Testsuite: Move matching tests: deal.II -> grid/

Merge pull request #1460 from drwells/update-flags-doc-formatting

Fix a doxygen issue with quoted italics.

Merge pull request #1457 from tamiko/cmake_workarounds

CMake: Drop /.../include/scotch from include dirs

Fix a doxygen issue with quoted italics.

Under certain circumstances Doxygen treats text surrounded by double
quotes as a verbatim environment, e.g., doxygen will convert '<i>' into
'&lt;i%gt;', which is not what we want when italicising text.

Merge pull request #1458 from bangerth/fix-test-11

Update test results.

CMake: FindTRILINOS.cmake: Drop /.../include/scotch from include dirs

scotch has the very unfortunate bad habit of containing a header file

  /usr/include/scotch/metis.h

If above directory is in our list of include directories, we will
accidentally pick up this header instead of /usr/include/metis.h

I assume it is safe to drop /usr/include/scotch/, this should be only
internally used in Trilinos...

Further, deduplicate library and include directory lists. *wow*

Also update 64-bit results.

Also update 64-bit results.

CMake: FindPETSC.cmake: Drop /.../include/scotch from include dirs

scotch has the very unfortunate bad habit of containing a header file

  /usr/include/scotch/metis.h

If above directory is in our list of include directories, we will
accidentally pick up this header instead of /usr/include/metis.h

I assume it is safe to drop /usr/include/scotch/, this should be only
internally used in PETSc...

Update test results.

These are the test results for METIS 5.1.0 via PETSc 3.6, on linux. 32-bit.

Merge pull request #1452 from tamiko/fix_compute_active_cell_halo_laye

Testsuite: Fix deal.II/grid_tools_halo_layer* tests

Testsuite: work around a bug with <gcc-4.9

Merge pull request #1456 from tjhei/glossary_update

Glossary update

more glossary fixes

update mg paper in glossary

Merge pull request #1310 from tamiko/block_linear_operator_overhaul

BlockLinearOperator overhaul

add a changes.h entry

Update documentation

A BlockLinearOperator class for storing linear operator block structures

Merge pull request #1451 from tamiko/fix_tests

Various testsuite fixes

Merge pull request #1450 from QiaoLei-88/doc_interpolate_boundary_values

Reword documentation of VectorTools::project_boundary_values()

Bugfix: Fix an include in filtered_iterator.h

reword documentation of VectorTools::project_boundary_values() and add in/out specification.

Testsuite: Avoid c++11isms

Testsuite: Avoid c++11isms

Merge pull request #1447 from bangerth/doc-update-36

Fix documentation text.

Fix documentation text.

Merge pull request #1446 from tamiko/fix_compilation

Fix compilation in c++98/03 mode

Fix compilation in c++98/03 mode

">>" for closing brackets is only valid syntax in C++11, and later.

Avoid c++11'ism and fix compilation for C++98/03 mode

Merge pull request #1442 from tamiko/complex_support

Support complex number types in Function, TensorFunction

Bugfix: Use Tensor<...,Number>() instead of Tensor<...>()

Add a changes.h entry

add a test for complex support in Function, TensorFunction

Instantiate dealii::Function and dealii::TensorFunction for complex scalars

Bugfix: Use Tensor<...,Number>() instead of Point<dim>()

Refactor template definitions into tensor_function.templates.h

Refactor template definitions into function.templates.h

Refactor template definitions into function_time.templates.h

Merge pull request #1436 from tamiko/refined_version_support

Testsuite: Allow for comparison operators in feature and compiler matches

small cleanup

add a changes.h entry

Documentation: Update to reflect changes in version constraint handling

Testsuite: Allow for comparison operators in feature and compiler matches

Merge pull request #1437 from tjhei/fix_halo_layer_compilation

fix compilation error in compute_ghost_cell_halo_layer

Merge pull request #1440 from drwells/fix-doc-typos-2

Fix doc typos 2

Remove trailing whitespace in the documentation.

Update the example cmake output.

The options provided by cmake have changed slightly since this was
originally written.

Fix some typos in the documentation.

fix compilation error in compute_ghost_cell_halo_layer

Fix the following compilation error on my machine (gcc 4.6.3)

/ssd/deal-git/source/grid/grid_tools.cc:1581:103: error: no matching
function for call to ‘compute_active_cell_halo_layer(const
dealii::Triangulation<1, 1>&,
dealii::IteratorFilters::LocallyOwnedCell)’
/ssd/deal-git/source/grid/grid_tools.cc:1581:103: note: candidate is:
/ssd/deal-git/source/grid/grid_tools.cc:1540:3: note: template<class
Container> std::vector<typename Container::active_cell_iterator>
dealii::GridTools::compute_active_cell_halo_layer(const Container&,
const std::function<bool(const typename
Container::active_cell_iterator&)>&)

Merge pull request #1396 from jppelteret/halo_functions

Implementation of general cell halo layer function inside GridTools.

Merge pull request #1434 from tamiko/complexify

Testsuite: test complex number support of LinearOperator

Implementation of general cell halo layer function inside GridTools.

Added filtered iterators that work on material id and active FE index, with the
option of only extracting locally owned cells.
Introduced a GridTools function to extract the halo layer that is composed
of a subset of ghost cells (triangulation type dependent).
Multiple tests to check for output based on a general predicate and the
implemented IteratorFilters.
The output of GridTools::compute_ghost_cell_halo_layer is tested against
a distributed triangulation, ensuring that we return all of the ghost cells
on each processor.

Merge pull request #1435 from bangerth/fix-names-in-changelog

Fix names in changes.h.

Fix misspelled names.

Merge pull request #1432 from bangerth/implement-boundary-indicators-in-GridIn-1d

fix typo

Instantiate GridIn<1,3>.

Set boundary indicators in GridIn on vertices in 1d.

We did not keep track of boundary indicators on vertices at all, even though
these are faces in 1d. Fix this.

PackagedOperation: Also test for complex number support

LinearOperator: Also test for complex number support

Merge pull request #1428 from bangerth/further-FEValues-cleanups-28

Unbreak compilation.

Unbreak compilation.

Apparently for some compilers we need to say this-> here, whereas
it works on my system :-(

Merge pull request #1425 from bangerth/further-FEValues-cleanups-27

Further fe values cleanups 27

Move initialization of MappingQ1::InternalData into this class.

This allows removing the poorly named 'compute_data()' function from
the interface of MappingQ1 (don't all functions somehow compute some
data?).

Move a bunch of internal functions into anonymous namespaces.

Like the MappingQ1 class, MappingFEField had a bunch of internal functions
that might as well live inside the .cc file only in an anonymous namespace.
Do so.

Move a bunch of internal functions into anonymous namespaces.

The MappingQ1 class had a bunch of internal functions that were part of the class
declaration but are in fact only ever used internally and do not need a whole
lot of information from the class itself. Move these functions into an anonymous
namespace in the .cc file so as to keep the external interface of the class
as small as possible.

Merge pull request #1427 from drwells/remove-affinity-test

Remove the test affinity.cc.

Merge pull request #1422 from bangerth/further-FEValues-cleanups-28

Reshuffle and group member declarations of MappingQ1.

Remove the test affinity.cc.

This test fails if users export the environment variable
DEAL_II_NUM_THREADS as a value unequal to the number of logical cores.

Merge pull request #1426 from tamiko/glob_for_categories

Testsuite: Automatically find testsuite subprojects

Testsuite: Automatically find testsuite subprojects

Glob together all testsuite subprojects instead of maintaining a fixed list
of categories.

Merge pull request #1423 from guidokanschat/warnings

eliminate two compiler warnings

eliminate two compiler warnings

Reshuffle and group member declarations of MappingQ1.

Merge pull request #1419 from bangerth/further-FEValues-cleanups-26

Make the Mapping and FE output objects members of FEValues.

Merge pull request #1420 from bangerth/restrict-template-arguments

Restrict template arguments for FEValues::reinit().

Merge pull request #1415 from tamiko/fixes_for_bc

Code cleanup and documentation update for periodic boundary conditions

Restrict template arguments for FEValues::reinit().

Make the Mapping and FE output objects members of FEValues.

Historically, the fields in the internal::FEValues::MappingRelatedData and
internal::FEValues::FiniteElementRelatedData classes were part of the (now
removed) base class FEValuesData. These two classes neatly split the fields of
this base class into separate categories, but they continued to enter the
FEValuesBase class via protected inheritance. This is not only slightly awkward,
but also not the easiest approach to understand if you start looking at stuff.

This patch is in essence incredibly boring: instead of having two protected
base classes, it introduces two protected member variables. The remainder
of the patch is then simply an exercise in making sure every use of the
henceforth member variables now accessese the members of the two new
class-type member variables. The only interesting aspect (and that's where
everything becomes much clearer with this design) is that when we call
Mapping::fill_fe_values() or the same function in FiniteElement, we no
longer need to implicitly cast down '*this' to the base class reference,
but can instead just use the new member variable.

Other than that the only noteworthy part of the patch is the introduction
of memory_consumption() functions for the two classes previously split out
from FEValuesData.

improve documentation on rotation matrix for periodic boundary descriptions

Fix typos and clarify documentation

fix indentation (astyle *** *** ****** *****!)

Add a changes.h entry

Closes #554

Fixup documentation for Periodicity constraints

Periodic bc: Adjust tests to new interface

Periodic bc: Relocate first_vector_components parameter

This commit removes the first_vector_components parameter from
GridTools::collect_periodic_faces(), as well as, the
first_vector_components data field from the struct
GridTools::PeriodicFacePair. The parameter is no added to all varianst of
DoFTools::make_periodicity_constraints instead.

This is an incompatible change made for consistency: A PeriodicFacePair
should not store first_vector_components and with that information about
the underlying finite element space.

Merge pull request #1417 from jppelteret/fix-mesh_converter

Bug fix in GridIn::read_abaqus(): Stride size is sometimes not

Merge pull request #1416 from QiaoLei-88/SparseMatrixEZ

let SparseMatrixEZ not reset memory allocation paramters in copy_from()

Bug fix in GridIn::read_abaqus(): Stride size is sometimes not
explicitly defined for ELSETS. Choose a default value if this is the
case. Fixes issue #1409

Merge pull request #1414 from bangerth/simplify-code

Simplify code.

Merge pull request #1406 from bangerth/further-FEValues-cleanups-25

Add a doxygen module on the interplay between FEValues, FE and Mapping.

let SparseMatrixEZ not reset memory allocation paramters in copy_from()

Simplify code.

Merge pull request #1411 from bangerth/fix-test-9

Fix tests in 64-bit mode.

Fix tests in 64-bit mode.

Both tests did not use types::global_dof_index and therefore
failed in 64-bit mode.

Merge pull request #1410 from drwells/remove-apple-gcc-3-compatability

Remove apple gcc 3 compatability

Merge pull request #1346 from QiaoLei-88/zeroToSparseMatrixEZ

make SparseMatrixEZ can accept new zero entry

Merge pull request #1408 from bangerth/fix-normal-vector-type

Make the type of normal vectors a Tensor.

Make the type of normal vectors a Tensor.

As discussed in #496, normal vectors are currently returned by FEValues
as Point<spacedim> objects, but since they are differential vectors, the
correct data type should be Tensor<1,dim>. This patch implements the solution
discussed in #496 by
* changing the return type of FEValues::normal_vector()
* deprecating FEValues::get_normal_vectors()
* introducing FEValues::get_all_normal_vectors() that returns a vector
  of tensors.

The old get_normal_vectors() function was deprecated. In order to
make it work, I also had to change the return type from a reference
to a straight array. This array may be bound to a reference in
many places in user codes, but the style we have used everywhere
is to make these reference variables very localized in scope and
so I don't foresee any problems.