Merge pull request #4075 from masterleinad/more_coverity

Fix uninitialized and unused variables in examples

Fix uninitialized and unused variles in examples

Merge pull request #4074 from kronbichler/fix_warning_in_example

Fix unused variable warning in step-50

Fix unused variable warning in step-50

Merge pull request #4058 from masterleinad/fix_symmetric_tensor_39

Fix base/symmetric_tensor_39 for clang

Merge pull request #4071 from drwells/coverity-example-exceptions

Catch exceptions in main() in later steps.

Improve exception handling in two tutorials.

These were caught by Coverity.

Fix symmetric_tensor_39

Merge pull request #4073 from kronbichler/fix_coverity_issue

Initialize all variables

Merge pull request #4072 from drwells/fix-cmakelists-step-number

Fix step numbers in CMakeLists.txt comments.

Initialize all variables

Fix step numbers in CMakeLists.txt comments.

Merge pull request #4069 from tamiko/fix_warnings_in_examples

Examples: Minor stylistic change

Change the error message to ExcInvalidRange in two more asserts

Merge pull request #4068 from tamiko/fix_warnings_in_examples

Examples Fix unu variable warnings

Fix unused variable warnings in step-47

Fix unused variable warnings in step-45

Fix unused variable warnings in step-41

Fix unused variable warnings in step-31

Fix unused variable warnings in step-30

Fix unused variable warnings in step-26

Fix unused variable warnings in step-23

Merge pull request #4066 from tamiko/cmake_use_scotch_include

CMake: Do not filter Scotch include directory in trilinos TPL includes

Fix unused variable warnings in step-9

Merge pull request #4063 from davydden/parallel_reduce_start_end

extend internal::VectorOperations::parallel_reduce() to [start,end)

remove the log entry

Merge pull request #3986 from tamiko/compile_examples

CMake: Compile examples if examples component is set up

CMake: Remove a broken workaround

CMake: Do not compile examples on Windows targets

CMake: Enable example compilation by default

CMake: Compile examples if examples component is set up

CMake: Add an option to compile examples as well

CMake: Put RUN_COMMAND macro into separate file

Further, justify this approach with references to the official cmake
wiki.

Examples: Annotate dependency clause in example CMakeLists.txt files

Bugfix: Let DEAL_II_INSOURCE_SETUP_TARGET add all include directories

changed signature of internal::VectorOperations::parallel_* functions to be (op,begin,end,...)

extend internal::VectorOperations::parallel_reduce() to [start,end)

Merge pull request #4062 from kronbichler/adjust_test_accuracy

Relax tolerance for 'exact' integration a bit

Relax tolerance for 'exact' integration a bit

Merge pull request #4059 from kronbichler/vectorized_array_includes

Add forward declaration of vectorized array

Merge pull request #4060 from kronbichler/fix_lapack_test

Avoid floating point exception in Lapack test

Substitute multiplications by 2 by additions (strength reduction).

Add changelog

Test that norms on tensors of VectorizedArray work

Avoid floating point exception in Lapack test

Move forward declaration of VectorizedArray to more central place

Merge pull request #4055 from nfehn/master

Ensure that the state is set correctly when applying LU factorization…

Merge pull request #4057 from masterleinad/fix_step-36_parpack_mf

arpack/step-36_parpack_mf requires p::d::Tria

arpack/step-36_parpack_mf requires p::d::Tria

Merge pull request #4052 from kronbichler/flexibility_matrix_free_operator

Allow component masks in MatrixFreeOperators::Base

Merge pull request #4054 from kronbichler/fix_fe_values_listener

Fix disconnect of listener in FEValues

Test for matrix-free operator masking

Allow selection of components in MatrixFreeOperators::Base

Set state = unusable before computing the LU factorization of LAPACKFullMatrix

test has been added to verify the state of LAPACKFullMatrix after having computed the LU factorization

Fix disconnect of listener.

Ensure that the state is set correctly when applying LU factorization to LAPACKFullMatrix.

Merge pull request #4053 from kronbichler/limit_threads_mf_multigrid

Limit number of threads to 1 in some parallel tests.

Merge pull request #4043 from kronbichler/trilinos_vector_avoid_invalid_mem_access

Reduce access to invalid communicator as much as possible.

Merge pull request #4050 from kronbichler/fix_cell_similarity

Fix two subtle bugs with cell similarity

Merge pull request #4034 from masterleinad/fix_detructor_throw

Fix asserts in destructors

Limit number of threads to 1 in some parallel tests.

Merge pull request #4040 from drwells/deprecate-swappable

Deprecate SwappableVector.

Add additional listener to grid movement

Add changelog

Add test for communication patterns supported now.

Do not duplicate the communicator in parallel triangulations

Delete unused vector memory when triangulation changes.

Introduce function to delete all unused vectors in GrowingVectorMemory

Merge pull request #4051 from drwells/fix-io-checks

Improve some IO checks

Merge pull request #4046 from nfehn/master

Add operators *= and /= to LAPACKFullMatrix

Simplify a geometrical check.

Both branches currently throw an exception, but the second message is more
descriptive.

Redo some checks to throw ExcIO.

Add changelog

Fix a bug in cell similarity detection with FESystem

Merge pull request #4048 from jppelteret/doxygen_error_log

When doxygen fails, make a copy of the error log for debugging purposes.

Fix a bug in cell similarity detection after GridTools::transform

When doxygen fails, make a copy of the error log for debugging purposes.

Merge pull request #4047 from kronbichler/fix_more_tests_2

Fix tests without C++11

Fix tests without C++11

Add operators *= and /= to LAPACKFullMatrix

Reduce access to possibly invalid communicator as much as possible.

Catch throwing function in destructor

Merge pull request #4045 from kronbichler/improve_feevaluation_doc

Extend documentation of FEEvaluation regarding threads.

Merge pull request #4042 from kronbichler/fix_more_tests

Fix two more tests

Merge pull request #4044 from drwells/remove-timer-from-test

Do not use a timer in a test.

Extend documentation of FEEvaluation regarding threads.

Do not use a timer in a test.

This test tried to ensure that an algorithm ran in linear time by taking runtime
measurements: this tends to fail intermittently so remove these checks.

The test is still useful since it will time out if we regress to the old
quadratic time algorithm.

Merge pull request #4037 from masterleinad/fix_pre_c++11

Fix pre c++11 issues

Fix pre-C++11 issues

Provide additional 64 bit output numbers for DataOut.

Add output file for OpenMPI 1.8.x.

Verified on two machines with different installations, using 1.8.7 and 1.8.8

Merge pull request #4039 from drwells/use-assert-internal-error

Use Assert, not AssertThrow, with ExcInternalError.

Merge pull request #4041 from drwells/update-contributing-links

Update video lecture links to point to Colorado State.

Update video lecture links to point to Colorado State.

Deprecate SwappableVector.

There are no tests for this class and it has been superceded by the
serialization classes.

Use Assert, not AssertThrow, with ExcInternalError.

Merge pull request #4035 from kronbichler/fix_nonmpi_tests

Enable tests to run without MPI

Enable tests to run without MPI.

Merge pull request #4032 from kronbichler/fix_mpi_tests

Fix multigrid/mpi tests

Merge pull request #4029 from kronbichler/fix_test_output_with_fma

Add output variants for builds with FMA