Merge pull request #15472 from tamiko/fix_test_13

Test distributed_grids/checkpointing_03: do not run debug variant

Merge pull request #15465 from bangerth/kokkos

Filter out --help from argv when initializing Kokkos

Merge pull request #15471 from tamiko/fix_la_test_02

Test lac/vector_memory_02: add output variant

Merge pull request #15470 from tamiko/fix_la_test

Test: lac/linear_operator_10: disable floating point exceptions

Merge pull request #15469 from tamiko/fix_grid_tools_cache_tests

Test grid/grid_tools_cache_{04,06,08,09}: add output variants

Merge pull request #15468 from tamiko/fix_test_12

Test grid/grid_generator_pipe_junction: add output variant

Merge pull request #15467 from tamiko/fix_cgal_test_02

Test cgal/cgal_triangulation_05: add test variant for clang-16, libc++

Merge pull request #15466 from tamiko/fix_cgal_test

Test cgal/cgal_remesh_surface: disable floating point exceptions

Test distributed_grids/checkpointing_03: do not run debug variant

With gcc-13 in debug mode this test can takeup to 10 minutes to
complete. Thus, restict it to release mode where it only takes a couple
of seconds.

Test lac/vector_memory_02: add output variant

Test: lac/linear_operator_10: disable floating point exceptions

Test grid/grid_tools_cache_09: add output variants

Test grid/grid_tools_cache_08: add output variant

Test cgal/cgal_remesh_surface: disable floating point exceptions

Test grid/grid_tools_cache_06: add output variant

Test grid/grid_tools_cache_04: add output variant

Test grid/grid_generator_pipe_junction: add output variant

Test cgal/cgal_triangulation_05: add test variant for clang-16, libc++

Use a range-based for loop.

Filter out --help from Kokkos flags.

Minor clean-up to the Kokkos initialization.

Merge pull request #15461 from tamiko/fix_distributed_grids_tests

Test distributed_grids/3d_refinement_08: add output variants

Merge pull request #15462 from tamiko/fix_cgal_test_02

Test cgal/cgal_triangulation_06: disable floating point exceptions

Test distributed_grids/3d_refinement_08: add output variant

Merge pull request #15460 from bangerth/test-99

Add output variant.

Test cgal/cgal_triangulation_06: disable floating point exceptions

Otherwise this test might trigger a spurious floating point exception
depending on the CGAL library version being used.

Add output variant.

Merge pull request #15458 from bangerth/symengine

Revert a change that breaks compilation.

Merge pull request #15454 from bangerth/77-4

Advertise NonlinearSolverSelector in step-77.

Merge pull request #15370 from bangerth/test-70

Add a test for step-70.

Merge pull request #15455 from tamiko/add_mailmap_entry

add mailmap entry

Revert a change that breaks compilation.

Merge pull request #15450 from tamiko/fix_nox_exception

NOX: catch std::runtime_error instead of char* for Trilinos 14.2.0 onwards

add mailmap entry

Advertise NonlinearSolverSelector in step-77.

Remove brittle logic that depends on directory names.

Merge pull request #15452 from kronbichler/fix_mf_diagonal

Fix invalid data access in MatrixFreeTools::compute_diagonal

Merge pull request #15448 from tamiko/fix_cgal_test

Test cgal/cgal_surface_mesh_02: disable floating point exceptions

Update include/deal.II/trilinos/nox.templates.h

Co-authored-by: Martin Kronbichler <martin.kronbichler@uni-a.de>

Merge pull request #15451 from kronbichler/fix_invalid_access_dof_accessor

Fix invalid memory access of DoFAccessorImplementation

Update include/deal.II/trilinos/nox.templates.h

Co-authored-by: Martin Kronbichler <martin.kronbichler@uni-a.de>

Merge pull request #15434 from drwells/examples-9.5

Examples 9.5

Merge pull request #15410 from bangerth/77-2

Discuss replacing KINSOL by SNES or NOX in step-77.

Merge pull request #15429 from tamiko/fix_gcc_13_warnings

CGAL: fix some bogus warnings with gcc-13

Merge pull request #15446 from tamiko/fix_petsc_tests

lac/parpack_solver: add missing compress() operation

Merge pull request #15447 from tamiko/fix_hdf5_test

Test base/hdf5_0{3,5}.mpirun={1,4}: do not compare test output

Merge pull request #15449 from tamiko/fix_test_properly

Test numerics/nonlinear_solver_selector_03: use check_solver_within_range macro

Fix invalid data access in MatrixFreeTools::compute_diagonal

Fix invalid memory access of DoFAccessorImplementation

NOX: catch std::runtime_error instead of char* for Trilinos 4.2.0 onwards

Merge pull request #15442 from tjhei/fix-step-57-convergence

fix step-57 bilinear form

Test numerics/nonlinear_solver_selector_03: adjust test output

Test numerics/nonlinear_solver_selector_03: use check_solver_within_range macro

Test cgal/cgal_surface_mesh_02: disable floating point exceptions

Otherwise this test might trigger a spurious floating point exception
depending on the CGAL library version being used.

Test base/hdf5_04.mpirun={1,4}: do not compare test output

We have been adding output variants for this test for years, but the
test output is simply not stable. I see different output depending on
debug or release configuration and chosen optimization level.

Let us stop here and only check whether the test runs correctly without
throwing an exception.

Test base/hdf5_03.mpirun={1,4}: do not compare test output

We have been adding output variants for this test for years, but the
test output is simply not stable. I see different output depending on
debug or release configuration and chosen optimization level.

Let us stop here and only check whether the test runs correctly without
throwing an exception.

lac/parpack_solver: add missing compress() operation

Merge pull request #15441 from peterrum/categorize_by_boundary_ids

MFTools::categorize_by_boundary_ids: use iterator

Merge pull request #15425 from tamiko/make_icc_19_happy

CMake: avoid adding ${DEAL_II_BUNDLED_INCLUDE_DIRS} to bundled targets

Merge pull request #15437 from bangerth/33

Fix step-33.

MFTools::categorize_by_boundary_ids: use iterator

fix step-57 bilinear form

Merge pull request #15435 from drwells/cuda-bundled-kokkos-warning

Merge pull request #15436 from bangerth/higher-order

CMake: fully qualify an include path

Add a better error message for Cuda + bundled Kokkos.

Fix step-33.

Warn about the use of higher order output when using Visit.

Merge pull request #15430 from kronbichler/fix_mf_bug

Fix bug in MatrixFree setup for FE_Nothing

Merge pull request #15431 from kronbichler/fix_bug_constraints

Fix bug in AffineConstraints::make_sorted_row_list

CMake: update a comment

Merge pull request #15423 from kronbichler/spell_set_up_2

Fix a few more 'set up'

Bundled: avoid warnings in bundled boost

set -Wno-deprecated-builtins and -Wno-deprecated-declarations

Bundled: add missing includes to compile bundled umfpack target

CMake: avoid adding ${DEAL_II_BUNDLED_INCLUDE_DIRS} to bundled targets

These include files should only be added as system include directories
to dependend targets and not to the bundled targets themselves.

While this commit looks purely aesthetic, this commit actually works
around an obscure compiler bug with ICC 19 that otherwises errors out
with when trying to compile our bundled tbb library.

Bundled: add missing includes to compile bundled tbb target

Bundled: add missing includes to compile bundled kokkos target

Bundled: add missing includes to compile bundled boost target

Fix compilation with complex PETSc + SUNDIALS.

Fix a 'bind to temporary' warning.

Merge pull request #15428 from tamiko/fix_gcc_13_warnings_1

fe/fe_values: avoid a "maybe uninitialized" warning with gcc-13

Fix bug in AffineConstraints::make_sorted_row_list

Fix bug in MatrixFree setup for FE_Nothing

deal.II/cgal/utilities.h: silence a bogus warning with gcc-13

CMake: Update -Wno-misleading-indentation for CGAL

Merge pull request #15422 from masterleinad/fix_clang_tidy_9_5

Fix clang-tidy complaints

fe/fe_values: convert internal::do_function_laplacians to ArrayView

fe/fe_values: convert internal::do_function_gradients to ArrayView

fe/fe_values: convert internal::do_function_values to ArrayView

Tweak some example documentation.

Fix a few more 'set up'

Fix clang-tidy complaints

Merge pull request #15412 from kronbichler/correct_set_up

Spell 'set up' when used as a verb

Merge pull request #15414 from masterleinad/fix_doxygen_reflinks

Fix doxygen reflinks

Merge pull request #15397 from tamiko/fix_opencascade_tests

Testsuite: opencascade/stl_(refinement|write): do not compare output

Merge pull request #15411 from tamiko/fix_a_test_4

Testsuite: symengine/symengine_tensor_operations_04: fix test compilation

Discuss replacing KINSOL by SNES or NOX in step-77.

Merge pull request #15413 from kronbichler/rearrange_make_file

Move source/matrix_free up in build order

Fix doxygen reflinks

Merge pull request #15390 from bangerth/icc

Try to work around an Intel compiler issue.