Merge pull request #9143 from drwells/cleanup-function-parser

Cleanup function parser

Merge pull request #9158 from bangerth/doc-88

Better document WorkStream and mesh_loop().

Clarify the destructor for FunctionParser.

Delete some used code.

Remove an unused using declaration.

Use a ranged-for loop.

Merge pull request #9154 from peterrum/ecl-access-neighbors

ECL: access neighboring cells

Merge pull request #9053 from luca-heltai/compute_mesh_predicate_bounding_box_bug

Bug in grid_tools compute_mesh_predicate_bounding_box for dim!=spacedim triangulations

Better document WorkStream and mesh_loop().

Access neighbors during ECL

Merge pull request #9152 from masterleinad/typsest_lame

Spell Lamé correctly

Merge pull request #9150 from masterleinad/fix_warnings_python_bindings

Avoid some warnings in python-bindings

Typeset Lame correctly

Avoid some warnings in python-bindings

Merge pull request #9140 from marcfehling/fixed-number-threshold

Adjusted thresholds for 'refine_and_coarsen_fixed_number'.

Merge pull request #9083 from bangerth/includes

Make sure all .h files include config.h.

Merge pull request #9142 from blaisb/colorize_subdivided_hyper_cube

Added the colorize option to subdivided_hyper_cube grid generator

Merge pull request #9146 from masterleinad/compile_lapack_separately

Compile files using the LAPACK wrappers separately

Merge pull request #9145 from bangerth/direct

Simplify references to tutorial programs.

Adjusted test output after changes to GridRefinement and parallel::distributed::GridRefinement.

Merge pull request #9109 from agrayver/add_manifold_python_support

Add python wrappers for manifolds and extend tria wrappers

Merge pull request #9093 from tcclevenger/solver_idr

add idr(s) solver

Added the colorize option to subdivided_hyper_cube grid generator

The subdivided_hyper_cube is the one of the only grid generator which
does not allow the boundaries to be colorized. This is a non-standard
behavior, because all of the other generators (hyper_cube,
hyper_rectangle, subdivided_hyper_rectangle) allow one to colorize the
boundaries. This small pull request addresses this by adding the
colorize option to the subdivided_hyper_cube grid. It also fixes the
grid_generator_from_name to make it coherent with the new
implementaiton.

Compile files using the LAPACK wrappers separately

Adjusted ranges for GridRefinement::refine_and_coarsen_fixed_fraction().

Adjusted thresholds for refine_and_coarsen_fixed_number() for both GridRefinement and parallel::distributed::GridRefinement.

Add more methods to work with manifolds. Add python tests

Simplify references to tutorial programs.

Clean up FunctionParser's documentation a bit.

Reflow comments, use doxygen commands, improve some formatting.

changelog

add idr(s) solver

Merge pull request #9141 from marcfehling/hp-threshold

hp::Refinement: Adjusted comparator defaults to be in accordance with GridRefinement equivalents

Merge pull request #9139 from bangerth/grammar

Be consistent in capitalizing text. Other minor updates.

hp::Refinement: Adjusted comparator defaults to be in accordance with GridRefinement equivalents.

Merge pull request #9067 from marcfehling/hpref-assert

hp::Refinement::predict_error: Detangle assertions.

Merge pull request #9126 from bangerth/doc

Add some documentation.

Merge pull request #9138 from bangerth/doc-87

Minor grammar updates.

Merge pull request #9136 from bangerth/61-5

Link to a paper that describes step-61.

Merge pull request #9128 from bangerth/61-2

Break postprocessing the velocity out of the function that computes errors

Be consistent in capitalizing test. Other minor updates.

In the first column, all but one entry were capitalized. This greatly irks me. While there,
also capitalize all other places where text starts. Finally, there is no need to
abbreviate 'info' -- we have plenty of space in the table heading to use proper
words in their full glory.

Minor grammar updates.

Merge pull request #9130 from bangerth/61-4

Use a better way to create graphical output in step-61.

Merge pull request #9133 from bangerth/std_cxx11

Deprecate the files in base/std_cxx11 -- we no longer need them.

Link to a paper that describes step-61.

Use DEAL_II_WARNING instead.

Add changelog entry.

Deprecate the files in base/std_cxx11 -- we no longer need them.

Add a changelog entry.

Use a better way to create graphical output in step-61.

Specifically, rather than creating two output files for the cell pressures
and the Darcy velocities, put them all into a single file using a method
that @kronbichler introduced a while ago.

Merge pull request #9127 from bangerth/61-1

Augment step-61 documentation.

Merge pull request #9117 from marcfehling/fix-pthread

Fixed cmake 3.16.0 incompatibility.

Merge pull request #9132 from bangerth/std_cxx1x

Remove long deprecated headers for C++1x.

Merge pull request #9131 from bangerth/mpi

Clarify Utilities::MPI::some_to_some().

Merge pull request #9129 from bangerth/61-3

Use 5 refinements in step-61 as default.

Merge pull request #9104 from masterleinad/mf_cuda_float

Allow using float shape functions

Add a changelog entry.

Remove long deprecated headers for C++1x.

Remove references to old std_cxx1x namespace.

Remove a test no longer necessary.

Clarify Utilities::MPI::some_to_some().

Merge pull request #9121 from luca-heltai/fix-some-to-some

Fix some to some.

Make sure all .h files include config.h.

Use 5 refinements in step-61 as default.

hp::Refinement::predict_error: Detangle assertions.

Add a changelog entry.

Break postprocessing the velocity out of the function that computes errors.

The step-61 program now has a separate function
'compute_postprocessed_velocity' that computes the velocity field as
a postprocessing step after computing the pressure variable. The
resulting velocity field is used in both computing errors and when
creating graphical output.

There is really no functional change, it just rearranges the code
and makes it a bit simpler to read. The only functional simplification
is that we don't compute the velocity at quadrature points from shape
function times coefficient, but use FEValues::get_function_values()
instead.

Merge pull request #9115 from tamiko/do_not_export_bundled

Do not export bundled subdirectory if empty

Augment step-61 documentation.

Add some documentation.

Fixed deadlock.

Merge pull request #9122 from drwells/unused-var-warning

Silence some unused variable warnings.

Allow using float shape functions

Fixed cmake 3.16.0 incompatibility.

Replace compute_point_to_point_communication_pattern with compute_n_point_to_point_communications

Silence some unused variable warnings.

Applied suggestion.

Fix some to some.

Merge pull request #9110 from masterleinad/serial_tria_particle_handler

Allow using serial triangulations with ParticleHandler

Merge pull request #9119 from masterleinad/disable_warning_python_wrappers

Disable warning in python-wrappers only for newer clang

Merge pull request #9118 from peterrum/get_size_info

Remove MF::get_size_info()

Disable warning in python-wrappers only for newer clang

Do not use MF::get_size_info()

Remove restriction from Particles::Generators tests

Remove p4est restriction in Particles::DataOut

Fix numbering in ParticleHandler::insert_particles()

Allow using serial triangulations with ParticleHandler

Merge pull request #9072 from luca-heltai/output-particles

Add simple output for particles.

Merge pull request #8963 from peterrum/gridout_vtu_pvtu

Update tutorials to use write_vtu_with_pvtu_record

Merge pull request #8661 from tjhei/fe_interface_values_2

FEInterfaceValues: replace step-12

Fix compiler warnings

Merge pull request #9097 from kronbichler/fix_mf_setup

Fix MatrixFree::reinit() with FE_Q with face integration facilities

Merge pull request #9113 from rezarastak/mpi_min_arrayview

explicit instanciation is provided for Utilities::MPI::min

Merge pull request #8774 from jpthiele/hdf5_documentation

Hdf5 documentation

Do not export bundled subdirectory if empty

Avoid recording a nonexistent include directory in case we do not
install any bundled header files.

explicit instanciation is provided for Utilities::MPI::min and max with ArrayView

Add hyper_shell generator

Add manifolds to the python bindings

Merge pull request #9103 from peterrum/partition_triangulation_zorder_nonblocked

Relax assumpitions in GridTools::partition_triangulation_zorder

Merge pull request #9105 from masterleinad/simplify_free

Simplify CUDAWrappers::MatrixFree::free

Merge pull request #9108 from simonsticko/doc_fix_get_active_neighbors

Add note on template parameter in doc of GridTools::get_active_neighbors