Merge pull request #4050 from kronbichler/fix_cell_similarity

Fix two subtle bugs with cell similarity

Merge pull request #4034 from masterleinad/fix_detructor_throw

Fix asserts in destructors

Merge pull request #4040 from drwells/deprecate-swappable

Deprecate SwappableVector.

Add additional listener to grid movement

Merge pull request #4051 from drwells/fix-io-checks

Improve some IO checks

Merge pull request #4046 from nfehn/master

Add operators *= and /= to LAPACKFullMatrix

Simplify a geometrical check.

Both branches currently throw an exception, but the second message is more
descriptive.

Redo some checks to throw ExcIO.

Add changelog

Fix a bug in cell similarity detection with FESystem

Merge pull request #4048 from jppelteret/doxygen_error_log

When doxygen fails, make a copy of the error log for debugging purposes.

Fix a bug in cell similarity detection after GridTools::transform

When doxygen fails, make a copy of the error log for debugging purposes.

Merge pull request #4047 from kronbichler/fix_more_tests_2

Fix tests without C++11

Fix tests without C++11

Add operators *= and /= to LAPACKFullMatrix

Catch throwing function in destructor

Merge pull request #4045 from kronbichler/improve_feevaluation_doc

Extend documentation of FEEvaluation regarding threads.

Merge pull request #4042 from kronbichler/fix_more_tests

Fix two more tests

Merge pull request #4044 from drwells/remove-timer-from-test

Do not use a timer in a test.

Extend documentation of FEEvaluation regarding threads.

Do not use a timer in a test.

This test tried to ensure that an algorithm ran in linear time by taking runtime
measurements: this tends to fail intermittently so remove these checks.

The test is still useful since it will time out if we regress to the old
quadratic time algorithm.

Merge pull request #4037 from masterleinad/fix_pre_c++11

Fix pre c++11 issues

Fix pre-C++11 issues

Provide additional 64 bit output numbers for DataOut.

Add output file for OpenMPI 1.8.x.

Verified on two machines with different installations, using 1.8.7 and 1.8.8

Merge pull request #4039 from drwells/use-assert-internal-error

Use Assert, not AssertThrow, with ExcInternalError.

Merge pull request #4041 from drwells/update-contributing-links

Update video lecture links to point to Colorado State.

Update video lecture links to point to Colorado State.

Deprecate SwappableVector.

There are no tests for this class and it has been superceded by the
serialization classes.

Use Assert, not AssertThrow, with ExcInternalError.

Merge pull request #4035 from kronbichler/fix_nonmpi_tests

Enable tests to run without MPI

Enable tests to run without MPI.

Merge pull request #4032 from kronbichler/fix_mpi_tests

Fix multigrid/mpi tests

Merge pull request #4029 from kronbichler/fix_test_output_with_fma

Add output variants for builds with FMA

Merge pull request #4033 from masterleinad/fix_unused_var

Handle more unused variables and parameters

Handle more unused variables and parameters

Fix multigrid mpi tests by better output

Merge pull request #4031 from kronbichler/remove_unused_variables

Remove unused variables

Remove unused variables

Merge pull request #4022 from masterleinad/add_operators_blockbase

Add MatrixFreeOperators::BlockBase

changelog entry and a test for a Stokes operator using MatrixFreeOperatorsBase

Add support for BlockVectors and block operators to MatrixFreeOperators::Base

Merge pull request #4030 from drwells/more-cppcheck

Run cppcheck again.

Merge pull request #4028 from kronbichler/fix_tests_02

Extend test suite for non-threaded build

Mark a function as static.

This was caught by cppcheck.

Remove some unused non-public functions.

These were found by cppcheck.

Mark some header-defined functions as inline.

Reduce the scope of some variables.

This was caught by cppcheck.

Remove some empty destructors.

The compiler can generate these for us.

Add second file output for builds with FMA

Add second binary output for builds with FMA

Adjust test output on Intel CPUs with FMA enabled.

Add additional output for memory consumption test (without threads).

Relax tolerance a for float zero slightly

Avoid superfluous include file

Run test with threads only

Merge pull request #4027 from drwells/remove-extra-typename

Remove some unnecessary typenames.

Remove some unnecessary typenames.

These types are fully qualified so we do not need to prefix them with
'typename'.

Merge pull request #4026 from tjhei/msvc_mat_free_fix

fix matrix free compilation

fix matrix free compilation

MSVC complains

Merge pull request #4025 from kronbichler/fix_missing_include_nothreads

Add missing include file when compiling without threads.

Add missing include file when compiling without threads.

Merge pull request #4024 from kronbichler/avoid_compiler_warning

Avoid compiler warning without threads

Merge pull request #4023 from kronbichler/fix_static_build

Mark functions inline to fix mpi/renumber_cuthill_mckee in static build

Avoid compiler warning without threads

Mark functions inline to fix tests mpi/renumber_cuthill_mckee in static build

Merge branch pull request #4008 from loylick/buildsystem

Merges #4008. Closes #4008.

corrected cmake scripts so that they are capable of finding existing PETSC and SLEPC installations.

Signed-off-by: Matthias Maier <tamiko@43-1.org>

Merge pull request #4021 from MathiasMen/VectorizationElasticityKinematics

Vectorization Physics::Elasticity::Kinematics

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Merge pull request #4018 from kronbichler/separate_file_tensor_product_kernels

Move tensor product kernels from fe_evaluation.h into separate file

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Merge pull request #4020 from bangerth/fix-changelog-2

Fix the name of a function referenced in a changelog entry.

Fix the name of a function referenced in a changelog entry.

Merge pull request #4019 from bangerth/fix-changelog

Fix a changelog entry.

Fix a changelog entry.

Move tensor product kernels from fe_evaluation.h into separate file

Merge pull request #4017 from drwells/add-stream-flag-restorations

Restore stream flags after use.

Merge pull request #4014 from masterleinad/fix_coverity

Fix some issues reported by Coverity

Restore stream flags after use.

This was caught by Coverity.

Merge pull request #4007 from drwells/add-diff-execution-check

Check that numdiff and diff can run with very simple input.

Add a simple numdiff relative tolerance test.

This test ensures that we can use numdiff to check differences with a relative
tolerance (i.e., that numdiff is not a symlink to diff).

Merge pull request #3995 from davydden/mf_operator_vectortype

change MatrixFreeOperators from Number to VectorType template

Merge pull request #4016 from kronbichler/fix_transfer_tests_no_mpi

Recent MG transfer tests do not use MPI -> remove mpi_initlog

Merge pull request #4002 from kronbichler/msvc_fix_large_offset

Fix FEEvaluation path with degree -1 for MSVC compiler

Merge pull request #4015 from davydden/parallel_for_start_end

extend internal::VectorOperations::parallel_for() to [start,end)

Recent MG transfer tests do not use MPI -> remove mpi_initlog

Fix issues reported by Coverity

extend internal::VectorOperations::parallel_for() to [start,end)

Additional tests without the template

Fix FEEvaluation path with degree -1 for MSVC compiler

Furthermore, clean up the code path for degree -1 in FE_DGP and FE_QDG0.

Merge pull request #4013 from davydden/bugfix/index_within_set

fix IndexSet::index_within_set() for an empty index set

fix IndexSet::index_within_set() for an empty index set

Merge pull request #4003 from bangerth/fix-formatting

Improve formatting of figures.

Merge pull request #4010 from masterleinad/fix_intel_tests

Suppress warnings for pointless comparison

Suppress warnings for pointless comparison

Merge pull request #4009 from masterleinad/fix_intel_tests

Fix tests failing due to round-off inconsistency.