Fixed codimension one bug in manifold case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@32449 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replaced all tria.get_boundary(OBJ-\>boundary_id) with OBJ-\>get_boundary()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@32448 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compiling intermediate branch manifold id

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@32447 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rough fix. Not compiling.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@32445 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added an intermediate branch for manifold_id. In this branch I only
split manifold_ids from boundary_ids, and leave alone the entire
interface of the Boundary<dim,spacedim> class, since this is
creating way too much noise in the testsuite.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@32443 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed typos in step-2 tutorial, step-6.cc, and to the Function< dim > documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32442 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32441 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also free vector memory from deal.II's own parallel vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32440 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix odd markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32439 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make DerivativeApproximation a namespace, rather than a class with all static members.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32438 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove dealii::swap(SmartPointer,SmartPointer) for MS VC++. It apparently only leads to confusion but isn't even strictly necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32437 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rewrite a piece of code in hopes of making it easier on MS VC++.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32436 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Silence compiler warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32430 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide ThreadLocalStorage::clear().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32429 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide ThreadLocalStorage::clear().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32428 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32426 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove stray typename.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32423 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

run test only if we have tbb

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32421 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add multithreaded function_parser test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32420 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix tbb quicktest

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32419 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add another test for FunctionParser

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32418 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32416 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update affinity quicktest to work with 1 cpu and on mac

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32415 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Quicktests: Use mpirun configured by FindMPI.cmake instead of generic "mpirun -n"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32414 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try to work around a bug in MS VC++. This is not pretty, but if it gets the job done I'm ok with it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32413 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Hopefully make MS VC++'s life a bit easier. Also leave a note in the documentation in a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32412 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Add header to quick_tests. Closes bug 185.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32411 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Get the list of friends of a class right after a recent change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32410 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not qualify an element in its own namespace.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32409 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the correct include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32408 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reduce template contortion level by one in hopes that this helps MS VC++.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32407 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Pass array by reference instead of by value. This should also help MS VC++ which doesn't like the situation as is.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32406 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the spelling of 'lda' and 'level_dof_access' uniform between dof_accessor.h and .templates.h. Help MS VC++ by introducing a typedef rather than trying to be overly tricky with the return type of the face() function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32405 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test for GridTools::transform

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32404 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Fix a configuration error on Debian Testing wrt. libSuiteSparse_config.a

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32403 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make GridTools::transform work with hanging nodes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32402 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove code duplication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32401 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test PETSc FullMatrix reinit function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32400 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generalize test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32397 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a piece of debug code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32396 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more test for curls.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32395 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug reported by Christoph Heiniger (including a description of how it should be fixed): The computation of curls was wrong.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32394 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix example code that trips up doxygen

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32393 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor adjustments for style and in hopes of getting MS VC++ to like the file better than it used to.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32391 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid what I believe is an unnecessary '::template ' in hopes that it makes MS VC++ happier.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32389 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

formatting

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32388 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32387 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Refill comments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32386 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce mmult and second factorization routine.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32385 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

DataOutBase no longer is a class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32384 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add weighted mass matrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32381 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add functions for clearing and initializing an MGTransferPrebuilt object

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32380 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Newton::threshold() was missing

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32379 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Help MS VC++ recognize which template function to take.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32378 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Complete specify namespace for a symbol to help MS VC++.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32377 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Address a few follow-up issues with the previous patches.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32376 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More conversions from class to namespace DataOutBase. Reindent these files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32375 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfixes: Make compilation of bundled libraries work again

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32374 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I have no idea where this cache invalidation comes from - disable for now

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32373 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Get the caching right in FindPETSC.cmake and
FindTRILINOS.cmake

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32372 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Well, well. Also adjust the project configuration...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32371 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Break everything (tm)

 - Provide a quick sanity check to test the final link interface.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32370 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Break everything (tm)

- Do not record full path of system libraries and use reduced link line
  instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32369 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Break everything (tm).

- Redesign complete feature configuration process

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32368 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the awkward private inheritance from DataOutBase to DataOutInterface that has tripped up virtually every compiler we have ever tried. Instead, make DataOutBase a namespace.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32367 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark new functions in header file as inline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32365 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new tests for ParameterHandler print_parameters_section

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32364 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

added a new flag to ParameterHandler::print_parameters_section for printing all higher subsection elements needed for XML output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32363 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile again

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32362 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32361 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make all instances of a template a friend function, in hopes to make
MS VC++ happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32360 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better way for specifying deal.II namespace.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32359 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add similar interface for copying from a Trilinos MPI vector as for Petsc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32358 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32357 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

avoid fmin with unsigned int because it is not defined for ints before c++11

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32356 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Ben Thompson: copy petsc vector to deal.II parallel distributed vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32355 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prior to C++11, fmax is a C99 function and not in namespace std

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32354 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prior to C++11, fmin is a C99 function and not in namespace std

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add tests for bug report #182. At least the _28 test doesn't currently work and I will get to it over the weekend at the latest.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a const in sparse_matrix.h and an include in sparsity_tools.cc to help Visual Studio.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32351 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add several typenames and change min to fmin, max to fmax to help Visual Studio.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32350 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Look through the documentation at a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32349 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to another paper on best practices, as well as the video lectures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few statements on running stuff in parallel with MPI.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32347 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize a variable and explain it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32345 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add last name of contributor Mihai.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32344 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Start refactoring of REGISTER_FEATURE

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Refactor detailed and summary log creation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32338 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-1: add some text output to the screen

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Refactor list deduplication into a macro

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32336 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: Do not copy CMakeCache.txt and CMakeFiles for build tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32332 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix indentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32330 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32328 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid an if() in optimized mode by writing the Assert in a more clever way.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32327 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also list where results show up.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32324 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix obvious oversights in the previous commit...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32323 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document running the testsuite for coverage information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32322 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a couple of constructors that are never called but for which
we apparently need definitions when running the testsuite for
coverage.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32321 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

leave a note on how to start step-32

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32320 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disallow calling certain functions that have to do with active_fe_index on cells that are not in fact active. Fix the various places where we used to do so (and which probably produced something that made not much sense).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32318 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d