Use 'qmake --unix' so that we get a unix makefile even on Mac OS X.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23322 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use 'mktemp' in a portable way: on OS X, mktemp requires a template argument,
but if we give a template, linux requires providing a path. So specify a
template, and use ${TMPDIR:-/tmp} as this path (i.e. use TMPDIR if it is set,
and /tmp otherwise).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23321 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not only check for presence of the libz.so file, but also for zlib.h.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23320 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23319 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write a results section.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23318 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish writing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23317 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Give a bit of an introduction to the library's documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23316 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23315 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compute restriction and prolongation matrices for DGQ elements also if dim<spacedim.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23314 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Say a couple more things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23313 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some commented out code that should have been removed months ago.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23312 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23311 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document previous patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23310 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties correctly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23309 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem with refining surfaces.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23308 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix number.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23307 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More of an intro than just a sentence.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23306 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

So if we really need to introduce CompressedSparsityPattern already in
step-2 (which I don't think we need), then shouldn't we at least do
this in both places where SparsityPattern is used?

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23305 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a paragraph of possible extensions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23304 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a slightly different preconditioner: the diagonal part of the
eps:eps form, instead of the (already diagonal) grad:grad form. This
doesn't make a difference here, but cut the number of inner iterations
in Jennifer's (nonlinear) testcase using BiCGStab by approximately 1/4
(e.g. from 40 to 30).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23303 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make VectorTools::compute_mean_value and VectorTools::integrate_difference also work in parallel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23302 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Grammar fail.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23300 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-32: rescale 3d starting value to avoid artifacts at the +/- z poles

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23299 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make a number of things runtime parameters that we can read from an input file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23298 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

implement mean_value() for PETScWrappers::MPI::Vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23297 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-32: smaller step size in 3d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23296 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid deadlock in Utilities:MPI_InitFinalize when an exception is being thrown.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23295 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Step-44: Removed static keyword from FEValues object in error_dil(). Added correct parameters file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23294 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set -rpath for Trilinos. This doesn't currently help since the Trilinos libs
aren't compiled with -rpath themselves (so their references to each other
fail) but it is still a step in the right direction.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23293 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix another place with the same problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23292 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The expander program can only handle block comments that start and end in a
single line, but this file had one that didn't. I wonder how that never was a
problem over the last couple of weeks...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23291 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put NSF notice in a @note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23290 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modified acknolwedgments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23289 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

added support

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23288 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23287 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Grammar fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23286 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the extent of space savings when compressing data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23285 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-32: credit myself.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23284 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compilation die if expand_instantiations fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23282 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo previous check-in for this file -- it resulted from a patch that was accidentally not committed yet.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23280 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix stupid mistake: one can't assume that blocks are less than 32k :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23279 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use output from c0541.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23278 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed rogue 5D from slepc_solver

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23277 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed dangerous bug in index counter

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23276 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Follow the usual naming convection: use "boundary" instead of "bdry".

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23275 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23274 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo r23269 since one can't compile the library any more since that change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23273 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23272 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link the library first on the local file system, and then move the result into its final destination.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23271 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write data in VTU format compressed, if possible.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23270 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed interface for MUMPS.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23269 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extrapolate Stokes solution since this reduces the number of iterations in the linear solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23268 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23267 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test and also check if all machines think the vector is ghosted.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23266 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

introduce has_ghost_elements() for Trilinos and PETSc vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23265 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-31: simplify min/max calculation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23264 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-32: correct comment and cleanup calculation of get_extrapolated_temperature_range().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23263 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Restore original behavior.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23262 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

typo in publications.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23261 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Arg. Fix conditionals.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23260 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check in a first draft of the ability to write compressed VTU files. This
isn't working right now, so it is disabled, but this way other people can
"throw an eye on it".

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23259 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Find out about endianness of the system we run on.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23258 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add update_ghost_values to vector classes for compatibility with PETSc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a comment for when we document the program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust use of whitespace.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid trailing space in output files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23254 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid trailing space in output files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23253 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid trailing space in output files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23252 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-32: simplify temperature calculation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23250 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

delete file not needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23249 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert the type returned by the various memory_consumption functions to std::size_t.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23248 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove several year old debug outputs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23247 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use MPI_UNSIGNED instead of MPI_INT where appropriate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23242 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change a bunch of places where we accidentally used 'unsigned int' instead of types::subdomain_id_t. Also: The DoFTools::fe_is_primitive function happened to return an unsigned int -- when I suppose it should have been a bool.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23241 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo. Also make a couple of minor style changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23240 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make Makefiles look uniform again, as they appear to have drifted apart slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23239 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also try mpicxx when using --enable-mpi for ./configure.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23238 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't use GCC flags when not using GCC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23237 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make clear what kind of operation we want in calling compress().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23236 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Choose an initial temperature distribution that has constant values at the inner and outer boundary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly indent preprocessor statements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23234 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Let TrilinosWrappers::MPI::BlockVector::compress take the same argument as TrilinosWrappers::MPI::Vector::compress already did.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23233 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New small test case to assess distribute in ConstraintMatrix with Trilinos vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23232 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor grammar changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23231 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

doc: trilinos up to 10.6.2 contains bugs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23230 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove two coefficients that aren't used right now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23229 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rather than working with the gradients of the velocity in computing the viscous heating, use the strain rate right away when extracting this sort of information from the solution.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23228 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement internal heating of the mantle from radiogenic decay and by viscous friction.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23227 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23224 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix off one by one error in ConstraintMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23223 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add data for test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

failing test for constraint_matrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore GUI executable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23217 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use correct output file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23216 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in DataOut::build_patches.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23215 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document r23211.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23214 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The previous incarnation of the script did not work for code that looks like
this:
  void f (int /*value*/)
since it recognized the '/*' as the start of the block comment but did not
expect the '*/' on the same line. Consequently, it scanned forward to the next
place we have the '*/' marker, skipping all the text in between (or to the end
of the file).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23211 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23207 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d