Merge pull request #1891 from bangerth/fix-FE_DGPNonparametric

Adjust FE_DGPNonparametric to not return values on the reference cell.

Merge pull request #1892 from bangerth/fix-test

Fix a test so that it also runs in 64-bit mode.

Fix a test so that it also runs in 64-bit mode.

Provide changelog.

Adjust test.

Adjust FE_DGPNonparametric to not return values on the reference cell.

This is because the element does not define its shape functions by mapping
from the reference cell, so evaluating anything on the reference cell
makes no sense. Fix this by throwing an exception, as discussed in
the documentation of the corresponding functions in the base class.

Improve exception message.

Merge pull request #1890 from tamiko/fix_mpi_detection

CMake: Compatibility fixes for CMake 3.4.0

CMake: Compatibility fixes for CMake 3.4.0

CMake 3.4.0 no longer exports MPI_<LANGUAGE>_COMPILER as cached variable.
Therefore, we also have to make sure to unset ordinary variables (in
addition to cached variables) for our "retry" pass.

Merge pull request #1800 from Rombur/la_vector

Add LinearAlgebra::Vector derived from ReadWriteVector and VectorSpaceVector

Remove sadd(scalar,Vector) from VectorSpaceVector interface.

Merge pull request #1882 from tjhei/remove_depr_multithreadinfo

remove deprecated MultithreadInfo code

changelog entry

remove deprecated MultithreadInfo code

Merge pull request #1884 from barker29/patch-1

Update tria_boundary_lib.cc

Update tria_boundary_lib.cc

Bug fix to allow CylinderBoundary<2,3>

Fix a typo in a comment.

Merge pull request #1880 from tjhei/rework_expand_instantiation_macros

fix expand_instantiation split logic

fix expand_instantiation split logic

We optionally split instantiations in the generated .inst files based on
two macros SPLIT_INSTANTIATIONS_COUNT and SPLIT_INSTANTIATIONS_INDEX.
Intel 14 generates an error with an invalid % 0 in the old solution,
which happens if _COUNT is undefined. Fix this by defining a macro at
the beginning of the .inst file.

Merge pull request #1881 from drwells/undo-vector-scalar-add-deprecation

Revert deprecation of Vector::add(scalar).

Update a deprecation message in changes.h.

These functions are no longer deprecated and should not be marked as
such in the changelog.

Revert deprecation of Vector::add(scalar).

This commit partially reverts commit
a45f633f0fc797a499559887d2b5d6be6bf1a508. The un-deprecated functions
were found to be useful an Aspect application, where one subtracted the
mean value from a vector of pressure values.

Merge pull request #1863 from bangerth/document-get_data

Document FiniteElement::get_*_data().

Merge pull request #1878 from Rombur/vertex_iterator

Allow to iterate on vertices when dim = 2 or 3.

Improve operator --

Improve documentation.

Allow to iterate on vertices when dim = 2 or 3.

Merge pull request #1875 from tjhei/quick_test_msg

display friendly quicktest message

display friendly quicktest message

Merge pull request #1873 from tjhei/trilinos_ml_deterministic

make Trilinos ML deterministic

make Trilinos ML deterministic

Trilinos version 12.2 and older initialize a random seed every time the
ML preconditioner is constructed leading to non-deterministic behavior.
Reported in 2011, this has been finally fixed in 12.4 with the new
"initialize random seed" parameter. Yay!

Merge pull request #1877 from ESeNonFossiIo/warning

silence warning

Merge pull request #1864 from bangerth/doc-update-39

Update documentation of FiniteElement::shape_*.

silence warning

Merge pull request #1874 from tjhei/trilinos_warning

fix trilinos warning

fix trilinos warning

Merge pull request #1872 from bangerth/doc-update-40

Update documentation about sparsity patterns.

Update documentation about sparsity patterns.

Merge pull request #1871 from bangerth/work-around-compiler-bug

Work around a bug in gcc 4.6.

Work around a bug in gcc 4.6.

Merge pull request #1868 from jppelteret/fix_precondition_selector

Remove errant line left over from a merge conflict.

Remove errant line left over from a merge conflict.

Merge pull request #1867 from drwells/consistent-template-type-names

Consistent template type names

Prefer PolynomialType to POLY.

Prefer StreamType to STREAM.

Prefer PreconditionerType to PRECONDITIONER.

Fix an astyle indentation issue.

Prefer SolverType to SOLVER.

More MATRIX to MatrixType

More VECTOR -> VectorType

Prefer BlockVectorType to BLOCK_VECTOR.

More MATRIX -> MatrixType

Even more VECTOR -> VectorType

More VECTOR -> VectorType

More VECTOR -> VectorType

Remove trailing blank lines

More VECTOR -> VectorType

MATRIX to MatrixType, part 1

TODO double check Range, Domain, and VECTOR

VECTOR to VectorType, part 2

VECTOR to VectorType, part 1

Update documentation of FiniteElement::shape_*.

The updated documentation makes it clearer what implementations are
supposed to do if they overload these functions, and what the default
implementation already does. It also fixes incorrect references in
shape_3rd/4th_derivatives().

Document FiniteElement::get_*_data().

Merge pull request #1859 from luca-heltai/fix-diag-blop

Fixed bug in DiagonalBlockLinearOperator.

Merge pull request #1860 from bangerth/add-output-object-to-get_data

Add an output data object to FE::get_*_data().

Merge pull request #1854 from davydden/slepc_unit_tests_initial_space

Slepc unit tests and initial space

Add read/write operations to LinearAlgebra::Vector.

Fixed indentation.

Added test for BlockDiagonalOperator bug.

Merge pull request #1858 from luca-heltai/fix-header

Fixed header.

Added symmetric tensor to sacado_product_type.

Add an output data object to FE::get_*_data().

This allows finite elements to already fill certain output data elements
at the time the get_data() function is called, rather than having to later
figure out whether this is the first time (or not) they get into
fill_fe_*_values().

In its current form, the patch only adds that possibility to passing the
same output object to FiniteElement::get_*_data() that will later be used
when FiniteElement::fill_fe_*_values() will be called. The patch does not
actually implement any of the elements using this -- I will leave this
to a later patch addressing #1824.

Explicitly specify templates. Not specifying them would make the compiler confused about what version of block_operator to use.

Fixed header.

minor renaming of data members and variables in SLEPc solver

Merge pull request #1856 from tjhei/step-40-trilpetsc

decide between Trilinos and PETSc in step-40

decide between Trilinos and PETSc in step-40

based on a patch sent in by Kevin Drzycimski on the mailing list

Merge pull request #1855 from asartori86/symmetric_tensor_sacado

specialized scalar_product(SymmetricTensor,Tensor) with sacado

specialized scalar_product symmetric*tensor with sacado

Add exceptions when we cannot downcast a VectorSpaceVector object to Vector.

Add LinearAlgebra::Vector derived from LinearAlgebra::ReadWriteVector and LinearAlgebra::VectorSpaceVector.

a note in changes about SLEPc

GHEP and SHEP unit tests for SLEPc

extra options to Lanczos and GD SLEPc solvers

add set_initial_space() to SLEPc solvers

Merge pull request #1849 from bangerth/update-fill_fe_values-argument-list

Update fill fe values argument list

Merge pull request #1847 from adamkosik/master

FETools::project_dg, initialize output to zero

Document FiniteElement::fill_fe_*_values() arguments.

Add entry in news/changes.h.

Merge pull request #1852 from tamiko/do_not_run_step45

Testsuite: Bugfix: Do not run step-45

Merge pull request #1850 from bangerth/add-test

Add test.

Testsuite: Bugfix: Do not run step-45

step 45 is no longer configuration independent.

Add test.

This is a simplified test of FESystems whose base elements are again FESystems.
The test helped me debug a couple of issues, and might be of help again
at a later time. It is a simpler version of fe/shapes_system.

FETools::project_dg, initialize output to zero

Merge pull request #1846 from gassmoeller/fix-real-to-unit-zero-discriminant-again

Fix MappingQ1

Fix MappingQ1

Reshuffle the argument list of FE::fill_fe_*_values().

This brings the argument list in line with the changes made to Mapping in #1204.
In essence, it is all about sorting the list in a halfway reasonable order. No
functional changes.

The patch changes all of the derived finite element classes as well. In some cases
it changes the name of arguments to match a uniform style.

Merge pull request #1845 from bangerth/improve-loop-nesting

Improve loop nesting.

Make the same kind of changes also to FESystem.

Improve loop nesting.

We had a number of places of the form
  for (...tight loop...)
    if (constant condition)
      data update;

The compiler almost certainly can hoist the condition out of the loop,
but why make it this complicated for the compiler. I also find the code
easier to read because the loop is really only over a counting index
and does not carry any particular meaning at a level higher than the
if-statement.