Fix cross-references to something that actually exists.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change <pre> into @begin{verbatim} etc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3099 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix this place also: allow more than one link per line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3098 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't escape with a character that is itself escaped. Thus, encodeURL
gets idempotent and we immediately can forget all problems with it
being called multiply on the same string, which was the reason for
almost all incorrect links.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document global functions as they are now printed in the docs by kdoc2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3096 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revamp the way the different targets are generated. Unify them.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3095 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only reference existing files (i.e. nodes with source).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3094 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

"Unfix" two things: by the previous changes to these places we lost
the ability to cross-references altogether.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix several cases of wrong cross-links, which were usually due to multiply escaping special characters (from < to %253C0 to %25200253C0 or so)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix wrong output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3091 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better doc and inheritance for preconditioners

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't discard reference anchors if there are more than only one on a line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3089 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make kdoc options more transparent by using their long form.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for existence of isnan for both sets of compiler flags independently.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a check whether the `isnan' function is declared or not.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small clean-up.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove @memo tags.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Note restrictions on the documentation of enums.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Note the patches in our version of kdoc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Treat the @item command specially. The way in the previous revision
did not work as the brackets in the <li> item got escaped below.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SolverControl returns failure if solver diverges. New function get_face in FE(Sub)FaceValues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New get_face function in FEFaceValues and FESubfaceValues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SolverControl returns failure also if the solver diverges.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move documentation to top, to avoid trouble with kdoc2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work in the changes of Preconditioning into the PreconditionSelector class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More doc changes for the conversion to kdoc2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Find a better way to check whether kdoc is up-to-date when generating docs. If it is not up-to-date, then re-generate it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Note ====MT=== in make output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move inheritance from SOLVER to the same line to make things simpler
for the doc tools.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix "@p ..." by "@p{...}"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix "@p NULL" by "@p{Null}"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

indicate MT during compilation if in multithreading mode

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix to places where @p was not used with {...}.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Experimental doc for SquareFunction

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3066 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Typo fixed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change many things, mostly docs, for the switch from kdoc1 to kdoc2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

"at" is italic

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prefer Reply-To to From

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

cvsignore

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Trying to remove headers II

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3058 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Nicer mail list format

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Addresses changed to mailing list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3056 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check that kdoc is installed, and remove kdoc-installed from the
argument list of kdoc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3055 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More configure changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More work on the contrib dir.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3053 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring some of the necessary configure machinery into place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove file that was erroneously included.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3051 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge the 2.a36 release.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3050 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add files that were added between 2.a35 and 2.a36.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3047 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Import my changes to kdoc which did not make it yet into a release.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3046 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Import kdoc snapshot 2.a35

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove outdated script.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Note missing comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

additional functions for DG-elements

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

removed debugging output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

news and mailing-list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid 1d warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add CVS version of configure.in to the configure script.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3034 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clear deletes matrix; initialize uses clear

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3033 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new preconditioner interface

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new ExcNotInitialized

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New PreconditionJacobi

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3029 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Arg, one-char bug. Didn't show up in /base and /lac since there seem
to be no circular includes...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3027 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use RUSAGE_SELF instead of 0 in test for getrusage, as the previous is
in an enum on some Linux systems, while the latter is an int, and the
compiler rejects a conversion...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3024 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix common/scripts/make_dependencies.pl.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3023 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug where the script produced some strange results when we had a ++ in the path.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3022 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More doc updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment docs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update to latest version.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3019 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug with lost -D__USE_MALLOC

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3018 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More doc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve wording.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3016 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Configure for getrusage

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3015 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove -ansi when in MT mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enforce -ansi -pedantic.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Configure for the proper declaration of the getrusage function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3012 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enforce -pedantic -ansi when using the gcc compiler in order to get closer to the C++ standard.
Doing so required a whole lot of changes, which mostly fall into the following to categories:
1/ Adding `typename' when accessing template dependent names, such as
   vector<T>::iterator.
2/ When accessing member classes of templatized parent classes, full qualification is
   required. Thus, when in Derived<dim>::f we want to access the type Base<dim>::ExcSomething,
   we have to use typename Base<dim>::ExcSomething now.

Overall, these changes should lead to more portable code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

tests for FullMatrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow this file to be compiled with -pedantic. this required some
work-arounds, described in the comments added in this patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve on the type of exception that is generated when a vector has
wrong size. Previously we got the null-information exception
--------------------------------------------------------
An error occurred in line <83> of file <source/numerics/data_out.cc> in function
    void DataOut_DoFData<2>::add_data_vector(const Vector<double> &, const vector<basic_string<char,string_char_traits<char>,__malloc_alloc_template<0> >,allocator<basic_string<char,string_char_traits<char>,__malloc_alloc_template<0> > > > &)
The violated condition was:
    ((vec.size() == dofs->get_tria().n_active_cells()) && (names.size() == 1)) || ((vec.size() == dofs->n_dofs()) && (names.size() == dofs->get_fe().n_components()))
The name and call sequence of the exception was:
    ExcInvalidNumberOfNames (names.size(), dofs->get_fe().n_components())
Additional Information:
You have to give one name per component in your data vector. The number you gave was 1, but the number of components is 1
--------------------------------------------------------
which does not shed much light on what the problem is (number of
components seems to be ok, not?)

Now we get
1--------------------------------------------------------
An error occurred in line <81> of file <source/numerics/data_out.cc> in function
    void DataOut_DoFData<2>::add_data_vector(const Vector<double> &, const vector<basic_string<char,string_char_traits<char>,__malloc_alloc_template<0> >,allocator<basic_string<char,string_char_traits<char>,__malloc_alloc_template<0> > > > &)
The violated condition was:
    (vec.size() == dofs->get_tria().n_active_cells()) || (vec.size() == dofs->n_dofs())
The name and call sequence of the exception was:
    ExcInvalidVectorSize(vec.size(), dofs->get_tria().n_active_cells(), dofs->n_dofs())
Additional Information:
The vector has size 0 but the DoFHandler objects says there are 2560 degrees of freedom and there are 2641 active cells.
--------------------------------------------------------

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3008 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Recent changes in the SparsityPattern class changed the order of
output, so fix this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3007 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some misspellings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

File *.check saves execution of tests without changed dependencies

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

continuing on FEDG_Pk

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3003 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Temporarily removed "initialize_matrices"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change in Quadrature

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

warnings removed in 3D

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

first step towards FEDG_Pk

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new access in SparseMatrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Exponential function

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2997 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be stricter with warnings. I'd like to have added -pedantic, but then
the compiler chokes on many exceptions without me knowing why...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2996 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing `typename's.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing `typenames'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2994 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comment on gdb.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2993 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SparseMatrix::el

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2992 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List configury revamp.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2991 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reduced sparsity pattern for DG-Multigrid

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2990 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d