Use references instead of pointers.

There is no null pointer check later on, so its a bit cleaner to just check
indices and then get a reference.

Merge pull request #7057 from Rombur/cuda_misc

CUDA preprocessor guard

Merge pull request #7049 from drwells/add-manifold-extrusion

Add manifold extrusion

Merge pull request #7058 from dangars/fix_bug_active_fe_transfer

Fix bug in template instantiations of active_fe_indices_transfer.cc

Fix bug in template instantiations of active_fe_indices_transfer.cc

Merge pull request #6961 from marcfehling/active-fe-transfer

Add class 'ActiveFEIndicesTransfer' for hp::DoFHandler on p::d::Triangulation.

Better guard CUDA code

Use __CUDACC__ guard around CUDA to make sure that the CUDA code is only sent to
nvcc and not the host compiler when CUDA support is enable.

Add class 'ActiveFEIndicesTransfer' for hp::DoFHandler on p::d::Triangulation.

Remove internal::plate_with_a_hole.

Remove the material_id technique from plate_with_a_hole.

Add an option to copy manifold ids in extrude_triangulation.

Fix a typo

Merge pull request #6277 from niveshd/fe_enriched_overlapping_domains

Fe enriched overlapping domains

Merge pull request #7055 from masterleinad/alternative_output_unsubscribe_subscriptor

Add alternative (clang) output for unsubscribe_subscriptor

Add alternative (clang) output for unsubscribe_subscriptor

Merge pull request #7054 from masterleinad/fix_changelog_entry

Fix typo in changelog entry

Fix changelog entry

Merge pull request #7047 from masterleinad/subscriptor_decrease_counters

Decrement counters in Subscriptor only upon success

Clean up GridGenerator::extrude_triangulation.

1. Rename 's' to subcell_data.
2. Use a range for loop over the cells
3. Use more descriptive names for loop indices (e.g., vertex_n instead of i)
4. Copy a point directly instead of componentwise
5. Use the range-for loops for cells and faces.
6. Rewrite the first paragraph of the documentation to be clearer.

Decrease counters in Subscriptor only upon success

Merge pull request #7045 from Rombur/cuda_cmake

Fix build system when using CMake 3.12

Merge pull request #7044 from BenBrands/remove_bug_ScaLAPACK_save_load

ScaLAPACKMatrix: remove small bug in parallel save/load

Merge pull request #7036 from Rombur/cuda_constraints

Cuda constraints for matrix-free

Fix build system when using CMake 3.12

Add changelog entry

Add tests

Add support for hanging nodes

add changelog

remove inconsistency/bug in cases of serial save/ parallel load and vice versa

Merge pull request #7013 from Rombur/cuda_kernels

Move cuda kernels to their own file and namespace

Move cuda kernels to their own file and namespace.

Move kernels from cuda_vector to their own file, remove reference to Vector, and
add a couple of new kernels.

Fix typo and wrong formula in the documentation

Merge pull request #7043 from tjhei/doc-fix-tagfiles

doc: fix formatting of pre block

doc: fix formatting of pre block

Merge pull request #7031 from drwells/add-active_face_iterators

Add Triangulation::active_face_iterators().

Merge pull request #7027 from masterleinad/check-inconsistent-manifold-ids

 Check for consistent manifold ids in 2D when creating a Triangulation

Changelog entry

Update a comment in GridGenerator::extract_boundary_mesh

Merge pull request #7030 from drwells/add-initlog-to-grid-tests

Add initlog to grid tests

Merge pull request #7034 from kronbichler/mf_transform_q_points_to_basis

Add transformation function between bases in matrix-free

Merge pull request #7038 from drwells/fix-c++17-special-math-functions

Make C++17 support independent of the special math functions.

Remove old logfile from tests.

Changelog.

Test case.

Add transform_from_q_points_to_basis in inverse mass matrix.

Fix preprocessor directive

Add comments to GridIn::read_ucd

Make C++17 support independent of the special math functions.

Clang does not yet have these, but supports a large subset of C++17. Since these
are a library feature its easy enough to just fall back to boost.

Merge pull request #7035 from dangars/camelcase_namespace

Use CamelCase in namespaces

Simplify check for boundary ids

Use CamelCase in namespaces

Do not instantiate matrix-free if dim=1

Use initlog() in grid/ tests.

Add another argument to LogStream::attach.

Some tests that do not use initlog() have output that is formatted in a
different way than the one set up by the default flags.

Add Triangulation::active_face_iterators().

This function is like Triangulation::active_cell_iterators(), but for faces.

Merge pull request #7028 from masterleinad/cell_categorization_sse2

Reduce output of cell_categorization_02

Merge pull request #6241 from BenBrands/copy_functions

ScaLAPACKMatrix: copy functions

Merge pull request #6904 from GrahamBenHarper/fe_br

Implement The Bernardi-Raugel Finite Element

Reduce output of cell_categorization_02

Merge pull request #7029 from masterleinad/remove_unused_la_d_v_import

Remove unused variables in LA::d::Vector::import

Unify error messages in Triangulation::create_triangulation

Remove unused variables in LA::d::Vector::import

Check for consistent manifold ids in 2D when creating a Triangulation

Replace invalid_manifold_id by flat_manifold_id

Merge pull request #7026 from bangerth/fix-coding-conventions

Fix formatting of our coding conventions.

Merge pull request #7025 from bangerth/add-reference

Make an argument of GridGenerator::merge_triangulations() a reference.

More improvements to coding_conventions.h

Merge pull request #7002 from marcfehling/vardata-particle

Applies variable size transfer to 'ParticleHandler'.

Fix formatting of our coding conventions.

This file used to be a stand-alone HTML file but is now run through
doxygen. We need to use different markup for that.

Applies variable size transfer to 'ParticleHandler'.

Make an argument a reference.

Merge pull request #7012 from masterleinad/merge_multiple

 Allow merging multiple Triangulation objects at once

Merge pull request #7024 from masterleinad/test_higher_order_vtu

Provide test for higher order VTU output

Fix warning regarding unused parameter

Provide test for higher order VTU output

Merge pull request #6900 from drwells/update-step-9

Update step 9

Merge pull request #7022 from Rombur/import

Fix bug in import in LinearAlgebra::distributed::Vector

Merge pull request #7015 from agrayver/high_order_vtu

Add support for high-order VTU output

step-9: Modify the refinement cycle and linear solver.

1. The different refinement strategy seems to work better with the higher degree
   finite element.
2. Bicgstab has trouble converging (and does not converge in the max norm) for
   finer grids. GMRES is more consistent for this problem.
3. I added some extra console output to show the residual (which does not always
   converge with Bicgstab) and the number of DoFs.

step-9: Label terms in the weak form.

step-9: Redo the graphical output.

step-9: Declare the class after the data.

This fixes compilation.

step-9: Use a higher degree finite element.

This improves the resolution of the solution without requiring millions of
DoFs. I also added more output patches.

step-9: Overhaul the handling of Workstream objects.

1. Use AffineConstraints::distribute_local_to_global: This was already
   introduced in step-6.
2. Move some objects into AssemblyScratchData instead of recreating them on the
   stack during function calls.
3. Move some objects into EstimateScratchData (same reasons as above).

step-9: Make the implementation match the documentation.

There was a disconnect between what was described in the introduction and the
actual class implementation.

step-9: do some simple modernizations.

1. Use AffineConstraints<double>, not ConstraintMatrix.
2. Use lambdas instead of std::functions.
3. Use auto in a few places instead of very long type names.
4. Use range-based for loops.

step-9: Improve the documentation and typography.

1. Remove an inaccurate remark on SUPG: The gradient of test functions scales
   like 1/h, so scaling it by h makes the term O(1), not O(h).
2. General improvements: Reword some sentences and fix some typos.
3. Remark on the choice of diffusion coefficient.
4. Notate floating point numbers as, e.g., '0.'.
5. Clarify text on TensorFunction. AFAIK this class never returned anything but
   Tensors so this documentation was incorrect.
6. Use face_n instead of face or face_no to indicate the face number.
7. Move the Tensor projected_gradient closer to where it is actually used and
   remove a remark about allocating it.
8. Mark an unchanged Tensor (gradient) as const.
9. Prefer p.norm() to std::sqrt(p.norm_square()).
10. Add 'using namespace dealii;' to improve the doxygen result. Since we strip
   all preceding dealii namespace qualifiers this prevents doxygen from writing

       ::MultithreadInfo::set_thread_limit();

   which looks odd.
11. Clarify that Assert aborts (it does not terminate).

step-9: Remove some unneeded code.

1. The default constructor destroys the DoFHandler correctly already, so we can
   get rid of the explicit declaration.
2. Remove explicit value_list overrides: Modern compilers are good enough at
   devirtualizing that this optimization is no longer necessary.
3. Remove some empty constructors.

Merge pull request #7017 from davydden/bugfix/cell_categorization_mg

fix cell_vectorization_category with MG

Add changelog entry

Fix a bug in distributed::Vector::import

The import function would fail if the ReadWriteVector would only contains
ghosted values

minor fix of matrix-free cell categorization on MG levels

Merge pull request #7019 from masterleinad/common_type_comparison

Use common type in AssertIndexRange for the comparison

Merge pull request #7016 from masterleinad/fix_restrictions_warnings_tests

Fix restrictions and warnings for some tests

Merge pull request #7018 from masterleinad/higher_order_cell_docu

Fix doxygen documentation for DataOutBase::VtkFlags::write_higher_order_cells

Use common type in AssertIndexRange for the comparison

Fix doxygen documentation for DataOutBase::VtkFlags::write_higher_order_cells

Remove function arguments in grid_generator.inst.in

Merge pull request #7004 from bangerth/doc-update

Document new VTK extensions and restrictions.

Fixes comment about convergence