Merge pull request #3275 from davydden/feature/arpack_shift

add ArpackSolver::set_shift()

Update readme.html for #3254 (#3255)

* Use cmake to find local MathJax

use std::complex in (P)Arpack::set_shift()

make PArpackSolver::set_shift() consistent to that in ArpackSolver

add ArpackSolver::set_shift()

Merge pull request #3287 from kbzowski/master

Fixed typo in FunctionParser examples.

Fixed typo in FunctionParser examples.

Merge pull request #3276 from kronbichler/master

Add step() and Tstep() methods to Chebyshev preconditioner for relaxation smoothers

Merge pull request #3274 from drwells/split-tests/bits-06

Move vector tests from tests/bits to tests/vector.

Mention change

Test relaxation interface to PreconditionChebyshev

Re-organize adaptive MG tests with matrix-free. Avoid dependency on Trilinos if not necessary.

Add step() and Tstep() methods to Chebyshev preconditioner.

Merge pull request #3263 from bangerth/generalize-edge-adjacent-data-structures

Complete the implementation of the mesh orientation algorithm in 3d.

Merge pull request #3281 from kronbichler/mapping_remove_unnecessary_code

Remove unnecessary code

Remove unnecessary code

Merge pull request #3278 from bangerth/doc-update

Add a comment.

Add a comment.

Merge pull request #3273 from bangerth/fix-read_vtk

Fix GridIn::read_vtk().

Move vector tests from tests/bits to tests/vector.

Merge pull request #3270 from dealii/doc_fix_1

Refactor documentation for TrilinosWrappers::BlockSparsityPattern.

Add a changelog entry.

Fix GridIn::read_vtk().

The function reads a section of VTK files of the form

CELL_DATA 4
SCALARS MaterialID double 1
LOOKUP_TABLE default
1.000000
2.000000
3.000000
4.000000

but internally (despite the fact that the field is declared
as 'double' above) reads them as integers. This leads to
wrong results if they are given as floating point numbers,
as in the case above.

While there also add an assertion an clean things up
slightly.

Merge pull request #3272 from drwells/improve-step-27

Clarify some header descriptions in step-27.

Clarify some header descriptions in step-27.

The old description was written when we used
CompressedSetSparsityPattern for this tutorial instead of
DynamicSparsityPattern.

Refactor documentation for TrilinosWrappers::BlockSparsityPattern.

The documentation for this class now mirrors that provided in
`petsc_block_sparse_matrix.h` (and, for the namespace description,
`petsc_vector_base.h`).

Fixes #3267

Merge pull request #3266 from masterleinad/fix_missing_file

Copy the correct .obm file in step-42

Copy the correct .obm file in step-42

Merge pull request #3264 from tjhei/doxygen_fixes

fix doxygen errors

fix doxygen errors

Complete the implementation of the mesh orientation algorithm in 3d.

This replaces the existing implementation by one that is largely
dimension independent.

Merge pull request #3260 from davydden/minor/mf_operators_remove_warning

remove warning in MatrixFreeOperators::Base

remove warning in MatrixFreeOperators::Base

Merge pull request #3257 from masterleinad/restrict_arpack

Restrict the possible options for eigenvalues of symmetric problems in Arpack

Restrict the possible options for eigenvalues in (P)Arpack

Merge pull request #3258 from kronbichler/master

Add missing include files

Add missing include files

Merge pull request #3252 from davydden/matrix_free_base

add a base class for Matrix-free operators

add a base class for Matrix-free operators

derive MatrixFree from Subscriptor

Merge pull request #3256 from masterleinad/fix_tbbreduce

Allocate an even number of elements in TBBReduceFactor

ensure allocation of an even number of elements

Merge pull request #3248 from kronbichler/master

Add JxW method to FEEvaluation

Merge pull request #3253 from drwells/fix-clang-warnings

Fix clang warnings

Merge pull request #3250 from bangerth/add-missing-flags

Add missing 'update_JxW_values' flags.

Merge pull request #3251 from drwells/print-top-xml-sections-on-error

Include the top XML sections in an error message.

Remove some unused typedefs.

Comment out some unused function arguments.

Include the top XML sections in an error message.

This commit improves ExcInvalidXMLParameterFile by printing out the
names of the top level XML sections in an exception message.

Add missing 'update_JxW_values' flags.

These tests *do* use the JxW values, but they are not explicitly specified
as necessary. Instead, some quirk of our internal machineries causes this
flag to be set anyway, but it's better not to rely on this.

Merge pull request #3249 from bangerth/fix-comment

Fix several grammar mistakes in a comment.

Fix several grammar mistakes in a comment.

While there, also wrap it.

Add changelog

Add JxW() method to FEEvaluation.

Merge pull request #3247 from spco/remove_semicolon

Remove extra semicolon.

Merge pull request #3245 from bangerth/doc-update-78

Update DoFHandler documentation first sentence.

Merge pull request #3244 from bangerth/simplify-steps-2

Make code in steps 1 and 2 more obvious.

Merge pull request #3246 from bangerth/simplify-steps

Use an easier to read style for declaring iterator variables.

Remove extra semicolon.

Merge pull request #3243 from tjhei/step_40_what_la

step-40: output ranks and what linear algebra we use

step-40: output ranks and what linear algebra we use

Merge pull request #3237 from spco/add_flux_test

Add unit test for make_flux_sparsity_pattern() with periodicity.

Update DoFHandler documentation first sentence.

Make code in steps 1 and 2 more obvious.

In the current setup, steps-1 and 2 first set all manifold ids, and only
then attach a manifold object. This invites the question what the triangulation
would do in between. On the other hand, we can easily fix this by first
attaching a manifold object to the triangulation for manifold_id zero,
and only then set the manifold_ids of cells and faces to zero.

Use an easier to read style for declaring iterator variables.

For first-time readers of deal.II programs (who may be used to other languages than C++),
our declarations of 'cell' and 'endc' that span multiple lines may be difficult to read.

For the first three tutorial programs, use a simpler syntax where each variable declaration
only requires a single line of code.

Merge pull request #3234 from bangerth/fix-compilation

Remove a wrong 'typename'.

Add unit test for make_flux_sparsity_pattern with periodicity.

Remove a wrong 'typename'.

Merge pull request #3236 from gassmoeller/remove_unhelpful_assert

Remove asserts that are no longer useful

Remove asserts

Merge pull request #3224 from bangerth/generalize-edge-adjacent-data-structures

Generalize the data structure used to represent an edge set.

Merge pull request #3231 from davydden/more_quick_tests

add more quick tests

Merge pull request #3138 from gassmoeller/improve_tensor_product_polynomials

Reorder loop over tensor polynomials.

add Assert's to some quick tests

Provide paths for static and dynamic memory.

Merge pull request #3232 from spco/fix_flux_sparsity_pattern

Ask neighbor, rather than cell_face, about children.

Ask neighbor, rather than cell_face, about children.

add a quick test for Arpack

add a quick test for GSL

add a quick test for umfpack

add a quick test for LAPACK

add a quick test for metis

add a quick test for trilinos

Merge pull request #3184 from davydden/feature/PreconditionJacobi_MGSmootherPrecondition

make PreconditionJacobi work with MGSmootherPrecondition by defining …

Merge pull request #3225 from drwells/fix-old-doc-links

Remove removed features from the documentation.

make PreconditionJacobi work with MGSmootherPrecondition by adding a typedef for AdditionalData

Improve the step-11 quadrature order explanation.

This little commit fixes three little issues with this paragraph:
1. A Gauss quadrature rule has order 2 r - 1 for r points, not 2 r + 1
2. p and p + 1 should be surrounded by $s
3. @>= should be replaced by the TeX command \geq

Generalize the data structure used to represent an edge set.

Specifically, the class is used to represent the set of edges by which the parallel
set can grow in each iteration. In 2d, this set can only have zero, one, or two
elements, and we can use a corresponding, O(1) data structure to store them.

In 3d, the set can be of arbitrary size and we represent it as a std::set.

Creating generic data structures also allows to write the algorithm that uses it
in a more concise way using iterators.

Remove MGMatrix doc references.

This class was removed in commit 0e6f496cdf (January 2015).

Remove SparseLUDecomposition::decompose reference.

This function was removed in commit 27b50d8b58d (February 2015).

Remove collect_periodic_face_pairs() references.

This function was removed in commit a99f9a70d2 (September 2013) in favor
of collect_periodic_faces.

Remove face_to_equivalent_cell_index references.

This function was removed in 73e27d0d14b (August 2013) in favor of
face_to_cell_index.

Remove QGauss2 doc references.

This QGauss2, QGauss3, etc. were removed in commit
07e24b9065b (September 2010) in favor of QGauss.

Remove a ProblemBase doc reference.

ProblemBase was removed a long time ago (commit 57dc4ec4a3, March
2001), so point the user towards the current functions.

Remove MGDoFHandler doc references.

This class was removed in commit c3b628b913.

Remove MGConstraints doc references.

This class only existed in preliminary versions of the MG part of the
library and has since been replaced by MGConstrainedDoFs.

Remove FiniteElementBase doc references.

FiniteElementBase was removed in commit 6cc25d0964 (August 2005) and the
relevant functionality moved to FiniteElement or the namespace
FiniteElementDomination.

Merge pull request #3220 from bangerth/generalize-edge-adjacent-data-structures

Generalize the data structures for the cells adjacent to an edge.

Rename a function; also make it run faster.

The new name is dimension independent. The speed is gained because we do not need
to search a list from the top every time, but it is enough to start searching where
we left off previously.

Generalize the data structures for the cells adjacent to an edge.

In 2d, only two cells can be adjacent to an edge, and the current data structures in the
mesh reorientation algorithm reflect this: each edge had 2 slots for adjacent cells, of which
zero, one, or two could be used at any given time.

On the other hand, in 3d, an arbitrary number of cells may be adjacent to an edge. I eventually
want to extend the algorithm re-written in #3166 to the 3d case as well. This patch generalizes
the data structure representing the cells adjacent to an edge by making it generic. The patch
only implements the 2d case, but the 3d case will be easy to add later on, and it makes the 'Edge'
data structure generic.