add constructor taking file name as argument to load matrix from disk

Merge pull request #7256 from bangerth/copyright-2

Fix copyright date format.

Merge pull request #7255 from bangerth/header

Do not unnecessarily create backup files that then litter the build directory

Merge pull request #7254 from bangerth/header-2

Provide the mod_header.pl.in with a copyright header and explanation.

Merge pull request #7250 from masterleinad/revert_b8c6d8

Remove DEAL_II_WITH_THREADS checks, revert #7246

Merge pull request #7257 from bangerth/copyright-3

Figure out the last copyright date for any of our source files.

Figure out the last copyright date for any of our source files.

Fix copyright date format.

This is the only file that had used two spaces after '(C)'.

Do not unnecessarily create backup files that then litter the build directory.

Provide the mod_footer.pl.in with a copyright header and explanation.

While there, also clean up some idiosyncratic use of CORE::say: we use
print everywhere else in PERL scripts, so do the same here.

Provide the mod_header.pl.in with a copyright header and explanation.

While there, also clean up some idiosyncratic use of CORE::say: we use
print everywhere else in PERL scripts, so do the same here.

Merge pull request #7252 from tamiko/fix_slepc

CMake: FindSLEPC.cmake: Fix regex for version number

CMake: FindSLEPC.cmake: Fix regex for version number

Similarly to what was fixed in #7203, fix the regex to also pick up two
(or more digit) version numbers correctly.

Merge pull request #7234 from bangerth/hp-2

Make the order of active_fe_indices stable

Merge pull request #6977 from jppelteret/ad-helpers_03

AD Helpers: Add helper for variational formulations (cell-level)

AD Helpers: Add helper for variational formulations (cell-level)

More fixes

Merge pull request #7248 from drwells/remove-if-true-and-semicolons

Remove if true and semicolons

Revert "Fix compiling with THREADS=ON"

This reverts commit 49e7b20b064893627a5b403449fdc29edf1cd3d8.

Fix compiling with THREADS=OFF

Add a changelog entry.

Remove the DummyMutex/ConditionVariable/Barrier classes.

We provided these in cases where someone wanted to not compile for multithreading,
in which case certain functionality from the TBB was not available. But the
implementations of these classes is now unconditionally available via the
C++11 standard library, and so we don't need the dummy implementations any
more.

Remove 'if (true)' statements.

Remove some unnecessary semicolons.

Merge pull request #7239 from bangerth/parallel

Do some hp DoF index allocation tasks in parallel.

Merge pull request #7247 from dealii/fix_warnings_in_configure_checks

Allow configure checks to be run with more warnings

Merge pull request #7246 from masterleinad/fix_compiling_threads

Fix compiling with THREADS=ON

Merge pull request #7244 from bangerth/deprecate

Deprecate the PosixThreadBarrier class.

Allow configure checks to be run with more warnings

Fix compiling with THREADS=ON

Add a changelog entry.

Deprecate the PosixThreadBarrier class.

Merge pull request #7235 from bangerth/mutex-3

Replace uses of Threads::Mutex::ScopedLock by std::lock_guard.

Merge pull request #7236 from bangerth/mutex-4

Use std::mutex functions instead of the names in Threads::Mutex.

Merge pull request #7242 from masterleinad/fix_python_warning

Fix compiler warning in python-wrappers

Merge pull request #7243 from masterleinad/fix_more_copyrights

Fix more copyrights

Fix more copyrights

Fix compiler warning in python-wrappers

Merge pull request #7241 from bangerth/copyright

Add copyright header on a bunch of files that are currently missing one.

Add copyright header on a bunch of files that are currently missing one.

Updated test results w.r.t. new active_fe_index sorting.

Added new tests on hp DoF unification.

Merge pull request #7238 from bangerth/mutex-6

Deprecate Threads::ConditionVariable.

Add a changelog entry.

Deprecate the Threads::Mutex::acquire/release functions.

Simplify a block.

Do some hp DoF index allocation tasks in parallel.

Add a changelog entry.

Merge pull request #7237 from bangerth/mutex-5

Update documentation of Threads::Mutex.

Deprecate Threads::ConditionVariable.

Update documentation of Threads::Mutex.

Use std::mutex functions instead of the names in Threads::Mutex.

Deprecate the ScopedLock class.

Replace uses of Threads::Mutex::ScopedLock by std::lock_guard.

Sort the active_fe_index values on faces.

Merge pull request #7220 from kronbichler/fix_mf_vector_zero

Fix zeroing of vector in MatrixFree::loop

Merge pull request #7232 from bangerth/mutex-2

Make derivation of Threads::Mutex from std::mutex more obvious.

Merge pull request #7233 from bangerth/hp

Cleanups in some hp::DoFHandler functions.

Merge pull request #7219 from davydden/feature/parameter_handler_skip

add a flag to ParameterHandler to skip undefined fields and subsections

Cleanups in some hp::DoFHandler functions.

Make derivation of Threads::Mutex from std::mutex more obvious.

Merge pull request #7229 from masterleinad/restrict_function_parser_tests

Restrict tests requiring FunctionParser

Merge pull request #7231 from tamiko/add_trilinos_linker_flags

CMake: Also populate TRILINOS_LINKER_FLAGS

CMake: Also populate TRILINOS_LINKER_FLAGS

In case we pick up a trilinos installation where
  Trilinos_EXTRA_LD_FLAGS
we have to make sure to include these flags on our final link line as
well.

Closes #7226

Restrict tests requiring FunctionParser

Merge pull request #7227 from masterleinad/restrict_fp_get_expr

Make FunctionParser::expressions available without muparser support

Make FunctionParser::expressions available without muparser support

Merge pull request #7224 from masterleinad/fix_some_warnings_in_tests

Avoid warnings in a few tests

switch to an additional parameter in parse_input()

Merge pull request #7223 from bangerth/step-7

Remove a reference to GCC 3.4.

make test more difficult

Avoid warnings in a few tests

Merge pull request #7221 from luzpaz/misc-typos

Misc. typos

Remove a reference to GCC 3.4.

Also just editorial changes.

Misc. typos

Found via `codespell -q 3 -I ../dealii-word-whitelist.txt --skip="./bundled"` where whitelist consists of:
```
als
ans
buss
commend
ith
elemente
everytime
mapp
methode
nd
numer
perverse
pres
reenable
strat
substract
superceded
ue
uint
```

Merge pull request #7185 from bangerth/assert

Fix renumbering in parallel for hp.

add a flag to ParameterHandler to skip undefined fields and subsections

Merge pull request #7182 from davydden/line_minimization

Line minimization

Merge pull request #7206 from tamiko/fix_petsc_3.9

PETscWrappers: Bugfix: use MAT_INPLACE_MATRIX instead of MAT_REUSE_MATRIX

Changelog.

Fix zeroing vector without any non-constrained dofs.

Merge pull request #7217 from jppelteret/codim_1-read_abaqus

Fix GridIn::read_abaqus() for codimension 1 case.

Merge pull request #7218 from jppelteret/fix_7211

Fix undefined reference to some ADNumberTraits static variables.

Fix undefined reference to some ADNumberTraits static variables.

Fixes #7211

Merge pull request #7215 from davydden/feature/pattern_function_parser

extend Patterns::Tools::Convert to understand ComponentMask and Funct…

Fix GridIn::read_abaqus() for codimension 1 case.

Merge pull request #6781 from tamiko/update-step-7

example/step-7: Update indenting and modernize

make apple-clang happy

add changelog

extend Patterns::Tools::Convert to understand ComponentMask and FunctionParser

step-7: Use const auto &cell instead of const auto cell

step-7: update text

step-7: address comments

step-7: Use AffineConstraints instead of ConstraintMatrix

step-7: Simplify array type and use range-based for loops

step-7: Use foreach loop and make a code snippet more readable

step-7: make bilinear forms more readable

step-7: Use std::array instead of C-style array

Merge pull request #7199 from masterleinad/implement_solver_selector_constructor

Implement SolverSelector constructor mentioned in the documentation

add a test

PETscWrappers: Bugfix: use MAT_INPLACE_MATRIX instead of MAT_REUSE_MATRIX

This fixes a bug with the transpose() function when used with PETSc 3.9
or newer.