Undo accidental merge of this file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reintegrate branch_eliminate_iterator_functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove references to merged branched from mainline.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few markup problems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

hopefully make numbering less depending on roundoff errors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write glossary entries for user flags and user data. Link to it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix language.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly instantiate a few static variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make interface similar to the one for UMFPACK.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

updated bench.sh to output results from 3 tests per revision

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a warning about a potentially uninitialized variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated get_times.cc to collect minimum times of multiple tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

speed up test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compile issue with clang++-v3.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27048 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Actually instantiate SparseDirectMumps::initialize to make gcc-4.7 happy

Also fixup some unsigned int* -> int* type conversions gcc-4.7 barks about very
loudly because they are not permitted by ISO C++ (ISO C++ 11)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

treat lucky breakdown in GMRES and FGMRES

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

also test fgmres for lucky breakdown

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test for lucky breakdown

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update test result.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

treat tke lucky breakdown, otherwise we had devision by zero

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Really go through all neighbors of a vertex.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comment to SCALAPACK section.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem in GridTools::find_cells_adjacent_to_vertex with anisotropic refinement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo r26920 since that appears to have led to numerous testsuite failures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid warning about unused argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New, failing test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Edited plot.sh to use test parameter

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated bench.sh to extract names

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Define
   DEAL_II_PETSC_LIBDIR     = $(DEAL_II_PETSC_DIR)/$(DEAL_II_PETSC_ARCH)/lib
since this variable is used in source/Makefile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over patches 26839 to 26844 from Matthias' branch for cmake conversion. These patches clean up compiler bug tests that are from the gcc 2.95 and 3.x era and almost certainly no longer apply to the current crop of compilers we have.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update documentation in a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some old parts of the code dealing with PETSc versions prior to 2.3. Add some comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify more dublicated code in fe_system

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26867 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify dublicated code in fe_system

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26866 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move test into bits because it works now

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26865 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26864 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update tests for FESystem

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

FESystem can now deal with n_elements==0 for a block. Remove a ton of dublicated code in the process.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change make_dependencies to ignore -D command line options rather than error out

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a piece of code where it is necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

benchmark: add test for plotting

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26855 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

extend documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26848 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

typo in documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Say which section can't be entered in an assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26846 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the way we let the normalize.pl script know about where the deal.II directory is.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26834 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Find the path to deal.II some other way.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26818 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26817 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove this file. I've put it on the google code wiki.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26812 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove now deleted files from the list of things where stuff has to be substitutes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

nicer error message when refining an empty Triangulation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix benchmark script loop

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26804 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add Assert for make_periodicity_constraints for a distributed Triangulation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26803 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo in comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation for make_periodicity_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26801 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove from here since it has moved to the homepage/RELEASE directory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26800 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26798 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26797 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix indentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26796 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only output a list of parameters if there are any. Otherwise we
end up with an empty {itemize} list which latex does not like.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26795 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the 'normalize' and 'status_to_report' scripts to the tests directory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26794 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bunch of malformed indentations to make merging from mainline less painful.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26793 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a subdirectory that only contains tools we never seem to
use.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26792 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert several tutorial programs to the ComponentMask approach.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26791 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one place where the syntax has to be adjusted to the new ComponentMask class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26790 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a script that generates a TODO file. doxygen does this in a more elegant way, as does Eclipse. It's also easy to do with a grep command.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26789 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove more old stuff.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26788 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove scripts that haven't been used in a long time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26787 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a script that nobody seems to recall what exactly it does.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26786 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a script that hasn't been useful since we switched to svn :-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26785 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

use the logic in Triangulation instead of copying it

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove console output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26777 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add faces and output file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26776 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test iterator functions of DoFHandler

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing copy function to MGDoFAccessor

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26774 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

allow writing to Logstream

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added iostream to table_handler.cc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26772 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small fixes to get_times program

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26771 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve Makefile

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26770 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated benchmark script with correct name

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add simple makefile for benchmark analyse script

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26768 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modified bench script

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test case for hang with fe_system with 0 components

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add copy and access functions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26755 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26736 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26735 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test for

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26734 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SparsityTools::distribute_sparsity_pattern()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26733 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test for BlockCompressedSimpleSparsityPattern::column_number()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26729 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

added BlockCompressedSimpleSparsityPattern::column_number()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26728 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output files. (In fact, revert them to the state they were before the merge; there must have been something different in the configuration of the branch that these tests produced different results there.)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26727 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a void* in the argument list of MatShellGetContext as required by the compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26719 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix branch marker that was erroneously merged.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26701 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge branch_component_mask into mainline.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26700 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d