Merge pull request #173 from bangerth/fix-step-32

Fix step 32

Improve documentation of TimerOutput.

Fix an oversight in initializing the timer in step-40.

Fix an oversight in initializing the timer in step-32.

Merge pull request #172 from bangerth/doc-fixes-9

Augment documentation motivated by Martin's post on the mailing list.

Augment documentation motivated by Martin's post on the mailing list.

Merge pull request #171 from tamiko/workaround_for_ibm

Workaround for IBM compiler in data_out_base.cc

Workaround for IBM compiler in data_out_base.cc

This is a workaround for the IBM XL compiler as suggested by Kevin
Drzycimski on the mailing list.

Merge pull request #160 from bangerth/doc-fixes-7

Update documentation in a couple of places.

Merge pull request #170 from bangerth/fix-formula

Patch suggested by Xinzeng Feng <xf39@cornell.edu>: Fix a mistake in a code example.

Patch suggested by Xinzeng Feng <xf39@cornell.edu>: Fix a mistake in a code example.

Merge pull request #169 from kronbichler/master

Remove stray Id tag from svn from all headers

Remove stray Id tag from svn from all headers

Merge pull request #168 from kronbichler/master

Fix TrilinosWrappers::SparseMatrix::add(factor, other_matrix).

Convert two more places where we use <code>...</code>.

Fix TrilinosWrappers::SparseMatrix::add(factor, other_matrix).

Merge pull request #154 from luca-heltai/mappingq_manifold

Made MappingQ aware of Manifold

Reindent all short comments to standard length.

Remove uses of <tt>...</tt> in a number of places in favor of more
appropriate markups.

Update documentation in a couple of places.

Merge pull request #164 from bangerth/doc-fixes-8

Updates to the documentation of the quadrature formulas.

Made MappingQ compatible with Manifold.

Adjust based on Guido's feedback.

Merge pull request #165 from dakshinai/test_schur_matrix

Add tests for class SchurMatrix

Test lac/SchurMatrix; Indented

Test lac/SchurMatrix

Updates to various places of the documentation.

Merge pull request #162 from bangerth/remove-unnecessary-include

Remove unnecessary include

Remove unnecessary #include.

Merge pull request #161 from bangerth/private-protected-cleanup

Move declarations in DoFHandler from protected to private.
DoFHandler still had some of its member variables and functions in a protected
section from back when we still had MGDoFHandler derive from it in a meaningful
way. This is now no longer necessary, so remove the protected section and instead
sort things in some sort of natural way into the private section.

Move declarations in DoFHandler from protected to private.

DoFHandler still had some of its member variables and functions in a protected
section from back when we still had MGDoFHandler derive from it in a meaningful
way. This is now no longer necessary, so remove the protected section and instead
sort things in some sort of natural way into the private section.

Merge pull request #156 from bangerth/clarify-docs

Clarify documentation and verify what I say by adding tests. This documents has_active_dofs() in parallel.

Merge pull request #157 from bangerth/add-task-joinable

Add Threads::Task::joinable()

Add test.

Add Threads::Task::joinable().

The function verifies that one can call Threads::Task::join() in the
same way as one can do with std::thread::joinable() in C++11.

Merge pull request #159 from kronbichler/master

Fix compilation of #146 without MPI. This closes #158.

Fix compilation of #146 without MPI

Clarify documentation and verify what I say by adding tests.

Merge pull request #155 from koecher/PR-Update-Step-20

Updated Documentation for step 20.

Merge pull request #152 from bangerth/cleanups

Minor cleanups. Make the FiniteElement::clone() function public, as it is of
general use. Also: Move several member variables from private to protected
as these are generally variables that derived classes are supposed to
initialize; this allows to remove rather random friend declarations for
these derived classes.

Minor cleanups.

Specifically: Make the FiniteElement::clone() function public, as it is of
general use. Also: Move several member variables from private to protected
as these are generally variables that derived classes are supposed to
initialize; this allows to remove rather random friend declarations for
these derived classes.

Updated Documentation. Again, in the Introduction section of the step-20 tutorial a class InverseMatrix appears. Now its changed to use IterativeInverse<..> in all places to match with the code.

Merge pull request #146 from bangerth/rework-mpi-initialization

Add a version of MPI_InitFinalize that adaptively determines the number of threads

Remove now outdated changelog entry.

Rewrite following the discussion on the pull request.

Merge pull request #150 from bangerth/doc-update-2

Remove a few references to MGDoFHandler as that class is no longer relevant.

Remove another reference to MGDoFHandler.

Remove references to MGDoFHandler.

MGDoFHandler has been deprecated for a while already. Remove all
references to it from this documentation module.

Merge pull request #149 from koecher/master

Updated documentation

Updated documentation for step-20 Introduction section and a typo in the documentation for iterative_inverse.h. Detailed: In the introduction of the step-20 tutorial, Sec. Solving using the Schur complement, the IterativeInverse class is introduced and then in the following code section not used. Now the InverseMatrix is changed to IterativeInverse< .. > to match with the code of the tutorial, as used below.

Merge pull request #147 from bangerth/doc-update

ADd documentation to the hp::DoFHandler class.

Add another reference.

Add some documentation.

Merge pull request #143 from guidokanschat/distribute_local_to_global_documentation

Documentation update highlighting the difference between the two ConstraintMatrix::distribute_local_to_global() functions for matrices and their effect on the spectrum of a matrix

Merge pull request #141 from eisbaerli/solution_transfer

Solution transfer

Merge pull request #148 from tamiko/fix_bundled_configuration

Bugfix: Only include ./bundled/setup_bundled.cmake

use the fe index also in the case where triangulation was prepared for pure refinement

and add test that would fail without the patch and works fine now

Bugfix: Only include ./bundled/setup_bundled.cmake

Remove a stray globbing expression that is not necessary any more and that
indeed leads to a subtle issue when configuring in-source with
  $ cmake .

In this case ./bundled/cmake_install.cmake was accidentally picked up
leading to a file permission error if CMAKE_INSTALL_PREFIX was left at the
default /usr/local

Merge pull request #145 from luca-heltai/pr_refactor_tria

Refactored Triangulation to use TriaAccessor::center.

Fixed typo.

Add a version of MPI_InitFinalize that adaptively determines the number of threads.

Refactored tria to use TriaAccessor::center.

Merge pull request #144 from luca-heltai/pr_tria_accessor_manifold_aware

Made TriaAccessor aware of Manifold.

This is the initial work to make TriaAccessor more aware of Manifold.

This allows (and future PR will implement this) to switch internal calls to get_manifold to syntax like

cell->center(true);
line->center(true):
line->point(p);
instead of the fairly redundant versions

cell->get_manifold().get_new_point_on_cell(cell);
line->get_manifold().get_new_point_on_line(line);

vector<Point<2> > ps(2); ps[0] = line->vertex(0); ps[1] = line->vertex(1);
vector<double> ws(2, .5);
Quadrature<2> quadrature(ws, ps);
line->get_manifold().get_new_point(quadrature);

Addressed last comments by WB.

Fixed WB comments, and a leftover which got messed up when squashing.

Added TriaAccessor::point function, which returns points on the manifold given their unit coordinates.

Simplified Manifolds::get_default_quadrature.

Merge pull request #142 from Rombur/step_52

Improve the documentation for step-52.

Further polishing of documentation after comments

Improve the documentation for step-52.

add documentation on the effect of ConstraintMatrix::distribute_local_to_global() on eigenvalues

Merge pull request #140 from bangerth/add-note-to-step-53

Discuss geometric issues.

Add a section discussing consequences.

This pertains in particular to the question of getting discontinuous
geometries when using manifolds and a discussion of what that means,
if it is important, and if it could be fixed.

Merge pull request #138 from bangerth/delete-outdated-file

Remove a file that was probably never intended to be added.

Remove a file that was probably never intended to be added.

Merge pull request #137 from kronbichler/master

Fix two warnings with clang-3.5

Fix two warnings with clang-3.5

Merge pull request #136 from kronbichler/master

TrilinosVector access assertion: Correct wrong message from PR 135

Correct wrong message from PR 135

Merge pull request #135 from kronbichler/master

Improve assertion for access to nonlocal elements

Improve assertion for access to nonlocal elements

Merge pull request #134 from tamiko/fix_header_tests

Bugfix: Do not forget to use the 'RELATIVE' keyword

Bugfix: Do not forget to use the 'RELATIVE' keyword

Merge pull request #133 from tamiko/fix_header_tests

Bugfix: Fix all_header tests

Testsuite: Fix globbing command for all-headers tests, cleanup code

Turns out that globbing together a full path and manually extracting
relative paths is not the best idea. Clean up this mess by using
FILE(GLOB_RECURSE [base path] [...]) that produces nice relative paths.

Merge pull request #132 from tamiko/fix_step53

Bugfix: step-53 requires enabled DEAL_II_WITH_ZLIB

Bugfix: step-53 requires enabled DEAL_II_WITH_ZLIB

step-53 uses boost's <iostreams/filter/gzip.hpp> in order to unpack the
file topography.txt.gz.

If the internal boost variant is used this requires external linkage to
zlib.

Merge pull request #131 from bangerth/sort-changelog

A couple of entries had ended up in the wrong place (general changes instead of specific changes). While it's debatable where exactly the line is, these items should probably be in the second category. Move them there.

Move a couple of entries in the changelog to their correct place.

Merge pull request #130 from bangerth/fix-up-step-53-2

Fix up step 53. This was supposed to be addressed by #127 but the merge of that issue apparently encountered some problems. Here's a respin.

Fix language.

Reference the correct picture.

Fix up a few places that accidentally didn't get changed when downsampling data.

Merge pull request #126 from tamiko/refactor_openmp_simd_setup

Refactor openmp simd setup

Refactor openmp-simd setup

 * The check for support of -(f)openmp-simd is now done in
   checks/check_01_cpu_features.cmake and guarded by
   DEAL_II_ALLOW_PLATFORM_INTROSPECTION

   The guard is important in order to allow for platform independent
   compilations (as required by Linux distributions)

   Furthermore, this allows for manual override via
   DEAL_II_HAVE_OPENMP_SIMD.

 * The pragma statement is refactored into a macro defined in
   config.h.in. With this, no -Wno-unknown-pragmas workarounds are
   necessary and picky compilers that choke on "#pragma" are happy.

Small bugfixes wrt DEAL_II_HAVE_AVX512

 - Use the same logic as for DEAL_II_HAVE_(SSE|AVX)
 - Update documentation

Merge pull request #129 from bangerth/install-step-53-topography.txt.gz

Install the topography.txt.gz file of step-53.

Install the topography.txt.gz file of step-53.

Merge pull request #125 from kronbichler/master

Assert valid matrix row in TrilinosWrappers::SparseMatrix::add/set

Merge branch 'master' of https://github.com/dealii/dealii

Add assertion for row index in TrilinosWrappers::SparseMatrix::set/add