Instantiate to workaround link errors in dof_accessor_xxx. There should be a prettier way to do this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark changes in CHANGES (and merge from trunk).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31140 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Restore branch to a compilable state. No masks, no hidden compiler warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31138 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Recreate branch branch_petscscalar_complex - learn from mistakes and start again...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31137 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Copy tests directory over to branch_petscscalar_complex

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31134 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove tests due to conflicts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31133 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Last changes for the day. Good progress :-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31132 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31131 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31130 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make run again in parallel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unused variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some compilers apparently want to have a full declaration of ConstraintMatrix
if they see it in a default argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify strcpy with std::

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31117 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve exception messages

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31115 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: resolve issue 105

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31109 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename a few variables. Initialize vectors with vector sets and communicators, rather than other vectors, to make clear that the vector is not in fact copied, and to make it clearer what index set is being used.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove file accidentally added.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove one variable whose value is always equal to another.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove one variable whose value is always equal to another.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31102 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use PetscReal where a real_type is needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do a todo - use PetscReal where real_type is needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31095 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Notes to self - @todos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove warning (error is deeper in recursion).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document problem (in a comment) with OutputIterator - this is an @todo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix divide error by cast-from-int (as it already is in the parallel case).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31089 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Figure out where data_out was breaking... move @whattodo to data_out_dof_data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A rather long but sensible error message in slepc solver in case of complex type (advanced API useage).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more error identify - only dat out is masked now...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set default problem type for SLEPc - this should be the GNHEP.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

By-pass a load of errors until we figure out how to deal with them - grep @whattodo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add to changelog

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do not use n_default_threads but n_threads()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace n_default_threads by n_threads()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

leave some comments and todos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do not use n_default_threads

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

introduce new n_threads(), deprecate n_default_threads

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove references to n_default_threads() in error_estimator.h that are ignored anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

only use TBB in workstream if we are allowed to use more than one thread

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Now when WorkStream uses graph coloring and that there are not enough elements in a color, the elements are aggregated and copied serially.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slightly more documentation. Leave a few TODOs in the introduction.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cherry-pick revisions 31065 and 31066 from branch_port_the_testsuite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Port the distributed periodicity test, add missing template instantiation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Port grid_tools_05.cc test to collect_periodic_faces

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31063 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress warnings of the following kind:
..................
/.../deal.II/source/numerics/matrix_tools.cc(2088): warning #2536: type qualifiers are meaningless here

                  bool (*comp)(const typename SparseMatrix<number>::iterator::value_type p,
                               ^
..................
Avoiding the 'const' here is not always completely possible in
template contexts, depending on whether 'value_type' already
has the 'const' in it or not.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in graph coloring and add a test for it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31058 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link in step-51 tutorial program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do some operations in parallel on tasks.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31055 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around an issue in a copy constructor we needed for C++11 compatibility and Intel's ICC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over revisions 31045 - 31051 from branch_port_the_testsuite

Cleanup GridTools::collect_periodic_*:

 - Remove GridTools::collect_periodic_face_pairs
 - Unify interface for remaining GridTools::collect_periodic_faces
 - Remove deprecated functions that aren't even released
 - Bugfix: Instantiate collect_periodic_faces, this resolves a compilation
   issue with icc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a couple of assertions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31047 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable warning 327 for Intel compilers. This leads to (correct)
warnings of the kind

File: source/fe/fe_values.cc Line: 430

/.../deal.II/source/fe/fe_values.cc(430): warning #327: NULL reference is not allowed

      fe_values(*static_cast<dealii::FEValuesBase<dim, spacedim>*> (0)),
                ^
          detected during instantiation of "dealii::FEValuesViews::Tensor<2, dim, spacedim>::Tensor() [with dim=1, spacedim=1]" at line 76 of "/usr/include/c++/4.6/bits/stl_construct.h"

But we'd like to use this construct anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a copy constructor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from trunk to branch; mask data_out_dof_data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a copy constructor in hopes of making Intel's ICC happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

tenporary fix for matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress output to console.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31033 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move declaration of std::vector out of a loop.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31032 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try to make older gccs happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a copy constructor for the Task class. This should make
Intel ICC happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31029 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a copy constructor for the accessor class. This should make
Intel ICC happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31028 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move comment into the right place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31027 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document geometry generation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31024 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change const bool& parameter to not be a reference in write_hdf5_parallel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31023 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove hdf5 related compiler warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31022 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo in documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try to align instantiations to declarations, in hopes of fixing bug #122.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide copy constructors for iterators.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31019 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More small mods.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31018 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Further cleanups.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clean up member variable list somewhat. As far as possible, initialize member variables in the initializer list and then mark them as const.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few comments. Fix a couple of oversights where the same function is used for both cell integrals and boundary integrals (though the evaluated function values are, in fact, only used for the boundary integrals).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix sphere obstacle function

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a newline to the end of the file, as mandated by the C++ standard.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a newline to the end of the file, as mandated by the C++ standard.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile with 64-bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31003 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More minor changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slightly more cleanup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added DataOutFilter class to remove duplicate vertices/values and serialization for XDMFEntry class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30991 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30990 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename a couple of things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30989 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30988 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move around a bit of stuff. More documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30987 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move initialization of obstacle into constructor of main class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30984 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Let the main class only store a pointer to the obstacle, not the object that reads in the file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30981 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30980 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix - nice try...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30978 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix crash in ConstraintMatrix constructor taking IndexSet (release mode only)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30977 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Also include 3rd party include directories in FindPETSC.conf

It is really necessary to use all exported include directories from a PETSc
installation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30975 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid infinite loop.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30973 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30972 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

small change in update_solution_and_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30971 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use std_cxx1x::function for graph_coloring.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30970 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix elasticity test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30964 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new residual Divergence::u_times_n\
fixed elasticity residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30963 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d