C++ cleanup: Remove TransposeMatrix

Merge pull request #4199 from bangerth/doc-update

Minor updates to the documentation of FE_Q_iso_Q1.

Merge pull request #4201 from drwells/fix-clang-c++11-check

Fix the check for compilers defaulting to C++11.

Merge pull request #4205 from luca-heltai/doi-step34

add step-34 DOI

add step-34 DOI

Merge pull request #4202 from bangerth/implement-convert-interface-6

Implement FE::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values() for FE_Q_iso_Q1.

Merge pull request #4203 from bangerth/doc-update-2

Update a glossary entry on node functionals.

Fix the check for compilers defaulting to C++11.

Some compilers (notably clang on macOS) enable C++11 features as
extensions even when __cplusplus == 199711 (i.e., compilation in C++98
mode). Mixing language versions in this way confuses some system
headers (i..e., override versus throw()), so only treat the default
compiler setting as C++11 if it sets the right value for __cplusplus.

Update a glossary entry on node functionals.

Implement FE::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values() for FE_Q_iso_Q1.

Be more specific which files we feed to doxygen.

Specifically, make sure that we exclude the doc/news/changes/README.md file.

Minor updates to the documentation of FE_Q_iso_Q1.

Merge pull request #4187 from bangerth/implement-convert-interface-2

Implement FE::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values() for FESystem.

Merge pull request #4198 from bangerth/fix-cxx11-merge

Fix occurrences of std_cxx11.

Merge pull request #4196 from bangerth/align-args

Align function argument names.

Fix occurrences of std_cxx11.

Align function argument names.

Merge pull request #4128 from Rombur/std_cxx11

Replace std_cxx11 and std_cxx1x functions by std ones

Merge pull request #4189 from bangerth/implement-convert-interface-4

Convert tests.

Merge pull request #4185 from bangerth/implement-convert-interface

Implement FE::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values() for FE_Q, FE_DGQ, FE_DGQArbitraryNodes.

Merge pull request #4183 from gassmoeller/use_manifold_for_boundary_normal_vector

Use manifold instead of boundary for VectorTools::compute_nonzero_normal_flux_constraints

Merge pull request #4192 from tamiko/cmake_check_for_zlib

CMake: Also check for enabled zlib support in p4est

CMake: Also check for enabled zlib support in p4est

Even though we might not necessarily use zlib compression in p4est
output at all, p4est might silently fail if zlib support is disabled.

Work around this issue by always requiring a p4est installation with
enabled zlib support.

Closes #4151

Merge pull request #4188 from bangerth/implement-convert-interface-3

Remove a test.

Merge pull request #4191 from bangerth/implement-convert-interface-5

Minor code cleanups.

Merge pull request #4190 from tjhei/changes_h_in_built

generate changes.h.in in binary dir

Minor code cleanups.

Implement FE::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values for FESystem.

generate changes.h in binary dir

closes #4102

Implement FE::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values() for FE_Q, FE_DGQ, FE_DGQArbitraryNodes.

Convert tests.

Specifically, convert all tests from FE::interpolate to
FE::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values.

Since the former had three variants but that latter only one,
this also requires deleting some code and updating test results.

Remove a test.

The test checks variations of the FiniteElement::interpolate() function
that were deprecated before the last release and will be removed soon.

The fe/fe_rannacher_turek_01 test continues to test the main
signature of that function, and will be converted to use
FE::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values().

Merge pull request #4182 from gassmoeller/fix_2d_spherical_tangent_vector

Fix 2d spherical manifold tangent vector

Add test

Merge pull request #4184 from bangerth/doc-update

Minor updates to the documentation of a couple of classes.

Merge pull request #4171 from drwells/partitioner-swap

Use a swap in place of a copy.

Merge pull request #4106 from drwells/require-c++11

Require C++11.

Minor updates to the documentation of a couple of classes.

Handle special case SphericalManifold::get_tangent_vector

Use manifold instead of boundary

Merge pull request #4180 from tjhei/add_doi_for_step_57

add step-57 DOI

add step-57 DOI

Merge pull request #4173 from tjhei/mathjax_new_cdn

change MathJax CDN

Merge pull request #4174 from jppelteret/step-44-doc_update_01

Add DOI citation to step-44

Add DOI citation to step-44

Merge pull request #4139 from kronbichler/cleanup_shape_info

Proper tolerance scaling for gradients and Hessians at high degrees

Merge pull request #4145 from tjhei/doi_citing

add @dealiiTutorialDOI{} macro for tutorial programs

add @dealiiTutorialDOI{} macro for tutorial programs

change MathJax CDN

https://cdn.mathjax.org is shutting down, so switch to the recommended alternative CDN.

Fixes #4169

Use a swap in place of a copy.

Merge pull request #4172 from drwells/point-value-history-resize

Resize a vector instead of repeatedly calling push_back.

Merge pull request #4155 from tcclevenger/fix_shared_tria_multigrid_artifical

Fixed setting artificial bug in shared tria, added test

Resize a vector instead of repeatedly calling push_back.

std::vector<double>(0) creates an empty vector, so we can save some time by just
resizing the vector of vectors instead.

Merge pull request #4168 from drwells/add-nonexistent-line-check

Check an index in ConstraintMatrix::add_entry.

Remove non-C++11 mode compiler flag checks.

These options no longer apply since we do not support compilation with
either old versions of GCC (first check) or non-C++11 mode (second and
third checks).

Update the minimum supported GCC version.

Remove DEAL_II_NOEXCEPT.

Since we use C++11 we no longer have to use the old 'throw()' syntax.

Remove the deprecated DEAL_II_CXX11_FLAG option.

Require C++11.

Check an index in ConstraintMatrix::add_entry.

Without this check one can get segmentation faults in debug mode if the
current line is not present.

Merge pull request #4141 from kronbichler/fe_evaluation_cleanup

FEEvaluation: Tidy up selection of templated evaluation calls

Merge pull request #4158 from tamiko/fix_sequential_petsc_on_fedora

CMake: Workaround: Ensure "mpiuni/mpi.h" is reachable

Merge pull request #4165 from masterleinad/restrict_parallel_petsc_dev

Restrict tests requiring a parallel PETSc

Restrict tests requiring a parallel PETSc

CMake: Workaround: Ensure "mpiuni/mpi.h" is reachable

In case of a sequential build without mpi support and sequential petsc a
dummy mpi.h file installed by petsc must be reachable in from our final
set of include directories.

Normally this is not an issue - petsc exports such information in the
file "petscvariables" that we parse. But some distributions have chosen
to not install this file...

Closes #4157

Merge pull request #4156 from tjhei/cmake_find_mpi_version

fix cmake regex for finding MPI version

Merge pull request #4163 from davydden/changelog_matrixfree

a changelog for deprecated mpi_communicator in MatrixFree::Additional…

a changelog for deprecated mpi_communicator in MatrixFree::AdditionalData

Merge pull request #4160 from tamiko/fix_step_dependency

Examples: Require MPI for step-18

Merge pull request #4152 from tjhei/fix_step_44_petsc

fix step-55

Examples: Require MPI for step-18

fix cmake regex for finding MPI version

cmake regex is greedy, which means that the old regex
MPI_VERSION.*([0-9]+)
would only put the last digit of the version into the group \1 because
.* consumes the others. Fix this.

typo

fix shared tria artificial cells bug

Merge pull request #4143 from tjhei/test_prm_map

add test for parsing Map pattern in ParameterHandler

fix step-55

This causes crashes with PETSc and solver convergence issues with
Trilinos with more than one rank.

Merge pull request #4149 from tamiko/require_cmake_2.8.12

CMake: Raise minimal required version to 2.8.12

CMake: Raise minimal required version to 2.8.12

Almost all distributions with a recent enough compiler come with at
least CMake 2.8.12 which was released November 2013. Let's simply
require this version.

add test for parsing Map pattern in ParameterHandler

I think this makes for a nice usage example.

Replace std_cxx11 and std_cxx1x functions by std ones

Merge pull request #4140 from kronbichler/fix_gl_evaluation

FEEvaluation: Fix collocation evaluation path

Merge pull request #4138 from kronbichler/fe_eval_doc_update

Update documentation of FEEvaluation

Merge pull request #4142 from kronbichler/fix_compilation_64_bit

Fix compilation with 64 bit indices.

Fix compilation with 64 bit indices.

FEEvaluation: Tidy up selection of templated evaluation calls.

FEEvaluation: Fix collocation evaluation path

Add test

Add proper scaling for gradients and Hessians at high degrees

Update documentation of FEEvaluation

Merge pull request #4111 from kronbichler/fe_evaluation_gather_and_optimization

Two optimizations to FEEvaluation

Improve documentation, make names of data structures uniform

Merge pull request #4067 from tcclevenger/shared_tria_partition

Various partitioning method for parallel::shared::Triangulation

fixed some typos/added settings explanation

Merge pull request #4134 from kronbichler/fix_test_abf

Fix test on some platforms

Disable scatter as long as the indices are not fixed

Avoid overly cautious assertions in scatter

Fix test on some platforms

Merge pull request #4131 from drwells/fix-quick-tests

Remove tests.h dependency from the quick tests.

Remove tests.h dependency from the quick tests.

The release candidates ship without this file.

Merge pull request #4127 from kronbichler/fix_matrix_free_degree_9

Fix bug in matrix-free evaluation kernel for degree 9 in 2D