rename assign_petsc_matrix/vector to reinit

Merge pull request #14508 from tamiko/modernize_cmake_part_11

Merge pull request #14701 from bangerth/explicit

Also mark some variable instantiations as 'extern'.

Merge pull request #14722 from masterleinad/introduce_deal_ii_if_constexpr

Introduce DEAL_II_IF_CONSTEXPR

Merge pull request #14719 from drwells/more-initlog

Use initlog() in more tests.

Merge pull request #14702 from drwells/set-combined-orientation

Set combined orientation

Merge pull request #14602 from luca-heltai/petsc-petscmat-to-dealiimat

PETScWrappers:BlockSparseMatrix: constructor from PETSc Mat

Merge pull request #14709 from drwells/misc-reference-cell

Miscellaneous improvements to ReferenceCell

Merge pull request #14723 from tamiko/silence_configure_warnings

CMake: silence the CMAKE_CXX_EXTENSIONS warning when including Kokkos

Fxi some more whitespaces

Use DEAL_II_IF_CONSTEXPR as attribute

Merge pull request #14724 from tamiko/silence_configure_warnings_2

CMake: Silence a warning about HDF5_ROOT containing NOTFOUND

Merge pull request #14718 from masterleinad/fix_get_position_vector_test

Add explicit instantiations for VectorTools::get_position_vector overload

Merge pull request #14725 from tamiko/fix_bundled_boost_warning

Boost: apply an upstream patch to silence -Wnonnull warnings

Boost: apply an upstream patch to silence -Wnonnull warnings

This commit applies boost upstream patch:

  From affc79e04514b4cc4177967ced85f7674f3a6642 Mon Sep 17 00:00:00 2001
  From: "Romain Geissler @ Amadeus" <...>
  Date: Thu, 4 Mar 2021 03:23:14 +0100
  Subject: [PATCH] Ignore -Wnonnull new gcc 11 warnings. (#28)

CMake: Silence a warning about HDF5_ROOT containing NOTFOUND

The FindHDF5.cmake package might set HDF5_DIR to "HDF5_DIR-NOTFOUND"
(even though it finds and configures an HDF5 installation without a
problem). This isn't terribly elegant, but us setting HDF5_ROOT to that
variable triggers a bogus warning.

Thus filter the invalid name.

CMake: silence the CMAKE_CXX_EXTENSIONS warning when including Kokkos

The CMAKE_CXX_EXTENSIONS variable controls whether CMake sets the
"CXX_EXTENSIONS" property for a target. If this property is set then
CMake ensures that gnu extensions are enabled by default by using
corresponding -std=gnu1X flags instead of -std=cxx1X flags.

Kokkos forcefully disables this variable as soon as FindKOKKOS.cmake is
included with a prominent warning. Thus simply set the variable prior to
including FindKOKKOS.cmake.

On a sidenote - Kokkos' workaround here is not really effective: We
currently do not use the CXX_STANDARD target property but set the
language standard by hand. Thus, the variable is simply ignored.

Also, even if a project happens to use the CMAKE_CXX_STANDARD variable,
this generally doesn't work as the project that includes
FindKOKKOS.cmake can simply override the variable later.

Merge pull request #14720 from drwells/fix-suitesparse-type

SparseDirectUMFPACK: Use the correct type alias.

Introduce DEAL_II_IF_CONSTEXPR

Merge pull request #14714 from masterleinad/kokkos_initialization_thread-safe

Make ensure_kokkos_initialized thread-safe

Use initlog() in more tests.

These required a small amount of manual tidying-up but the script I used to
generate most of the changes is

#!/usr/bin/env python3

import sys

lines = list()
skip_next_if_blank = False
with open(sys.argv[1], 'r') as handle:
    for line in handle:
        if line != 'std::ofstream logfile("output");\n':
            if "deallog.attach" not in line:
                if skip_next_if_blank and line == "\n":
                    pass
                else:
                    lines.append(line.replace("logfile",
                                              "deallog.get_file_stream()"))
                    skip_next_if_blank = False
        else:
            skip_next_if_blank = True

found_main = False
line_after_main = -1
with open(sys.argv[1], 'w') as handle:
    for line in lines:
        handle.write(line)
        if line.startswith("main("):
            found_main = True
        if found_main:
            line_after_main = line_after_main + 1
        if line_after_main == 1:
            handle.write("  initlog();\n")

SparseDirectUMFPACK: Use the correct type alias.

Merge pull request #14715 from luca-heltai/stefanozampini/cmake-slepc

Configure: enhance discovery of SLEPc

Add explicit instantiations for VectorTools::get_position_vector overload

Configure: allow discovery of SLEPc when PETSc has been configure with --download-slepc

Make ensure_kokkos_initialized thread-safe

Merge pull request #14628 from masterleinad/move_cuda_tests

define_interface_target: guard link options with generator expression

add a news/changes entry

CMake: update the set of admissible feature variables

CMake: add define_interface_target()

This function defines interface targets for a given feature described by
appropriate CMake variables <FEATURE>_<SUFFIX>.

CMake: require CMake version 3.11

Merge pull request #14601 from luca-heltai/petsc-mpi-comm-in-vectors

Align PETSc mpi comm with comm of PETSc Vec type, and expose VecNest type

Merge pull request #14712 from peterrum/test_mg_k1

Merge pull request #14710 from drwells/reference-cell-consolidate-tables

ReferenceCell: consolidate some tables.

Global-coarsening MG: test linear elements

Merge pull request #14708 from marcfehling/cellweights

Added default constructor for CellWeights.

ReferenceCell: split a string.

ReferenceCell: use more switch statements.

ReferenceCell: use std::numeric_limits.

ReferenceCell: Introduce an alias for std::equal().

This makes this a lot easier to read.

ReferenceCell: consolidate some tables.

ReferenceCell: Use unsigned chars for orientation.

Triangulation: Use lines_per_face for indexing.

It's more descriptive as this array is only used in 3D.

Merge pull request #14361 from jh66637/is_neighbor

Fix sundials test

Add missing compress in tests

Remove usage of VecGetValues

It fails with the newest versions of PETSc if the vector is not assembled

PETScWrappers: add a couple of missing reinits

remove NULL

PETScWrappers::MPI::BlockVector Add missing conversion operator for const

Make the documentation clear about what the assign function does.

Moved initialization of petsc_nest_vector into ctrs.

Apply suggestions from code review. Documentation part.

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

ChangeLog.

PETScWrappers: improve BlockVector class

remove the virtual method get_mpi_communicator,
and always return the communicator of the PETSc object

Remove now-unused orientation functions.

Switch to setting the combined orientation.

Merge pull request #14706 from drwells/remove-ReferenceCell-namespace

Remove reference cell namespace

Merge pull request #14707 from marcfehling/poisseuille

Minor changes to PoisseuilleFlow.

Added default constructor for CellWeights.

Minor changes to PoisseuilleFlow.

dealii::ReferenceCells -> ReferenceCells

Remove the internal::ReferenceCell namespace.

This namespace is annoying since it has the same name as a class (and therefore
takes precedence in lookup inside internal namespaces)

Merge pull request #14705 from masterleinad/fix_race_kokkos_initialize

Fix race condition in implicit Kokkos initialization

Exclude extern declaration from MS VC consideration.

Fix race condition in implicit Kokkos initialization

Also mark some variable instantiations as 'extern'.

Merge pull request #14703 from tamiko/fix_race_condition

Test: sundials/n_vector: fix race condition

Merge pull request #14700 from drwells/fix-static-assert-messages

Improve two static_assert()s.

Merge pull request #14699 from tamiko/add_missing_includes_2

include/deal.II/optimization/line_minimization.h add missing include

Improve two static_assert()s.

Merge pull request #14698 from bangerth/explicit

Declare the existence of explicit instantiations.

include/deal.II/optimization/line_minimization.h add missing include

Add BBox::has_overlap_with() and fix NeighborType for 1D overlapping BBoxes

Merge pull request #14697 from bangerth/doc-89

Add a comment for a recent patch.

Merge pull request #14683 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-usematseqaij

PETScWrappers::MPI::SparseMatrix: use SEQAIJ with one process

Merge pull request #14684 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-zerorowscolumns

PETScWrappers::MatrixBase implement clear_rows_columns

Merge pull request #14696 from tamiko/add_missing_includes

Tests: optimization/* add missing includes

Declare the existence of explicit instantiations.

Add a comment for a recent patch.

Merge pull request #14694 from drwells/n-face-orientations-2

Use ReferenceCell::n_face_orientations() in a few more places.

Tests: optimization/* add missing include

Some of the optimization tests use a std::function object but forget to
include the header. These tests work with older versions of libstdc++
due to some transitive include but fail for current versions:

/home/testsuite/workspace/regression_tests/dealii/include/deal.II/optimization/line_minimization.h:323:16: error: 'function' in namespace 'std' does not name a template type
  323 |     const std::function<std::pair<NumberType, NumberType>(const NumberType x)>
      |                ^~~~~~~~
/home/testsuite/workspace/regression_tests/dealii/include/deal.II/optimization/line_minimization.h:30:1: note: 'std::function' is defined in header '<functional>'; did you forget to '#include <functional>'?
   29 | #include <fstream>
  +++ |+#include <functional>
   30 | #include <limits>

Merge pull request #14688 from vyushut/keywords

Update doc/doxygen/tutorial/tutorial.h.in

Co-authored-by: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>

Merge pull request #14690 from tamiko/always_run_quicktests

Use ReferenceCell::n_face_orientations() in a few more places.

Merge pull request #14677 from luca-heltai/stefanozampini/petsckokkos

Configure: support KOKKOS when found with PETSc

Merge pull request #14687 from drwells/n-lines-warning

Re-implement a compiler warning workaround

Remove outdated comments

Add comments

Testsuite: run quick tests during build test

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Update source/lac/petsc_matrix_base.cc

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Merge pull request #14681 from nlsmrg/replace-ucd-to-deal

Merge pull request #14689 from tamiko/add_tester_ng

CMake: Promote "tester-ng" to official regression tester

CMake: Promote "tester-ng" to official regression tester

Merge pull request #14682 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-mpivectorbase

PETScWrappers::MPI::Vector use VectorBase contructor from Vec

Merge pull request #14679 from bangerth/vtu-cleanup

Minor cleanup in the VTU writer.