]> https://gitweb.dealii.org/ - dealii.git/commitdiff
Provide a function GridOut::write_vtk().
authorWolfgang Bangerth <bangerth@math.tamu.edu>
Mon, 14 Jul 2014 22:20:35 +0000 (22:20 +0000)
committerWolfgang Bangerth <bangerth@math.tamu.edu>
Mon, 14 Jul 2014 22:20:35 +0000 (22:20 +0000)
git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33172 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

deal.II/doc/news/changes.h
deal.II/include/deal.II/grid/grid_out.h
deal.II/source/base/data_out_base.cc
deal.II/source/grid/grid_out.cc
deal.II/source/grid/grid_out.inst.in

index 265a0f326302438a61a6f9b68c5466a13accdca8..ab287d94397184715f1ba1ac98b4ee7d79f7d27b 100644 (file)
@@ -172,6 +172,12 @@ inconvenience this causes.
 <h3>Specific improvements</h3>
 
 <ol>
+  <li> New: There is now a function GridOut::write_vtk() that can
+  write a mesh in VTK format.
+  <br>
+  (Wolfgang Bangerth, 2014/07/14)
+  </li>
+
   <li> Fixed: PETSc up to at least version 3.5 has a bug where it does
   not zero-initialize the ghost elements of a newly created ghosted
   parallel vector. This is now worked around inside deal.II.
index a72565cfd7a989617c81b25a11e6c923d9464be1..29e7742eebc5417a9e99c70f44c3fda8a62f7d4c 100644 (file)
@@ -22,6 +22,7 @@
 #include <deal.II/base/config.h>
 #include <deal.II/base/exceptions.h>
 #include <deal.II/base/point.h>
+#include <deal.II/base/data_out_base.h>
 #include <deal.II/grid/tria.h>
 #include <deal.II/fe/mapping.h>
 
@@ -743,6 +744,15 @@ namespace GridOutFlags
     void parse_parameters (ParameterHandler &param);
   };
 
+
+  /**
+   * Flags for grid output in Vtk format. These flags are the same as
+   * those declared in DataOutBase::VtkFlags.
+   *
+   * @ingroup output
+   */
+  struct Vtk : public DataOutBase::VtkFlags
+  {};
 }
 
 
@@ -851,7 +861,9 @@ public:
     /// write() calls write_svg()
     svg,
     /// write() calls write_mathgl()
-    mathgl
+    mathgl,
+    /// write() calls write_vtk()
+    vtk
   };
 
   /**
@@ -1066,17 +1078,22 @@ public:
    * colorbar can be drawn to encode the chosen coloring.  Moreover, a
    * cell label can be added, showing level index, etc.
    *
-   * @note Yet only implemented for
+   * @note This function is currently only implemented for
    * two-dimensional grids in two
    * space dimensions.
-   *
+   */
+  void write_svg (const Triangulation<2,2> &tria,
+                  std::ostream             &out) const;
+
+  /**
+   * Declaration of the same function as above for all other dimensions and
+   * space dimensions. This function is not currently implemented and is only
+   * declared to exist to support dimension independent programming.
    */
   template <int dim, int spacedim>
   void write_svg (const Triangulation<dim,spacedim> &tria,
                   std::ostream                      &out) const;
 
-  void write_svg (const Triangulation<2,2> &tria,
-                  std::ostream             &out) const;
 
   /**
    * Write triangulation in MathGL script format. To interpret this
@@ -1084,19 +1101,26 @@ public:
    *
    * To get a handle on the resultant MathGL script within a graphical
    * environment an interpreter is needed. A suggestion to start with
-   * is <code>mglview</code>, which is bundled with MathGL.  With
+   * is <code>mglview</code>, which is bundled with MathGL.
    * <code>mglview</code> can interpret and display small-to-medium
    * MathGL scripts in a graphical window and enables conversion to
    * other formats such as EPS, PNG, JPG, SVG, as well as view/display
    * animations. Some minor editing, such as modifying the lighting or
    * alpha channels, can also be done.
    *
-   * @note Not implemented for the codimensional one case.
+   * @note Not implemented for the codimension one case.
    */
   template <int dim>
   void write_mathgl (const Triangulation<dim> &tria,
                      std::ostream             &out) const;
 
+  /**
+   * Write triangulation in VTK format.
+   */
+  template <int dim, int spacedim>
+  void write_vtk (const Triangulation<dim,spacedim> &tria,
+                  std::ostream                      &out) const;
+
   /**
    * Write grid to @p out according to the given data format. This
    * function simply calls the appropriate <tt>write_*</tt> function.
@@ -1168,16 +1192,21 @@ public:
   void set_flags (const GridOutFlags::MathGL &flags);
 
   /**
-   * Provide a function which tells us which
-   * suffix with a given output format
-   * usually has. At present the following
-   * formats are defined:
+   * Set flags for VTK output
+   */
+  void set_flags (const GridOutFlags::Vtk &flags);
+
+  /**
+   * Provide a function that can tell us which
+   * suffix a given output format
+   * usually has. For example, it defines the following mappings:
    * <ul>
    * <li> @p OpenDX: <tt>.dx</tt>
    * <li> @p gnuplot: <tt>.gnuplot</tt>
    * <li> @p ucd: <tt>.inp</tt>
    * <li> @p eps: <tt>.eps</tt>.
    * </ul>
+   * Similar mappings are provided for all implemented formats.
    *
    * Since this function does not need data from this object, it is
    * static and can thus be called without creating an object of this
@@ -1300,10 +1329,15 @@ private:
   GridOutFlags::Svg svg_flags;
 
   /**
-   * Flags for OpenDX output.
+   * Flags for MathGL output.
    */
   GridOutFlags::MathGL mathgl_flags;
 
+  /**
+   * Flags for VTK output.
+   */
+  GridOutFlags::Vtk vtk_flags;
+
   /**
    * Write the grid information about faces to @p out. Only those
    * faces are printed which are on the boundary and which have a
@@ -1544,12 +1578,14 @@ private:
    * 1d. Simply returns zero.
    */
   unsigned int n_boundary_faces (const Triangulation<1,1> &tria) const;
+
   /**
    * Declaration of the specialization of above function for 1d,
    * 2sd. Simply returns zero.
    */
   unsigned int n_boundary_faces (const Triangulation<1,2> &tria) const;
   unsigned int n_boundary_faces (const Triangulation<1,3> &tria) const;
+
   /**
    * Return the number of lines in the triangulation which have a
    * boundary indicator not equal to zero. Only these lines are
index 39a23d85588df01a8213f1874f3ceed263c9514d..b0ee12eb5c8351efcc7a86fdda94d2cd388230af 100644 (file)
@@ -407,7 +407,9 @@ namespace DataOutBase
                                         :
                                         n_data_sets,
                                         patch->data.n_rows()));
-          Assert (patch->data.n_cols() == Utilities::fixed_power<dim>(n_subdivisions+1),
+          Assert ((n_data_sets == 0)
+                  ||
+                  (patch->data.n_cols() == Utilities::fixed_power<dim>(n_subdivisions+1)),
                   ExcInvalidDatasetSize (patch->data.n_cols(), n_subdivisions+1));
 
           for (unsigned int i=0; i<patch->data.n_cols(); ++i, ++next_value)
index d4415d620afccda45a46a0542635a2c4b51c4068..abbf96cebe982d9fe07489ad39dc08fbbe7c16ae 100644 (file)
@@ -392,7 +392,6 @@ namespace GridOutFlags
   {
     draw_bounding_box = param.get_bool ("Draw bounding box");
   }
-
 }  // end namespace GridOutFlags
 
 
@@ -468,6 +467,11 @@ void GridOut::set_flags (const GridOutFlags::MathGL &flags)
   mathgl_flags = flags;
 }
 
+void GridOut::set_flags (const GridOutFlags::Vtk &flags)
+{
+  vtk_flags = flags;
+}
+
 std::string
 GridOut::default_suffix (const OutputFormat output_format)
 {
@@ -491,6 +495,8 @@ GridOut::default_suffix (const OutputFormat output_format)
       return ".svg";
     case mathgl:
       return ".mathgl";
+    case vtk:
+      return ".vtk";
     default:
       Assert (false, ExcNotImplemented());
       return "";
@@ -537,6 +543,9 @@ GridOut::parse_output_format (const std::string &format_name)
   if (format_name == "mathgl")
     return mathgl;
 
+  if (format_name == "vtk")
+    return vtk;
+
   AssertThrow (false, ExcInvalidState ());
   // return something weird
   return OutputFormat(-1);
@@ -546,7 +555,7 @@ GridOut::parse_output_format (const std::string &format_name)
 
 std::string GridOut::get_output_format_names ()
 {
-  return "none|dx|gnuplot|eps|ucd|xfig|msh|svg|mathgl";
+  return "none|dx|gnuplot|eps|ucd|xfig|msh|svg|mathgl|vtk";
 }
 
 
@@ -586,6 +595,10 @@ GridOut::declare_parameters(ParameterHandler &param)
   param.enter_subsection("MathGL");
   GridOutFlags::MathGL::declare_parameters(param);
   param.leave_subsection();
+
+  param.enter_subsection("Vtk");
+  GridOutFlags::Vtk::declare_parameters(param);
+  param.leave_subsection();
 }
 
 
@@ -624,6 +637,10 @@ GridOut::parse_parameters(ParameterHandler &param)
   param.enter_subsection("MathGL");
   mathgl_flags.parse_parameters(param);
   param.leave_subsection();
+
+  param.enter_subsection("Vtk");
+  vtk_flags.parse_parameters(param);
+  param.leave_subsection();
 }
 
 
@@ -640,7 +657,8 @@ GridOut::memory_consumption () const
           sizeof(eps_flags_3)   +
           sizeof(xfig_flags)    +
           sizeof(svg_flags)     +
-          sizeof(mathgl_flags));
+          sizeof(mathgl_flags)  +
+          sizeof(vtk_flags));
 }
 
 
@@ -2367,6 +2385,65 @@ void GridOut::write_mathgl (const Triangulation<dim> &tria,
 }
 
 
+
+namespace
+{
+  /**
+   * A function that is able to convert each cell of a triangulation into
+   * a patch that can then be output by the functions in DataOutBase.
+   * This is made particularly simple because the patch only needs to
+   * contain geometry info -- we attach no data at all
+   */
+  template <int dim, int spacedim>
+  std::vector<DataOutBase::Patch<dim,spacedim> >
+  triangulation_to_patches (const Triangulation<dim,spacedim> &triangulation)
+  {
+    std::vector<DataOutBase::Patch<dim,spacedim> > patches;
+    patches.reserve (triangulation.n_active_cells());
+
+    // convert each of the active cells into a patch
+    for (typename Triangulation<dim,spacedim>::active_cell_iterator cell = triangulation.begin_active();
+        cell != triangulation.end(); ++cell)
+      {
+        DataOutBase::Patch<dim,spacedim> patch;
+        patch.n_subdivisions = 1;
+
+        for (unsigned int v=0; v<GeometryInfo<dim>::vertices_per_cell; ++v)
+          patch.vertices[v] = cell->vertex(v);
+
+        // no data
+        patch.data.reinit (0,0);
+
+        patches.push_back (patch);
+      }
+
+    return patches;
+  }
+}
+
+
+
+template <int dim, int spacedim>
+void GridOut::write_vtk (const Triangulation<dim,spacedim> &tria,
+                            std::ostream             &out) const
+{
+  AssertThrow (out, ExcIO ());
+
+  // convert the cells of the triangulation into a set of patches
+  // and then have them output. since there is no data attached to
+  // the geometry, we also do not have to provide any names, identifying
+  // information, etc.
+  DataOutBase::write_vtk (triangulation_to_patches(tria),
+                          std::vector<std::string>(),
+                          std::vector<std_cxx1x::tuple<unsigned int, unsigned int, std::string> >(),
+                          vtk_flags,
+                          out);
+
+  AssertThrow (out, ExcIO ());
+}
+
+
+
 unsigned int GridOut::n_boundary_faces (const Triangulation<1> &) const
 {
   return 0;
@@ -3736,6 +3813,10 @@ void GridOut::write (const Triangulation<dim, spacedim> &tria,
     case mathgl:
       write_mathgl (tria, out);
       return;
+
+    case vtk:
+      write_vtk (tria, out);
+      return;
     }
 
   Assert (false, ExcInternalError());
@@ -3743,10 +3824,9 @@ void GridOut::write (const Triangulation<dim, spacedim> &tria,
 
 
 template <int dim, int spacedim>
-void GridOut::write (
-  const Triangulation<dim, spacedim> &tria,
-  std::ostream             &out,
-  const Mapping<dim,spacedim>       *mapping) const
+void GridOut::write (const Triangulation<dim, spacedim> &tria,
+                     std::ostream             &out,
+                     const Mapping<dim,spacedim>  *mapping) const
 {
   write(tria, out, default_format, mapping);
 }
index 1da4845a0be6bc2f172437aa7b99627a8bba29b5..0b84908ff441202e9950903d7b5c78c37b65e9b6 100644 (file)
@@ -49,6 +49,10 @@ for (deal_II_dimension : DIMENSIONS)
       (const Triangulation<deal_II_dimension> &,
        std::ostream &,
        const Mapping<deal_II_dimension,deal_II_dimension> *) const;
+    template void GridOut::write_vtk
+      (const Triangulation<deal_II_dimension>&,
+       std::ostream&) const;       
+       
     template void GridOut::write<deal_II_dimension>
       (const Triangulation<deal_II_dimension> &,
        std::ostream &, const OutputFormat,
@@ -69,6 +73,9 @@ for (deal_II_dimension : DIMENSIONS)
       (const Triangulation<deal_II_dimension,deal_II_dimension+1>&,
        std::ostream&,
        const Mapping<deal_II_dimension,deal_II_dimension+1>*) const;
+   template void GridOut::write_vtk
+      (const Triangulation<deal_II_dimension,deal_II_dimension+1>&,
+       std::ostream&) const;
 #endif
 #if deal_II_dimension == 3
    template void GridOut::write_ucd

In the beginning the Universe was created. This has made a lot of people very angry and has been widely regarded as a bad move.

Douglas Adams


Typeset in Trocchi and Trocchi Bold Sans Serif.