Fix a problem where we were running past the end of an array and still
dereferenced the iterator.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9260 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem with the gcc debug libstdc++ that would not allow to generate a vector of invalid iterators.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9259 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem where we were reading past the end of an array.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9258 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add apparently forgotten news entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a few files to the new results on andromeda.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Assertions and todo's

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

n_faces

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9254 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new function n_faces

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9253 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

changes applied to EZ-matrices, exception moved, documentation fixed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9252 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Exception from several LAC classes moved here

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more complex contraction

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9250 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename set_zero to operator=(double) and only allow zero argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9242 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9241 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More for the release notes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9239 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename the Table::clear function to Table::reset_entries to make its intent clearer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9238 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename FullMatrix::clear to FullMatrix::set_zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9237 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9236 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link with BLAS if using PETSc with static libs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9233 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix forgotten change to v=0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9232 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos in the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9231 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9229 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slightly change the /= function to use *= instead of scale().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9225 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove Matrix::reinit(). Remove two other deprecated reinit() functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9224 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix format.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9223 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Purge the Vector::clear function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't document inline functions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One new entry, and a few fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9178 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename the name of the module.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Stupid auto-wrap.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9176 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention correct namespace.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9175 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a few @briefs to make the class list look more coherent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9174 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix spelling.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9173 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only generate PETSc documentation if PETSc is present.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9172 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation tarball

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9171 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remark on documentation tarfile.
Let's hope we don't forget it in the end.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9170 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

doxygenized

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9169 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

experiment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9165 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include PETSc-classes in documentation.
The PETSc module looks awkward, though.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Templatize iterators on matrix instead of number type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9147 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doc update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9146 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix, which corrects a wrong parameter order in a call to the
reinit method.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9145 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small bugfix, which corrects wrong parameter order in a call to the
reinit method of a parallel vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9144 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Let file die on mainline, since inused. Can be resurrected once the branch is merged, but until then should only live on the branch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9143 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9142 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check the right things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9141 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9140 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9139 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9138 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Pull iterator/accessor classes out of the mother class. Factorize some parts to make generalization later on easier.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9137 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doc updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9136 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow compilation also on the hp branch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9134 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9133 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9128 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simply include header, rather than using forward declaration. Fixes respective
failure on hp-branch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9127 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a stupid typo that made this test hang on my system.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9126 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement missing function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

PETScWrappers::MatrixBase::clear

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9123 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9122 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9121 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another case of DEAL_II_ANON_NAMESPACE_BOGUS_WARNING

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9120 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put the _contents_ of several petsc archives into one instead of collecting several archives into another one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9119 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generate some output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9117 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output file name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9115 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test for hp branch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9114 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow for the creation of static petsc libs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9112 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify notation: use suffix .so and .a for optimized and .g.so and .g.a for debug mode. Apply this rule also to libpetsc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First step toward static linking with PETSc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it compile with gcc2.95

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9109 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9108 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around an anonymous namespace warning bug of the MIPSpro compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9106 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix (hopefully last) bug in DEAL_II_CHECK_ANON_NAMESPACE_BUG3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around the same instance of a gcc3.4 compiler bug in three places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix subtle bug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9102 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two fixes in CHECK_ANON_NAMESPACE_BUG3.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9101 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test for bogus mipspro warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9099 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And note about older MIPSpro compiler versions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9098 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

entry completed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Standardize notation: move reference & to the right.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9096 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify interface of reinit_vector functions: all vector arguments are called by const reference. Copy vector within function where necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9095 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9094 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't forget to check for full matrices as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9091 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9089 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Next version will be 5.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove as we now truncate output properly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a real bug uncovered by icc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Read in more meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Entry for Luca Heltai's addition.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reinsert reinitialization of vectors in MGTransferPrebuilt::copy_to_mg
Provide default arguments in MGTools::reinit_vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d