Minor changes to examples comments

Merge pull request #14483 from tamiko/cmake_bugfix

CMake: Update forgotten find_package() call

CMake: Update forgotten find_package() call

Updating this find_package() call got lost somewhere while rebasing
during all of the pull request merges.

Merge pull request #14479 from tamiko/cmake_cleanup

CMake: ensure some more, modern style rules

CMake: run contrib/utilities/lowercase_cmake

CMake: Update configure_feature() macro to use lowercase commands

CMake: ensure that macro/function definitions are lowercase

CMake: ensure that else() and endif() statements contain no parameter

CMake: simplify clean/purge_feature macros

Merge pull request #14467 from tamiko/modernize_cmake_part_3

CMake: Introduce a dealii:: namespace for targets and harmonize naming

CMake: Introduce a dealii:: namespace for targets and harmonize naming

The top-level targets are now named dealii_debug and dealii_release (and
their exported counterparts dealii::dealii_debug and
dealii::dealii_release).

Merge pull request #14478 from marcfehling/doxygen

Remove obsolete doxygen tags.

Remove obsolete doxygen tags.

Merge pull request #14472 from tamiko/modernize_cmake_part_6

CMake: rename all find modules to DEAL_II_*

Merge pull request #14473 from drwells/spb-changelog

add a changelog for SparsityPatternBase.

Merge pull request #14474 from masterleinad/update_doc_deal_ii_cuda

Update documentation for deal.II+Cuda

CMake: remove CMAKE_MODULE_PATH workarounds

CMake: Update configure macros to use DEAL_II_* feature names

CMake: rename all find modules to DEAL_II_*

This avoids inclusion clashes and accidental calls to our (internal)
find modules from external cmake project configurations.

extend comment about C++17 support

Merge pull request #14468 from tamiko/fix_arborx_detection

CMake: Bugfix: only configure arborx with matching MPI configuration

Merge pull request #14471 from tamiko/modernize_cmake_part_5

CMake: Remove _USER variables

Update documentation for deal.II+Cuda

add a changelog for SparsityPatternBase.

CMake: add compatibility definitions to Config.cmake.in

CMake: Remove _USER variables

Traditionally we have used two "independent" sets of variables to keep
track of feature configurations:

  <FEATURE>_INCLUDE_DIRS
  <FEATURE>_DEFINITIONS(|_RELEASE|_DEBUG)

and

  <FEATURE>_USER_INCLUDE_DIRS
  <FEATURE>_USER_DEFINITIONS(|_RELEASE|_DEBUG)

The former was intended for internal use only and the latter for
exporting whatever is necessary to user projects.

However, this has not been used at all in the last 10 years.

So let us remove this distinction and simply always export include dirs
and definitions to users. This simplification is required to switch to
our features to interface targets.

Merge pull request #14453 from Rombur/kokkos_function

Replace DEAL_II_CUDA_HOST_DEV with KOKKOS_FUNCTION

Merge pull request #14464 from mschreter/add_mpi_scatter

Add Utilities::MPI::scatter

CMake: Bugfix: only configure arborx with matching MPI configuration

Merge pull request #14469 from tamiko/modernize_cmake_part_2

add a news/changes entry

Merge pull request #14463 from tamiko/modernize_cmake_part_1

CMake: lowercase all function and macro names

add a news/changes entry

add utility function MPI::scatter

CMake: apply contrib/utilities/lowercase_cmake

Examples: Fix regular expression

contrib/utilities: hook cmake_lowercase into check_indentation

contrib/utilities: add script to convert cmake functions/macros to lowercase

Merge pull request #14466 from tamiko/avoid_kokkos_warning

CMake: search quietly for kokkos and avoid an unnecessary warning

Merge pull request #14465 from tamiko/modernize_cmake_part_2

CMake: always export compile_commands.json in deal.II and user projects

CMake: search quietly for kokkos and avoid an unnecessary warning

Merge pull request #14459 from tamiko/make_clang_tidy_config_more_readable

clang-tidy: use line breaks in config, remove nonexistent check

CMake: always export compile_commands.json in deal.II and user projects

Merge pull request #14462 from tamiko/ignore_clangd_files

gitignore: ignore clangd files and directories

Merge pull request #14460 from kronbichler/fix_warnings

Fix more warnings about unused variables

Merge pull request #14455 from tamiko/fix_cmake_tpetra

CMake: remove forgotten GO = statement in tpetra compatibility check

gitignore: ignore clangd files and directories

In order to use clangd it is currently necessary to add some
configuration into a .clangd file. Unfortunately, this is very situation
specific and cannot meaningfully be upstreamed. (For example, I need to
manually specify "-std=c++17" to work around the issue that gcc defaults
to c++17 and clang defaults to c++14.)

While at it also ignore the .cache directory where clangd stores its
index.

Update .clang-tidy

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Fix one more warning

Fix warning about unused variable in release mode

clang-tidy: remove nonexistent check

This probably should have read

 -modernize-use-emplace

instead of "use-emplace". Let's simply remove the directive for now.

clang-tidy: use line breaks for better readability

Replace DEAL_II_CUDA_HOST_DEV with DEAL_II_HOST_DEV

CMake: remove forgotten GO = statement in tpetra compatibility check

Closes: #14372

Merge pull request #14451 from drwells/sparsity-pattern-base-cleanup

Merge pull request #14452 from tamiko/avoid_a_warning

GridGenerator: avoid a warning in release mode

GridGenerators: modernize a cell loop and use range-based for

GridGenerator: avoid a warning in release mode

Merge pull request #14365 from masterleinad/kokkos_bundled

Make Kokkos a required dependency and bundle Kokkos 3.7.00

Clean up some sparsity-related header inclusions.

Remove SPARSITY_PATTERNS from template-arguments.in

We no longer need it! Taken together, removing the templates over the sparsity
pattern type lowers the number of symbols in the debug library build from 813005
to 811893.

Merge pull request #14433 from drwells/sparsity-pattern-base-multigrid

multigrid tools: Remove template on sparsity pattern type.

Merge pull request #14392 from bangerth/cxx17

Avoid boost::optional/variant in favor of std_cxx17::variant/optional.

multigrid tools: Remove template on sparsity pattern type.

Avoid "!."

Make Kokkos a required dependency and bundle Kokkos 3.7.00

Merge pull request #14435 from masterleinad/fix_trilinos_kokkos_flags

Fix flags for Trilinos+Kokkos

Merge pull request #14441 from drwells/sparsity-base-api

SparsityPatternBase: redo add_entries() to take pairs.

Merge pull request #14445 from lethe-cfd/particles_periodicity

Fix the generation of ghost particles when there are periodic boundary conditions in a triangulation

Merge pull request #14450 from masterleinad/fix_actions_v2_E3

Bump actions/checkout from 2 to 3

Merge pull request #14448 from bangerth/vtu-6

Merge pull request #14449 from bangerth/vtu-9

Move declaration of vtu_stream to where it is used.

Bump actions/checkout from 2 to 3

Avoid boost::optional/variant in favor of std_cxx17::variant/optional.

Merge pull request #14437 from quangx/fix-step76-document

Redo SparsityPatternBase::add_entries() to use pairs.

Remove two lines that were added by mistake

Update doc/news/changes/minor/20221118Blais

Co-authored-by: Martin Kronbichler <martin.kronbichler@uni-a.de>

Fix indentation

Move declaration of vtu_stream to where it is used.

While there, also use the underlying stream rather than vtu_out where possible.

fix typos

Fix reference step 59

fix typo step-79

fix typo results.dox

step-76 doc fix

add changes from indent

Update test documentation

Merge pull request #14447 from tjhei/fix-indent-script

fix indent script

Use variable-sized std::array instead of fixed number of arguments.

Merge pull request #14446 from bangerth/vtu-5

Simplify code

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Update include/deal.II/grid/grid_tools_cache.h

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

fix indent script

Merge pull request #14444 from bangerth/ident

Add a bit of documentation.

Merge pull request #14429 from masterleinad/cuda_build_tests

Exchange ghost uses vertices w ghost_neighbors

Add test for new periodic exchange ghost

Update source/particles/particle_handler.cc

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Update source/particles/particle_handler.cc

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Convert yet another function.

Simplify yet more code.

Simplify more code.

Add a bit of documentation.

Merge pull request #14424 from masterleinad/kokkos_print_backends_and_archs

Print backends and architectures for Kokkos

Print backends and architectures for Kokkos

Only pass Kokkos flags