Fixed doi for step-60

Merge pull request #8265 from masterleinad/gmsh_mesh_format_4_1

Allow for gmsh mesh format 4.1

doc: move news entry

Update doc/news/changes/minor/20190521DanielArndt

Co-Authored-By: Martin Kronbichler <kronbichler@lnm.mw.tum.de>

Allow for gmsh mesh format 4.1

Merge pull request #8263 from tamiko/fix_test_concurrency

sacado: fix test concurrency

sacado: fix test concurrency

Merge pull request #8261 from tamiko/pr_8260

[master] Take over #8260

Cleanup documentation: find_common_subspace()

Merge pull request #8257 from drwells/add-class-doc-stubs

Add two brief class descriptions.

Merge pull request #8256 from drwells/update-91-changes

Update 9.1 changes

Add two brief class descriptions.

These are mentioned in other files and we need at least a stub here to
make the classes show up in doxygen.

Improve a few 9.1 changelog entries.

1. Add a link to GinkgoWrappers::SolverBase
2. Fix description of Subscriptor changes
3. delete some duplicate changelog entries
4. Use %Function where appropriate
5. Minor grammar fixes

Fix doxygen links in the 9.1 changelog.

Merge pull request #8230 from tamiko/disable_two_tests

Disable two ADOL-C tests in release configuration

Merge pull request #8242 from bangerth/64.2

Rework the first part of step-64.

Merge pull request #8237 from bangerth/64

Update the introduction to step-64.

Merge pull request #8244 from bangerth/64.4

Step-64 also depends on step-40.

Merge pull request #8247 from bangerth/dep

Fix a dependency between tutorial programs.

Merge pull request #8238 from bangerth/51

Mention step-61 in the introduction of step-51.

Fix a dependency between tutorial programs.

The format in which this was previously stated was just wrong.

Step-64 also depends on step-40.

More updates of examples/step-64/step-64.cu

Co-Authored-By: Daniel Arndt <arndtd@ornl.gov>

Update the introduction to step-64.

While there also adjust the dependencies.

Merge pull request #8236 from bangerth/61

Fix the dependencies of step-61.

Merge pull request #8246 from masterleinad/change_cudawrappers_mf_point_type

Change CUDAWrappers::MatrixFree::point_type to Point

Clarify size of coef

Merge pull request #8243 from bangerth/64.3

Update the results section of step-64.

Change CUDAWrappers::MatrixFree::point_type to Point

Merge pull request #8239 from bangerth/update

Update a comment in the doxygen options file.

Update the results section of step-64.

Update the rest of the code.

Rework the first part of step-64.

Update a comment in the doxygen options file.

Mention step-61 in the introduction of step-51.

Fix the dependencies of step-61.

This program doesn't really build on step-20 (it solves the Darcy equation,
but not in mixed form) nor really on step-7 (other than the fact that it
computes errors).

Merge pull request #8235 from tjhei/step63-followup

step-63 documention follow-up

Merge pull request #8234 from tjhei/clarify_a_comment

clarify a comment

step-63 documention follow-up

see #8225

clarify a comment

found while trying to understand the code

Merge pull request #8225 from bangerth/63.1

Updates to the step-63 introduction.

Disable two ADOL-C tests in release configuration

It turns out that some optimizing compilers (gcc-7 onwards) are very
happy in happily optimizing away in case of undefined behavior (that we
are apparently encountering). Let's just disable these tests in release
configuration.

Updates to the step-63 introduction.

Merge pull request #8228 from bangerth/63.3

Updates to the step-63 results section.

Merge pull request #8224 from masterleinad/general_data_storage_gcc-9

gcc-9 variant for general_data_storage_01

Updates to the step-63 results section.

gcc-9 variant for general_data_storage_01

Merge pull request #8204 from bangerth/update

Minor updates to the AD page.

Merge pull request #8218 from kronbichler/adjust_documentation

Move changelog entry to proper file

Move changelog entry into proper place

Merge pull request #8189 from adam4130/update-boost

Updated boost::unordered_map/set to std library

Minor updates to the AD page.

Just trying to educate myself about this page.

Merge pull request #8212 from tjhei/doc_colon_eq

doxygen: use coloneq in tutorials

Merge pull request #8191 from kronbichler/transfinite_manifold_robustness

Make TransfiniteInterpolationManifold more robust

doxygen: use coloneq in tutorials

Merge pull request #8209 from masterleinad/trilinos_12_14_vector_adaptor

Add vector_adaptor_02 Trilinos-12.14.1 variant

Merge pull request #8208 from tjhei/add_some_tutorial_keywords

step-63 typo and add some tutorial keywords

Merge pull request #8207 from tjhei/step63changelog_into_release

move changelog entry for step-63

Merge pull request #8200 from tamiko/adolc_guard

CMake: Add a safeguard that disables ADOL-C in case SEACASChaco is enabled

Adjust tolerance in push_forward

Add vector_adaptor_02 Trilinos-12.14.1 variant

Merge pull request #8205 from jppelteret/sd-doc_03

Remove doxygen format from a comment block

Add changelog

Three new test cases to verify the transfinite manifold

step-63 typo and add some tutorial keywords

9.1: move changelog entry for step-63

Remove doxygen format from a comment block

Merge pull request #8202 from tjhei/fix_at_name_tags

fix doxygen @name tags

fix name

fix doxygen @name tags

Merge pull request #8201 from tjhei/doc_remove_at_name_hack

clang-format: do not break @name lines

clang-format: do not break @name lines

remove hack in scratch_data and add @name to the list of items not to
break automatically.

note: I hate having to fight clang-format.

CMake: Add a safeguard that disables ADOL-C in case SEACASChaco is enabled

Merge pull request #8195 from jppelteret/scratch_data-doc_01

Fix documentation in ScratchData

Fixed indentation

Fix documentation in ScratchData

Merge pull request #8193 from bangerth/typo

Fix a typo.

Fix a typo.

Make the transfinite manifold more robust

Merge pull request #8188 from tjhei/undeprecate_get_mg_dofs

undeprecate get_mg_dof_indices

Updated boost::unordered_map/set to std library

undeprecate get_mg_dof_indices

fixes #7887
While the general function makes sense in assembly, this function is
useful in other situations and makes code more expressive.

Merge pull request #8178 from tjhei/step63-fix

followup small step-63 edits

Merge pull request #8186 from tjhei/doxygen_fixes6

doxygen: two broken lists

Merge pull request #8181 from tjhei/examples_folder_other_ccs

examples: ignore temporary cc files in cmake

doxygen: two broken lists

examples: ignore temporary cc files in cmake

I had an editor leave a temporary cc file in the example directory. This
caused cmake/make to fail in hilarious ways. To try it yourself:
``touch examples/step-63/a#.cc``

By reducing the glob to files that are of the form "step-*.cc", we
should be able to avoid this problem. In my case the file was
".#step-63.cc".

followup small step-63 edits

Merge pull request #8177 from masterleinad/tutorial_description_61_64

Add description for step-61 and step-64

Add description for step-61 and step-64

Merge pull request #8079 from tcclevenger/step63-documentation

Step-63 Documentation

Merge pull request #8173 from masterleinad/fix_general_data_storage

Fix general_data_storage test

Fix general_data_storage test

Merge pull request #8171 from tjhei/doxygen_fixes5

fix doxygen formula errors

step-32 text in formula spacing

two more warnings

fix doxygen formula errors

small fixes

fix right test function and Peclet def

address change requests