Merge pull request #70 from bangerth/corrections

Minor corrections to a recent code gallery addition

Merge pull request #71 from bangerth/ref

Fix a wrong glossary reference.

Fix a wrong glossary reference.

Use correct latex markup.

Reduce the number of tutorials this program 'depends on'.

Merge pull request #67 from tjhei/doxygen_fix

fix doxygen warning

Merge pull request #32 from Jie-Cheng/time-dependent-navier-stokes

Time-dependent Navier-Stokes

remove warning

fix cmake config

Merge pull request #65 from krishnakumarg1984/tutorial_dag_fix

cleanup tutorial DAG for couple of code-gallery programs

cleanup tutorial DAG for coupel of code-gallery programs

Merge pull request #64 from bangerth/fix

Fix a bug in the Metropolis-Hastings solver.

Simplify the code slightly.

Adjust the number of samples to be computed.

Adjust the proposal distribution to get a particular acceptance ratio.

Pad output file names to a uniform length appropriate for unsigned integers.

Increase the precision of the output.

Augment documentation.

Fix a bug in the Metropolis-Hastings solver.

Merge pull request #60 from jppelteret/Magneto_Active_Polymers_Book-01

Add placeholder for Magneto-active polymers book

Add placeholder for Magneto-active polymers book

Merge pull request #58 from tamiko/update_to_9.1-4

ElastoplasticTorsion: Update to 9.1

Merge pull request #56 from tamiko/update_to_9.1-2

CeresFE: Update to 9.1

Merge pull request #57 from tamiko/update_to_9.1-3

Distributed_LDG_Method: Update to 9.1

Merge pull request #59 from tamiko/update_to_9.1-5

elastoplasticity: Update to 9.1

Merge pull request #55 from tamiko/update_to_9.1

cdr: Update to 9.1

update FunctionMap

Use AffineConstraints<double>

Update FunctionMap

use AffineConstraints<double>

use AffineConstraints<double>

update FunctionMap

use AffineConstraints<double>

remove obsolete header file

use affine_constraints.h

cdr: Do not use deprecated FunctionMap type

cdr: use affine_constraints.h

cdr: Use AffineConstraints<double>

Merge pull request #54 from bangerth/update

Update the MCMC-Laplace Readme.md file.

Update the MCMC-Laplace Readme.md file.

Merge pull request #52 from bangerth/mcmc-laplace

Add a code that solves a Bayesian inverse problem

Require deal.II 9.1.

Tabulate the exact measurement values, rather than compute them on the fly.

Use the correct quadrature formula order.

Update an outdated program name.

Make all but one of the changes requested by Timo. They are all no-ops
-- the output is the exact same as before.

Merge pull request #53 from bangerth/language

Fix a language issue.

Fix a language issue.

Write the documentation.

Write the program that samples from the posterior probability.

Merge pull request #51 from bangerth/update-goal-oriented

Update the readme.md file of a code gallery code.

Update readme.md.

Merge pull request #45 from tamiko/ceres_fixes

Ceres: Fix CMakeLists.txt, add libconfig dependency

add library variant

Put verbose deal.II error message back in place

Update docs

reindent

Fix Readme.md

Make Ceres compile without warnings

Ceres: Fix CMakeLists.txt, add libconfig dependency

Merge pull request #48 from masterleinad/fix_gcc_9_deprecations

Avoid using the deprecated functions

Avoid using the deprecated functions

Bump the required deal.II version to 9.0

Parallelize the code

Update ReadMe.md

Time-dependent Navier-Stokes

Merge pull request #44 from jppelteret/CQSFS_elas_03

Update the readme file of the cook membrane example.

Update the readme file of the cook membrane example.

Merge pull request #40 from masterleinad/indenting

Apply indenting script

Apply indenting script

Merge pull request #43 from jppelteret/CQSFS_elas_update_02

Use function from Physics module instead of hardcoded equivalent

Remove obsolete StandardTensors class from Cook membrane problem

Use function from Physics module instead of hardcoded equivalent

Since the addition of fixes to the AD number support, all of the functions in the Physics module now work with all of our supported AD number types. Previously, this line would not compile for nested Sacado Rad-DFad types.

Merge pull request #42 from bangerth/minor-edits

Minor edits to grammar and formulas.

Minor edits to grammar and formulas.

Merge pull request #39 from masterleinad/fix_code_gallery

Fix compiler errors and warnings

Fix two_phase_flow

Fix Quasi_static_Finite_strain_Quasi_incompressible_ViscoElasticity

Fix Quasi_static_Finite_strain_Compressible_Elasticity

Fix Linear_Elastic_Active_Skeletal_Muscle_Model

Fix goal_oriented_elastoplasticity

Fix ElastoplasticTorsion

Fix CeresFE

Fix cdr

Merge pull request #37 from bangerth/make-compile

Update code gallery code to make it compile cleanly.

Merge pull request #38 from bangerth/update-data-postprocessor

Update the way we use DataPostprocessor in the two-phase-flow code gallery.

Update the way we use DataPostprocessor in the two-phase-flow code gallery.

Update code gallery code to make it compile cleanly.

Specifically, remove inclusion of a header file that is (i) no longer around, and
(ii) apparently not needed. Also avoid calling a deprecated function.

Merge pull request #36 from tamiko/update_code_gallery

CMake update and slight rewording of README.md

Remove unnecessary CMakeLists.txt file

We will add a hook in the main deal.II directory to simultaneously build
all code-gallery examples (as part of the main build) instead.

Reword README.md instructions

Merge pull request #35 from eldarkh/code-gallery-mfmfe

Multipoint Flux Mixed Finite Element method with deal.II

Code gallery: MFMFE

Merge pull request #34 from jppelteret/QSFSCE-ad

Modernise and add assembly for cook membrane problem using automatic differentiation

Add assembly for cook membrane problem using automatic differentiation

Make cook membrane problem dimension independent

Merge pull request #29 from jppelteret/linear_muscle_model

Linear Elastic Active Skeletal Muscle Model

Add DOI and funding acknowledgement

Merge pull request #31 from jppelteret/add_doi_01

Add citations and funding acknowledgement