 22:49:01">
     <meta name="keywords" content="deal.II">
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   <br>
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 // $Id$
 //
-// Copyright (C) 2005 - 2013 by the deal.II authors
+// Copyright (C) 2005 - 2014 by the deal.II authors
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 // This file is part of the deal.II library.
 //
 @@MAP@@
  * @enddot
  *
- * Legend:<br />
- * <b>Green octagons:</b> programs that show basic techniques;<br />
- * <b>Orange boxes:</b> advanced techniques;<br />
- * <b>Yellow:</b> applications in fluid dynamics;<br />
- * <b>Light blue:</b> applications in solid mechanics;<br />
- * <b>Dark blue boxes:</b> time dependent problems.
+ * <b>Legend:</b><br />
+ * <blockquote>
+ * <i>Green:</i> programs that show basic techniques; <br />
+ * <i>Orange:</i> advanced techniques; <br />
+ * <i>Yellow:</i> applications in fluid dynamics; <br />
+ * <i>Light blue:</i> applications in solid mechanics; <br />
+ * <i>Dark blue:</i> time dependent problems.
+ * </blockquote>
  *
  * <a name="list"></a>
  * <h3>Tutorial programs listed by number</h3>
  *       Step-31,
  *       Step-32,
  *       Step-33,
- *       Step-40,
  *       Step-42,
  *       Step-43
  *     </td>
index 8d7182e6acbf82847b315c2aa20b8ceeafc24fa6..34ea0caea7fbf1ded4d93952fcdd338a8d72b416 100644 (file)
 
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     </address>
     <div class="right">
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@@ -57,7 +57,7 @@ cmake -DP4EST_DIR=/path/to/installation -DDEAL_II_WITH_P4EST=ON -DDEAL_II_WITH_M
 
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   <head>
     <title>The deal.II License</title>
     <link href="screen.css" rel="StyleSheet">
-    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2011, 2012, 2013 by the deal.II Authors">
+    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2011, 2012, 2013, 2014 by the deal.II Authors">
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     <meta name="svn_id" content="$Id$">
     <meta name="keywords" content="deal.II license">
@@ -24,7 +24,7 @@
     <p>
       <b>However, <acronym>deal.II</acronym> is not in the public domain, it
       is property of and copyrighted by the
-      <a href="authors.html"><acronym>deal.II</acronym> Authors</a>, and
+      <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top"><acronym>deal.II</acronym> Authors</a>, and
       there are restrictions on its use:</b>
       The legally binding license is the <a href="#license-text">GNU Lesser
       General Public License</a> (LGPL) as published by the Free Software
@@ -43,7 +43,7 @@
       In this document, as well as in the program files, the terms
       <i>authors of <acronym>deal.II</acronym></i> and
       <i><acronym>deal.II</acronym> authors</i> generally refer to all
-      people mentioned at the <a href="authors.html">deal.II Authors</a>
+      people mentioned at the <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">deal.II Authors</a>
       page.
     </p>
 
 
     <hr />
     <address>
-      <a href="authors.html" target="body">The deal.II Authors</a>
+      <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">The deal.II Authors</a>
       $Date$
     </address>
     <div class="right">
index e41cfbe5fead3b5c1e36d8f4d6ca742453e308d8..6bf3bf31e23ba31e2aad357962e70bd46e1c190e 100644 (file)
@@ -4,7 +4,7 @@
   <head>
     <title>deal.II Communications</title>
     <link href="screen.css" rel="StyleSheet">
-    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2008, 2011, 2012, 2013 by the deal.II Authors">
+    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2008, 2011, 2012, 2013, 2014 by the deal.II Authors">
     <meta name="date" content="$Date$">
     <meta name="svn_id" content="$Id$">
     <meta name="keywords" content="deal.II">
@@ -87,7 +87,7 @@
 
     <hr />
     <address>
-      <a href="authors.html" target="body">The deal.II Authors</a>
+      <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">The deal.II Authors</a>
       $Date$
     </address>
     <div class="right">
index af84e94087f9601abec291804023be1121ef8bf4..875747a0d6c689ce67f34ac9f24304cc74745586 100644 (file)
@@ -4,7 +4,7 @@
   <head>
     <title>deal.II navigation bar</title>
     <link href="screen.css" rel="StyleSheet">
-    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013 by the deal.II Authors">
+    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014 by the deal.II Authors">
     <meta name="date" content="2006/02/07 22:49:06">
     <meta name="svn_id" content="$Id$">
   </head>
@@ -38,7 +38,7 @@
     <b><small>Online Resources</small></b>
     <p>
       <a href="https://code.google.com/p/dealii/wiki/FrequentlyAskedQuestions" target="_top">FAQ</a><br />
-      <a href="news/news.html" target="body">News</a><br />
+      <a href="http://www.dealii.org/news.html" target="_top">News</a><br />
       <a href="http://www.dealii.org/download/" target="body">Download</a><br />
       <a href="http://www.dealii.org/mail.html" target="body">Mailing list</a><br />
       <a href="https://code.google.com/p/dealii/w/list" target="_top">Wiki</a><br />
@@ -51,7 +51,7 @@
     <p>
       <a href="reports/index.html" target="body">Reports</a><br />
       <a href="publications/index.html" target="body">Publications</a><br />
-      <a href="authors.html" target="body">Authors</a> <br />
+      <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">Authors</a> <br />
       <a href="license.html" target="body">License</a> <br />
       <a href="mail.html" target="body">Contact</a>
     </p>
index 180f5f88d7b78672686777c3a9dbca06da84507b..84a45349c66a90b21f1548451311419283f81443 100644 (file)
@@ -148,16 +148,55 @@ inconvenience this causes.
 <h3>Specific improvements</h3>
 
 <ol>
-<li> New: AnyData::try_read() is a function that allows users to check
-whether an entry exists and get a pointer to it without throwing an
-exception in case of failure.
-<br>
-(Guido Kanschat, 2014/05/16)
-</li>
-
-<li> New: The GMRES solver of deal.II can now write an estimate of
+  <li> Bugfix: Filter libclang_rt* from the PETSc link line.
+  <br>
+  (Matthias Maier, 2014/06/04)
+  </li>
+
+  <li> Improved: ParameterHandler parsing added to DoFOutputOperator
+  <br>
+  (Guido Kanschat, 2014/06/03)
+  </li>
+
+  <li> Improved: ThetaTimestepping and other operators now use AnyData
+  to communicate with operators they rely on. This way, time step data
+  can be forwarded using the same mechanism, and no complicated back
+  access to member data is required
+  anymore. MeshWorker::IntegrationInfo uses AnyData as well.
+  <br>
+  (Guido Kanschat, 2014/06/03)
+  </li>
+
+  <li> Bugfix: CMake: Also clean CMAKE_MODULE_PATH prior to call to
+  FIND_PACKAGE(Boost) inside FindBOOST.cmake because apparently
+  "Boost" == "BOOST" for the Mac file system...
+  <br>
+  (Matthias Maier, 2014/05/28)
+  </li>
+
+  <li> Improved: CMake: Search results and error conditions for external
+  libraries are now much more verbose. Added an MPI sanity check.
+  <br>
+  (Matthias Maier, 2014/05/28)
+  </li>
+
+  <li> Fixed: The MatrixTools::apply_boundary_values() variant that works
+  on PETSc matrices could produce a deadlock in parallel if one processor
+  had no boundary values to apply. This is now fixed.
+  <br>
+  (Michal Wichrowski, 2014/05/19)
+  </li>
+
+  <li> New: AnyData::try_read() is a function that allows users to check
+  whether an entry exists and get a pointer to it without throwing an
+  exception in case of failure.
+  <br>
+  (Guido Kanschat, 2014/05/16)
+  </li>
+
+  <li> New: The GMRES solver of deal.II can now write an estimate of
   eigenvalues to the log file, in analogy to the CG solver. This is enabled
-  by the flag SolverGMRES<>::AdditionalData::compute_eigenvalues.
+  by the flag SolverGMRES::AdditionalData::compute_eigenvalues.
   <br>
   (Martin Kronbichler, 2014/05/11)
   </li>  
index 3caea173e79c7f18c550b0ed0794f785febc99a5..06e1f09444de59d88d343968bca08f78132acfb2 100755 (executable)
 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"
-                 "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
+          "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
 <html>
-<head>
-  <title>The deal.II news page</title>
+  <head>
+    <title>The deal.II news page</title>
 
-  <link href="../screen.css" rel="StyleSheet">
+    <link href="../screen.css" rel="StyleSheet">
 
-  <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2000 - 2013 by the deal.II Authors">
-  <meta name="date" content="$Date$">
-  <meta name="keywords" content="deal.II">
-  <meta name="svn_id" content="$Id$">
-  <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
+    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 2000 - 2014 by the deal.II Authors">
+    <meta name="date" content="$Date$">
+    <meta name="keywords" content="deal.II">
+    <meta name="svn_id" content="$Id$">
+    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
 
-  <!- Include stylesheets ->
-  <link href="/mockup/htdocs/css/bootstrap.min.css" type="text/css" rel="stylesheet"/>
-  <link href="/mockup/htdocs/css/global.less" type="text/less" rel="stylesheet"/>
-  <link href="/mockup/htdocs/css/index.less" type="text/less" rel="stylesheet"/>
+    <meta http-equiv="refresh" content="0;url=http://dealii.org/news.html">
 
-  <!- LESS needs to come after the stylesheets ->
-  <script src="/mockup/htdocs/js/less-1.4.1.min.js"></script>
-</head>
+  </head>
   
-<body>
-
-<!--#include virtual="/mockup/htdocs/header.include" -->
-
-    <h2>News on <acronym>deal.II</acronym></h2>
-
-    <p>
-    This page lists news and announcements on
-    <acronym>deal.II</acronym> in reverse chronological order. If you
-    send us extensions to the library, please feel free to also send a
-    patch to this file such that we can announce your contributions in
-    your own words.
-    </p>
-
-    <p>
-    Please refer to the archive of the <a target="_top"
-    href="http://www.dealii.org/mail.html">deal.II
-    mailing list</a> for additional news.
-    </p>
-
-
-    <p>
-      <dt><strong>Recent changes</strong></dt>
-      <dd>
-       Changes in the library since the last major release are
-       <strong><a href="../doxygen/deal.II/changes_after_8_1.html">here.</a></strong>
-      </dd>
-    </p>
-
-
-    <dl>
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2013/12/24: Version 8.1 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          deal.II version 8.1 was released today. A full list of changes can be
-         found <a href="../doxygen/deal.II/changes_between_8_0_and_8_1.html"
-         target="body">here</a>.
-         <br>
-         deal.II can be downloaded at
-         <a href="https://code.google.com/p/dealii/downloads/list"
-         target="_top">this site</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2013/12/18: step-26 for the heat equation </strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          step-26 fills a long-standing gap: There was no tutorial
-          program solving the heat equation. There was also no tutorial
-          showing in relatively easy terms how to do adaptive meshes
-          in time dependent problems. This program fills both of these
-          needs.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2013/11/01: step-42 solves an elasto-plastic contact problem </strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          step-42, written by J&ouml;rg Frohne, Timo Heister and Wolfgang
-          Bangerth, shows how to solve an elasto-plastic contact problem.
-          The program is an extension of step-41 to a much more complex
-          equation (nonlinear elasto-plasticity) and also demonstrates
-          how to compute solutions for such problems in parallel.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2013/10/01: step-51 implements an HDG method </strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          step-51, contributed by Martin Kronbichler and Scott Miller,
-          implements a hybridized discontinuous Galerkin method for the scalar
-          convection-diffusion equation. The method uses standard DG terms for
-          describing the element interior but couples the local sub-problems
-          using face elements. The local contribution is eliminated from the
-          global linear system by a static condensation process.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2013/07/24: Version 8.0 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          deal.II version 8.0 was released today. This is a major new
-         release, featuring the conversion of the configuration and
-         build system to <a href="http://www.cmake.org/">CMake</a>,
-         support for parallel computations with more than 4 billion
-         unknowns, and many more. A full list of changes can be
-         found <a href="../doxygen/deal.II/changes_between_7_3_and_8_0.html"
-         target="body">here</a>.
-         <br>
-         deal.II can be downloaded at
-         <a href="https://code.google.com/p/dealii/downloads/list"
-         target="_top">this site</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2013/06/05: 64-bit version of deal.II</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Because the global dof index variables in deal.II were of type
-         unsigned int, it was not possible to create a dof_handler with more than
-         4.3 billions of unknowns. The 64-bit version of deal.II uses unsigned long
-         long int and thus, allows for 18e18 unknowns.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2013/03/07: Build system switched to CMake</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          After having used Autoconf as the configuration and build system
-         since the beginning of deal.II in 1997, we have now switched to
-         <a href="http://www.cmake.org/">CMake</a>. This implementation,
-         contributed by Matthias Maier of Heidelberg University, has taken
-         more than half a year, consists of more than 10,000 lines, and
-         touches every aspect of the installation process. It provides a more
-         modern interface to and more reliable way of interacting with other
-         packages. Furthermore, it no longer relies on shell scripts and
-         therefore integrates more easily with integrated development
-         environments as well as Microsoft Windows without Cygwin.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2013/02/27: Version 7.3 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 7.3.0 was released today. This release provides one new
-         tutorial, work on parallel linear algebra, the new FE_Q_DG0 element,
-         and a large number of enhancements and bug fixes throughout the
-         entire library. A complete list of new features is
-         found <a href="../doxygen/deal.II/changes_between_7_2_and_7_3.html"
-         target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2012/09/03: Version 7.2 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 7.2.0 was released today. This release provides four
-         new tutorial programs, a framework for matrix-free
-         computations, and a large number of enhancements and bug fixes
-         throughout the entire library. A complete list of new
-         features is found <a
-         href="../doxygen/deal.II/changes_between_7_1_and_7_2.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-        <strong>2012/06/06: step-43 &mdash; an efficient solver for
-        two-phase flow</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-        The step-21 tutorial program was the first program in the
-        deal.II tutorial to demonstrate the solution of two-phase flow
-        problems, but it suffered from the fact that it was very
-        slow. step-43 demonstrates some of the techniques that can be
-        used to make solvers for such problems more efficient and
-        accurate.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-        <strong>2012/06/03: New step-15</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-        Step-15 used to be a program that demonstrated techniques for solving
-        a rather quirky, nonlinear, 1d problem. It was an interesting problem,
-        but it served little purpose in teaching deal.II or in demonstrating
-        nonlinear solution techniques. It has now been replaced by a more
-        illustrative example, contributed in large part by Sven Wetterauer, in
-        which we solve the nonlinear elliptic minimal surface equation using a
-        Newton iteration.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-        <strong>2012/05/05: Matrix-free implementation framework</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-        A matrix-free framework has been contributed by Katharina
-        Kormann and Martin Kronbichler. The implementation is memory
-        efficient and includes parallelism via MPI for distributed
-        meshes, threads for shared-memory computations, and usage of
-        processors' vector units. The two new tutorial programs step-37
-        (multigrid solver) and step-48 (nonlinear wave equation with
-        distributed grid) demonstrate the new features.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2012/04/02: step-44 &mdash; a finite strain
-          elasticity solver</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          step-44, contributed by Andrew McBride and Jean-Paul
-          Pelteret, demonstrates one approach to modelling large
-          deformations of nearly-incompressible elastic solids. The
-          elastic response is governed by a non-linear, hyperelastic
-          free-energy function. The geometrical response is also
-          nonlinear, i.e., the program considers finite deformations.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2012/04/02: step-41 solves the obstacle problem</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          step-41, a program contributed by J&ouml;rg Frohne, shows
-          how to solve the obstacle problem. This problem describes
-          the deformation of a body subject to an inequality
-          constraint that arises from the fact that the deformation is
-          constrained by contact of the body with some external
-          obstacle. The program uses the primal-dual active set method
-          to solve this problem.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2011/10/09: Version 7.1 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 7.1.0 was released today. This release provides two
-         new tutorial programs and many smaller enhancements
-         throughout the entire library. A complete list of new
-         features is found <a
-         href="../doxygen/deal.II/changes_between_7_0_and_7_1.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2011/10/06: step-32, a massively parallel thermal
-          convection solver</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Long in the making, the step-32 tutorial program
-          demonstrates how to solve the Boussinesq equations
-          describing thermal convection on large numbers of
-          processors.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2011/04/30: step-46 demonstrates coupling different models
-          on different parts of the domain</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          step-46 shows how to couple different models defined on subsets of
-          the domain, in this case Stokes flow around an elastic solid. The
-          trick here is that variables (here the flow velocity and pressure,
-          and the solid displacement) do not live on the entire domain, but
-          only on a part. The point of the program is how to represent this in
-          source code.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2011/01/09: Version 7.0 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 7.0.0 was released today. This release is a huge step
-         forward, with several significant new features such as support for
-         thousands or tens of thousands of processors. A complete list of new
-         features is found <a
-         href="../doxygen/deal.II/changes_between_6_3_and_7_0.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2011/01/02: step-38 shows how to solve partial differential
-          equations on curved manifolds</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The new step-38 program, contributed by Andrea Bonito and M. Sebastian
-          Pauletti, shows how to discretize and solve partial differential
-          equations posed on curved manifolds embedded in higher dimensional
-          spaces.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2010/12/20: Graphical frontend to edit parameter files</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-        Contributed by Martin Steigemann, deal.II now has Qt based graphical
-       user interface to edit input parameter files for
-       the <code>ParameterHandler</code> class. The executable is located in
-       <code>lib/bin/dealii_parameter_gui</code>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2010/10/25: New directory and library structure</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-        deal.II has had a somewhat quirky directory and library structure for
-        historical reasons, but this has now changed: All include and source
-        files are now under the top-level <code>include/</code>
-        and <code>source</code> directories. Furthermore, we no longer build a
-        plethora of libraries but only <code>libdeal_II.g.so</code> (debug
-        version) and <code>libdeal_II.so</code> (optimized version). In
-       particular, we no longer build different versions of the library for
-       different space dimensions.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2010/10/23: Distributed mesh functionality available</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-        After more than 2 years of work by Timo Heister, Martin Kronbichler,
-       and Wolfgang Bangerth, and with help by Carsten Burstedde, we have
-       merged a branch on which we have implemented the functionality
-       necessary to distribute meshes on hundreds, thousands, or more
-       processors. An overview of the framework
-       in which this is implemented is presented in a documentation module,
-       an accompanying paper, as well as in the new step-40 tutorial program.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2010/07/18: Version 6.3.1 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 6.3.1 was released today. This release addresses a number of
-         problems in release 6.3.0 related to compatibility with certain
-         compilers, operating systems, and versions of external libraries.
-         A list of changes between
-         versions 6.3.0 and 6.3.1 can be found <a
-         href="../doxygen/deal.II/changes_between_6_3_0_and_6_3_1.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-       <strong>2010/06/25: deal.II on Facebook</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-       We built a facebook page titled <b>deal.II</b> today. Please, feel free
-       to join us there!
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2010/06/25: Version 6.3 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 6.3.0 was released today, containing several new
-          tutorial programs, a new threading framework and a framework
-          for assembling linear systems by just providing the local integrals.
-          A complete list of changes between
-         versions 6.2.0 and 6.3.0 can be found <a
-         href="../doxygen/deal.II/changes_between_6_2_and_6_3.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2010/06/24: step-39 solves Poisson's equation with
-          the interior penalty discontinuous Galerkin method on
-          adaptively refined meshes with multigrid</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Using the MeshWorker framework, this program highlights the
-          fact that loops over meshes are very generic and that
-          building matrices and level matrices and evaluating error
-          estimates are really the same task.
-      </dd>
-
-      <dt>
-       <strong> 2010/06/24: The Meshworker framework has been released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-       Using its generic loop and the provided auxiliary classes,
-       this framework relieves the application programmer from coding
-       loops over cells, faces, and subfaces, such that focus can remain
-       on implementation of the local integrals.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2010/06/23: step-45 shows periodic boundary
-          conditions</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Contributed by Markus B&uuml;rg, the new tutorial program step-45
-          demonstrates an often requested feature: periodic boundary
-          conditions.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2010/02/13: New multigrid, new step-16</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Over the last few months, the multigrid implementation has seen
-          significant rewrites, with much of the work done by B&auml;rbel
-          Janssen. The goal &mdash; now achieved &mdash; was to finally fully
-          support multigrid also for continuous finite elements on adaptively
-          refined meshes (uniformly refined meshes and discontinuous elements
-          have worked for a long time). As part of this process, step-16 has
-          been rewritten and now solves the same problem step-6 solves, just
-          with a multigrid solver.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2009/10/07: step-35 shows the solution of the
-          Navier-Stokes equations</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Step-35, a tutorial program contributed by Abner
-          Salgado-Gonzalez, shows an implementation of a projection
-          scheme for the numerical solution of the Navier-Stokes
-          equations.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2009/07/30: New tutorial program step-36</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The new step-36 tutorial program, contributed by Toby D. Young and
-          Wolfgang Bangerth, shows how to solve eigenvalue problems, using the
-          Schr&ouml;dinger equation as an example.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2009/06/05: Version 6.2.1 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          deal.II version 6.2.0 contained a couple of minor but
-          annoying bugs in its interaction with PETSc. The
-          documentation package also did not include any typeset
-          formulas. Release 6.2.1 corrects these mistakes.
-          A complete list of changes between
-         versions 6.2.0 and 6.2.1 can be found <a
-         href="../doxygen/deal.II/changes_between_6_2_0_and_6_2_1.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2009/04/27: Version 6.2 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 6.2.0 was released today!
-          A complete list of changes between
-         versions 6.1.0 and 6.2.0 can be found <a
-         href="../doxygen/deal.II/changes_between_6_1_and_6_2.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2009/04/14: New tutorial program step-34</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          step-34, written by Luca Heltai, demonstrates the ability of
-          deal.II to discretize and solve boundary integral equations
-          on curved manifolds.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2008/12/05: Support for meshes embedded in
-           higher dimensions</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Based on work by Cataldo Manigrasso and Luca Heltai
-          developed over the last few months on a branch, deal.II now
-          supports meshes that are embedded in higher space
-          dimensions. This allows, for example, to solve equations on
-          the surface of a sphere (e.g. to use boundary element
-          methods for exterior problems).
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2008/11/14: New tutorial program step-31</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The latest tutorial program, step-31, is contributed by
-          Martin Kronbichler and Wolfgang Bangerth and shows the
-          solution of the Boussinesq approximation to thermally driven
-          convection in an incompressible fluid.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2008/09/10: New tutorial program step-28</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          step-28, contributed by Yaqi Wang, illustrates the solution
-          of a coupled system of diffusion equations relevant to
-          nuclear reactor physics where we use different meshes for
-          different components of a vector-valued solution.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2008/08/21: <acronym>deal.II</acronym> now exceeds
-          of 400,000 lines of code</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Since today, <acronym>deal.II</acronym> has more than 400,000
-          lines of code. The rate of growth continues to be close on
-          par with the 3000 lines of code per month that we have had
-          over many years already, with no signs of abating activity!
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong>2008/07/08: Support for anisotropic mesh refinement</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Contributed by Tobias Leicht as well as Ralf Hartmann, deal.II
-         now supports anisotropic refinement of meshes. This functionality
-         is explained in the step-30 tutorial program.
-      </dd>
-
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2008/05/28: Version 6.1 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 6.1.0 was released today!
-          A complete list of changes between
-         versions 6.0.0 and 6.1.0 can be found <a
-         href="../doxygen/deal.II/changes_between_6_0_and_6_1.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2008/05/23: step-33 illustrates the Euler equations</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          <a href="../doxygen/deal.II/step_33.html">step-33</a>,
-          a tutorial program written mostly by David Neckels, illustrates how
-          the Euler equations of compressible inviscid gas dynamics can be
-          solved. More generally, the program also provides a framework for
-          the solution of arbitrary hyperbolic, nonlinear conservation laws.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2008/03/28: step-22 demonstrates solving the Stokes
-                  equations</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The new <a href="../doxygen/deal.II/step_22.html">step-22</a>
-          tutorial program, written by Martin Kronbichler and Wolfgang
-          Bangerth, shows how to solve, and in particular how to solve
-          efficiently, the Stokes equations that describe viscous
-          incompressible fluid flow.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2007/10/31: step-29 tutorial program added</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Contributed by Moritz Allmaras, the <a
-          href="../doxygen/deal.II/step_29.html">step-29</a> tutorial program
-          explains how problems involving complex numbers can be treated in
-          <acronym>deal.II</acronym>. In the example,
-          the complex-valued solution to a Helmholtz equation is split into
-          real and imaginary parts and a vector-valued finite element field
-          is used to discretize them seperately. The program also demonstrates
-          how quantities derived from the finite element solution can be directly
-          included in the output by using the new <code>DataPostprocessor</code>
-          class.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2007/09/07: Version 6.0 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 6.0.0 was released today!
-          A complete and long list of changes between
-         versions 5.2.0 and 6.0.0 can be found <a
-         href="5.2.0-vs-6.0.0.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2007/08/09: step-27 demonstrates hp technology</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The new <a href="../doxygen/deal.II/step_27.html">step-27</a>
-          tutorial program finally demonstrates how to use the
-         hp finite element technology that has been part of deal.II for some
-         18 months now. It solves a Laplace equation with hp finite elements
-         and shows how to set finite element degrees, assemble matrices on
-         cells with varying polynomial degrees, and how to compute a simple
-         criterion for estimating the local Sobolev smoothness of a function.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2007/07/16: Wilkinson Prize</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The principal authors of <acronym>deal.II</acronym>&mdash;Wolfgang
-         Bangerth, Ralf Hartmann and Guido Kanscht&mdash;have received the <a
-         href="http://www.mcs.anl.gov/WilkinsonPrize/">J. H. Wilkinson
-         Prize for Numerical Software</a> for their creation of and work on
-         the deal.II library. The prize committee particularly noted the
-         reliability and usability of the software and the quality of the
-         documentation.
-         <p>
-         We want to take the opportunity to thank our user community for their
-         support over the years that kept us working on this software. We
-         consider this award motivation to continue this work!
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2007/02/09: Support for previously unorientable meshes</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Up to now, in 3D only 'orientable' meshes could be used in
-          deal.II, where all lines are in standard orientation and the
-          faces can be either in standard orientation or with a
-          reversed normal. This has been generalized such that now all
-          hexahedral meshes can be used.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2006/10/30: step-21 is finished</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Step-21 demonstrates the time dependent flow of a multiphase fluid
-         through a porous medium. It is an extension of step-20, using a mixed
-         formulation and block solvers.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2006/10/03: step-23/24/25 are finished</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The step-23, step-24 and step-25 tutorial programs have been added,
-         demonstrating how to solve the time dependent wave equation
-          and a nonlinear variant of it, the sine-Gordon equation.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2006/08/24: <acronym>deal.II</acronym> is now part of the
-         SPEC CPU 2006 benchmark</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          A modified version of the <acronym>deal.II</acronym> library and the
-         step-14 tutorial program has been incorporated into the industry
-         standard <a href="http://www.spec.org/cpu2006/" target="_top">SPEC CPU 2006</a>
-         benchmark testsuite that is used to determine the speed of
-         computers. It is part of the floating point testsuite <a
-         href="http://www.spec.org/cpu2006/CFP2006/" target="_top">CFP2006</a> as benchmark
-         <a
-         href="http://www.spec.org/cpu2006/Docs/447.dealII.html" target="_top">447.dealII</a>.
-         <p>
-         The inclusion of our software into an industry
-         standard benchmark testsuite will lead to better support of compilers
-         and machines for the kind of program we write, in particular for
-         unstructured hierarchical mesh computations. This will in turn
-         help make our codes run faster on future systems.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2006/2/12: step-20 is finished</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The new step-20 tutorial program shows how to use Raviart-Thomas
-         elements to solve a mixed formulation of the Laplace equation. It
-         also demonstrates the use of block matrices and vectors, and how they
-         can be used to define more complex solvers and preconditioners
-         working on the Schur complement.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2006/1/3-5: First User Workshop</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          After 8 years of existence, it was time to have the first user
-         meeting. During a 3-day workshop held in Heidelberg, topics of
-         software development, use of deal.II for applications, and future
-         directions were discussed by about a dozen developers and users.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2005/12/20: hp functionality merged</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          After the code had been developed and maintained on a branch for 3
-         years by Oliver Kayser-Herold and Wolfgang Bangerth, it has now been
-         merged into the main development, and will be available for the next
-         release.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2005/09/17: Version 5.2 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 5.2.0 was released today!
-          A complete and long list of changes between
-         versions 5.1.0 and 5.2.0 can be found <a
-         href="5.1.0-vs-5.2.0.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2005/09/09: Two more tutorial programs</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Two more tutorial programs, step-18 and step-19, are now
-         available. step-18 shows how to solve time-dependent but quasi-static
-         elasticity programs in parallel. step-19 demonstrates some data
-         handling and parameter file techniques.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2005/03/29: <acronym>deal.II</acronym> now has a Wiki</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Hosted by Luca Heltai, there is now a wiki. See the link from the
-          <acronym>deal.II</acronym> front page. Users of
-          <acronym>deal.II</acronym> are encouraged to visit it, and,
-          as is usual with wikis, edit pages freely and post their
-          experiences and code snippets they want others to know about.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2005/03/07: Function parser library integrated</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Luca Heltai has contributed code that integrates a third
-          party <a
-          href="http://warp.povusers.org/FunctionParser/">function
-         parser library</a>) that takes a string describing a
-         mathematical function, and returns an object that can be used in
-         all places where function objects are used in deal.II.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong style="color:red">2004/12/24: Version 5.1 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 5.1.0 was released today!
-          A complete and long list of changes between
-         versions 5.0.0 and 5.1.0 can be found <a
-         href="5.0.0-vs-5.1.0.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2004/10/21: Q<sub>r</sub> elements of arbitrary order now
-          support hanging node constraints also in 3d</strong>
-      </dt>
-
-      <dd>
-          Lagrange elements previously had hanging node constraint matrices
-          hard coded in 3d, which were only available for r=1,2. Thanks to
-          code written by Oliver Kayser-Herold, this information is now
-          computed on-the-fly, which allows the use of Lagrange elements of
-          arbitrary order also in 3d on meshes with hanging nodes.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2004/05/25: Version 5.0 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Version 5.0.0 was released today!
-          A complete and long list of changes between
-         versions 4.0.0 and 5.0.0 can be found <a
-         href="4.0.0-vs-5.0.0.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2004/03/08: Interfaces to PETSc and METIS</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          In order to support parallel computations, we now have interfaces to
-          both the PETSc library for sequential and parallel linear algebra,
-          as well as to the METIS library for domain partitioning.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2004/03/08: MIPSpro compiler version 7.41 supported</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          deal.II now also supports compilation on SGIs by the MIPSpro
-          compiler version 7.41.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2003/06/06: Version 4.0 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          After one year, we made it and released Version 4.0.0 today!
-          A complete list of changes between
-         versions 3.4.0 and 4.0.0 can be found <a
-         href="3.4.0-vs-4.0.0.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2003/04/27: <acronym>deal.II</acronym> now exceeds
-          of 200,000 lines of code</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Since today, <acronym>deal.II</acronym> has now more than 200,000
-          lines of code. The rate of growth continues to be close to
-          3000 lines of code per month.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2003/01/24: deal.II runs on AIX 5.1</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Using gcc3.2, deal.II can now also be compiled on AIX systems
-         with the PowerPC chip.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2002/12/18: deal.II runs on Mac OS X 10.2</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Some changes have been made to allow compiling and running deal.II on
-         Mac OS X 10.2 systems.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2002/12/05: Intel ICC 7.0 compiler supported</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          deal.II now also supports compilation by the recently released
-         Intel icc 7.0 compiler.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2002/06/28: deal.II 64-bit ready</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          deal.II also runs on 64-bit systems without changes, as
-          tests on a Sparc machine with Solaris 9 in 64-bit mode have
-          shown. We also have reports of people running deal.II on
-          IA64 systems.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2002/06/06: Version 3.4 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Today, version 3.4 of the <acronym>deal.II</acronym> library
-         has been released. A complete list of changes between
-         versions 3.3.0 and 3.4.0 can be found <a
-         href="2002/3.3.0-vs-3.4.0.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2002/05/22: Intel ECC Itanium compiler now supported</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          <code>aclocal.m4</code> has been changed to detect the Intel ECC
-          compiler for Itanium systems.  The ECC compiler can produce
-          optimized code for Intel's new IA-64 architecture.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2002/03/07: New web home www.dealii.org and new
-                              email addresses</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The <acronym>deal.II</acronym> homepage has been moved to <a
-          href="http://www.dealii.org"
-          target="_top">www.dealii.org</a>. Also the <a
-          href="../mail.html">email addresses</a> have been
-          changed. Though the old web home and the old addresses will
-          be supported for some time we recommend to adjust the
-          bookmarks and mail addresses accordingly.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2002/02/01: Version 3.3 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Today, version 3.3 of the <acronym>deal.II</acronym> library
-         has been released. A complete list of changes between
-         versions 3.2.0 and 3.3.0 can be found <a
-         href="2002/3.2.0-vs-3.3.0.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2002/01/31: <acronym>deal.II</acronym> now consists
-          of 160,000 lines of code</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          All <code>.cc</code> and <code>.h</code> files of
-          <acronym>deal.II</acronym> now sum up to more than 160,000(!)
-          lines of code. <acronym>deal.II</acronym> continues to grow
-          with a rate almost constant at 3000 lines of code per month.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2001/09/28: Version 3.2 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          After a long phase of implementation and testing, we today
-         released version 3.2 of the <acronym>deal.II</acronym>
-         library.  There are many changes between version 3.1 and
-         release 3.2. A complete list of these changes can be found
-         <a href="2001/3.1.0-vs-3.2.0.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2001/07/06: Compaq's cxx compiler supported</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The present development version now also supports
-          compilation by Compaq's cxx compiler. See the <a
-          href="../readme.html#prerequisites" target="body">ReadMe</a>
-          file for more information on using this compiler.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2001/06/28: deal.II 3.1.2 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-         Version 3.1.2 is a bug-fix release based on 3.1. A list of
-         changes between the two versions can be found on
-         <a href="2001/3.1.1-vs-3.1.2.html" target="body">this
-         page</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2001/05/23: Intel ICC compiler supported</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The present development version of the library is now fixed
-          so that it can also be compiled by
-          Intel's ICC C++ compiler for Linux.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2001/05/17: deal.II 3.1.1 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-         Version 3.1.1 is a bug-fix release based on 3.1. A list of
-         changes between the two versions can be found on
-         <a href="2001/3.1.0-vs-3.1.1.html" target="body">this
-         page</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2001/02/26: Support for Subroutines from the Harwell Subroutine
-                 Library (HSL)</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          The <a href="http://www.hsl.rl.ac.uk/"
-          target="_top">Harwell Subroutine Library (HSL)</a> is a
-          library that, among much other functionality, offers some
-          sparse direct solvers. We have added support for an
-          interface to these solvers to the library.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2001/02/20: Version 3.1 released</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          After a long testing phase, we today released version 3.1 of
-         the <acronym>deal.II</acronym> library.
-         There are many changes between version 3.0 and release
-         3.1. A complete list of these changes can be found
-         <a href="2000/3.0.0-vs-3.1.0.html" target="body">here</a>.
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2000/08/07: deal.II 3.0.1</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-         Version 3.0.1 is a bug-fix release based on 3.0. A list of
-         changes between the two versions can be found on
-         <a href="2000/3.0.0-vs-3.0.1.html" target="body">this
-         page</a>.
-         (<a href="2000/03.html" target="body">Announcement</a>)
-      </dd>
-
-      <dt>
-          <strong>2000/04/13: deal.II 3.0 announced</strong>
-      </dt>
-      <dd>
-          Today, after 2&frac12; years of development and testing, the
-          first public release of the <acronym>deal.II</acronym>
-          library was announced (<a href="2000/01.html"
-          target="body">full text</a>).
-      </dd>
-    </dl>
-
-
-</body>
-  <!- Some JQuery needs to come after the body ->
-  <script src="js/jquery.min.js"></script>
-  <script src="js/bootstrap.min.js"></script>
-  <script src="js/accordion.js"></script>
+  <body>
+    This page is now part of the top-level project description. See
+    <a target="_top" href="http://dealii.org/news.html">this page</a>.
+  </body>
 </html>
index f48418761dc3800ec80488e7f45a4d1c823c2ebe..4804c337e2dc8258f13e7f07a40321a0611efcc0 100644 (file)
          Lecture Notes in Computational Science and Engineering Volume 95, pp 57-73 , 2014.
         </li>
 
+       <li> J. Sheldon, S. Miller, J. Pitt
+         <br>
+         <strong>Methodology for Comparing Coupling Algorithms for Fluid-Structure Interaction Problems</strong>
+         <br>
+         World Journal of Mathematics, vol. 4, pp. 54-70, 2014.
+       </li>
+
        <li> M. Stoll
          <br>
          <strong>One-shot solution of a time-dependent time-periodic PDE-constrained optimization problem</strong>
@@ -5458,7 +5465,7 @@ A Goal Oriented Software Library for Solving PDEs and Optimization Problems with
 
     <hr />
     <address>
-      <a href="../authors.html" target="body">The deal.II Authors</a>
+      <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">The deal.II Authors</a>
     </address>
     <div class="right">
       <a href="http://validator.w3.org/check?uri=referer" target="_top">
index 28f2040c78b7d994839751f4adeacd15ffd6381e..2ad389e13b78fc36c7dc3a1bc9bfa2f292f47275 100644 (file)
@@ -6,7 +6,7 @@
     <title>The deal.II Readme</title>
     <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8"/>
     <link href="screen.css" rel="StyleSheet"/>
-    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 1998 - 2013 by the deal.II Authors"/>
+    <meta name="copyright" content="Copyright (C) 1998 - 2014 by the deal.II Authors"/>
     <meta name="date" content="$Date$"/>
     <meta name="svn_id" content="$Id$"/>
     <meta name="keywords" content="deal.II"/>
       in order to determine the directions of future work on the
       library. We are also very much interested in incorporating any
       work and bug fixes by third parties into the library. Of course,
-      you will be credited for this on the <a href="authors.html">authors page</a>.
+      you will be credited for this on
+      the <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">authors page</a>.
     </p>
 
     <p>
           the license of the deal.II project granted to you.</b>
        </li>
         <li>
-          We, <a href="authors.html">the deal.II Authors</a>, do not require
+          We, <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">the deal.II Authors</a>, do not require
           copyright assignments for contributions. This means that the
           copyright for code contributions in the deal.II project is held by
           its respective contributors who have each agreed to release their
 
   <hr />
   <address>
-    <a href="authors.html" target="body">The deal.II Authors</a>
+    <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">The deal.II Authors</a>
     $Date$
   </address>
   <div class="right">
index 7bc712f4f9d69d14e8731bc4598160e709ebf46b..97f706bfcaf8a61a9e6b45f62f23ac71c2aae873 100644 (file)
@@ -1033,7 +1033,7 @@ make  deal_II.g VERBOSE=ON
 
     <hr />
     <address>
-      <a href="../authors.html" target="body">The deal.II Authors</a>
+      <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">The deal.II Authors</a>
       $Date$
     </address>
     <div class="right">
index 42623597ed46b4de6f5dd2d5c85b420548f6375c..c423b104f85b0dc1ca3c029daf5684f33aedfeeb 100644 (file)
@@ -838,7 +838,7 @@ D=/path/install/dir
 
     <hr />
     <address>
-      <a href="../authors.html" target="body">The deal.II Authors</a>
+      <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">The deal.II Authors</a>
       $Date$
     </address>
     <div class="right">
index b346d8432097295455f78c89afc9587ca4464bbf..a7c2b4e04dcd2fd6ca763d0dbc023bfaa8e07dab 100644 (file)
@@ -52,7 +52,7 @@ TAGFILES = deal.tag=http://www.dealii.org/X.Y.Z/doxygen/deal.II
 
     <hr />
     <address>
-      <a href="../authors.html" target="body">The deal.II Authors</a>
+      <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">The deal.II Authors</a>
       $Date$
     </address>
     <div class="right">
index 822aefa4d86d92d932ac78e42f85887dd7a96353..7df7379a6b8c6bf798e4ab7425bffc6ea7c8cb82 100644 (file)
@@ -6,7 +6,7 @@
   <title>deal.II Development Navigation Bar</title>
   <link href="../screen.css" rel="StyleSheet">
   <meta name="author" content="the deal.II authors <authors@dealii.org>">
-  <meta name="copyright" content="Copyright (C) 1998, 1999, 2000, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2009, 2010, 2012, 2013 by the deal.II authors">
+  <meta name="copyright" content="Copyright (C) 1998, 1999, 2000, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2009, 2010, 2012, 2013, 2014 by the deal.II authors">
   <meta name="date" content="$Date$">
   <meta name="svn_id" content="$Id$">
   <meta http-equiv="content-language" content="en">
@@ -51,7 +51,7 @@
   <b><small>Online Resources</small></b>
   <p>
     <a href="https://code.google.com/p/dealii/wiki/FrequentlyAskedQuestions" target="_top">FAQ</a><br />
-    <a href="../news/news.html" target="body">News</a><br />
+    <a href="http://www.dealii.org/news.html" target="_top">News</a><br />
     <a href="http://www.dealii.org/download/" target="body">Download</a><br />
     <a href="http://www.dealii.org/mail.html" target="body">Mailing list</a><br />
     <a href="https://code.google.com/p/dealii/w/list" target="_top">Wiki</a><br />
index bcb950a37116a8706637abc070631340a912343f..a8ab44758d5072cb8942b5896b6d8f89a1ef4340 100644 (file)
@@ -119,7 +119,7 @@ this.
 
 <hr />
 <address>
-  <a href="../authors.html" target="body">The deal.II Authors</a>
+  <a href="http://www.dealii.org/authors.html" target="_top">The deal.II Authors</a>
   $Date$
 </address>
 <div class="right">
index ba2e146d3b110f939923e0117b1dfc5c53488c9e..422dbc66087829bcdcb781eca3ba93002b4feb52 100644 (file)
@@ -26,7 +26,6 @@ IF(DEAL_II_COMPONENT_EXAMPLES)
     #
     PATTERN "CMakeFiles*" EXCLUDE
     PATTERN "doc*" EXCLUDE
-    PATTERN "doxygen*" EXCLUDE
     PATTERN ".svn*" EXCLUDE
     #
     # Glob Includes:
@@ -35,6 +34,7 @@ IF(DEAL_II_COMPONENT_EXAMPLES)
     PATTERN "*.prm"
     PATTERN "*.inp"
     PATTERN "step*/CMakeLists.txt"
+    PATTERN "doxygen/CMakeLists.txt"
     #
     # Special files:
     #
diff --git a/deal.II/examples/doxygen/CMakeLists.txt b/deal.II/examples/doxygen/CMakeLists.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5621f81
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,29 @@
+##
+#  CMake script for compiling the doxygen examples
+##
+
+# Usually, you will not need to modify anything beyond this point...
+
+FILE(GLOB sources ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/*.cc)
+
+CMAKE_MINIMUM_REQUIRED(VERSION 2.8.8)
+
+FIND_PACKAGE(deal.II 8.0 QUIET
+  HINTS ${deal.II_DIR} ${DEAL_II_DIR} ../ ../../ $ENV{DEAL_II_DIR}
+  )
+IF(NOT ${deal.II_FOUND})
+  MESSAGE(FATAL_ERROR "\n"
+    "*** Could not locate deal.II. ***\n\n"
+    "You may want to either pass a flag -DDEAL_II_DIR=/path/to/deal.II to cmake\n"
+    "or set an environment variable \"DEAL_II_DIR\" that contains this path."
+    )
+ENDIF()
+
+DEAL_II_INITIALIZE_CACHED_VARIABLES()
+PROJECT(doxygen_examples)
+
+FOREACH(ccfile ${sources})
+  GET_FILENAME_COMPONENT(file ${ccfile} NAME_WE)
+  ADD_EXECUTABLE(${file} ${ccfile})
+  DEAL_II_SETUP_TARGET(${file})
+ENDFOREACH()
index 94871bd102ed752f9a3811784b0c20a6c2049c5b..caf390eba9ac7f3941197c152eb3411b4aff0db2 100644 (file)
@@ -30,33 +30,25 @@ using namespace dealii;
 using namespace Algorithms;
 
 
-class Explicit
-  : public Operator<Vector<double> >
+class Explicit : public Operator<Vector<double> >
 {
 public:
   Explicit(const FullMatrix<double> &matrix);
-  void operator() (NamedData<Vector<double>*> &out,
-                   const NamedData<Vector<double>*> &in);
+  void operator() (AnyData &out, const AnyData &in);
 
-  void initialize_timestep_data(const TimestepData &);
 private:
-  const TimestepData *timestep_data;
   SmartPointer<const FullMatrix<double>, Explicit> matrix;
   FullMatrix<double> m;
 };
 
 
-class Implicit
-  : public Operator<Vector<double> >
+class Implicit : public Operator<Vector<double> >
 {
 public:
   Implicit(const FullMatrix<double> &matrix);
-  void operator() (NamedData<Vector<double>*> &out,
-                   const NamedData<Vector<double>*> &in);
-
-  void initialize_timestep_data(const TimestepData &);
-private:
-  const TimestepData *timestep_data;
+  void operator() (AnyData &out, const AnyData &in);
+    
+  private:
   SmartPointer<const FullMatrix<double>, Implicit> matrix;
   FullMatrix<double> m;
 };
@@ -66,10 +58,10 @@ private:
 int main()
 {
   FullMatrix<double> matrix(2);
-  matrix(0,0) = 1.;
-  matrix(1,1) = 1.;
-  matrix(0,1) = 31.4;
-  matrix(1,0) = -31.4;
+  matrix(0,0) = 0.;
+  matrix(1,1) = 0.;
+  matrix(0,1) = 3.14;
+  matrix(1,0) = -3.14;
 
   OutputOperator<Vector<double> > out;
   out.initialize_stream(std::cout);
@@ -77,16 +69,13 @@ int main()
   Explicit op_explicit(matrix);
   Implicit op_implicit(matrix);
   ThetaTimestepping<Vector<double> > solver(op_explicit, op_implicit);
-  op_explicit.initialize_timestep_data(solver.explicit_data());
-  op_implicit.initialize_timestep_data(solver.implicit_data());
   solver.set_output(out);
 
   Vector<double> value(2);
   value(0) = 1.;
-  NamedData<Vector<double>*> indata;
-  NamedData<Vector<double>*> outdata;
-  Vector<double> *p = &value;
-  outdata.add(p, "value");
+  AnyData indata;
+  AnyData outdata;
+  outdata.add(&value, "value");
 
   solver.notify(Events::initial);
   solver(outdata, indata);
@@ -102,24 +91,18 @@ Explicit::Explicit(const FullMatrix<double> &M)
 
 
 void
-Explicit::initialize_timestep_data(const TimestepData &t)
-{
-  timestep_data = &t;
-}
-
-
-void
-Explicit::operator() (NamedData<Vector<double>*> &out, const NamedData<Vector<double>*> &in)
+Explicit::operator() (AnyData &out, const AnyData &in)
 {
+  const double timestep = *in.read_ptr<double>("Timestep");  
   if (this->notifications.test(Events::initial) || this->notifications.test(Events::new_timestep_size))
     {
-      m.equ(-timestep_data->step, *matrix);
+      m.equ(-timestep, *matrix);
       for (unsigned int i=0; i<m.m(); ++i)
         m(i,i) += 1.;
     }
   this->notifications.clear();
-  unsigned int i = in.find("Previous iterate");
-  m.vmult(*out(0), *in(i));
+  m.vmult(*out.entry<Vector<double>*>(0),
+         *in.read_ptr<Vector<double> >("Previous iterate"));
 }
 
 
@@ -132,26 +115,19 @@ Implicit::Implicit(const FullMatrix<double> &M)
 
 
 void
-Implicit::initialize_timestep_data(const TimestepData &t)
-{
-  timestep_data = &t;
-}
-
-
-void
-Implicit::operator() (NamedData<Vector<double>*> &out, const NamedData<Vector<double>*> &in)
+Implicit::operator() (AnyData &out, const AnyData &in)
 {
+  const double timestep = *in.read_ptr<double>("Timestep");  
   if (this->notifications.test(Events::initial) || this->notifications.test(Events::new_timestep_size))
     {
-      m.equ(timestep_data->step, *matrix);
+      m.equ(timestep, *matrix);
       for (unsigned int i=0; i<m.m(); ++i)
         m(i,i) += 1.;
       m.gauss_jordan();
     }
   this->notifications.clear();
-
-  unsigned int i = in.find("Previous time");
-  m.vmult(*out(0), *in(i));
+  m.vmult(*out.entry<Vector<double>*>(0),
+         *in.read_ptr<Vector<double> >("Previous time"));
 }
 
 
index e8a2035f0bd1eb60d83c81fa2ec8571d71e07aa2..32aa7d2bdeaecdd9a5b2817ea6833da844d28165 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 /* ---------------------------------------------------------------------
  * $Id$
  *
- * Copyright (C) 2003 - 2013 by the deal.II authors
+ * Copyright (C) 2003 - 2014 by the deal.II authors
  *
  * This file is part of the deal.II library.
  *
@@ -245,21 +245,32 @@ namespace Step16
   // The following function extends what the corresponding one in step-6
   // did, with the exception of also distributing the degrees of freedom on
   // each level of the mesh which is needed for the multigrid hierarchy.
+  // We then output the number of degrees (globally and on each level) and
+  // reset the solution and right hand side vectors to the correct size.
+  // As in other programs where we use a sequence of meshes that become
+  // finer and finer (starting with step-5), the code as is here sets
+  // the solution vector to zero, rather than trying to interpolate the
+  // solution obtained on the previous mesh to the current one. This
+  // follows from the empirical observation that interpolating the solution
+  // and using it as a starting guess does not significant decrease the number
+  // of linear CG iterations one has to perform to solve a linear system.
+  // (The situation is very different for nonlinear problems, where using
+  // a previous time step's solution, or a solution from a coarser grid,
+  // typically drastically makes the solution of a nonlinear system cheaper.)
   template <int dim>
   void LaplaceProblem<dim>::setup_system ()
   {
     dof_handler.distribute_dofs (fe);
     dof_handler.distribute_mg_dofs (fe);
 
-    // Here we output not only the degrees of freedom on the finest level, but
-    // also in the multilevel structure
-    deallog << "Number of degrees of freedom: "
-            << dof_handler.n_dofs();
-
-    for (unsigned int l=0; l<triangulation.n_levels(); ++l)
-      deallog << "   " << 'L' << l << ": "
-              << dof_handler.n_dofs(l);
-    deallog  << std::endl;
+    std::cout << "   Number of degrees of freedom: "
+             << dof_handler.n_dofs()
+             << " (by level: ";
+    for (unsigned int level=0; level<triangulation.n_levels(); ++level)
+      std::cout << dof_handler.n_dofs(level)
+               << (level == triangulation.n_levels()-1
+                   ? ")" : ", ");
+    std::cout << std::endl;
 
     sparsity_pattern.reinit (dof_handler.n_dofs(),
                              dof_handler.n_dofs(),
@@ -772,15 +783,6 @@ namespace Step16
 
         setup_system ();
 
-        std::cout << "   Number of degrees of freedom: "
-                  << dof_handler.n_dofs()
-                  << " (by level: ";
-        for (unsigned int level=0; level<triangulation.n_levels(); ++level)
-          std::cout << dof_handler.n_dofs(level)
-                    << (level == triangulation.n_levels()-1
-                        ? ")" : ", ");
-        std::cout << std::endl;
-
         assemble_system ();
         assemble_multigrid ();
 
index 631360953f17cfdcecd0d8d6f9fb67077d6cd033..8845c12f292c9134634943e28ea259f7fd40cdd1 100644 (file)
@@ -23,12 +23,6 @@ together with these two additional libraries is described in the <a
 href="../../readme.html" target="body">README</a> file.
 
 
-There is an additional caveat: PETSc appears not to co-operate well when using
-threads and the program crashes when deal.II is compiled in its usual mode
-supporting multithreading. The program can therefore only be compiled and run
-if multithreading is disabled upon configuration of deal.II using the
-<code>--disable-threads</code> switch to <code>./configure</code>.
-
 
 Now, for the details: as mentioned, the program does not compute anything new,
 so the use of finite element classes etc. is exactly the same as before. The
index 5e494a505a9240bdfd5b59d5679bdb6ee7890e4d..a750e9e10d69ae1a48f71cf81545ce69237f8900 100644 (file)
@@ -534,9 +534,4 @@ the results section will show what displacement pattern comes out of this
 simulation.
 
 
-@note PETSc appears not to co-operate well when using
-threads and the program crashes when deal.II is compiled in its usual mode
-supporting multithreading. The program can therefore only be compiled and run
-if multithreading is disabled upon configuration of deal.II using the
-<code>--disable-threads</code> switch to <code>./configure</code>.
 
index 6a20022310b046333f235df3f3122d9d8feae49f..46a21c1b6113dc7c2653ba2cda52f03850159b6c 100644 (file)
@@ -827,10 +827,8 @@ processors busy and you won't get any additional speedup from using
 threads. For example, if your cluster nodes have 8 cores as they often have at
 the time of writing this, and if your batch scheduler puts 8 MPI processes on
 each node, then using threads doesn't make the program any
-faster. Consequently, you probably want to use the
-<code>--disable-threads</code> flag when configuring your deal.II installation
-for this machine. On the other hand, if you want to run this program on a
-single multicore machine, then it may make sense to use threads. That said, at
+faster. Consequently, you probably want to either configure your deal.II without threads, or set the number of threads in MPI_InitFinalize to 1 (third argument), or "export DEAL_II_NUM_THREADS=1" before running.
+That said, at
 the time of writing this, we only use the WorkStream class for assembling
 (parts of) linear systems, while 75% or more of the run time of the program is
 spent in the linear solvers that are not parallelized &mdash; in other words,
index 0fec405ec838773396a192fdcb142d2236b0deb8..dcc07c9b98bed0f3c92b998c9f96a167af616e7e 100644 (file)
@@ -20,12 +20,7 @@ to work properly, this program needs access to the Hypre
 preconditioner package implementing algebraic multigrid; it can be
 installed as part of PETSc but has to be explicitly enabled during
 PETSc configuration; see the page linked to from the installation
-instructions for PETSc. Finally, note that
-PETSc appears not to co-operate well when using
-threads and the program crashes when deal.II is compiled in its usual mode
-supporting multithreading. The program can therefore only be compiled and run
-if multithreading is disabled upon configuration of deal.II using the
-<code>--disable-threads</code> switch to <code>./configure</code>.
+instructions for PETSc.
 
 
 <a name="Intro"></a>
index 15a13db4511332c27a869138fadd62696c650baf..c1d9154931a75b6d96f1ece6725575e19c39d429 100644 (file)
@@ -1 +1 @@
-basic
+techniques
index 4ae88a593d15305938f61b880cca35d60c4fc900..926c81cdb42e644c4ce97201bd0c858b2f03c6e4 100644 (file)
@@ -8,9 +8,9 @@
 This program shows how to use Runge-Kutta methods to solve a time-dependent
 problem.
 
-<h3>Problem statement<h3>
+<h3>Problem statement</h3>
 
-In this example, we solve the energy-integrated time-dependent diffusion
+In this example, we solve the one-group time-dependent diffusion
 approximation of the neutron transport equation (see step-28 for the
 time-independent multigroup diffusion). We assume that the medium is not
 fissible and therefore, the neutron flux satisfies the following equation:
@@ -19,30 +19,28 @@ fissible and therefore, the neutron flux satisfies the following equation:
 - \Sigma_a(x) \phi(x,t) + S(x,t)
 @f}
 augmented by appropriate boundary conditions. Here, $v$ is the velocity of
-neutrons, $D$ is the diffusion coefficient, $\Sigma_a$ is the <i>absorption
-cross section</i>, and $S$ is a source. Because we are only interested in the
-time dependence, we assume that $D$ and $\Sigma_a$ are constant. In this
-example, we are only interested in the error in time and thus, we are looking
-for a solution of the form:
+neutrons (for simplicity we assume it is equal to 1), $D$ is the diffusion coefficient, 
+$\Sigma_a$ is the absorption cross section, and $S$ is a source. Because we are
+only interested in the time dependence, we assume that $D$ and $\Sigma_a$ are
+constant. We are looking for a solution on a square domain $[0,b]\times[0,b]$ of
+the form:
 @f{eqnarray*}
 \phi(x,t) = A\sin(\omega t)(bx-x^2).
 @f}
-By using quadratic finite elements, we will not have any spatial error. We
-impose the following boundary conditions: homogeneous Dirichlet fo $x=0$ and
+By using quadratic finite elements, all the error will be due to the time discretization. We
+impose the following boundary conditions: homogeneous Dirichlet for $x=0$ and
 $x=b$ and homogeneous Neumann conditions for $y=0$ and $y=b$. The source is
 given by:
 @f{eqnarray*}
 S=A\left(\frac{1}{v}\omega \cos(\omega t)(bx -x^2) + \sin(\omega t)
 \left(\Sigma_a (bx-x^2)+2D\right) \right).
 @f}
-Because the solution is a sine, we know that
-\f$\phi\left(x,\frac{\pi}{\omega}\right) = 0$. Therefore, we can easily
-compute the error at this time since it is simply the norm of the solution
-found.
+Because the solution is a sine, we know that $\phi\left(x,\pi\right) = 0$.
+Therefore, the error at this time is simply the norm of the numerical solution.
 
 <h3>Runge-Kutta</h3>
 
-The Runke-Kutta methods implemented in deal.II assume that the equation to be
+The Runge-Kutta methods implemented in deal.II assume that the equation to be
 solved can be written as:
 @f{eqnarray*}
 \frac{dy}{dt} = f(t,y).
@@ -61,11 +59,11 @@ y_{n+1} = y_n + \sum_{i=1}^s b_i k_i
 @f}
 where
 @f{eqnarray*}
-k_i = h M^{-1} f(t_n+c_ih,y_n+\sum_{j=1}^sa_{ij}k_j)
+k_i = h M^{-1} f\left(t_n+c_ih,y_n+\sum_{j=1}^sa_{ij}k_j\right)
 @f}
-with $a_{ij}$, $b_i$, and $c_i$ are known coefficient and $h$ is the time step
-used. The methods currently implemented in deal.II can be divided in three
-categories:
+where $a_{ij}$, $b_i$, and $c_i$ are known coefficients and $h$ is the time step
+used. At the time of the writing of this tutorial, the methods implemented in
+deal.II can be divided in three categories:
 <ol>
 <li> explicit Runge-Kutta
 <li> embedded (or adaptive) Runge-Kutta
@@ -73,28 +71,39 @@ categories:
 </ol> 
 
 <h4>Explicit Runge-Kutta</h4>
-These methods that include for forward Euler, third order Runge-Kutta, and
-fourth order Runge-Kutta, require a function to evaluate $M^{-1}f(t,y). These
+These methods that include forward Euler, third order Runge-Kutta, and
+fourth order Runge-Kutta, require a function to evaluate $M^{-1}f(t,y)$. These
 methods become unstable when the time step chosen is too large.
 
 <h4>Embedded Runge-Kutta</h4>
 These methods include Heun-Euler, Bogacki-Shampine, Dormand-Prince (ode45 in
 Matlab), Fehlberg, and Cash-Karp. These methods use a low order method to
-estimate the error and decide if the time step needs to be refined or it can be
-coarsen. Only embedded explicit methods have been implemented so far.
+estimate the error and decide if the time step needs to be refined or coarsen. 
+Only embedded explicit methods have been implemented at the time of the writing.
 
 <h4>Implicit Runge-Kutta</h4>
-These methods include backward Euler, implicit midpoint, Crank-Nicolson, and the
+These methods include backward Euler, implicit midpoint, Crank-Nicolson, and a
 two stages SDIRK. These methods require to evaluate $M^{-1}f(t,y)$ and
-$\left(I-\Delta t M^{-1} \frac{\partial f}{\partial Y}\right) = \left(M - \Delta
-t \frac{\partial f}{\partial y}\right)^{-1} M$. These methods are always stable.
+$\left(I-\Delta t M^{-1} \frac{\partial f}{\partial y}\right)^{-1}$ or equivalently 
+$\left(M - \Delta t \frac{\partial f}{\partial y}\right)^{-1} M$. These methods are 
+always stable.
+
+<h3>Weak form</h3>
+To use the Runge-Kutta methods, we need to be able to evaluate:
+@f{eqnarray*}
+f = \oint D b_i \frac{\partial b_j}{\partial n} d\boldsymbol{r} - \int D \nabla
+b_i \nabla b_j \phi_j d\boldsymbol{r} -\int \Sigma_a b_i b_j \phi_j 
+d\boldsymbol{r} + \int b_j S d\boldsymbol{r}
+@f}
+and $\frac{\partial f}{\partial y}$. Because $f$ is linear in $y$ (or $\phi$ in
+this case) $\frac{\partial f}{\partial y} y = f$.
 
 <h3>Remarks</h3>
-To simplify the problem, we solve the domain in two dimensional and the mesh is
+To simplify the problem, the domain is two dimensional and the mesh is
 uniform (there is no need to adapt the mesh since we use quadratic finite
 elements and the exact solution is quadratic). Going from a two dimensional
 domain to a three dimensional domain is not very challenging. However if the
-mesh must be adapted, we cannot forget to:
+mesh must be adapted, it is important to remember to:
 <ol>
 <li> project the solution to the new mesh when the mesh is changed. The mesh
 used should be the same at the beginning and at the end of the time step.
index 4a70bbe4bcd58811346877b900262158c0f56d24..cc3aeb9f400d43387c249e69a6bba0fc0332f280 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
 <h1>Results</h1>
 
-The output of this program consist of the console output and solutions given in
+The output of this program consists of the console output and the solutions given in
 vtu format.
 
 The console output is:
@@ -24,7 +24,7 @@ Cash-Karp error: 2.5579e-10
 Number of steps done: 200
 @endcode
 
-Like expected the high-order methods give a more accurate solutions. We see that
+Like expected the high-order methods give a more accurate solution. We see that
 the Heun-Euler method adapted the number of time steps in order to satisfy the
 tolerance. The others embedded methods did not need to change the number of time
 steps.
index 1031e49cddbc9b899e397fb16f71b130bc862075..f75fa19b4c5089733975c4370a6c244be6b2df5b 100644 (file)
@@ -20,7 +20,7 @@
 
 // @sect3{Include files}
 
-// The first task as usal is to include the functionality of these well-known
+// The first task as usual is to include the functionality of these well-known
 // deal.II library files and some C++ header files.
 #include <deal.II/base/function.h>
 #include <deal.II/base/quadrature_lib.h>
@@ -70,6 +70,7 @@ namespace Step52
     public:
       Diffusion();
 
+      // This function is the driver that will call the other functions.
       void run();
 
     private:
@@ -80,33 +81,36 @@ namespace Step52
       // the time.
       void assemble_system();
 
-      // Compute the intensity of the source at the given point.
+      // Compute the intensity of the source at a given time for a given point.
       double get_source(double time,const Point<2> &point) const;
       
-      // Evaluate the diffusion equation \f$M^{-1}(f(t,y))\f$
+      // Evaluate the diffusion equation $M^{-1}(f(t,y))$ at a given time and
+      // for a given y.
       Vector<double> evaluate_diffusion(const double time, const Vector<double> &y) const;
 
-      // Evaluate \f$\left(I-\tau M^{-1} \frac{\partial f(t,y)}{\partial y}\right)^{-1} = 
-      // \left(M-\tau \frac{\partial f}{\partial y}\right)^{-1} M \f$
-      Vector<double> id_minus_tau_J_inverse(const double time, const double tau, 
-          const Vector<double> &y);
+      // Evaluate $\left(I-\tau M^{-1} \frac{\partial f(t,y)}{\partial y}\right)^{-1}$ or 
+      // equivalently $\left(M-\tau \frac{\partial f}{\partial y}\right)^{-1} M$ at a given 
+      // time, for a given $\tau$ and y.
+      Vector<double> id_minus_tau_J_inverse(const double time, 
+                                            const double tau, 
+                                            const Vector<double> &y);
       
-      // Output the results as vtu
+      // Output the results as vtu files.
       void output_results(unsigned int time_step,TimeStepping::runge_kutta_method method) const;
 
-      // Driver for the explicit methods
+      // Driver for the explicit methods.
       void explicit_method(TimeStepping::runge_kutta_method method,
                            const unsigned int n_time_steps,
                            const double       initial_time,
                            const double       final_time);
 
-      // Driver for the implicit methods
+      // Driver for the implicit methods.
       void implicit_method(TimeStepping::runge_kutta_method method,
                            const unsigned int n_time_steps,
                            const double       initial_time,
                            const double       final_time);
 
-      // Driver for the embedded explicit methods. Returns the number of steps
+      // Driver for the embedded explicit methods. This function returns the number of steps
       // executed.
       unsigned int embedded_explicit_method(TimeStepping::runge_kutta_method method,
                                             const unsigned int n_time_steps,
@@ -114,6 +118,7 @@ namespace Step52
                                             const double final_time);
 
 
+      // The next parameters are self-explanatory.
       unsigned int                 fe_degree;
 
       double                       diffusion_coefficient;
@@ -140,7 +145,7 @@ namespace Step52
 
 
 
-  // We choose quadratic finite elements so that there are no spatial error.
+  // We choose quadratic finite elements and we initialize the parameters.
   Diffusion::Diffusion()
     :
       fe_degree(2),
@@ -152,6 +157,7 @@ namespace Step52
 
 
 
+  // @sect5{<code>Diffusion::setup_system</code>}
   void Diffusion::setup_system()
   {
     dof_handler.distribute_dofs(fe);
@@ -165,6 +171,7 @@ namespace Step52
     DoFTools::make_sparsity_pattern(dof_handler,c_sparsity,constraint_matrix);
     sparsity_pattern.copy_from(c_sparsity);
 
+    // Initialize the matrices and the solution vector.
     system_matrix.reinit(sparsity_pattern);
     mass_matrix.reinit(sparsity_pattern);
     mass_minus_tau_Jacobian.reinit(sparsity_pattern);
@@ -173,6 +180,7 @@ namespace Step52
 
 
 
+  // @sect5{<code>Diffusion::assemble_system</code>}
   void Diffusion::assemble_system()
   {
     system_matrix = 0.;
@@ -196,7 +204,8 @@ namespace Step52
     cell = dof_handler.begin_active(),
     endc = dof_handler.end();
            
-    // Compute \f$-\int D \nabla b \cdot \nabla b - \int \Sigma_a b b\f$ and \f$\int b b\f$
+    // Compute $-\int D \nabla b_i \cdot \nabla b_j d\boldsymbol{r} - \int \Sigma_a b_i b_j d\boldsymbol{r}$ 
+    // and the mass matrix $\int b_i b_j d\boldsymbol{r}$.
     for (; cell!=endc; ++cell)
     {
       cell_matrix = 0.;
@@ -229,6 +238,9 @@ namespace Step52
 
 
 
+  // @sect5{<code>Diffusion::get_source</code>}
+  //
+  // Compute the source for a given time and a given point.
   double Diffusion::get_source(double time,const Point<2> &point) const
   {
     const double pi = 3.14159265358979323846;
@@ -246,15 +258,16 @@ namespace Step52
 
 
 
+  // @sect5{<code>Diffusion:evaluate_diffusion</code>}
+  //
+  // Evaluate the weak form of the diffusion equation at a given time t and for a given vector y.
   Vector<double> Diffusion::evaluate_diffusion(const double time, const Vector<double> &y) const
   {
     Vector<double> tmp(dof_handler.n_dofs());
     tmp = 0.;
-    // Compute system_matrix*y
+    // Compute $tmp=system\_matrix\cdot y$.
     system_matrix.vmult(tmp,y);
 
-
-    // Compute the source term
     const QGauss<2> quadrature_formula(fe_degree+1);
 
     FEValues<2> fe_values(fe, quadrature_formula,
@@ -300,7 +313,9 @@ namespace Step52
   }
 
 
-
+  // @sect5{<code>Diffusion::id_minus_tau_J_inverse</code>}
+  //
+  // We compute $\left(M-\tau \frac{\partial f}{\partial y}\right)^{-1} M$.
   Vector<double> Diffusion::id_minus_tau_J_inverse(const double time, const double tau, 
       const Vector<double> &y)
   {
@@ -308,10 +323,17 @@ namespace Step52
     Vector<double> result(y);
     SparseDirectUMFPACK inverse_mass_minus_tau_Jacobian;
 
+    // Compute $M-\tau \frac{\partial f}{\partial y}$.
     mass_minus_tau_Jacobian.copy_from(mass_matrix);
     mass_minus_tau_Jacobian.add(-tau,system_matrix);
+    
+    // Inverse the matrix to get  $\left(M-\tau \frac{\partial f}{\partial y}\right)^{-1}$.
     inverse_mass_minus_tau_Jacobian.initialize(mass_minus_tau_Jacobian);
+
+    // Compute $tmp=My$.
     mass_matrix.vmult(tmp,y);
+
+    // Compute $\left(M-\tau \frac{\partial f}{\partial y}\right)^{-1} tmp = \left(M-\tau \frac{\partial f}{\partial y}\right)^{-1} My$.
     inverse_mass_minus_tau_Jacobian.vmult(result,tmp);
 
     return result;
@@ -319,6 +341,9 @@ namespace Step52
 
 
 
+  // @sect5{<code>Diffusion::output_results}
+  //
+  // We output the solution in vtu files.
   void Diffusion::output_results(unsigned int time_step,TimeStepping::runge_kutta_method method) const
   {
     std::string method_name;
@@ -401,7 +426,7 @@ namespace Step52
   }
 
 
-
+  // @sect5{<code>Diffusion::explicit_method</code>}
   void Diffusion::explicit_method(TimeStepping::runge_kutta_method method,
                                   const unsigned int                n_time_steps,
                                   const double                      initial_time,
@@ -415,7 +440,7 @@ namespace Step52
     output_results(0,method);
     for (unsigned int i=0; i<n_time_steps; ++i)
     {
-      // Because we use a member function, we need to bind this to the
+      // Because we use a member function, we need to bind $this$ to the
       // function.
       time = explicit_runge_kutta.evolve_one_time_step(
           std_cxx1x::bind(&Diffusion::evaluate_diffusion,this,std_cxx1x::_1,std_cxx1x::_2),
@@ -429,6 +454,7 @@ namespace Step52
 
 
 
+  // @sect5{<code>Diffusion::implicit_method</code>}
   void Diffusion::implicit_method(TimeStepping::runge_kutta_method method,
                                   const unsigned int               n_time_steps,
                                   const double                     initial_time,
@@ -442,7 +468,7 @@ namespace Step52
     output_results(0,method);
     for (unsigned int i=0; i<n_time_steps; ++i)
     {
-      // Because we use a member function, we need to bind this to the
+      // Because we use a member function, we need to bind $this$ to the
       // function.
       time = implicit_runge_kutta.evolve_one_time_step(
           std_cxx1x::bind(&Diffusion::evaluate_diffusion,this,std_cxx1x::_1,std_cxx1x::_2),
@@ -458,6 +484,7 @@ namespace Step52
 
 
 
+  // @sect5{<code>Diffusion::embedded_explicit_method</code>}
   unsigned int Diffusion::embedded_explicit_method(TimeStepping::runge_kutta_method method,
                                                    const unsigned int n_time_steps,
                                                    const double initial_time,
@@ -487,11 +514,11 @@ namespace Step52
     unsigned int n_steps=0;
     while (time<final_time)
     {
-      // Choose the last time step to reach final_time.
+      // Choose the last time step to exactly reach the final time.
       if (time+time_step>final_time)
         time_step = final_time-time;
 
-      // Because we use a member function, we need to bind this to the
+      // Because we use a member function, we need to bind $this$ to the
       // function.
       time = embedded_explicit_runge_kutta.evolve_one_time_step(
           std_cxx1x::bind(&Diffusion::evaluate_diffusion,this,std_cxx1x::_1,std_cxx1x::_2),
@@ -501,7 +528,7 @@ namespace Step52
       if ((n_steps+1)%10==0)
         output_results(n_steps+1,method);
 
-      // Update the time step
+      // Update the time step.
       time_step = embedded_explicit_runge_kutta.get_status().delta_t_guess;
       ++n_steps;
     }
@@ -511,14 +538,15 @@ namespace Step52
 
 
 
+  // @sect5{<code>Diffusion::run</code>}
   void Diffusion::run()
   {
-    // Create the grid (a square [0,5]x[0,5]) and refine the mesh four times.
-    // The final gird has 16 times 16 cells, for a total of 256.
+    // Create the grid (a [0,5]x[0,5] square) and refine the mesh four times.
+    // The final grid has 16 by 16 cells, for a total of 256.
     GridGenerator::hyper_cube(triangulation, 0., 5.);
     triangulation.refine_global(4);
 
-    // Set the boundary indicator for x=0 and x=5 to 1
+    // Set the boundary indicator for x=0 and x=5 to 1.
     typename Triangulation<2>::active_cell_iterator
     cell = triangulation.begin_active(),
     endc = triangulation.end();
@@ -542,56 +570,58 @@ namespace Step52
     const double initial_time = 0.;
     const double final_time = 10.;
 
-    // Use forward Euler
+    // Use forward Euler.
     explicit_method(TimeStepping::FORWARD_EULER,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Forward Euler error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
-    // Use third order Runge-Kutta
+    // Use third order Runge-Kutta.
     explicit_method(TimeStepping::RK_THIRD_ORDER,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Third order Runge-Kutta error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
-    // Use fourth order Runge-Kutta
+    // Use fourth order Runge-Kutta.
     explicit_method(TimeStepping::RK_CLASSIC_FOURTH_ORDER,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Fourth order Runge-Kutta error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
 
 
-    // Use backward Euler
+    // Use backward Euler.
     implicit_method(TimeStepping::BACKWARD_EULER,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Backward Euler error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
-    // Use implicit midpoint
+    // Use implicit midpoint.
     implicit_method(TimeStepping::IMPLICIT_MIDPOINT,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Implicit Midpoint error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
-    // Use Crank-NICOLSON
+    // Use Crank-Nicolson.
     implicit_method(TimeStepping::CRANK_NICOLSON,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Crank-Nicolson error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
-    // Use two stages SDIRK
+    // Use two stages SDIRK.
     implicit_method(TimeStepping::SDIRK_TWO_STAGES,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"SDIRK error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
 
     
-    // Use Heun-Euler
+    // Use Heun-Euler.
     n_steps = embedded_explicit_method(TimeStepping::HEUN_EULER,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Heun-Euler error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
     std::cout<<"Number of steps done: "<<n_steps<<std::endl;
-    // Use Bogacki-Shampine
+    // Use Bogacki-Shampine.
     n_steps = embedded_explicit_method(TimeStepping::BOGACKI_SHAMPINE,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Bogacki-Shampine error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
     std::cout<<"Number of steps done: "<<n_steps<<std::endl;
-    // Use Dopri
+    // Use Dopri.
     n_steps = embedded_explicit_method(TimeStepping::DOPRI,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Dopri error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
     std::cout<<"Number of steps done: "<<n_steps<<std::endl;
-    // Use Fehlberg
+    // Use Fehlberg.
     n_steps = embedded_explicit_method(TimeStepping::FEHLBERG,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Fehlberg error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
     std::cout<<"Number of steps done: "<<n_steps<<std::endl;
-    // Use Cash-Karp
+    // Use Cash-Karp.
     n_steps = embedded_explicit_method(TimeStepping::CASH_KARP,n_time_steps,initial_time,final_time);
     std::cout<<"Cash-Karp error: "<<solution.l2_norm()<<std::endl;
     std::cout<<"Number of steps done: "<<n_steps<<std::endl;
   }
 }
+                     
 
 
-
+// @sect3{The <code>main()</code> function}
+//
 // The following <code>main</code> function is similar to previous examples as
 // well, and need not be commented on.
 int main ()
index 8845a5071e8520f02a0e6599a4f2b33c9d130522..9d67972c95e904e2bb3de876ae2923748de4ffd1 100644 (file)
@@ -36,116 +36,171 @@ DEAL_II_NAMESPACE_OPEN
  * for long enough, then change to a map.
  */
 class AnyData :
-   public Subscriptor
+  public Subscriptor
 {
-  public:
-    /// Default constructor for empty object
-    AnyData();
-    
-    /// Number of stored data objects.
-    unsigned int size() const;
-    
-    /// Add a new data object
-    template <typename type>
-    void add(type entry, const std::string& name);
-  
-    /**
-     * @brief Merge the data of another NamedData to the end of this object.
-     */
-    void merge(const AnyData& other);
-
-    /**
-     * @brief Access to stored data object by name.
-     *
-     * Find the object with given name, try to convert it to
-     * <tt>type</tt> and return it. This function throws an exception
-     * if either the name does not exist or if the conversion
-     * fails. If such an exception is not desired, use try_read()
-     * instead.
-     */
-    template <typename type>
-    type entry (const std::string& name);
-
-    /**
-     * @brief Read-only access to stored data object by name.
-     *
-     * Find the object with given name, try to convert it to
-     * <tt>type</tt> and return it. This function throws an exception
-     * if either the name does not exist or if the conversion
-     * fails. If such an exception is not desired, use try_read()
-     * instead.
-     */
-    template <typename type>
-    const type entry (const std::string& name) const;
-
-    /**
-     * @brief Dedicated read only access by name.
-     *
-     * For a constant object, this function equals entry(). For a
-     * non-const object, it forces read only access to the data. In
-     * particular, it throws an exception if the object is not found
-     * or cannot be converted to type.  If such an exception is not
-     * desired, use try_read() instead.
-     */
-    template <typename type>
-    const type read (const std::string& name) const;
-    
-    /**
-     * @brief Dedicated read only access by name without exceptions.
-     *
-     * This function tries to find the name in the list and return a
-     * pointer to the associated object. If either the name is not
-     * found or the object cannot be converted to the return type, a
-     * null pointer is returned.
-     */
-    template <typename type>
-    const type * try_read (const std::string& name) const;
-    
+public:
+  /// Default constructor for empty object
+  AnyData();
+
+  /// Number of stored data objects.
+  unsigned int size() const;
+
+  /// Add a new data object
+  template <typename type>
+  void add(type entry, const std::string &name);
+
+  /**
+   * @brief Merge the data of another NamedData to the end of this object.
+   */
+  void merge(const AnyData &other);
+
+  /**
+   * @brief Access to stored data object by name.
+   *
+   * Find the object with given name, try to convert it to
+   * <tt>type</tt> and return it. This function throws an exception
+   * if either the name does not exist or if the conversion
+   * fails. If such an exception is not desired, use try_read()
+   * instead.
+   */
+  template <typename type>
+  type entry (const std::string &name);
+
+  /**
+   * @brief Read-only access to stored data object by name.
+   *
+   * Find the object with given name, try to convert it to
+   * <tt>type</tt> and return it. This function throws an exception
+   * if either the name does not exist or if the conversion
+   * fails. If such an exception is not desired, use try_read()
+   * instead.
+   */
+  template <typename type>
+  const type entry (const std::string &name) const;
+
+  /**
+   * @brief Dedicated read only access by name.
+   *
+   * For a constant object, this function equals entry(). For a
+   * non-const object, it forces read only access to the data. In
+   * particular, it throws an exception if the object is not found
+   * or cannot be converted to type.  If such an exception is not
+   * desired, use try_read() instead.
+   *
+   * @warning Do not use this function for stored objects which are
+   * pointers. Use read_ptr() instead!
+   */
+  template <typename type>
+  const type read (const std::string &name) const;
+
+  /**
+   * @brief Dedicated read only access by name for pointer data.
+   *
+   * If the stored data object is a pointer to a constant object, the logic
+   * of access becomes fairly complicated. Namely, the standard read
+   * function may fail, depending on whether it was a const pointer
+   * or a regular pointer. This function fixes the logic and
+   * ascertains that the object does not become mutable by accident.
+   */
+  template <typename type>
+  const type *read_ptr (const std::string &name) const;
+
+  /**
+   * Perform the same action as read_ptr(), but do not throw an
+   * exception if the pointer does not exist. Return a null pointer
+   * instead.
+   */
+  template <typename type>
+  const type *try_read_ptr (const std::string &name) const;
+
+  /**
+   * @brief Dedicated read only access by name without exceptions.
+   *
+   * This function tries to find the name in the list and return a
+   * pointer to the associated object. If either the name is not
+   * found or the object cannot be converted to the return type, a
+   * null pointer is returned.
+   */
+  template <typename type>
+  const type *try_read (const std::string &name) const;
+
   /**
    * Access to stored data object by index.
    */
-    template <typename type>
-    type entry (const unsigned int i);
-
-    /// Read-only access to stored data object by index.
-    template <typename type>
-    const type entry (const unsigned int i) const;
-
-    /// Dedicated read only access.
-    template <typename type>
-    const type read (const unsigned int i) const;
-    
-    /// Name of object at index.
-    const std::string &name(const unsigned int i) const;
-
-    /**
-     * @brief Find index of a named object
-     *
-     * Try to find the objecty and return its index in the list. Throw
-     * an exception if the object has not been found.
-     */
-    unsigned int find(const std::string &name) const;
-
-    /// Find out if object is of a certain type
-    template <typename type>
-    bool is_type(const unsigned int i) const;
-
-    /// Conversion from old NamedData
-    template <typename type>
-    AnyData(const NamedData<type>&);
-    
-    /// The requested type and the stored type are different
+  template <typename type>
+  type entry (const unsigned int i);
+
+  /// Read-only access to stored data object by index.
+  template <typename type>
+  const type entry (const unsigned int i) const;
+
+  /// Dedicated read only access.
+  template <typename type>
+  const type read (const unsigned int i) const;
+
+  /// Dedicated read only access to pointer object.
+  template <typename type>
+  const type *read_ptr (const unsigned int i) const;
+
+  /// Dedicated read only access to pointer object without exception.
+  template <typename type>
+  const type *try_read_ptr (const unsigned int i) const;
+
+  /// Dedicated read only access without exception.
+  template <typename type>
+  const type *try_read (const unsigned int i) const;
+
+  /// Name of object at index.
+  const std::string &name(const unsigned int i) const;
+
+  /**
+   * @brief Find index of a named object
+   *
+   * Try to find the objecty and return its index in the list. Throw
+   * an exception if the object has not been found.
+   */
+  unsigned int find(const std::string &name) const;
+
+  /**
+   * @brief Try to find index of a named object
+   *
+   * Try to find the objecty and return its index in the
+   * list. returns numbers::invalid_unsigned_int if the name was not
+   * found.
+   */
+  unsigned int try_find(const std::string &name) const;
+
+  /// Find out if object is of a certain type
+  template <typename type>
+  bool is_type(const unsigned int i) const;
+
+  /// Conversion from old NamedData
+  template <typename type>
+  AnyData(const NamedData<type> &);
+
+  /// An entry with this name does not exist in the AnyData object.
+  DeclException1(ExcNameNotFound, std::string &,
+                 << "No entry with the name " << arg1 << " exists");
+
+  /// The requested type and the stored type are different
   DeclException2(ExcTypeMismatch,
-                char*, char*,
-                << "The requested type " << arg1
-                << " and the stored type " << arg2
-                << " must coincide");
-  
-  private:
-    /// The stored data
-    std::vector<boost::any> data;
-    /// The names of the stored data
-    std::vector<std::string> names;
+                 char *, char *,
+                 << "The requested type " << arg1
+                 << " and the stored type " << arg2
+                 << " must coincide");
+
+  /**
+   * Exception indicating that a function expected a vector to have a
+   * certain name, but NamedData had a different name in that
+   * position.
+   */
+  DeclException2(ExcNameMismatch, int, std::string,
+                 << "Name at position " << arg1 << " is not equal to " << arg2);
+private:
+  /// The stored data
+  std::vector<boost::any> data;
+  /// The names of the stored data
+  std::vector<std::string> names;
 };
 
 
@@ -156,9 +211,9 @@ AnyData::AnyData()
 
 template <typename type>
 inline
-AnyData::AnyData(const NamedData<type>other)
+AnyData::AnyData(const NamedData<type> &other)
 {
-  for (unsigned int i=0;i<other.size();++i)
+  for (unsigned int i=0; i<other.size(); ++i)
     add(other(i), other.name(i));
 }
 
@@ -178,9 +233,9 @@ type
 AnyData::entry (const unsigned int i)
 {
   AssertIndexRange(i, size());
-  typep = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  type *p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
   Assert(p != 0,
-        ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
+         ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
   return *p;
 }
 
@@ -191,9 +246,11 @@ const type
 AnyData::entry (const unsigned int i) const
 {
   AssertIndexRange(i, size());
-  const type* p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  const type *p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  if (p==0 )
+    p = boost::any_cast<const type>(&data[i]);
   Assert(p != 0,
-        ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
+         ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
   return *p;
 }
 
@@ -204,15 +261,58 @@ const type
 AnyData::read(const unsigned int i) const
 {
   AssertIndexRange(i, size());
-  const type* p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  const type *p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  if (p==0)
+    p = boost::any_cast<const type>(&data[i]);
   Assert(p != 0,
-        ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
+         ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
   return *p;
 }
 
 
+template <typename type>
 inline
-const std::string&
+const type *
+AnyData::read_ptr(const unsigned int i) const
+{
+  AssertIndexRange(i, size());
+  const type *const *p = boost::any_cast<type *>(&data[i]);
+  if (p==0)
+    p = boost::any_cast<const type *>(&data[i]);
+  Assert(p != 0,
+         ExcTypeMismatch(typeid(type *).name(),data[i].type().name()));
+  return *p;
+}
+
+
+template <typename type>
+inline
+const type *
+AnyData::try_read_ptr(const unsigned int i) const
+{
+  AssertIndexRange(i, size());
+  const type *const *p = boost::any_cast<type *>(&data[i]);
+  if (p==0)
+    p = boost::any_cast<const type *>(&data[i]);
+  return *p;
+}
+
+
+template <typename type>
+inline
+const type *
+AnyData::try_read(const unsigned int i) const
+{
+  AssertIndexRange(i, size());
+  const type *p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  if (p==0)
+    p = boost::any_cast<const type>(&data[i]);
+  return p;
+}
+
+
+inline
+const std::string &
 AnyData::name(const unsigned int i) const
 {
   AssertIndexRange(i, size());
@@ -222,17 +322,29 @@ AnyData::name(const unsigned int i) const
 
 inline
 unsigned int
-AnyData::find(const std::string& n) const
+AnyData::try_find(const std::string &n) const
 {
   std::vector<std::string>::const_iterator it =
     std::find(names.begin(), names.end(), n);
-  
-  Assert(it != names.end(), ExcMessage("An entry with this name does not exist"));
-  
+
+  if (it == names.end())
+    return numbers::invalid_unsigned_int;
+
   return it - names.begin();
 }
 
 
+inline
+unsigned int
+AnyData::find(const std::string &n) const
+{
+  const unsigned int i = try_find(n);
+  Assert(i != numbers::invalid_unsigned_int, ExcNameNotFound(n));
+
+  return i;
+}
+
+
 template <typename type>
 inline
 bool
@@ -245,12 +357,12 @@ AnyData::is_type(const unsigned int i) const
 template <typename type>
 inline
 type
-AnyData::entry (const std::stringn)
+AnyData::entry (const std::string &n)
 {
   const unsigned int i = find(n);
-  typep = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  type *p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
   Assert(p != 0,
-        ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
+         ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
   return *p;
 }
 
@@ -258,12 +370,12 @@ AnyData::entry (const std::string& n)
 template <typename type>
 inline
 const type
-AnyData::entry (const std::stringn) const
+AnyData::entry (const std::string &n) const
 {
   const unsigned int i = find(n);
-  const typep = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  const type *p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
   Assert(p != 0,
-        ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
+         ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
   return *p;
 }
 
@@ -271,20 +383,51 @@ AnyData::entry (const std::string& n) const
 template <typename type>
 inline
 const type
-AnyData::read(const std::string& n) const
+AnyData::read(const std::string &n) const
+{
+  const unsigned int i = find(n);
+  const type *p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  Assert(p != 0,
+         ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
+  return *p;
+}
+
+
+template <typename type>
+inline
+const type *
+AnyData::read_ptr(const std::string &n) const
 {
   const unsigned int i = find(n);
-  const type* p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  const type *const *p = boost::any_cast<type *>(&data[i]);
+  if (p==0)
+    p = boost::any_cast<const type *>(&data[i]);
   Assert(p != 0,
-        ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
+         ExcTypeMismatch(typeid(type).name(),data[i].type().name()));
+  return *p;
+}
+
+
+template <typename type>
+inline
+const type *
+AnyData::try_read_ptr(const std::string &n) const
+{
+  const unsigned int i = try_find(n);
+  if (i == numbers::invalid_unsigned_int)
+    return 0;
+
+  const type *const *p = boost::any_cast<type *>(&data[i]);
+  if (p==0)
+    p = boost::any_cast<const type *>(&data[i]);
   return *p;
 }
 
 
 template <typename type>
 inline
-const type*
-AnyData::try_read(const std::stringn) const
+const type *
+AnyData::try_read(const std::string &n) const
 {
   // Try to find name
   std::vector<std::string>::const_iterator it =
@@ -295,7 +438,7 @@ AnyData::try_read(const std::string& n) const
 
   // Compute index and return casted pointer
   unsigned int i=it-names.begin();
-  const typep = boost::any_cast<type>(&data[i]);
+  const type *p = boost::any_cast<type>(&data[i]);
   return p;
 }
 
@@ -303,7 +446,7 @@ AnyData::try_read(const std::string& n) const
 template <typename type>
 inline
 void
-AnyData::add(type ent, const std::stringn)
+AnyData::add(type ent, const std::string &n)
 {
   boost::any e = ent;
   data.push_back(e);
@@ -313,7 +456,7 @@ AnyData::add(type ent, const std::string& n)
 
 inline
 void
-AnyData::merge(const AnyDataother)
+AnyData::merge(const AnyData &other)
 {
   for (unsigned int i=0; i<other.size(); ++i)
     {
index 97ac90b4db228f9dcfcd76715f5f0b4697b759b7..2d2e162feb02d698529db56ad2146bc566dd6617 100644 (file)
@@ -79,15 +79,19 @@ namespace Algorithms
     Newton (Operator<VECTOR> &residual, Operator<VECTOR> &inverse_derivative);
 
     /**
-     * Declare the parameters
-     * applicable to Newton's method.
+     * Declare the parameters applicable to Newton's method.
      */
-    void declare_parameters (ParameterHandler &param);
+    static void declare_parameters (ParameterHandler &param);
 
     /**
-     * Read the parameters.
+     * Read the parameters in the ParameterHandler.
      */
-    void initialize (ParameterHandler &param);
+    void parse_parameters (ParameterHandler &param);
+
+    /**
+     * @deprecated Use parse_parameters().
+     */
+    void initialize (ParameterHandler &param) DEAL_II_DEPRECATED;
 
     /**
      * Initialize the pointer
@@ -111,7 +115,7 @@ namespace Algorithms
     /**
      * @deprecated Use the function using AnyData
      */
-    virtual void operator() (NamedData<VECTOR*> &out, const NamedData<VECTOR*> &in);
+    virtual void operator() (NamedData<VECTOR *> &out, const NamedData<VECTOR *> &in);
 
     virtual void notify(const Event &);
 
index acb61f4712c1c43a719eb231a2a568bd0381c7ba..9e3d62466d316f11cf9775a4ef082fdd2309948a 100644 (file)
@@ -55,7 +55,7 @@ namespace Algorithms
 
   template <class VECTOR>
   void
-  Newton<VECTOR>::initialize (ParameterHandler &param)
+  Newton<VECTOR>::parse_parameters (ParameterHandler &param)
   {
     param.enter_subsection("Newton");
     control.parse_parameters (param);
@@ -65,6 +65,13 @@ namespace Algorithms
     param.leave_subsection ();
   }
 
+  template <class VECTOR>
+  void
+  Newton<VECTOR>::initialize (ParameterHandler &param)
+  {
+    parse_parameters(param);
+  }
+
   template <class VECTOR>
   void
   Newton<VECTOR>::initialize (OutputOperator<VECTOR> &output)
@@ -80,7 +87,7 @@ namespace Algorithms
     inverse_derivative->notify(e);
   }
 
-  
+
   template <class VECTOR>
   double
   Newton<VECTOR>::threshold(const double thr)
@@ -89,8 +96,8 @@ namespace Algorithms
     assemble_threshold = thr;
     return t;
   }
-  
-  
+
+
   template <class VECTOR>
   void
   Newton<VECTOR>::operator() (NamedData<VECTOR *> &out, const NamedData<VECTOR *> &in)
@@ -105,7 +112,7 @@ namespace Algorithms
     Assert (out.size() == 1, ExcNotImplemented());
     deallog.push ("Newton");
 
-    VECTOR &u = *out.entry<VECTOR*>(0);
+    VECTOR &u = *out.entry<VECTOR *>(0);
 
     if (debug>2)
       deallog << "u: " << u.l2_norm() << std::endl;
@@ -117,14 +124,14 @@ namespace Algorithms
     res->reinit(u);
     AnyData src1;
     AnyData src2;
-    src1.add<const VECTOR*>(&u, "Newton iterate");
+    src1.add<const VECTOR *>(&u, "Newton iterate");
     src1.merge(in);
-    src2.add<const VECTOR*>(res, "Newton residual");
+    src2.add<const VECTOR *>(res, "Newton residual");
     src2.merge(src1);
     AnyData out1;
-    out1.add<VECTOR*>(res, "Residual");
+    out1.add<VECTOR *>(res, "Residual");
     AnyData out2;
-    out2.add<VECTOR*>(Du, "Update");
+    out2.add<VECTOR *>(Du, "Update");
 
     unsigned int step = 0;
     // fill res with (f(u), v)
index 6254d35019dd67b5ee084a3b6ef690bc0554e1f6..2f5e935127fd5b0fc77addb1279338939b68038f 100644 (file)
@@ -103,7 +103,7 @@ namespace Algorithms
      * of reassembling the matrix.
      */
     Event notifications;
-    
+
   };
 
   /**
@@ -141,7 +141,7 @@ namespace Algorithms
   {
   public:
     Operator();
-    
+
     /**
      * Implementation of the function in the base class in order to do
      * compatibility conversions between the old and the new
@@ -157,6 +157,11 @@ namespace Algorithms
      */
     virtual void operator() (NamedData<VECTOR *> &out, const NamedData<VECTOR *> &in);
 
+    /**
+     * Set this true to avoid compatibility warnings.
+     */
+    bool silent_compatibility;
+
   private:
     /**
      * While we are providing compatibility functions to the old
@@ -198,12 +203,12 @@ namespace Algorithms
     /**
      * Output all the vectors in AnyData.
      */
-    virtual OutputOperator<VECTOR> &operator<< (const AnyDatavectors);
-    
+    virtual OutputOperator<VECTOR> &operator<< (const AnyData &vectors);
+
     /**
      * @deprecated Output all the vectors in NamedData.
      */
-    virtual OutputOperator<VECTOR> &operator<< (const NamedData<VECTOR *> &vectors);
+    OutputOperator<VECTOR> &operator<< (const NamedData<VECTOR *> &vectors);
   protected:
     unsigned int step;
   private:
index e90d771c541b188b864e48ec020da31ba8a570ca..0c1ee9d6cd5a9d9f2db4ce64960077a4e35c53a1 100644 (file)
@@ -24,56 +24,56 @@ namespace Algorithms
 {
   template <class VECTOR>
   Operator<VECTOR>::Operator()
-    : compatibility_flag(false)
+    : silent_compatibility(false), compatibility_flag(false)
   {}
 
 
   template <class VECTOR>
   void
-  Operator<VECTOR>::operator() (AnyData& out, const AnyData& in)
+  Operator<VECTOR>::operator() (AnyData &out, const AnyData &in)
   {
     // Had this function been overloaded in a derived clas, it would
     // not have been called. Therefore, we have to start the
     // compatibility engine. But before, we have to avoid an endless loop.
     Assert(!compatibility_flag, ExcMessage("Compatibility resolution of Operator generates and endless loop\n"
-                                          "Please provide an operator() in a derived class"));
+                                           "Please provide an operator() in a derived class"));
     compatibility_flag = true;
-    
-    NamedData<VECTOR*> new_out;
-    for (unsigned int i=0;i<out.size();++i)
+
+    NamedData<VECTOR *> new_out;
+    for (unsigned int i=0; i<out.size(); ++i)
       {
-       if (out.is_type<VECTOR*>(i))
-         new_out.add(out.entry<VECTOR*>(i), out.name(i));
-       else
-         deallog << "Cannot convert AnyData argument " << out.name(i) << " to NamedData"
-                 << std::endl;
+        if (out.is_type<VECTOR *>(i))
+          new_out.add(out.entry<VECTOR *>(i), out.name(i));
+        else if (!silent_compatibility)
+          deallog << "Cannot convert AnyData argument " << out.name(i) << " to NamedData"
+                  << std::endl;
       }
-    
-    NamedData<VECTOR*> new_in;
-    for (unsigned int i=0;i<in.size();++i)
+
+    NamedData<VECTOR *> new_in;
+    for (unsigned int i=0; i<in.size(); ++i)
       {
-       //      deallog << "Convert " << in.name(i) << std::endl;
-       if (in.is_type<VECTOR*>(i))
-         {
-           // This const cast is due to the wrong constness handling
-           // in NamedData. As soon as NamedData is gone, this code
-           // will not be necessary anymore. And deprecating begins
-           // now.
-           VECTOR* p = const_cast<VECTOR*> (in.entry<VECTOR*>(i));
-           new_in.add(p, in.name(i));
-         }
-       else if (in.is_type<const VECTOR*>(i))
-         {
-           // This const cast is due to the wrong constness handling
-           // in NamedData. As soon as NamedData is gone, this code
-           // will not be necessary anymore. And deprecating begins
-           // now.
-           VECTOR* p = const_cast<VECTOR*> (in.entry<const VECTOR*>(i));
-           new_in.add(p, in.name(i));
-         }
-       else
-         deallog << "Cannot convert AnyData argument " << in.name(i)
-                 << " to NamedData" << std::endl;
+        //  deallog << "Convert " << in.name(i) << std::endl;
+        if (in.is_type<VECTOR *>(i))
+          {
+            // This const cast is due to the wrong constness handling
+            // in NamedData. As soon as NamedData is gone, this code
+            // will not be necessary anymore. And deprecating begins
+            // now.
+            VECTOR *p = const_cast<VECTOR *> (in.entry<VECTOR *>(i));
+            new_in.add(p, in.name(i));
+          }
+        else if (in.is_type<const VECTOR *>(i))
+          {
+            // This const cast is due to the wrong constness handling
+            // in NamedData. As soon as NamedData is gone, this code
+            // will not be necessary anymore. And deprecating begins
+            // now.
+            VECTOR *p = const_cast<VECTOR *> (in.entry<const VECTOR *>(i));
+            new_in.add(p, in.name(i));
+          }
+        else if (!silent_compatibility)
+          deallog << "Cannot convert AnyData argument " << in.name(i)
+                  << " to NamedData" << std::endl;
       }
     this->operator() (new_out, new_in);
     compatibility_flag = false;
@@ -82,21 +82,21 @@ namespace Algorithms
 
   template <class VECTOR>
   void
-  Operator<VECTOR>::operator() (NamedData<VECTOR*>& out, const NamedData<VECTOR*>& in)
+  Operator<VECTOR>::operator() (NamedData<VECTOR *> &out, const NamedData<VECTOR *> &in)
   {
     // Had this function been overloaded in a derived clas, it would
     // not have been called. Therefore, we have to start the
     // compatibility engine. But before, we have to avoid an endless loop.
     Assert(!compatibility_flag, ExcMessage("Compatibility resolution of Operator generates and endless loop\n"
-                                          "Please provide an operator() in a derived class"));
+                                           "Please provide an operator() in a derived class"));
     compatibility_flag = true;
-    
+
     AnyData new_out;
-    for (unsigned int i=0;i<out.size();++i)
+    for (unsigned int i=0; i<out.size(); ++i)
       new_out.add(out(i), out.name(i));
 
     AnyData new_in;
-    for (unsigned int i=0;i<in.size();++i)
+    for (unsigned int i=0; i<in.size(); ++i)
       new_in.add(in(i), in.name(i));
 
     this->operator() (new_out, new_in);
@@ -122,60 +122,45 @@ namespace Algorithms
 
   template <class VECTOR>
   OutputOperator<VECTOR> &
-  OutputOperator<VECTOR>::operator<< (const AnyDatavectors)
+  OutputOperator<VECTOR>::operator<< (const AnyData &vectors)
   {
     if (os == 0)
       {
-        //TODO: make this possible
-        //deallog << ' ' << step;
-        //for (unsigned int i=0;i<vectors.size();++i)
-        //  vectors(i)->print(deallog);
-        //deallog << std::endl;
+        deallog << "Step " << step << std::endl;
+        for (unsigned int i=0; i<vectors.size(); ++i)
+          {
+            const VECTOR *v = vectors.try_read_ptr<VECTOR>(i);
+            if (v == 0) continue;
+            deallog << vectors.name(i);
+            for (unsigned int j=0; j<v->size(); ++j)
+              deallog << ' ' << (*v)(j);
+            deallog << std::endl;
+          }
+        deallog << std::endl;
       }
     else
       {
         (*os) << ' ' << step;
         for (unsigned int i=0; i<vectors.size(); ++i)
-         {
-           if (vectors.is_type<VECTOR*>(i))
-             {
-               const VECTOR& v = *vectors.entry<VECTOR*>(i);
-               for (unsigned int j=0; j<v.size(); ++j)
-                 (*os) << ' ' << v(j);
-             }
-           else if (vectors.is_type<const VECTOR*>(i))
-             {
-               const VECTOR& v = *vectors.entry<const VECTOR*>(i);
-               for (unsigned int j=0; j<v.size(); ++j)
-                 (*os) << ' ' << v(j);
-             }
-         }
+          {
+            const VECTOR *v = vectors.try_read_ptr<VECTOR>(i);
+            if (v == 0) continue;
+            for (unsigned int j=0; j<v->size(); ++j)
+              (*os) << ' ' << (*v)(j);
+            (*os) << std::endl;
+          }
         (*os) << std::endl;
       }
     return *this;
   }
-  
+
 
   template <class VECTOR>
   OutputOperator<VECTOR> &
   OutputOperator<VECTOR>::operator<< (const NamedData<VECTOR *> &vectors)
   {
-    if (os == 0)
-      {
-        //TODO: make this possible
-        //deallog << ' ' << step;
-        //for (unsigned int i=0;i<vectors.size();++i)
-        //  vectors(i)->print(deallog);
-        //deallog << std::endl;
-      }
-    else
-      {
-        (*os) << ' ' << step;
-        for (unsigned int i=0; i<vectors.size(); ++i)
-          for (unsigned int j=0; j<vectors(i)->size(); ++j)
-            (*os) << ' ' << (*vectors(i))(j);
-        (*os) << std::endl;
-      }
+    const AnyData newdata = vectors;
+    (*this) << newdata;
     return *this;
   }
 }
index e6bb52410afb2e940ab78e9b4e95ca4d34c163a5..ff6262cbab98237a9e9597d9763e9ccf541e80d9 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 // ---------------------------------------------------------------------
 // $Id$
 //
-// Copyright (C) 2010 - 2013 by the deal.II authors
+// Copyright (C) 2010 - 2014 by the deal.II authors
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 // This file is part of the deal.II library.
 //
@@ -114,7 +114,7 @@ namespace Algorithms
    * communicate the current time step information through AnyData as
    * well. Therefore, the AnyData objects handed as input to
    * #op_explicit and #op_implicit contain two entries of type
-   * <tt>const double</tt> reference named "Time" and "Timestep". Note
+   * <tt>const double*</tt> named "Time" and "Timestep". Note
    * that "Time" refers to the time at the beginning of the current
    * step for #op_explicit and at the end for #op_implicit,
    * respectively.
@@ -140,7 +140,7 @@ namespace Algorithms
    * @until End of declarations
    *
    * These operators will be implemented after the main program. But let
-   * us look at how they get used. First, let us define a matrix to be
+   * us look first at how they get used. First, let us define a matrix to be
    * used for our system and also an OutputOperator in order to write
    * the data of each timestep to a file.
    *
@@ -148,10 +148,9 @@ namespace Algorithms
    * @until out.initialize
    *
    * Now we create objects for the implicit and explicit parts of the
-   * steps as well as the ThetaTimestepping itself. Notice how the
-   * TimestepData of ThetaTimestepping gets forwarded to the inner
-   * operators. There are two different data objects, because the
-   * timestep size is modified by #theta.
+   * steps as well as the ThetaTimestepping itself. We initialize the
+   * timestepping with the output operator in order to be able to see
+   * the output in every step.
    *
    * @until set_output
    *
@@ -159,29 +158,47 @@ namespace Algorithms
    * is filled with the initial value and is also the vector where the
    * solution at each timestep will be. Because the interface of
    * Operator has to be able to handle several vectors, we need to store
-   * it in a NamedData object. Notice, that we need to create the
-   * intermediate pointer <tt>p</tt>. If we would use
-   * <code>&value</code> directly in the <code>add</code> function, the
-   * resulting object would be constant.
+   * it in an AnyData object. Since our problem has no additional
+   * parameters, the input AnyData object remains empty.
    *
    * @until add
    *
-   * Finally, we are ready to tell the solver, that we are looknig at
+   * Finally, we are ready to tell the solver, that we are starting at
    * the initial timestep and run it.
    *
-   * @until outdata
-   * @skip Explicit::initialize
+   * @until }
+   *
+   * First the constructor, which simply copies the system matrix into
+   * the member pointer for later use.
+   *
+   * @skip Explicit::
+   * @until }
    *
    * Now we need to study the application of the implicit and explicit
    * operator. We assume that the pointer <code>matrix</code> points to
-   * the matrix created in the main program, and that
-   * <code>timestep_data</code> points to the correct data object of
-   * ThetaTimestepping.
+   * the matrix created in the main program (the constructor did this
+   * for us). Here, we first get the time step size from the AnyData
+   * object that was provided as input. Then, if we are in the first
+   * step or if the timestep has changed, we fill the local matrix
+   * <tt>m</tt>, such that with the given matrix \f$M\f$, it becomes
+   * \f[
+   * m = I - \Delta t M.
+   * \f]
+   * After we have worked off the notifications, we clear them, such
+   * that the matrix is only generated when necessary.
    *
    * @skipline void
-   * @until vmult
+   * @until clear
+   *
+   * Now we multiply the input vector with the new matrix and store on output.
+   *
    * @until }
+   * The code for the implicit operator is almost the same, except
+   * that we change the sign in front of the timestep and use the
+   * inverse of t he matrix.
    *
+   * @until vmult
+   * @until }
    * @author Guido Kanschat
    * @date 2010
    */
@@ -223,21 +240,38 @@ namespace Algorithms
      */
     void set_output(OutputOperator<VECTOR> &output);
 
-    void declare_parameters (ParameterHandler &param);
-    void initialize (ParameterHandler &param);
+    /**
+     * Declare parameters in a parameter handler.
+     */
+    static void declare_parameters (ParameterHandler &param);
+
+    /**
+     * Read the parameters in the ParameterHandler.
+     */
+    void parse_parameters (ParameterHandler &param);
+
+    /**
+     * @deprecated Use parse_parameters().
+     */
+    void initialize (ParameterHandler &param) DEAL_II_DEPRECATED;
     /**
      * The current time in the
      * timestepping scheme.
      */
-    const double &current_time() const;
+    double current_time() const;
     /**
      * The current step size.
      */
-    const double &step_size() const;
+    double step_size() const;
     /**
      * The weight between implicit and explicit part.
      */
-    const double &theta() const;
+    double theta() const;
+
+    /**
+     * Set a new weight and return the old
+     */
+    double theta(double new_theta);
 
     /**
      * The data handed to the #op_explicit time stepping operator.
@@ -354,6 +388,32 @@ namespace Algorithms
   {
     output = &out;
   }
+
+
+  template <class VECTOR>
+  inline
+  double ThetaTimestepping<VECTOR>::theta () const
+  {
+    return vtheta;
+  }
+
+
+  template <class VECTOR>
+  inline
+  double ThetaTimestepping<VECTOR>::theta (double new_theta)
+  {
+    const double tmp = vtheta;
+    vtheta = new_theta;
+    return tmp;
+  }
+
+
+  template <class VECTOR>
+  inline
+  double ThetaTimestepping<VECTOR>::current_time () const
+  {
+    return control.now();
+  }
 }
 
 DEAL_II_NAMESPACE_CLOSE
index 348ab379cb6cb2afb54f16945bdafc832a74b225..a3402f6dd020ad8bb3d88008d5aa4fff39d22e9a 100644 (file)
@@ -51,7 +51,7 @@ namespace Algorithms
 
   template <class VECTOR>
   void
-  ThetaTimestepping<VECTOR>::initialize (ParameterHandler &param)
+  ThetaTimestepping<VECTOR>::parse_parameters (ParameterHandler &param)
   {
     param.enter_subsection("ThetaTimestepping");
     control.parse_parameters (param);
@@ -61,14 +61,22 @@ namespace Algorithms
   }
 
 
+  template <class VECTOR>
+  void
+  ThetaTimestepping<VECTOR>::initialize (ParameterHandler &param)
+  {
+    parse_parameters(param);
+  }
+
+
   template <class VECTOR>
   void
   ThetaTimestepping<VECTOR>::operator() (NamedData<VECTOR *> &out, const NamedData<VECTOR *> &in)
   {
     Operator<VECTOR>::operator() (out, in);
   }
-  
-  
+
+
   template <class VECTOR>
   void
   ThetaTimestepping<VECTOR>::operator() (AnyData &out, const AnyData &in)
@@ -77,7 +85,7 @@ namespace Algorithms
 
     deallog.push ("Theta");
 
-    VECTOR& solution = *out.entry<VECTOR*>(0);
+    VECTOR &solution = *out.entry<VECTOR *>(0);
     GrowingVectorMemory<VECTOR> mem;
     typename VectorMemory<VECTOR>::Pointer aux(mem);
     aux->reinit(solution);
@@ -90,25 +98,33 @@ namespace Algorithms
     // vector associated with the old
     // timestep
     AnyData src1;
-    src1.add<const VECTOR*>(&solution, "Previous iterate");
-    src1.add<const double&>(d_explicit.time, "Time");
-    src1.add<const double&>(d_explicit.step, "Timestep");
+    src1.add<const VECTOR *>(&solution, "Previous iterate");
+    src1.add<const double *>(&d_explicit.time, "Time");
+    src1.add<const double *>(&d_explicit.step, "Timestep");
+    src1.add<const double *>(&vtheta, "Theta");
     src1.merge(in);
 
     AnyData src2;
-    src2.add<const VECTOR*>(&solution, "Previous iterate");
 
     AnyData out1;
-    out1.add<VECTOR*>(aux, "Solution");
+    out1.add<VECTOR *>(aux, "Solution");
     // The data provided to the inner solver
-    src2.add<const VECTOR*>(aux, "Previous time");
-    src2.add<const double&>(d_implicit.time, "Time");
-    src2.add<const double&>(d_explicit.step, "Timestep");
+    src2.add<const VECTOR *>(aux, "Previous time");
+    src2.add<const VECTOR *>(&solution, "Previous iterate");
+    src2.add<const double *>(&d_implicit.time, "Time");
+    src2.add<const double *>(&d_implicit.step, "Timestep");
+    src2.add<const double *>(&vtheta, "Theta");
     src2.merge(in);
 
     if (output != 0)
       (*output) << 0U << out;
 
+    // Avoid warnings because time and timestep cannot be converted to VECTOR*
+    const bool explicit_silent = op_explicit->silent_compatibility;
+    const bool implicit_silent = op_implicit->silent_compatibility;
+    op_explicit->silent_compatibility = true;
+    op_implicit->silent_compatibility = true;
+
     for (unsigned int count = 1; d_explicit.time < control.final(); ++count)
       {
         const bool step_change = control.advance();
@@ -135,6 +151,8 @@ namespace Algorithms
 
         d_explicit.time = control.now();
       }
+    op_explicit->silent_compatibility = explicit_silent;
+    op_implicit->silent_compatibility = implicit_silent;
     deallog.pop();
   }
 }
index 5b9e220f743149d92486748c3f5e9c1b2e9ef798..854f26041f06bdc8c064568ea7e8fc3653bdeccc 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 // ---------------------------------------------------------------------
 // $Id$
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 //
@@ -697,21 +697,64 @@ namespace FETools
 
   /**
    * Gives the patchwise extrapolation of a @p dof1 function @p z1 to a @p
-   * dof2 function @p z2.  @p dof1 and @p dof2 need to be DoFHandler based on
-   * the same triangulation.
-   *
-   * This function is interesting for e.g. extrapolating patchwise a piecewise
-   * linear solution to a piecewise quadratic solution.
-   *
-   * Note that the resulting field does not satisfy continuity requirements of
-   * the given finite elements.
-   *
+   * dof2 function @p z2.  @p dof1 and @p dof2 need to be DoFHandler objects
+   * based on the same triangulation. This function is used, for example, for
+   * extrapolating patchwise a piecewise linear solution to a piecewise
+   * quadratic solution.
+   *
+   * The function's name is historical and probably not particularly well
+   * chosen. The function performs the following operations, one after the
+   * other:
+   *
+   * - It interpolates directly from every cell of @p dof1 to the
+   *   corresponding cell of @dof2 using the interpolation matrix of the
+   *   finite element spaces used on these cells and provided by
+   *   the finite element objects involved. This step is done using the
+   *   FETools::interpolate() function.
+   * - It then performs a loop over all non-active cells of @dof2. If
+   *   such a non-active cell has at least one active child, then we
+   *   call the children of this cell a "patch". We then interpolate
+   *   from the children of this patch to the patch, using the finite
+   *   element space associated with @p dof2 and immediately interpolate
+   *   back to the children. In essence, this information throws away
+   *   all information in the solution vector that lives on a scale
+   *   smaller than the patch cell.
+   * - Since we traverse non-active cells from the coarsest to the
+   *   finest levels, we may find patches that correspond to child
+   *   cells of previously treated patches if the mesh had been
+   *   refined adaptively (this cannot happen if the mesh has been
+   *   refined globally because there the children of a patch are
+   *   all active). We also perform the operation described above
+   *   on these patches, but it is easy to see that on patches that
+   *   are children of previously treated patches, the operation is
+   *   now the identity operation (since it interpolates from the
+   *   children of the current patch a function that had previously
+   *   been interpolated to these children from an even coarser patch).
+   *   Consequently, this does not alter the solution vector any more.
+   *
+   * The name of the function originates from the fact that it can be
+   * used to construct a representation of a function of higher polynomial
+   * degree on a once coarser mesh. For example, if you imagine that you
+   * start with a $Q_1$ function on globally refined mesh, and that @p dof2
+   * is associated with a $Q_2$ element, then this function computes the
+   * equivalent of the operator $I_{2h}^{(2)}$ interpolating the original
+   * piecewise linear function onto a quadratic function on a once coarser
+   * mesh with mesh size $2h$ (but representing this function on the original
+   * mesh with size $h$). If the exact solution is sufficiently smooth,
+   * then $u^\ast=I_{2h}^{(2)}u_h$ is typically a better approximation to
+   * the exact solution $u$ of the PDE than $u_h$ is. In other words, this
+   * function provides a postprocessing step that improves the solution in
+   * a similar way one often obtains by extrapolating a sequence of solutions,
+   * explaining the origin of the function's name.
+   *
+   * @note The resulting field does not satisfy continuity requirements of
+   * the given finite elements if the algorithm outlined above is used.
    * When you use continuous elements on grids with hanging nodes, please use
    * the @p extrapolate function with an additional ConstraintMatrix argument,
    * see below.
    *
-   * Since this function operates on patches of cells, it is required that the
-   * underlying grid is refined at least once for every coarse grid cell. If
+   * @note Since this function operates on patches of cells, it requires that
+   * the underlying grid is refined at least once for every coarse grid cell. If
    * this is not the case, an exception will be raised.
    */
   template <int dim, class InVector, class OutVector, int spacedim>
@@ -722,13 +765,15 @@ namespace FETools
 
   /**
    * Gives the patchwise extrapolation of a @p dof1 function @p z1 to a @p
-   * dof2 function @p z2.  @p dof1 and @p dof2 need to be DoFHandler based on
+   * dof2 function @p z2.  @p dof1 and @p dof2 need to be DoFHandler objects based on
    * the same triangulation.  @p constraints is a hanging node constraints
-   * object corresponding to @p dof2. This object is particular important when
+   * object corresponding to @p dof2. This object is necessary when
    * interpolating onto continuous elements on grids with hanging nodes
    * (locally refined grids).
    *
-   * Otherwise, the same holds as for the other @p extrapolate function.
+   * Otherwise, the function does the same as the other @p extrapolate
+   * function above (for which the documentation provides an extensive
+   * description of its operation).
    */
   template <int dim, class InVector, class OutVector, int spacedim>
   void extrapolate (const DoFHandler<dim,spacedim>  &dof1,
@@ -803,17 +848,15 @@ namespace FETools
    * accordingly.
    *
    * The name must be in the form which is returned by the
-   * FiniteElement::get_name function, where a few modifications are allowed:
-   *
-   * <ul>
-   * <li> Dimension template parameters &lt;2&gt; etc. can be
+   * FiniteElement::get_name function, where dimension template parameters &lt;2&gt; etc. can be
    * omitted. Alternatively, the explicit number can be replaced by
    * <tt>dim</tt> or <tt>d</tt>. If a number is given, it <b>must</b> match
    * the template parameter of this function.
    *
-   * <li> The powers used for FESystem may either be numbers or can be
+   * The names of FESystem elements follow the pattern <code>FESystem[FE_Base1^p1-FE_Base2^p2]</code>
+   * The powers <code>p1</code> etc. may either be numbers or can be
    * replaced by <tt>dim</tt> or <tt>d</tt>.
-   * </ul>
+   *
    *
    * If no finite element can be reconstructed from this string, an exception
    * of type @p FETools::ExcInvalidFEName is thrown.
index 6d693744fa7cf0d46fd3a502d553a003bfbacbff..13b3a76d5659d1aaae3e60b4c930c9a0fd58860b 100644 (file)
@@ -3136,12 +3136,11 @@ public:
    * may be different as to whether
    * a point is in- or outside the
    * cell in real space.
-
-   In case of codim>0, the point is first projected
-   to the manifold where the cell is embedded and
-   then check if this projection is inside the cell.
-
-  */
+   *
+   * In case of codim>0, the point is first projected
+   * to the manifold where the cell is embedded and
+   * then check if this projection is inside the cell.
+   */
   bool point_inside (const Point<spacedim> &p) const;
 
   /**
index b3c9ac5c841e223c1f34bb6bdfe680a796f6673a..b87797cd4f024a405b73f2a5d655182ec36d6e31 100644 (file)
@@ -1190,7 +1190,7 @@ namespace PETScWrappers
     /**
     * The method allows to take advantage
     * if the system matrix is symmetric by
-    * using LDL^T decomposition unstead of
+    * using LDL^T decomposition instead of
     * more expensive LU. The argument
     * indicates whether the matrix is
     * symmetric or not.
index c5ab727b6648044eb76e6755cda9094320f0807b..21b2f10545d10e9d0ce0d5316a3538b921eb31cd 100644 (file)
@@ -1325,7 +1325,10 @@ namespace TrilinosWrappers
                      const TrilinosScalar          new_diag_value = 0);
 
     /**
-     * Make an in-place transpose of a matrix.
+     * Sets an internal flag so that all operations performed by the matrix,
+     * i.e., multiplications, are done in transposed order. However, this does
+     * not reshape the matrix to transposed form directly, so care should be
+     * taken when using this flag.
      */
     void transpose ();
 
index a651ba1acc6b7788c05bdd93bc638bdb7259c00c..0205951f21fd5b99876d6642a4e433ae9335b461 100644 (file)
@@ -19,6 +19,7 @@
 #define __deal2__mesh_worker_functional_h
 
 #include <deal.II/base/named_data.h>
+#include <deal.II/algorithms/any_data.h>
 #include <deal.II/base/smartpointer.h>
 #include <deal.II/base/mg_level_object.h>
 #include <deal.II/lac/block_vector.h>
@@ -107,49 +108,28 @@ namespace MeshWorker
     {
     public:
       /**
-       * The data type for
-       * communicating the cell and
-       * face vectors.
-       */
-      typedef NamedData<BlockVector<number>*> DataVectors;
-
-      /**
-       * The initialization
-       * function, specifying the
-       * @p results vectors and
-       * whether face data should
-       * be collected separately.
+       * The initialization function, specifying the @p results
+       * vectors and whether face data should be collected separately.
        *
-       * @p results should contain
-       * two block vectors named
-       * "cells" and "faces" (the
-       * latter only if
-       * @p separate_faces is
-       * true). In each of the two,
-       * each block should have
-       * equal size and be large
-       * enough to accommodate all
-       * user indices set in the
-       * cells and faces covered by
-       * the loop it is used
-       * in. Typically, for
-       * estimators, this is
-       * Triangulation::n_active_cells()
-       * and
-       * Triangulation::n_faces(),
-       * respectively.
+       * @p results should contain two block vectors named "cells" and
+       * "faces" (the latter only if @p separate_faces is true). In
+       * each of the two, each block should have equal size and be
+       * large enough to accommodate all user indices set in the cells
+       * and faces covered by the loop it is used in. Typically, for
+       * estimators, this is Triangulation::n_active_cells() and
+       * Triangulation::n_faces(), respectively.
        *
-       * The use of BlockVector may
-       * seem cumbersome, but it
-       * allows us to assemble
-       * several functionals at the
-       * same time, one in each
-       * block. The typical
-       * situation for error
-       * estimate is just having a
-       * single block in each vector.
+       * The use of BlockVector may seem cumbersome, but it allows us
+       * to assemble several functionals at the same time, one in each
+       * block. The typical situation for error estimate is just
+       * having a single block in each vector.
        */
-      void initialize(DataVectors &results,
+      void initialize(AnyData &results, bool separate_faces = true);
+
+       /**
+        * @deprecated
+        */
+       void initialize(NamedData<BlockVector<number>*> &results,
                       bool separate_faces = true);
       /**
        * Initialize the local data
@@ -188,7 +168,7 @@ namespace MeshWorker
        */
       number operator() (const unsigned int i) const;
     private:
-      DataVectors results;
+      AnyData results;
       bool separate_faces;
     };
 //----------------------------------------------------------------------//
@@ -247,13 +227,29 @@ namespace MeshWorker
 
     template <typename number>
     inline void
-    CellsAndFaces<number>::initialize(DataVectors &r, bool sep)
+    CellsAndFaces<number>::initialize(AnyData &r, bool sep)
+    {
+      Assert(r.name(0) == "cells", AnyData::ExcNameMismatch(0, "cells"));
+      if (sep)
+        {
+          Assert(r.name(1) == "faces", AnyData::ExcNameMismatch(1, "faces"));
+          AssertDimension(r.entry<BlockVector<double>*>(0)->n_blocks(),
+                         r.entry<BlockVector<double>*>(1)->n_blocks());
+        }
+
+      results = r;
+      separate_faces = sep;
+    }
+
+    template <typename number>
+    inline void
+    CellsAndFaces<number>::initialize(NamedData<BlockVector<number>*> &r, bool sep)
     {
-      Assert(r.name(0) == "cells", typename DataVectors::ExcNameMismatch(0, "cells"));
+      Assert(r.name(0) == "cells", AnyData::ExcNameMismatch(0, "cells"));
       if (sep)
         {
-          Assert(r.name(1) == "faces", typename DataVectors::ExcNameMismatch(1, "faces"));
-          AssertDimension(r(0)->n_blocks(), r(1)->n_blocks());
+          Assert(r.name(1) == "faces", AnyData::ExcNameMismatch(1, "faces"));
+          AssertDimension(r(0)->n_blocks(),r(1)->n_blocks());
         }
 
       results = r;
@@ -266,7 +262,7 @@ namespace MeshWorker
     inline void
     CellsAndFaces<number>::initialize_info(DOFINFO &info, bool) const
     {
-      info.initialize_numbers(results(0)->n_blocks());
+      info.initialize_numbers(results.entry<BlockVector<double>*>(0)->n_blocks());
     }
 
 
@@ -275,14 +271,15 @@ namespace MeshWorker
     inline void
     CellsAndFaces<number>::assemble(const DOFINFO &info)
     {
+      BlockVector<double>* v;
+      if (separate_faces &&
+         info.face_number != deal_II_numbers::invalid_unsigned_int)
+       v = results.entry<BlockVector<double>*>(1);
+      else
+       v = results.entry<BlockVector<double>*>(0);
+      
       for (unsigned int i=0; i<info.n_values(); ++i)
-        {
-          if (separate_faces &&
-              info.face_number != deal_II_numbers::invalid_unsigned_int)
-            results(1)->block(i)(info.face->user_index()) += info.value(i);
-          else
-            results(0)->block(i)(info.cell->user_index()) += info.value(i);
-        }
+       v->block(i)(info.cell->user_index()) += info.value(i);
     }
 
 
@@ -296,15 +293,17 @@ namespace MeshWorker
         {
           if (separate_faces)
             {
+             BlockVector<double>* v1 = results.entry<BlockVector<double>*>(1);
               const double J = info1.value(i) + info2.value(i);
-              results(1)->block(i)(info1.face->user_index()) += J;
+              v1->block(i)(info1.face->user_index()) += J;
               if (info2.face != info1.face)
-                results(1)->block(i)(info2.face->user_index()) += J;
+                v1->block(i)(info2.face->user_index()) += J;
             }
           else
             {
-              results(0)->block(i)(info1.cell->user_index()) += .5*info1.value(i);
-              results(0)->block(i)(info2.cell->user_index()) += .5*info2.value(i);
+             BlockVector<double>* v0 = results.entry<BlockVector<double>*>(0);
+              v0->block(i)(info1.cell->user_index()) += .5*info1.value(i);
+              v0->block(i)(info2.cell->user_index()) += .5*info2.value(i);
             }
         }
     }
index 4eb299711e6c3e58c98b0a470eb2dd920cdcde9d..a120eced0f2f73d2d21a6280820578e36f542c08 100644 (file)
@@ -248,7 +248,7 @@ namespace MeshWorker
    * undertaken to use this class.
    *
    * First, you should consider if you need values from any vectors in a
-   * NamedData object. If so, fill the VectorSelector objects
+   * AnyData object. If so, fill the VectorSelector objects
    * #cell_selector, #boundary_selector and #face_selector with their names
    * and the data type (value, gradient, Hessian) to be extracted.
    *
@@ -313,17 +313,22 @@ namespace MeshWorker
      * formulas, which integrate polynomial bilinear forms exactly.
      */
     template <typename VECTOR>
+    void initialize(const FiniteElement<dim, spacedim> &el,
+                    const Mapping<dim, spacedim> &mapping,
+                    const AnyData &data,
+                   const VECTOR& dummy,
+                    const BlockInfo *block_info = 0);
+    /**
+     * @deprecated Use AnyData instead of NamedData.
+     */
+    template <typename VECTOR>
     void initialize(const FiniteElement<dim, spacedim> &el,
                     const Mapping<dim, spacedim> &mapping,
                     const NamedData<VECTOR *> &data,
                     const BlockInfo *block_info = 0);
 
     /**
-     * Initialize the IntegrationInfo objects contained.
-     *
-     * Before doing so, add update flags necessary to produce the data
-     * needed and also set uninitialized quadrature rules to Gauss
-     * formulas, which integrate polynomial bilinear forms exactly.
+     * @deprecated Use AnyData instead of NamedData.
      */
     template <typename VECTOR>
     void initialize(const FiniteElement<dim, spacedim> &el,
@@ -767,6 +772,44 @@ namespace MeshWorker
   }
 
 
+  template <int dim, int sdim>
+  template <typename VECTOR>
+  void
+  IntegrationInfoBox<dim,sdim>::initialize(
+    const FiniteElement<dim,sdim> &el,
+    const Mapping<dim,sdim> &mapping,
+    const AnyData &data,
+    const VECTOR& dummy,
+    const BlockInfo *block_info)
+  {
+    initialize(el, mapping, block_info);
+    std_cxx1x::shared_ptr<VectorData<VECTOR, dim, sdim> > p;
+    VectorDataBase<dim,sdim>* pp;
+    
+    p = std_cxx1x::shared_ptr<VectorData<VECTOR, dim, sdim> >(new VectorData<VECTOR, dim, sdim> (cell_selector));
+    // Public member function of parent class was not found without
+    // explicit cast
+    pp = &*p;
+    pp->initialize(data);
+    cell_data = p;
+    cell.initialize_data(p);
+
+    p = std_cxx1x::shared_ptr<VectorData<VECTOR, dim, sdim> >(new VectorData<VECTOR, dim, sdim> (boundary_selector));
+    pp = &*p;
+    pp->initialize(data);
+    boundary_data = p;
+    boundary.initialize_data(p);
+
+    p = std_cxx1x::shared_ptr<VectorData<VECTOR, dim, sdim> >(new VectorData<VECTOR, dim, sdim> (face_selector));
+    pp = &*p;
+    pp->initialize(data);
+    face_data = p;
+    face.initialize_data(p);
+    subface.initialize_data(p);
+    neighbor.initialize_data(p);
+  }
+
+
   template <int dim, int sdim>
   template <typename VECTOR>
   void
index ed692c57f3db468243b0398f81d93f7ae8e3dd1a..297e2421a68bedfe2f0870a25d2f52977ceba9c2 100644 (file)
@@ -19,6 +19,7 @@
 #define __deal2__mesh_worker_simple_h
 
 #include <deal.II/base/named_data.h>
+#include <deal.II/algorithms/any_data.h>
 #include <deal.II/base/smartpointer.h>
 #include <deal.II/base/mg_level_object.h>
 #include <deal.II/lac/block_vector.h>
@@ -60,8 +61,18 @@ namespace MeshWorker
     class ResidualSimple
     {
     public:
-      void initialize(NamedData<VECTOR *> &results);
+     /**
+      * Initialize with an AnyData object holding the result of
+      * assembling.
+      *
+      * Assembling currently writes into the first vector of <tt>results</tt>.
+      */
+      void initialize(AnyData& results);
 
+      /**
+       * @deprecated Use initialize(AnyData&) instead.
+       */
+      void initialize(NamedData<VECTOR *> &results);
       /**
        * Initialize the constraints.
        */
@@ -114,7 +125,7 @@ namespace MeshWorker
       /**
        * The global residal vectors filled by assemble().
        */
-      NamedData<SmartPointer<VECTOR,ResidualSimple<VECTOR> > > residuals;
+      AnyData residuals;
       /**
        * A pointer to the object containing constraints.
        */
@@ -500,6 +511,13 @@ namespace MeshWorker
 
 //----------------------------------------------------------------------//
 
+    template <class VECTOR>
+    inline void
+    ResidualSimple<VECTOR>::initialize(AnyData &results)
+    {
+      residuals = results;
+    }
+
     template <class VECTOR>
     inline void
     ResidualSimple<VECTOR>::initialize(NamedData<VECTOR *> &results)
@@ -537,18 +555,19 @@ namespace MeshWorker
     {
       for (unsigned int k=0; k<residuals.size(); ++k)
         {
+         VECTOR* v = residuals.entry<VECTOR*>(k);
           if (constraints == 0)
             {
               for (unsigned int i=0; i<info.vector(k).block(0).size(); ++i)
-                (*residuals(k))(info.indices[i]) += info.vector(k).block(0)(i);
+                (*v)(info.indices[i]) += info.vector(k).block(0)(i);
             }
           else
             {
               if (info.indices_by_block.size() == 0)
-                constraints->distribute_local_to_global(info.vector(k).block(0), info.indices, (*residuals(k)));
+                constraints->distribute_local_to_global(info.vector(k).block(0), info.indices, *v);
               else
                 for (unsigned int i=0; i != info.vector(k).n_blocks(); ++i)
-                  constraints->distribute_local_to_global(info.vector(k).block(i), info.indices_by_block[i], (*residuals(k)));
+                  constraints->distribute_local_to_global(info.vector(k).block(i), info.indices_by_block[i], *v);
             }
         }
     }
@@ -561,30 +580,31 @@ namespace MeshWorker
     {
       for (unsigned int k=0; k<residuals.size(); ++k)
         {
+         VECTOR* v = residuals.entry<VECTOR*>(k);
           if (constraints == 0)
             {
               for (unsigned int i=0; i<info1.vector(k).block(0).size(); ++i)
-                (*residuals(k))(info1.indices[i]) += info1.vector(k).block(0)(i);
+                (*v)(info1.indices[i]) += info1.vector(k).block(0)(i);
               for (unsigned int i=0; i<info2.vector(k).block(0).size(); ++i)
-                (*residuals(k))(info2.indices[i]) += info2.vector(k).block(0)(i);
+                (*v)(info2.indices[i]) += info2.vector(k).block(0)(i);
             }
           else
             {
               if (info1.indices_by_block.size() == 0 && info2.indices_by_block.size() == 0)
                 {
                   constraints->distribute_local_to_global
-                  (info1.vector(k).block(0), info1.indices, (*residuals(k)));
+                  (info1.vector(k).block(0), info1.indices, *v);
                   constraints->distribute_local_to_global
-                  (info2.vector(k).block(0), info2.indices, (*residuals(k)));
+                  (info2.vector(k).block(0), info2.indices, *v);
                 }
               else if (info1.indices_by_block.size() != 0 && info2.indices_by_block.size() != 0)
                 {
                   for (unsigned int i=0; i<info1.vector(k).n_blocks(); ++i)
                     {
                       constraints->distribute_local_to_global
-                      (info1.vector(k).block(i), info1.indices_by_block[i], (*residuals(k)));
+                      (info1.vector(k).block(i), info1.indices_by_block[i], *v);
                       constraints->distribute_local_to_global
-                      (info2.vector(k).block(i), info2.indices_by_block[i], (*residuals(k)));
+                      (info2.vector(k).block(i), info2.indices_by_block[i], *v);
                     }
                 }
               else
@@ -1132,7 +1152,7 @@ namespace MeshWorker
     inline void
     SystemSimple<MATRIX,VECTOR>::initialize(MATRIX &m, VECTOR &rhs)
     {
-      NamedData<VECTOR *> data;
+      AnyData data;
       VECTOR *p = &rhs;
       data.add(p, "right hand side");
 
index 5976df4dbd3b81b0b87d12803a8a0e6931218051..e35975a1bb6cfbe977ff318c5de59afd99e5dbb7 100644 (file)
@@ -18,6 +18,7 @@
 #define __deal2__mesh_worker_vector_selector_h
 
 #include <deal.II/base/named_data.h>
+#include <deal.II/algorithms/any_data.h>
 #include <deal.II/base/tensor.h>
 #include <deal.II/base/smartpointer.h>
 #include <deal.II/base/mg_level_object.h>
@@ -32,7 +33,7 @@ namespace MeshWorker
   /**
    * A class that selects vectors from a list of named vectors.
    *
-   * Since the number of vectors in a NamedData object may grow with every
+   * Since the number of vectors in an AnyData object may grow with every
    * nesting of applications or loops, it is important to be able to
    * select those, which are actually used in computing residuals etc.
    * This class organizes the selection.
@@ -49,23 +50,13 @@ namespace MeshWorker
   {
   public:
     /**
-     * Add a vector to the
-     * selection of finite element
-     * functions. The arguments are
-     * the name of the vector and
-     * indicators, which
-     * information is to be
-     * extracted from the
-     * vector. The name refers to
-     * an entry in a NamedData
-     * object, which will be
-     * identified by initialize().
-     * The three bool parameters
-     * indicate, whether values,
-     * greadients and Hessians of
-     * the finite element function
-     * are to be computed on each
-     * cell or face.
+     * Add a vector to the selection of finite element functions. The
+     * arguments are the name of the vector and indicators, which
+     * information is to be extracted from the vector. The name refers
+     * to an entry in a AnyData object, which will be identified by
+     * initialize().  The three bool parameters indicate, whether
+     * values, greadients and Hessians of the finite element function
+     * are to be computed on each cell or face.
      */
     void add(const std::string &name,
              const bool values = true,
@@ -73,10 +64,8 @@ namespace MeshWorker
              const bool hessians = false);
 
     /**
-     * Does the same as the function
-     * above but it is possible to
-     * select a block of the global
-     * vector.
+     * Does the same as the function above but it is possible to
+     * select a block of the global vector.
      */
 //      void add(const std::string& name,
 //               const unsigned int selected_block,
@@ -85,21 +74,19 @@ namespace MeshWorker
 //             bool hessians = false);
 
     /**
-     * Initialize the selection
-     * field with a data
-     * vector. While add() only
-     * enters the names of vectors,
-     * which will be used in the integration
-     * loop over cells and faces,
-     * this function links the
-     * names to actual vectos in a
-     * NamedData object.
+     * Initialize the selection field with a data vector. While add()
+     * only enters the names of vectors, which will be used in the
+     * integration loop over cells and faces, this function links the
+     * names to actual vectos in a AnyData object.
      *
-     * @note This function caches
-     * the index associated with a
-     * name. Therefore, it must be
-     * called every time after the
-     * NamedData object has changed.
+     * @note This function caches the index associated with a
+     * name. Therefore, it must be called every time after the AnyData
+     * object has changed.
+     */
+    void initialize(const AnyData &);
+
+    /**
+     * @deprecated Use AnyData instead of NamedData.
      */
     template <class DATA>
     void initialize(const NamedData<DATA> &);
@@ -110,20 +97,17 @@ namespace MeshWorker
     bool empty () const;
 
     /**
-     * Returns true if values are
-     * selected for any vector.
+     * Returns true if values are selected for any vector.
      */
     bool has_values () const;
 
     /**
-     * Returns true if gradients are
-     * selected for any vector.
+     * Returns true if gradients are selected for any vector.
      */
     bool has_gradients () const;
 
     /**
-     * Returns true if hessians are
-     * selected for any vector.
+     * Returns true if hessians are selected for any vector.
      */
     bool has_hessians () const;
 
@@ -162,6 +146,12 @@ namespace MeshWorker
      * selection to the stream.
      */
     template <class STREAM, typename DATA>
+    void print (STREAM &s, const AnyData &v) const;
+
+    /**
+     * @deprecated Use AnyData instead of NamedData.
+     */
+    template <class STREAM, typename DATA>
     void print (STREAM &s, const NamedData<DATA> &v) const;
 
     /**
@@ -183,14 +173,12 @@ namespace MeshWorker
     NamedSelection value_selection;
 
     /**
-     * Selection of the vectors
-     * used to compute gradients.
+     * Selection of the vectors used to compute gradients.
      */
     NamedSelection gradient_selection;
 
     /**
-     * Selection of the vectors
-     * used to compute hessians.
+     * Selection of the vectors used to compute hessians.
      */
     NamedSelection hessian_selection;
   };
@@ -213,81 +201,61 @@ namespace MeshWorker
     VectorDataBase();
 
     /**
-     * Constructor from a base
-     * class object
+     * Constructor from a base class object
      */
     VectorDataBase(const VectorSelector &);
 
     /**
-     * Virtual, but empty
-     * destructor.
+     * Initialize with a AnyData object and cache the indices in the
+     * VectorSelector base class.
+     *
+     * @note Make sure the VectorSelector base class was filled with
+     * reasonable data before calling this function.
+     */
+    void initialize(const AnyData&);
+
+    /**
+     * Virtual, but empty destructor.
      */
     virtual ~VectorDataBase();
     /**
-     * The only function added to
-     * VectorSelector is an
-     * abstract virtual function
-     * implemented in the derived
-     * class template and called by
-     * IntegrationInfo.
+     * The only function added to VectorSelector is an abstract
+     * virtual function implemented in the derived class template and
+     * called by IntegrationInfo.
      *
-     * Depending on the selections
-     * made in our base class, this
-     * fills the first three
-     * arguments with the local
-     * data of the finite element
-     * functions. It is usually
-     * called either for the whole
-     * FESystem, or for each base
-     * element separately.
+     * Depending on the selections made in our base class, this fills
+     * the first three arguments with the local data of the finite
+     * element functions. It is usually called either for the whole
+     * FESystem, or for each base element separately.
      *
-     * @param values is the vector
-     * filled with the values of
-     * the finite element function
-     * in the quadrature points.
+     * @param values is the vector filled with the values of the
+     * finite element function in the quadrature points.
      *
-     * @param gradients is the vector
-     * filled with the derivatives of
-     * the finite element function
-     * in the quadrature points.
+     * @param gradients is the vector filled with the derivatives of
+     * the finite element function in the quadrature points.
      *
-     * @param hessians is the
-     * vector filled with the
-     * second derivatives of the
-     * finite element function in
-     * the quadrature points.
+     * @param hessians is the vector filled with the second
+     * derivatives of the finite element function in the quadrature
+     * points.
      *
-     * @param fe is the
-     * FEValuesBase object which is
-     * used to compute the function
-     * values. Its UpdateFlags must
-     * have been set appropriately.
+     * @param fe is the FEValuesBase object which is used to compute
+     * the function values. Its UpdateFlags must have been set
+     * appropriately.
      *
-     * @param index is the local
-     * index vector. If @p fe
-     * refers to base elements of
-     * the system, this vector
-     * should be sorted by block
-     * and the arguments @p start
-     * and @p size below specify
-     * the subset of @p indices
-     * used.
+     * @param index is the local index vector. If @p fe refers to base
+     * elements of the system, this vector should be sorted by block
+     * and the arguments @p start and @p size below specify the subset
+     * of @p indices used.
      *
-     * @param component is the first
-     * index in @p values, @p
-     * gradients and @p hessians
-     * entered in this function.
+     * @param component is the first index in @p values, @p gradients
+     * and @p hessians entered in this function.
      *
-     * @param n_comp is the number
-     * of components to be filled.
+     * @param n_comp is the number of components to be filled.
      *
-     * @param start is the first
-     * index of this block in @p
-     * indices, or zero if
-     * no base elements are used.
+     * @param start is the first index of this block in @p indices, or
+     * zero if no base elements are used.
      *
-     * @param size is the number of
-     * dofs per cell of the current
+     * @param size is the number of dofs per cell of the current
      * element or base element.
      */
     virtual void fill(
@@ -302,15 +270,10 @@ namespace MeshWorker
       const unsigned int size) const;
 
     /**
-     * Fill the local data vector
-     * from level vectors. Performs
-     * exactly what the other
-     * fill() does, but uses the
-     * cell level to access a
-     * single level out of a
-     * hierarchy of level vectors,
-     * instead of a global data
-     * vector on the active cells.
+     * Fill the local data vector from level vectors. Performs exactly
+     * what the other fill() does, but uses the cell level to access a
+     * single level out of a hierarchy of level vectors, instead of a
+     * global data vector on the active cells.
      */
     virtual void mg_fill(
       std::vector<std::vector<std::vector<double> > > &values,
@@ -328,13 +291,15 @@ namespace MeshWorker
      * The memory used by this object.
      */
     std::size_t memory_consumption () const;
+  protected:
+    AnyData data;
   };
 
 
   /**
    * Based on VectorSelector, this is the class that implements the
    * function VectorDataBase::fill() for a certain type of vector, using
-   * NamedData to identify vectors by name.
+   * AnyData to identify vectors by name.
    *
    * @ingroup MeshWorker
    * @author Guido Kanschat, 2009
@@ -355,30 +320,16 @@ namespace MeshWorker
     VectorData(const VectorSelector &);
 
     /**
-     * Initialize with a NamedData
-     * object and cache the indices
-     * in the VectorSelector base
-     * class.
-     *
-     * @note Make sure the
-     * VectorSelector base class
-     * was filled with reasonable
-     * data before calling this
-     * function.
+     * @deprecated Use AnyData instead of NamedData.
      */
     void initialize(const NamedData<VECTOR *> &);
 
     /**
-     * Initialize with a single
-     * vector and cache the indices
-     * in the VectorSelector base
-     * class.
+     * Initialize with a single vector and cache the indices in the
+     * VectorSelector base class.
      *
-     * @note Make sure the
-     * VectorSelector base class
-     * was filled with reasonable
-     * data before calling this
-     * function.
+     * @note Make sure the VectorSelector base class was filled with
+     * reasonable data before calling this function.
      */
     void initialize(const VECTOR *, const std::string &name);
 
@@ -393,27 +344,36 @@ namespace MeshWorker
       const unsigned int start,
       const unsigned int size) const;
 
-    /**
+    virtual void mg_fill(
+      std::vector<std::vector<std::vector<double> > > &values,
+      std::vector<std::vector<std::vector<Tensor<1,dim> > > > &gradients,
+      std::vector<std::vector<std::vector<Tensor<2,dim> > > > &hessians,
+      const FEValuesBase<dim,spacedim> &fe,
+      const unsigned int level,
+      const std::vector<types::global_dof_index> &index,
+      const unsigned int component,
+      const unsigned int n_comp,
+      const unsigned int start,
+      const unsigned int size) const;
+
+     /**
      * The memory used by this object.
      */
     std::size_t memory_consumption () const;
-
-  private:
-    NamedData<SmartPointer<const VECTOR,VectorData<VECTOR,dim,spacedim> > > data;
   };
 
 
   /**
    * Based on VectorSelector, this is the class that implements the
    * function VectorDataBase::fill() for a certain type of multilevel vectors, using
-   * NamedData to identify vectors by name.
+   * AnyData to identify vectors by name.
    *
    * @ingroup MeshWorker
    * @author Guido Kanschat, 2010
    */
   template <class VECTOR, int dim, int spacedim = dim>
   class MGVectorData :
-    public VectorDataBase<dim, spacedim>
+      public VectorData<VECTOR, dim, spacedim>
   {
   public:
     /**
@@ -421,58 +381,29 @@ namespace MeshWorker
      */
     MGVectorData();
     /**
-     * Constructor using a
-     * prefilled VectorSelector
+     * Constructor using a prefilled VectorSelector
      */
     MGVectorData(const VectorSelector &);
 
     /**
-     * Initialize with a NamedData
-     * object and cache the indices
-     * in the VectorSelector base
-     * class.
-     *
-     * @note Make sure the
-     * VectorSelector base class
-     * was filled with reasonable
-     * data before calling this
-     * function.
+     * @deprecated Use AnyData instead of NamedData.
      */
     void initialize(const NamedData<MGLevelObject<VECTOR>*> &);
 
     /**
-     * Initialize with a single
-     * vector and cache the indices
-     * in the VectorSelector base
-     * class.
+     * Initialize with a single vector and cache the indices in the
+     * VectorSelector base class.
      *
-     * @note Make sure the
-     * VectorSelector base class
-     * was filled with reasonable
-     * data before calling this
-     * function.
+     * @note Make sure the VectorSelector base class was filled with
+     * reasonable data before calling this function.
      */
     void initialize(const MGLevelObject<VECTOR> *, const std::string &name);
 
-    virtual void mg_fill(
-      std::vector<std::vector<std::vector<double> > > &values,
-      std::vector<std::vector<std::vector<Tensor<1,dim> > > > &gradients,
-      std::vector<std::vector<std::vector<Tensor<2,dim> > > > &hessians,
-      const FEValuesBase<dim,spacedim> &fe,
-      const unsigned int level,
-      const std::vector<types::global_dof_index> &index,
-      const unsigned int component,
-      const unsigned int n_comp,
-      const unsigned int start,
-      const unsigned int size) const;
 
     /**
      * The memory used by this object.
      */
     std::size_t memory_consumption () const;
-
-  private:
-    NamedData<SmartPointer<const MGLevelObject<VECTOR>,MGVectorData<VECTOR,dim,spacedim> > > data;
   };
 
 
@@ -504,6 +435,14 @@ namespace MeshWorker
   //}
 
 
+  inline void
+  VectorSelector::initialize(const AnyData &src)
+  {
+    value_selection.initialize(src);
+    gradient_selection.initialize(src);
+    hessian_selection.initialize(src);
+  }
+
   template <typename DATA>
   inline void
   VectorSelector::initialize(const NamedData<DATA> &src)
@@ -596,6 +535,23 @@ namespace MeshWorker
   }
 
 
+  template <class STREAM, typename DATA>
+  inline void
+  VectorSelector::print(STREAM &s, const AnyData &v) const
+  {
+    s << "values:   ";
+    for (unsigned int i=0; i<n_values(); ++i)
+      s << " '" << v.name(value_selection(i)) << '\'';
+    s << std::endl << "gradients:";
+    for (unsigned int i=0; i<n_gradients(); ++i)
+      s << " '" << v.name(gradient_selection(i)) << '\'';
+    s << std::endl << "hessians: ";
+    for (unsigned int i=0; i<n_hessians(); ++i)
+      s << " '" << v.name(hessian_selection(i)) << '\'';
+    s << std::endl;
+  }
+
+
   template <class STREAM, typename DATA>
   inline void
   VectorSelector::print(STREAM &s, const NamedData<DATA> &v) const
index dc0e6fbbff3e6699b2e9336f9d10bbf231d64bda..f367c3d06d008db75120305d58ff58011318095f 100644 (file)
@@ -40,6 +40,15 @@ namespace MeshWorker
   {}
 
 
+  template <int dim, int spacedim>
+  void
+  VectorDataBase<dim, spacedim>::initialize(const AnyData &d)
+  {
+    this->data = d;
+    VectorSelector::initialize(d);
+  }
+
+
   template <int dim, int spacedim>
   void
   VectorDataBase<dim, spacedim>::fill(
@@ -93,7 +102,7 @@ namespace MeshWorker
   void
   VectorData<VECTOR, dim, spacedim>::initialize(const NamedData<VECTOR *> &d)
   {
-    data = d;
+    this->data = d;
     VectorSelector::initialize(d);
   }
 
@@ -103,8 +112,8 @@ namespace MeshWorker
   VectorData<VECTOR, dim, spacedim>::initialize(const VECTOR *v, const std::string &name)
   {
     SmartPointer<const VECTOR,VectorData<VECTOR, dim, spacedim> > p = v;
-    data.add(p, name);
-    VectorSelector::initialize(data);
+    this->data.add(p, name);
+    VectorSelector::initialize(this->data);
   }
 
 
@@ -125,25 +134,26 @@ namespace MeshWorker
     AssertDimension(gradients.size(), this->n_gradients());
     AssertDimension(hessians.size(), this->n_hessians());
 
+    const AnyData& data = this->data;
     for (unsigned int i=0; i<this->n_values(); ++i)
       {
-        const VECTOR &src = *data(this->value_index(i));
+        const VECTOR* src = data.read_ptr<VECTOR>(this->value_index(i));
         VectorSlice<std::vector<std::vector<double> > > dst(values[i], component, n_comp);
-        fe.get_function_values(src, make_slice(index, start, size), dst, true);
+        fe.get_function_values(*src, make_slice(index, start, size), dst, true);
       }
 
     for (unsigned int i=0; i<this->n_gradients(); ++i)
       {
-        const VECTOR &src = *data(this->gradient_index(i));
+        const VECTOR* src = data.read_ptr<VECTOR>(this->gradient_index(i));
         VectorSlice<std::vector<std::vector<Tensor<1,dim> > > > dst(gradients[i], component, n_comp);
-        fe.get_function_gradients(src, make_slice(index, start, size), dst, true);
+        fe.get_function_gradients(*src, make_slice(index, start, size), dst, true);
       }
 
     for (unsigned int i=0; i<this->n_hessians(); ++i)
       {
-        const VECTOR &src = *data(this->hessian_index(i));
+        const VECTOR* src = data.read_ptr<VECTOR>(this->hessian_index(i));
         VectorSlice<std::vector<std::vector<Tensor<2,dim> > > > dst(hessians[i], component, n_comp);
-        fe.get_function_hessians(src, make_slice(index, start, size), dst, true);
+        fe.get_function_hessians(*src, make_slice(index, start, size), dst, true);
       }
   }
 
@@ -153,7 +163,7 @@ namespace MeshWorker
   VectorData<VECTOR, dim, spacedim>::memory_consumption () const
   {
     std::size_t mem = VectorSelector::memory_consumption();
-    mem += sizeof (data);
+    mem += sizeof (this->data);
     return mem;
   }
 
@@ -166,8 +176,8 @@ namespace MeshWorker
 
   template <class VECTOR, int dim, int spacedim>
   MGVectorData<VECTOR, dim, spacedim>::MGVectorData(const VectorSelector &s)
-    :
-    VectorDataBase<dim, spacedim>(s)
+                 :
+                 VectorData<VECTOR, dim, spacedim>(s)
   {}
 
 
@@ -175,7 +185,7 @@ namespace MeshWorker
   void
   MGVectorData<VECTOR, dim, spacedim>::initialize(const NamedData<MGLevelObject<VECTOR>*> &d)
   {
-    data = d;
+    this->data = d;
     VectorSelector::initialize(d);
   }
 
@@ -186,14 +196,14 @@ namespace MeshWorker
   {
     SmartPointer<const MGLevelObject<VECTOR>, MGVectorData<VECTOR, dim, spacedim> >
     p = v;
-    data.add(p, name);
-    VectorSelector::initialize(data);
+    this->data.add(p, name);
+    VectorSelector::initialize(this->data);
   }
 
 
   template <class VECTOR, int dim, int spacedim>
   void
-  MGVectorData<VECTOR, dim, spacedim>::mg_fill(
+  VectorData<VECTOR, dim, spacedim>::mg_fill(
     std::vector<std::vector<std::vector<double> > > &values,
     std::vector<std::vector<std::vector<Tensor<1,dim> > > > &gradients,
     std::vector<std::vector<std::vector<Tensor<2,dim> > > > &hessians,
@@ -209,37 +219,28 @@ namespace MeshWorker
     AssertDimension(gradients.size(), this->n_gradients());
     AssertDimension(hessians.size(), this->n_hessians());
 
+    const AnyData& data = this->data;
     for (unsigned int i=0; i<this->n_values(); ++i)
       {
-        const VECTOR &src = (*data(this->value_index(i)))[level];
+        const MGLevelObject<VECTOR>* src = data.read_ptr<MGLevelObject<VECTOR> >(this->value_index(i));
         VectorSlice<std::vector<std::vector<double> > > dst(values[i], component, n_comp);
-        fe.get_function_values(src, make_slice(index, start, size), dst, true);
+        fe.get_function_values((*src)[level], make_slice(index, start, size), dst, true);
       }
 
     for (unsigned int i=0; i<this->n_gradients(); ++i)
       {
-        const VECTOR &src = (*data(this->value_index(i)))[level];
+        const MGLevelObject<VECTOR>* src = data.read_ptr<MGLevelObject<VECTOR> >(this->value_index(i));
         VectorSlice<std::vector<std::vector<Tensor<1,dim> > > > dst(gradients[i], component, n_comp);
-        fe.get_function_gradients(src, make_slice(index, start, size), dst, true);
+        fe.get_function_gradients((*src)[level], make_slice(index, start, size), dst, true);
       }
 
     for (unsigned int i=0; i<this->n_hessians(); ++i)
       {
-        const VECTOR &src = (*data(this->value_index(i)))[level];
+        const MGLevelObject<VECTOR>* src = data.read_ptr<MGLevelObject<VECTOR> >(this->value_index(i));
         VectorSlice<std::vector<std::vector<Tensor<2,dim> > > > dst(hessians[i], component, n_comp);
-        fe.get_function_hessians(src, make_slice(index, start, size), dst, true);
+        fe.get_function_hessians((*src)[level], make_slice(index, start, size), dst, true);
       }
   }
-
-
-  template <class VECTOR, int dim, int spacedim>
-  std::size_t
-  MGVectorData<VECTOR, dim, spacedim>::memory_consumption () const
-  {
-    std::size_t mem = VectorSelector::memory_consumption();
-    mem += sizeof (data);
-    return mem;
-  }
 }
 
 DEAL_II_NAMESPACE_CLOSE
index 64bb199e4cbfb94b5391703bda2b9de2808e116b..0bc554148ceb8c84cddd862e756837b301060231 100644 (file)
@@ -121,9 +121,20 @@ namespace internal
  * the sequence of cells to be converted into patches itself, but relies
  * on the two functions first_cell() and next_cell(). By default, they
  * return the first active cell, and the next active cell, respectively.
- * Since they are @p virtual functions, you may overload them to select other
- * cells for output. If cells are not active, interpolated values are taken
- * for output instead of the exact values on active cells.
+ * Since they are @p virtual functions, you can write your own class
+ * derived from DataOut in which you overload these two functions to select other
+ * cells for output. This may, for example, include only cells that are
+ * in parts of a domain (e.g., if you don't care about the solution elsewhere,
+ * think for example a buffer region in which you attenuate outgoing waves
+ * in the Perfectly Matched Layer method) or if you don't want output to
+ * be generated at all levels of an adaptively refined mesh because this
+ * creates too much data (in this case, the set of cells returned by
+ * your implementations of first_cell() and next_cell() will include
+ * non-active cells, and DataOut::build_patches() will simply take
+ * interpolated values of the solution instead of the exact values on these
+ * cells children for output). Once you derive your own class, you would
+ * just create an object of this type instead of an object of type DataOut,
+ * and everything else will remain the same.
  *
  * The two functions are not constant, so you may store information within
  * your derived class about the last accessed cell. This is useful if the
index 70f89b546791d6cbad742b0e567c4c7b14d06494..ed4bf51c1456f9124ee399c96afda04fa121c415 100644 (file)
 #define __deal2__dof_output_operator_h
 
 #include <deal.II/base/config.h>
+#include <deal.II/base/parameter_handler.h>
 #include <deal.II/base/named_data.h>
+#include <deal.II/algorithms/any_data.h>
 #include <deal.II/base/event.h>
 #include <deal.II/algorithms/operator.h>
 #include <deal.II/dofs/dof_handler.h>
+#include <deal.II/numerics/data_out.h>
 
 #include <fstream>
 
@@ -30,18 +33,40 @@ DEAL_II_NAMESPACE_OPEN
 
 namespace Algorithms
 {
+  /**
+   * An output operator writing a separate file in each step and
+   * writing the vectors as finite element functions with respect to a
+   * given DoFHandler.
+   */
   template <class VECTOR, int dim, int spacedim=dim>
   class DoFOutputOperator : public OutputOperator<VECTOR>
   {
   public:
+    /*
+     * Constructor. The <tt>filename</tt> is the common base name of
+     * all files and the argument <tt>digits</tt> should be the number
+     * of digits of the highest number in the sequence. File names by
+     * default have the form "outputNN" with NNN the number set by the
+     * last step command. Numbers with less digits are filled with
+     * zeros from the left.
+     */
+    DoFOutputOperator (const std::string filename_base = std::string("output"),
+                       const unsigned int digits = 3);
+
+    void parse_parameters(ParameterHandler &param);
     void initialize (DoFHandler<dim, spacedim> &dof_handler);
 
     virtual OutputOperator<VECTOR> &
-    operator<<(const NamedData<VECTOR *> &vectors);
+    operator << (const AnyData &vectors);
 
   private:
     SmartPointer<DoFHandler<dim, spacedim>,
                  DoFOutputOperator<VECTOR, dim, spacedim> > dof;
+
+    const std::string filename_base;
+    const unsigned int digits;
+
+    DataOut<dim> out;
   };
 
   template <class VECTOR, int dim, int spacedim>
index b9529a01c48e0c1ec6bd14e8338859c90ef41d06..5bb629a8e15fdd9755355429e32679349b26800f 100644 (file)
 
 
 #include <deal.II/numerics/dof_output_operator.h>
-#include <deal.II/numerics/data_out.h>
 
 DEAL_II_NAMESPACE_OPEN
 
 namespace Algorithms
 {
+  template <class VECTOR, int dim, int spacedim>
+  DoFOutputOperator<VECTOR, dim, spacedim>::DoFOutputOperator (
+    const std::string filename_base,
+    const unsigned int digits)
+    :
+    filename_base(filename_base),
+    digits(digits)
+  {
+    out.set_default_format(DataOutBase::gnuplot);
+  }
+
+
+  template <class VECTOR, int dim, int spacedim>
+  void
+  DoFOutputOperator<VECTOR, dim, spacedim>::parse_parameters(ParameterHandler &param)
+  {
+    out.parse_parameters(param);
+  }
+
   template <class VECTOR, int dim, int spacedim>
   OutputOperator<VECTOR> &
   DoFOutputOperator<VECTOR, dim, spacedim>::operator<<(
-    const NamedData<VECTOR *> &vectors)
+    const AnyData &data)
   {
     Assert ((dof!=0), ExcNotInitialized());
-    DataOut<dim> out;
     out.attach_dof_handler (*dof);
-    out.add_data_vector (*vectors(vectors.find("solution")), "solution");
-    out.add_data_vector (*vectors(vectors.find("update")), "update");
-    out.add_data_vector (*vectors(vectors.find("residual")), "residual");
+    for (unsigned int i=0; i<data.size(); ++i)
+      {
+        const VECTOR *p = data.try_read_ptr<VECTOR>(i);
+        if (p!=0)
+          {
+            out.add_data_vector (*p, data.name(i));
+          }
+      }
     std::ostringstream streamOut;
-    streamOut << "Newton_" << std::setw(3) << std::setfill('0') << this->step;
+    streamOut << filename_base
+              << std::setw(digits) << std::setfill('0') << this->step
+              << out.default_suffix();
     std::ofstream out_filename (streamOut.str().c_str());
-    out.build_patches (2);
-    out.write_gnuplot (out_filename);
+    out.build_patches ();
+    out.write (out_filename);
+    out.clear ();
     return *this;
   }
 }
index 29446174a1789fcfa0d913cf03cde4e94889b109..a81e36349b558b7777a6d2624101e79865808082 100644 (file)
@@ -2066,7 +2066,12 @@ ParameterHandler::print_parameters_section (std::ostream      &out,
                 const std::string value = p->second.get<std::string>("value");
 
                 // print name
-                out << "\\item {\\it Parameter name:} {\\tt " << demangle(p->first) << "}\n\n"
+                out << "\\item {\\it Parameter name:} {\\tt " << demangle(p->first) << "}\n"
+                    << "\\phantomsection\\label{parameters:";
+                for (unsigned int i=0; i<subsection_path.size(); ++i)
+                  out << subsection_path[i] << "/";
+                out << demangle(p->first);
+                out << "}\n\n"
                     << std::endl;
 
                 out << "\\index[prmindex]{"
index 4524e91c37ee7acff16b6b897f719e55455ed6df..d9c95f30a4c442a2f63430458006669a0d874ba6 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 // ---------------------------------------------------------------------
 // $Id$
 //
-// Copyright (C) 2004 - 2013 by the deal.II authors
+// Copyright (C) 2004 - 2014 by the deal.II authors
 //
 // This file is part of the deal.II library.
 //
@@ -736,7 +736,11 @@ namespace PETScWrappers
          * factorization here we start to see differences with the base
          * class solve function
          */
+#if DEAL_II_PETSC_VERSION_GTE(3,2,0)
         ierr = PCFactorSetMatSolverPackage (solver_data->pc, MATSOLVERMUMPS);
+#else
+        ierr = PCFactorSetMatSolverPackage (solver_data->pc, MAT_SOLVER_MUMPS);
+#endif
         AssertThrow (ierr == 0, ExcPETScError (ierr));
 
         /**
index 6a726729c127a62bb53e14b7e8c6616667c20e93..dbb7d854f6a586148b72fa7625b7b7969f62a29f 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 // ---------------------------------------------------------------------
 // $Id$
 //
-// Copyright (C) 1998 - 2013 by the deal.II authors
+// Copyright (C) 1998 - 2014 by the deal.II authors
 //
 // This file is part of the deal.II library.
 //
@@ -2334,75 +2334,83 @@ namespace MatrixTools
         Assert (matrix.n() == solution.size(),
                 ExcDimensionMismatch(matrix.n(), solution.size()));
 
-        // if no boundary values are to be applied
-        // simply return
-        if (boundary_values.size() == 0)
-          return;
-
-        const std::pair<types::global_dof_index, types::global_dof_index> local_range
-          = matrix.local_range();
-        Assert (local_range == right_hand_side.local_range(),
-                ExcInternalError());
-        Assert (local_range == solution.local_range(),
-                ExcInternalError());
-
-        // determine the first nonzero diagonal
-        // entry from within the part of the
-        // matrix that we can see. if we can't
-        // find such an entry, take one
-        PetscScalar average_nonzero_diagonal_entry = 1;
-        for (types::global_dof_index i=local_range.first; i<local_range.second; ++i)
-          if (matrix.diag_element(i) != 0)
-            {
-              average_nonzero_diagonal_entry = std::fabs(matrix.diag_element(i));
-              break;
-            }
-
-        // figure out which rows of the matrix we
-        // have to eliminate on this processor
-        std::vector<types::global_dof_index> constrained_rows;
-        for (std::map<types::global_dof_index,double>::const_iterator
-             dof  = boundary_values.begin();
-             dof != boundary_values.end();
-             ++dof)
-          if ((dof->first >= local_range.first) &&
-              (dof->first < local_range.second))
-            constrained_rows.push_back (dof->first);
-
-        // then eliminate these rows and set
-        // their diagonal entry to what we have
-        // determined above. note that for petsc
-        // matrices interleaving read with write
-        // operations is very expensive. thus, we
-        // here always replace the diagonal
-        // element, rather than first checking
-        // whether it is nonzero and in that case
-        // preserving it. this is different from
-        // the case of deal.II sparse matrices
-        // treated in the other functions.
-        matrix.clear_rows (constrained_rows, average_nonzero_diagonal_entry);
+        // if no boundary values are to be applied, then
+        // jump straight to the compress() calls that we still have
+        // to perform because they are collective operations
+        if (boundary_values.size() > 0)
+          {
+            const std::pair<types::global_dof_index, types::global_dof_index> local_range
+            = matrix.local_range();
+            Assert (local_range == right_hand_side.local_range(),
+                    ExcInternalError());
+            Assert (local_range == solution.local_range(),
+                    ExcInternalError());
+
+            // determine the first nonzero diagonal
+            // entry from within the part of the
+            // matrix that we can see. if we can't
+            // find such an entry, take one
+            PetscScalar average_nonzero_diagonal_entry = 1;
+            for (types::global_dof_index i=local_range.first; i<local_range.second; ++i)
+              if (matrix.diag_element(i) != 0)
+                {
+                  average_nonzero_diagonal_entry = std::fabs(matrix.diag_element(i));
+                  break;
+                }
 
-        std::vector<types::global_dof_index> indices;
-        std::vector<PetscScalar>  solution_values;
-        for (std::map<types::global_dof_index,double>::const_iterator
-             dof  = boundary_values.begin();
-             dof != boundary_values.end();
-             ++dof)
-          if ((dof->first >= local_range.first) &&
-              (dof->first < local_range.second))
-            {
-              indices.push_back (dof->first);
-              solution_values.push_back (dof->second);
-            }
-        solution.set (indices, solution_values);
+            // figure out which rows of the matrix we
+            // have to eliminate on this processor
+            std::vector<types::global_dof_index> constrained_rows;
+            for (std::map<types::global_dof_index,double>::const_iterator
+                dof  = boundary_values.begin();
+                dof != boundary_values.end();
+                ++dof)
+              if ((dof->first >= local_range.first) &&
+                  (dof->first < local_range.second))
+                constrained_rows.push_back (dof->first);
 
-        // now also set appropriate values for
-        // the rhs
-        for (unsigned int i=0; i<solution_values.size(); ++i)
-          solution_values[i] *= average_nonzero_diagonal_entry;
+            // then eliminate these rows and set
+            // their diagonal entry to what we have
+            // determined above. note that for petsc
+            // matrices interleaving read with write
+            // operations is very expensive. thus, we
+            // here always replace the diagonal
+            // element, rather than first checking
+            // whether it is nonzero and in that case
+            // preserving it. this is different from
+            // the case of deal.II sparse matrices
+            // treated in the other functions.
+            matrix.clear_rows (constrained_rows, average_nonzero_diagonal_entry);
+
+            std::vector<types::global_dof_index> indices;
+            std::vector<PetscScalar>  solution_values;
+            for (std::map<types::global_dof_index,double>::const_iterator
+                dof  = boundary_values.begin();
+                dof != boundary_values.end();
+                ++dof)
+              if ((dof->first >= local_range.first) &&
+                  (dof->first < local_range.second))
+                {
+                  indices.push_back (dof->first);
+                  solution_values.push_back (dof->second);
+                }
+            solution.set (indices, solution_values);
 
-        right_hand_side.set (indices, solution_values);
+            // now also set appropriate values for
+            // the rhs
+            for (unsigned int i=0; i<solution_values.size(); ++i)
+              solution_values[i] *= average_nonzero_diagonal_entry;
 
+            right_hand_side.set (indices, solution_values);
+          }
+       else
+         {
+            // clear_rows() is a collective operation so we still have to call
+            // it:
+            std::vector<types::global_dof_index> constrained_rows;
+            matrix.clear_rows (constrained_rows, 1.);
+         }
+       
         // clean up
         matrix.compress ();
         solution.compress (VectorOperation::insert);
index 38c1c2372378e111f8b85cbb5c9c98205cf02467..48e97a1986d70a35cc6d6813f19d65acb04671b9 100644 (file)
@@ -1,12 +1,47 @@
 
 DEAL:Newton::Check 0   98.0000
 DEAL:Newton::Starting value 98.0000
+DEAL:Newton::Step 1
+DEAL:Newton::solution 10.0000
+DEAL:Newton::update 4.90000
+DEAL:Newton::residual 98.0000
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 1   24.0100
+DEAL:Newton::Step 2
+DEAL:Newton::solution 5.10000
+DEAL:Newton::update 2.35392
+DEAL:Newton::residual 24.0100
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 2   5.54095
+DEAL:Newton::Step 3
+DEAL:Newton::solution 2.74608
+DEAL:Newton::update 1.00888
+DEAL:Newton::residual 5.54095
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 3   1.01785
+DEAL:Newton::Step 4
+DEAL:Newton::solution 1.73719
+DEAL:Newton::update 0.292957
+DEAL:Newton::residual 1.01785
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 4   0.0858237
+DEAL:Newton::Step 5
+DEAL:Newton::solution 1.44424
+DEAL:Newton::update 0.0297124
+DEAL:Newton::residual 0.0858237
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 5   0.000882829
+DEAL:Newton::Step 6
+DEAL:Newton::solution 1.41453
+DEAL:Newton::update 0.000312058
+DEAL:Newton::residual 0.000882829
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 6   9.73804e-08
+DEAL:Newton::Step 7
+DEAL:Newton::solution 1.41421
+DEAL:Newton::update 3.44292e-08
+DEAL:Newton::residual 9.73804e-08
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 7   0
 DEAL:Newton::Convergence step 7 value 0
 DEAL:: square root 1.41421
index 38c1c2372378e111f8b85cbb5c9c98205cf02467..48e97a1986d70a35cc6d6813f19d65acb04671b9 100644 (file)
@@ -1,12 +1,47 @@
 
 DEAL:Newton::Check 0   98.0000
 DEAL:Newton::Starting value 98.0000
+DEAL:Newton::Step 1
+DEAL:Newton::solution 10.0000
+DEAL:Newton::update 4.90000
+DEAL:Newton::residual 98.0000
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 1   24.0100
+DEAL:Newton::Step 2
+DEAL:Newton::solution 5.10000
+DEAL:Newton::update 2.35392
+DEAL:Newton::residual 24.0100
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 2   5.54095
+DEAL:Newton::Step 3
+DEAL:Newton::solution 2.74608
+DEAL:Newton::update 1.00888
+DEAL:Newton::residual 5.54095
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 3   1.01785
+DEAL:Newton::Step 4
+DEAL:Newton::solution 1.73719
+DEAL:Newton::update 0.292957
+DEAL:Newton::residual 1.01785
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 4   0.0858237
+DEAL:Newton::Step 5
+DEAL:Newton::solution 1.44424
+DEAL:Newton::update 0.0297124
+DEAL:Newton::residual 0.0858237
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 5   0.000882829
+DEAL:Newton::Step 6
+DEAL:Newton::solution 1.41453
+DEAL:Newton::update 0.000312058
+DEAL:Newton::residual 0.000882829
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 6   9.73804e-08
+DEAL:Newton::Step 7
+DEAL:Newton::solution 1.41421
+DEAL:Newton::update 3.44292e-08
+DEAL:Newton::residual 9.73804e-08
+DEAL:Newton::
 DEAL:Newton::Check 7   0
 DEAL:Newton::Convergence step 7 value 0
 DEAL:: square root 1.41421
diff --git a/tests/algorithms/theta_01.cc b/tests/algorithms/theta_01.cc
new file mode 100644 (file)
index 0000000..bb18059
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,146 @@
+// ---------------------------------------------------------------------
+// $Id: theta_timestepping.cc 30050 2013-07-18 20:03:31Z maier $
+//
+// Copyright (C) 2005 - 2013 by the deal.II authors
+//
+// This file is part of the deal.II library.
+//
+// The deal.II library is free software; you can use it, redistribute
+// it, and/or modify it under the terms of the GNU Lesser General
+// Public License as published by the Free Software Foundation; either
+// version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
+// The full text of the license can be found in the file LICENSE at
+// the top level of the deal.II distribution.
+//
+// ---------------------------------------------------------------------
+
+
+// See documentation of ThetaTimestepping for documentation of this example
+
+#include <deal.II/base/logstream.h>
+#include <deal.II/lac/vector.h>
+#include <deal.II/lac/full_matrix.h>
+
+#include <deal.II/algorithms/operator.h>
+#include <deal.II/algorithms/theta_timestepping.h>
+
+#include <iostream>
+
+using namespace dealii;
+using namespace Algorithms;
+
+
+class Explicit
+  : public Operator<Vector<double> >
+{
+public:
+  Explicit(const FullMatrix<double> &matrix);
+  void operator() (AnyData &out, const AnyData &in);
+private:
+  SmartPointer<const FullMatrix<double>, Explicit> matrix;
+  FullMatrix<double> m;
+};
+
+
+class Implicit
+  : public Operator<Vector<double> >
+{
+public:
+  Implicit(const FullMatrix<double> &matrix);
+  void operator() (AnyData &out, const AnyData &in);
+private:
+  SmartPointer<const FullMatrix<double>, Implicit> matrix;
+  FullMatrix<double> m;
+};
+
+// End of declarations
+
+int main()
+{
+  std::string logname = "output";
+  std::ofstream logfile(logname.c_str());
+  deallog.attach(logfile);
+  deallog.depth_console(0);
+  deallog.threshold_double(1.e-10);
+
+  FullMatrix<double> matrix(2);
+  matrix(0,0) = 0.;
+  matrix(1,1) = 0.;
+  matrix(0,1) = numbers::PI;
+  matrix(1,0) = -numbers::PI;
+
+  OutputOperator<Vector<double> > out;
+  out.initialize_stream(logfile);
+
+  Explicit op_explicit(matrix);
+  Implicit op_implicit(matrix);
+  ThetaTimestepping<Vector<double> > solver(op_explicit, op_implicit);
+  solver.timestep_control().start_step(0.1);
+  //solver.set_output(out);
+
+  Vector<double> value(2);
+  value(0) = 1.;
+  AnyData indata;
+  AnyData outdata;
+  Vector<double> *p = &value;
+  outdata.add(p, "value");
+  deallog << "Initial: " << value(0) << ' ' << value(1) << std::endl;
+  solver.notify(Events::initial);
+  solver(outdata, indata);
+  deallog << "Result: " << value(0) << ' ' << value(1)
+         << " Norm " << value.l2_norm() << std::endl;
+}
+
+
+Explicit::Explicit(const FullMatrix<double> &M)
+  :
+  matrix(&M)
+{
+  m.reinit(M.m(), M.n());
+}
+
+
+void
+Explicit::operator() (AnyData &out, const AnyData &in)
+{
+  const double* step = in.read_ptr<double>("Timestep");
+  
+  if (this->notifications.test(Events::initial) || this->notifications.test(Events::new_timestep_size))
+    {
+      m.equ(-*step, *matrix);
+      for (unsigned int i=0; i<m.m(); ++i)
+        m(i,i) += 1.;
+    }
+  this->notifications.clear();
+  unsigned int i = in.find("Previous iterate");
+  m.vmult(*out.entry<Vector<double>*>(0), *in.read_ptr<Vector<double> >(i));
+}
+
+
+Implicit::Implicit(const FullMatrix<double> &M)
+  :
+  matrix(&M)
+{
+  m.reinit(M.m(), M.n());
+}
+
+
+void
+Implicit::operator() (AnyData &out, const AnyData &in)
+{
+  const double * step = in.read_ptr<double>("Timestep");
+  
+  if (this->notifications.test(Events::initial) || this->notifications.test(Events::new_timestep_size))
+    {
+      m.equ(*step, *matrix);
+      for (unsigned int i=0; i<m.m(); ++i)
+        m(i,i) += 1.;
+      m.gauss_jordan();
+    }
+  this->notifications.clear();
+
+  unsigned int i = in.find("Previous time");
+  m.vmult(*out.entry<Vector<double>*>(0), *in.read_ptr<Vector<double> >(i));
+}
+
+
diff --git a/tests/algorithms/theta_01.output b/tests/algorithms/theta_01.output
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7c4d9dd
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,13 @@
+
+DEAL::Initial: 1.00000 0
+DEAL:Theta::Time step:0.100000
+DEAL:Theta::Time step:0.200000
+DEAL:Theta::Time step:0.300000
+DEAL:Theta::Time step:0.400000
+DEAL:Theta::Time step:0.500000
+DEAL:Theta::Time step:0.600000
+DEAL:Theta::Time step:0.700000
+DEAL:Theta::Time step:0.800000
+DEAL:Theta::Time step:0.900000
+DEAL:Theta::Time step:1.00000
+DEAL::Result: -0.999676 0.0254599 Norm 1.00000
index ad00d8923e23ddf495d24821a645a0ec6260ef5b..7262fc5e8140a9d943eadbb7689e4a327ba837c1 100644 (file)
@@ -9,6 +9,7 @@
 
 \begin{itemize}
 \item {\it Parameter name:} {\tt double}
+\phantomsection\label{parameters:Testing/double}
 
 
 \index[prmindex]{double}
@@ -24,6 +25,7 @@
 
 {\it Possible values:} [Double -1.79769e+308...1.79769e+308 (inclusive)]
 \item {\it Parameter name:} {\tt int}
+\phantomsection\label{parameters:Testing/int}
 
 
 \index[prmindex]{int}
@@ -36,6 +38,7 @@
 
 {\it Possible values:} [Integer range -2147483648...2147483647 (inclusive)]
 \item {\it Parameter name:} {\tt string list}
+\phantomsection\label{parameters:Testing/string list}
 
 
 \index[prmindex]{string list}
index a3e8ca1109753970171fc8297f932f9d8b87b69b..6dcf0739c9df11c0e55e9ac535471e86ac2f872d 100644 (file)
@@ -9,6 +9,7 @@
 
 \begin{itemize}
 \item {\it Parameter name:} {\tt double}
+\phantomsection\label{parameters:Testing/double}
 
 
 \index[prmindex]{double}
@@ -24,6 +25,7 @@
 
 {\it Possible values:} [Double -1.79769e+308...1.79769e+308 (inclusive)]
 \item {\it Parameter name:} {\tt int}
+\phantomsection\label{parameters:Testing/int}
 
 
 \index[prmindex]{int}
@@ -36,6 +38,7 @@
 
 {\it Possible values:} [Integer range -2147483648...2147483647 (inclusive)]
 \item {\it Parameter name:} {\tt string list}
+\phantomsection\label{parameters:Testing/string list}
 
 
 \index[prmindex]{string list}
@@ -59,6 +62,7 @@
 
 \begin{itemize}
 \item {\it Parameter name:} {\tt double 2}
+\phantomsection\label{parameters:Testing/Testing 2/double 2}
 
 
 \index[prmindex]{double 2}
@@ -74,6 +78,7 @@
 
 {\it Possible values:} [Double -1.79769e+308...1.79769e+308 (inclusive)]
 \item {\it Parameter name:} {\tt int 2}
+\phantomsection\label{parameters:Testing/Testing 2/int 2}
 
 
 \index[prmindex]{int 2}
@@ -86,6 +91,7 @@
 
 {\it Possible values:} [Integer range -2147483648...2147483647 (inclusive)]
 \item {\it Parameter name:} {\tt string list 2}
+\phantomsection\label{parameters:Testing/Testing 2/string list 2}
 
 
 \index[prmindex]{string list 2}
index 94ff53077d49b80c1862458c325c06c46c5c9ab9..f638e6ae7d286e94f7bbf357913114640e65be6d 100644 (file)
@@ -28,7 +28,7 @@
 template <typename number>
 void test (unsigned int variant)
 {
-  const unsigned int n = variant < 3 ? 64 : 16;
+  const unsigned int n = variant % 2 == 0 ? 64 : 16;
   Vector<number> rhs(n), sol(n);
   rhs = 1.;
 
@@ -42,7 +42,7 @@ void test (unsigned int variant)
       matrix(i,i) = (i+1);
   else if (variant == 1)
     for (unsigned int i=0; i<n; ++i)
-      matrix(i,i) = (i+1) * (i+1) * (i+1) * (i+1);
+      matrix(i,i) = (i+1) * (i+1) * (i+1) * (i+1) * 1.001;
   else if (variant == 2)
     for (unsigned int i=0; i<n; ++i)
       matrix(i,i) = (i%2?1.:-1.)*(i+1);
@@ -102,10 +102,10 @@ void test (unsigned int variant)
 int main()
 {
   std::ofstream logfile("output");
-  deallog << std::setprecision(3);
+  deallog << std::setprecision(2);
   deallog.attach(logfile);
   deallog.depth_console(0);
-  deallog.threshold_double(1.e-10);
+  deallog.threshold_double(1.e-8);
 
   deallog.push("double");
   test<double>(0);
index ff01b9bef38b8e69d12cb6454f51fb795068afc5..4bcadb4367346c27e03036298cbb53b456a19b4f 100644 (file)
@@ -1,17 +1,17 @@
 
-DEAL:double:0:GMRES::Starting value 8.00
+DEAL:double:0:GMRES::Starting value 8.0
 DEAL:double:0:GMRES::Convergence step 56 value 0
-DEAL:double:0:GMRES::Eigenvalue estimate:  (1.00,0.00) (2.00,0.00) (3.00,0.00) (4.00,0.00) (5.00,0.00) (6.00,0.00) (7.00,0.00) (8.00,0.00) (9.00,0.00) (10.0,0.00) (11.0,0.00) (12.0,0.00) (13.0,0.00) (14.0,0.00) (15.0,0.00) (16.0,0.00) (17.1,0.00) (18.2,0.00) (19.5,0.00) (20.7,0.00) (22.0,0.00) (23.3,0.00) (24.7,0.00) (26.0,0.00) (27.5,0.00) (28.9,0.00) (30.3,0.00) (31.8,0.00) (33.2,0.00) (34.7,0.00) (36.1,0.00) (37.6,0.00) (39.0,0.00) (40.4,0.00) (41.7,0.00) (43.0,0.00) (44.3,0.00) (45.5,0.00) (46.7,0.00) (47.9,0.00) (49.0,0.00) (50.0,0.00) (51.0,0.00) (52.0,0.00) (53.0,0.00) (54.0,0.00) (55.0,0.00) (56.0,0.00) (57.0,0.00) (58.0,0.00) (59.0,0.00) (60.0,0.00) (61.0,0.00) (62.0,0.00) (63.0,0.00) (64.0,0.00)
-DEAL:double:0:cg::Starting value 8.00
+DEAL:double:0:GMRES::Eigenvalue estimate:  (1.0,0.0) (2.0,0.0) (3.0,0.0) (4.0,0.0) (5.0,0.0) (6.0,0.0) (7.0,0.0) (8.0,0.0) (9.0,0.0) (10.,0.0) (11.,0.0) (12.,0.0) (13.,0.0) (14.,0.0) (15.,0.0) (16.,0.0) (17.,0.0) (18.,0.0) (19.,0.0) (21.,0.0) (22.,0.0) (23.,0.0) (25.,0.0) (26.,0.0) (27.,0.0) (29.,0.0) (30.,0.0) (32.,0.0) (33.,0.0) (35.,0.0) (36.,0.0) (38.,0.0) (39.,0.0) (40.,0.0) (42.,0.0) (43.,0.0) (44.,0.0) (46.,0.0) (47.,0.0) (48.,0.0) (49.,0.0) (50.,0.0) (51.,0.0) (52.,0.0) (53.,0.0) (54.,0.0) (55.,0.0) (56.,0.0) (57.,0.0) (58.,0.0) (59.,0.0) (60.,0.0) (61.,0.0) (62.,0.0) (63.,0.0) (64.,0.0)
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In the beginning the Universe was created. This has made a lot of people very angry and has been widely regarded as a bad move.

Douglas Adams


Typeset in Trocchi and Trocchi Bold Sans Serif.