temporary fix for boundary projection in 3D
boundary mass matrix must be reprogrammed in order to allow for transformed shape functions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15376 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reenter test for dof on THIS face

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15375 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add testing of face values

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15373 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

On Mac OS X, link with the Accelerate or vecLib frameworks instead of individual blas or lapack libraries

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15367 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15366 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the bug that we only re-set the rhs vector to zero if we were building the matrix, instead of every time. Disable adaptivity again for the moment since it is too fragile. Do output only every few steps.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15365 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only rebuild the matrix when necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15364 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Accelerate the solver by a factor of 6 by preconditioning the Schur complement with the mass matrix :-) -- thanks, Guido

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15363 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reduce required accuracy of solvers somewhat.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15362 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few code snippets that I will later use to discuss a few aspects.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15361 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enable running more than one time step again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15360 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a better refinement algorithm. Re-structure the code that refines the mesh up front.

Also, add the term <T, div(u) q> to the bilinear form for the T-equation. This term is zero on the continuous level, but isn't on the discrete level.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15359 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug where we were using the wrong FEValues object to calculate the temperature of a neighboring cell. Break a few overly long lines. Switch refinement back on.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15358 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the same typo another time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15357 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add refinement between time steps. There's a subtle bug right now, which will have to be figured out, so de-activate this for the moment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15356 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15355 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the code that does local refinement actually work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15354 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added is_finite() function for complex numbers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

By default don't stop latex if there are errors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

rely more on precollected dofs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15351 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A first step towards adaptive meshes. Still have to implement the rhs for mesh size changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15350 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add SparseMatrix::print_pattern

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15349 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove test that fails for DG

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make run in 3d as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15347 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Let gravity point outward instead of upward. Use instable temperature layering.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15346 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reduce order of quadrature formulas to what is needed. Reduce amount of output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15345 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the program 20% faster by improving the extract_* functions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15344 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove debug output, make time step closer to the limit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15343 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prepare for using adaptive meshes. Fix computation of time step size.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15342 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compute the time step the correct way.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15341 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a more interesting geometry. Precondition the DGQ0 mass matrix, which while diagonal, still needs a number of CG iterations on non-uniform meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15340 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert to using DG elements for the temperature field.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use umfpack as a (very good) preconditioner. Improve screen output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make computations even faster. Produce better output file names that sort more easily, also create output for the first time step by assigning it number 0.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15335 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make code much faster by using less accuracy and better preconditioners. Remove some debug output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15334 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reference the new feature used in step-22

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15329 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reference the new feature used in step-22

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15328 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15327 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a new testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15326 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug: in 1d, vector ranges can well contain only a single element.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15325 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid the use of head -10, it is deprecated. Use head -n 10 instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15324 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the new feature of being able to output vector components.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15317 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug where we don't keep track of counters properly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15316 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an obvious oversight.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15315 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the possibility to identify certain output components as vectors. Still has to be tested and used in step-22, but getting there.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15314 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-organize some things. In particular, remove the common functions and constructors for postprocessor and no-postprocessor -- this actually made things a bit more complicated than necessary because we had to deal with two sources of data at the same time, where only one is used at any given time. Make our lives simpler by splitting things up. This will also make things simpler when we finally add the vector data stuff in a next step.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15313 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the data structures to deal with vector-valued output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15312 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental changes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15311 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Break an overly long line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15310 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug where we didn't properly read to the end of the line when we should have. Add testsuite files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15309 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update Kovasznay output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15308 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the project_back_temperature function as we don't need it here (unlike for step-21)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15307 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Default to debug mode again...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15306 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it work for the most part.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15305 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new UpdateFlags

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15304 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Let real_to_standard_face_vertex (and its inverse, standard_to_real_face_vertex) return something useful also in 2D. To this end, remove an unneccessary TODO, and introduce two new Asserts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15303 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the 'template' keyword when access the template member function of a template.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15302 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace assertion by a TODO. real_to_standard_face_vertex needs to care about face_orientation in 2d?!

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15301 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it compile

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15300 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix function name

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15299 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the remaining bug by making sure we loop over the correct number of elements... ts ts ts

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15298 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the missing assertion in DataOutReader::merge ensuring that the two sources for merging have the same vector declarations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15297 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the ability to output vector fields in VTK and other formats. Currently, only VTK makes use of this information, but other formats may in the future. Since we now have more information that we need to write into the intermediate format output files and read back in, we also need to bump the revision number of the intermediate format by one.

Currently, there are a couple of failures in the testsuite that I will have to investigate next. There is also still a missing assertion in DataOutReader::merge that I will fix soonish.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15296 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove files that appear to be out of date

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15295 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove, it is identical to 'generic'

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15294 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove file -- it is not up to date anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15293 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix problem of linking debug with non-debug versions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15292 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

roundoff differences

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15291 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

adjust to new structure

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15290 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove two occurances of an Assert which is not valid on general 3D meshes. The 'correct' form of the Assert is used in the neighbor_child_on_subface function anyway, so there is no need to repeat a clumsy test here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15289 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

On meshes with non-standard face_orientation, face_flip or face_rotation we could not find our way back from coarse cells with fine neighbors or vice versa using the neighbor_child_on_subface and neighbor_of_coarser_neighbor functions. Change the way that neighbor_of_coarser_neighbor works, so that we now find our way back in any case. (see tests/bits/mesh_3d_21)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15288 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test that currently fails. On meshes with non-standard face_orientation, face_flip or face_rotation we cannot find our way back from coarse cells with fine neighbors or vice versa using the neighbor_child_on_subface and neighbor_of_coarser_neighbor functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15287 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15286 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Significant cleanups.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15285 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a bunch of functions that are unused.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15284 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the stream objects into an internal namespace

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15283 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an 'Assert (false, ExcInternalError());' to functions that are not implemented.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15282 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-indent entire file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another reference.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15280 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename m_inverse to A_inverse, because that is what it is here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15279 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove pressure rhs, we won't need it here...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15278 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename variables to 'T' instead of 'S' to indicate that we are now dealing with temperatures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15277 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Get the thing to run. Simplify a bunch of places by removing stuff that was specific to step-21.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15276 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify more function calls with std::

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15275 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify a function call with std::

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15274 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid the use of general macro names in header files. Use something prefixed by DEAL_II_ instead, and #undef it again as soon as we can.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15271 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

start a short essay on update flags

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15268 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more detailed BLAS installation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15267 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add testing n_blocks

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15266 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

number of blocks in FESystem documented

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15265 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

number of blocks in FESystem documented

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15264 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

number of blocks in FESystem should be just the number of base elements times their multiplicity

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15263 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two more publications, now already at 27 for this year :-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15262 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify a few accesses to an exception in the base class. This shouldn't be strictly necessary in these functions (because they are explicit specializations not dependent on a template parameter any more) but xlC wants that anyway and so why not do it as there is no harm.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply the same fix as for the regular DoFHandler

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix determination of memory_consumption size of a pointer variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15254 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove 'const' from the keys of a map, since they are implicitly already const. xlC nevertheless produces an error with this construct, so give it a break.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15253 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the memory_consumption function to account for the fact that 'faces' has been made a pointer

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15252 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental checkin

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Explicitly specify template arguments in calls to a template function in an anonymous namespace. xlC requires this and may even be correct since functions with implicit linkage should not be considered in template argument deduction, but gcc appears to accept this anyway...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15250 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d