allow creation of PETSc preconditioners without a matrix (Jacobi/BoomerAMG)

impliment missing set_initial_vector() for SLEPc solvers

SLEPc unit test which uses PETSc preconditioner and solver inside SLEPc

rework SLEPc solver classes

(i) initialise underlying SLEPc objects in constructors. This allows to...
(ii) apply all the solver settings immediately without using a cache for parameters

rework SLEPc spectral transformation

(i) create unerlying SLEPc object in constructor; require MPI_Comm.
(ii) add a function to set PETSc solver

allow initialisation of PETSc solvers with preconditioners; make SLEPc::Transformation a friend

allow creation of PETSc preconditioners without a matrix

Merge pull request #2021 from bangerth/document-mpi-terms

Document some common MPI terms and link to them.

Document some common MPI terms and link to them.

Merge pull request #1962 from tamiko/constraint

Constraints for LinearOperators

rename test

Update documentation

...

address comments

Add a news/changes.h entry

Fix some doxygen issues

Write a glossary entry on how to use the new facility

Update test and rename to constraint_linear_operator_01

Refactor into constraint_linear_operator header file

This commit refactors everything into its own header file and addresses a
number of issues:
 - solve (Ct * A C + Id_c) x = Ct (b - Ak)
 - make code compile and refactor implementation
 - rewrite documentation

add relates ConstraintMatrix

vmult_add and Tvmult_add

documentation

constraint linear operators

Merge pull request #2005 from tjhei/operator_and_named_data

remove NamedData and deprecated algorithms::Operator

Merge pull request #2020 from asartori86/fix_doc_constraints

fixed doc in ConstraintMatrix detailed description

fixed doc

Merge pull request #2019 from bangerth/remove-outdated-references

Remove references to the pre-historic parallel::distributed::DoFHandler.

Remove references to the pre-historic parallel::distributed::DoFHandler.

Also augment the documentation of one function.

Merge pull request #2016 from bangerth/update-step-17

Update the introduction of step-17.

Update based on review comments.

Add another paragraph.

Update a glossary entry.

Update the introduction of step-17.

Merge pull request #2015 from bangerth/more-vector-vector-to-Table

More vector vector to table

Merge pull request #2014 from bangerth/remove-unused-classes

Remove InternalData classes that are unused and apparently have been for a while

Merge pull request #2013 from bangerth/convert-vector-of-vector-to-Table2-2

Convert vector of vector to Table<2>

Also replace std::vector<std::vector<T>> by Table<2,T> in FE_PolyTensor::InternalData.

Also replace std::vector<std::vector<T>> by Table<2,T> in FE_Poly::InternalData.

Remove InternalData classes that are unused and apparently have been for a while.

Convert internal vector<vector<T>> to Table<2,T>.

This should improve data locality and simplify memory management.

Add more tests.

Add more functions to create ArrayView objects.

Merge pull request #2010 from bangerth/convert-vectorslice-to-arrayview

Convert the VectorSlice argument of Mapping::transform to ArrayView.

Convert the VectorSlice argument of Mapping::transform to ArrayView.

This will allow to change the underlying data type in which the data is stored because
ArrayView does not actually store this, in contrast to VectorSlice.

This patch is backward incompatible. However, this area has already been incompatibly changed
in recent months.

Merge pull request #2011 from drwells/add-space-to-exception-message

Add a missing space to an exception message.

Add a missing space to an exception message.

Merge pull request #2007 from tjhei/wrap_comments_lists

teach wrapcomments.py about nested lists

remove remaining references to NamedData

Merge pull request #2009 from bangerth/fix-warnings-4

Fix a warning.

Fix a warning.

GeometryInfo<dim>::lines_per_face is zero in 1d and 2d, so the comparison
  e<GeometryInfo<dim>::lines_per_face
is always false (as expected and intended) but the compiler warns about
this. Work around this by using signed integers.

Merge pull request #2006 from tjhei/timestepping_cleanup

cleanup TimeStepping documentation

teach wrapcomments.py about nested lists

cleanup TimeStepping documentation

changelog

remove NamedData and deprecated algorithms::Operator

- remove deprecated algorithms::Operator
- remove references to NamedData

Merge pull request #2003 from tjhei/changelog_entries

add changelog entries

add changelog entries

Merge pull request #2002 from tjhei/remove_warning

remove warning

Merge pull request #1998 from bangerth/add-array-view

Add an ArrayView class.

Add more tests.

Add test.

Add an ArrayView class.

remove warning

MSVC complains:
E:\dev\deal-git\source\numerics\error_estimator_1d.cc(197): warning C4138: '*/' found outside of comment [E:\dev\deal-git\buildtest\source\numerics\obj_numerics.debug.vcxproj]

Merge pull request #1922 from tjhei/build_tests

build_test fixes for MSVC

Merge pull request #1999 from tjhei/crash_in_sparse_matrix_ez

fix uninitialized members in SparseMatrixEZ

fix uninitialized members in SparseMatrixEZ

An uninitialized member would cause random crashes in
tests/lac/sparse_matrices_ez as documented by valgrind:

==31301== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)
==31301==    at 0xB0C4614:
dealii::SparseMatrixEZ<float>::reinit(unsigned int, unsigned int,
unsigned int, unsigned int, unsigned int) (stl_vector.h:666)
==31301==    by 0x40F45C: main (sparse_matrix_ez.h:1400)

Merge pull request #1994 from tjhei/fix_step_26

fix constraint handling in step-26

fixes for MSVC

- fix path in documentation
- remove friend declaration MSVC chokes on
- fix unittest scripts (line endings)
- whitelist MSVC 2015 update 1 in bundled boost
- fix run target in examples
- do not specify target "all"
- cmake --build can not have a relative directory on windows
- need to specify build configuration
- need to pass generator along
- disable CRT debug dialog box in tests

fix constraint handling in step-26

A recent change in create_*_matrix now actually makes use of the
ConstraintMatrix argument breaking this example. We actually don't want
to apply constraints here, because they will be changing over time.

Merge pull request #1997 from drwells/add-petsc-wrappers-label-to-gmres

Add a missing PETScWrappers label.

Merge pull request #1996 from drwells/remove-dealii-memory-bug-check

Remove an unimplemented configuration option.

Add a missing PETScWrappers label.

Remove an unimplemented configuration option.

This option, for detecting leaks with deallog, was implemented in
d809993768 and is not supported by the current CMake configuration.

The usage of 'string' instead of 'std::string' implies that no one has
used this code recently.

Merge pull request #1949 from kronbichler/improve_parallel_vector

Add another compatibility function, improve documentation

Merge pull request #1995 from drwells/shifted-matrix-bugs-changelog-entry

Add a changes.h entry for shifted_matrix.h fixes.

Add a changes.h entry for shifted_matrix.h fixes.

Merge pull request #1993 from drwells/shifted-matrix-bugs

Shifted matrix bugs

Add a test for the generalized shifted matrix.

Fix issues pointed out by @slazav.

This commit fixes several compilation issues with
ShiftedMatrixGeneralized. This bug has been present since
cd072f5b77 (June 2001), so it looks like this class has never worked as
advertised.

Rename MASSMatrixType to fit the usual convention.

Merge pull request #1991 from masterleinad/petsc_prec

Different matrix for preconditioner in PETSc

Fix use of different matrices for linear system and preconditioner using PETSc

Merge pull request #1988 from bangerth/avoid-deprecated-function

Avoid using a deprecated function.

Merge pull request #1989 from bangerth/adjust-active_cell_index

Use cell->active_cell_index() instead of the double-indexed loop.

Use cell->active_cell_index() instead of the double-indexed loop.

Avoid using a deprecated function.

Merge pull request #1986 from bangerth/doc-update-46

Augment some error messages that previously had no associated text at all.

Augment some error messages that previously had no associated text at all.

Merge pull request #1985 from bangerth/remove-unused-exceptions

Remove two exceptions that are not used in deal.II any more.

Remove two exceptions that are not used in deal.II any more.

Add test, mention change

Provide read access to the MPI partitioner, improve documentation

Merge pull request #1980 from bangerth/doc-update-44

Update the documentation of the DoFTools::make_*_sparsity_pattern() functions.

Update the documentation of the DoFTools::make_*_sparsity_pattern() functions.

Merge pull request #1981 from bangerth/doc-update-45

Update the introduction to the concepts page.

Merge pull request #1975 from bangerth/minor-cleanups-3

Some minor cleanups.

Merge pull request #1982 from drwells/update-include-guards-3

Update some include guards to the new style.

Update the introduction to the concepts page.

Merge pull request #1972 from bangerth/doc-update-42

Update documentation in a couple of places.

Update some include guards to the new style.

These header files were added after the last check for old-style include
guards.