Merge pull request #2764 from tjhei/fix_error_msg

update PETSc error message

update PETSc error message

Merge pull request #2762 from drwells/fix-compilation-without-hypre

Fix compilation with PETSc and not hypre.

Fix compilation with PETSc and not hypre.

Merge pull request #2754 from drwells/fix-petsc-3.7.0-interface

Fix compilation with PETSc 3.7.0.

Fix compilation with PETSc 3.7.0.

Merge pull request #2761 from tamiko/fix_tests

fix a couple of tests

Merge pull request #2758 from tjhei/metis_tests

cleanup sharedtria metis tests

Merge pull request #2760 from drwells/fix-c++-03-tests

Enable some tests to run in C++03 mode.

Merge pull request #2759 from tjhei/remove_benchmark_folder

remove tests/benchmarks/

remove tests/benchmarks/

they have been located at https://github.com/dealii/performance-
benchmarks for a long time

Tests: dofs/locally_relevant_dofs_per_subdomain_01: add an output variant

Enable some tests to run in C++03 mode.

Tests: base/reference update test output

The additional exception that was logged in the old comparison file should
have never been thrown. With the latest changes to the smartpointer logic
this bug was resolved as well. Therefore, update the test output.

Tests: base/memory_consumption_01 - add an output variant for new stdlibc++ ABI

cleanup sharedtria metis tests

mainly remove redundant files

Tests: metis/metis_04: Add an output variant

Tests: Fix mpi_fe_field_function_01.mpirun=10

A point might be found on simultaneously on more than one process (e.g.,
also in the ghost layer of a neighboring process).

Merge branch 'pr_2755'

run astyle

Avoid C++11 initialization of member variables.

Avoid outputting space at the end of the line.

The stored output files already don't have that space there.

Avoid C++11 initialization of std::ofstream.

Merge pull request #2752 from bangerth/hook-in-tutorials

Better hook in the new step-55 and step-56 tutorials.

Better connect step-56 throughout the tutorials.

Better connect step-55 throughout the tutorials.

Merge pull request #2751 from drwells/fix-tests-in-c++03

Convert '>>' to '> >' in templates in some tests.

Convert '>>' to '> >' in templates in some tests.

'>>' can only end a pair of template arguments in C++11, not C++03.

Merge pull request #2750 from kronbichler/master

Fix namespace qualification, follow-up to #2615.

Fix namespace qualification, follow-up to #2615.

Merge pull request #2749 from masterleinad/unify_add_interfaces

Use consistent order of arguments for PETScWrappers::MatrixBase::add

Use consistent order of arguments for PETScMatrix::add

Merge pull request #2747 from tjhei/document_n_nonzero

clarify documentation for TrilinosWrappers::*Matrix::n_nonzero_elements

clarify documentation for TrilinosWrappers::*Matrix::n_nonzero_elements

Merge pull request #2745 from masterleinad/fix_petsc_doc

Fix documentation for reinit of PETSc MPI Vector

Fix documentation for reinit of PETSc MPI Vector

Merge pull request #2744 from drwells/fix-missing-mpi-instantiation

Add missing MPI function instantiations.

Add missing MPI function instantiations.

The fixed-length array (i.e., things declared like T(&values)[N])
versions of MPI::sum, MPI::max, etc, all live in the header file mpi.h
since the length (N) is a compile-time constant. Those functions all
call Utilities::MPI::internal::all_reduce, which is declared in
mpi.templates.h, so that function (all_reduce) must be present in the
compiled library.

Note for the curious: it turns out that most compilers and most compiler
settings will not inline this function, meaning that it consistently
shows up in the shared object files without this explicit instantiation
in debug mode and usually in release mode. In particular, GCC 6 does not
inline it (so this instantiation is not necessary) but clang 3.8 does (so
this instantiation is necessary). Some versions of GCC (5.3 but not 4.8)
seem to inline it with the '-march=native' flag.

Merge pull request #2743 from bangerth/add-instantiations

Add missing instantiation of one function.

Add changelog entry.

Add missing instantiation of one function.

Merge pull request #2742 from Rombur/typo

Fix a typo in the documentation of filter_iterators.

Fix a typo in the documentation of filter_iterators.

Merge pull request #2711 from mdh266/unit-test-refactored-trilinos-solver

Added a unit test for the refactored trilinos direct solver.

Merging conflict with changes.h

Merge pull request #2740 from bangerth/improve-error-message

Improve error message.

Merge pull request #2741 from bangerth/minor-cleanups

Minor code cleanups.

Added new feactures of trilinos direct solver to changes.h

Minor code cleanups.

Improve error message.

Merge pull request #2738 from bangerth/fix-typo

Fix typo.

Fix typo.

Merge pull request #2737 from drwells/remove-deprecated-function-templates

Avoid using deprecated base classes.

Merge pull request #2736 from drwells/string_to_double-message

Fix the string_to_double error message.

Avoid using deprecated base classes.

These classes were formally deprecated in C++11.

Fix the string_to_double error message.

Merge pull request #2734 from gassmoeller/make_compile_gcc_447

Fix compile for gcc 4.4.7

Fix compile

Merge pull request #2732 from drwells/EulerVectorType-to-VectorType-2

Prefer VectorType to EulerVectorType, part 2.

Prefer VectorType to EulerVectorType, part 2.

Mentioned in the discussion of commit 51be370b15.

Merge pull request #2731 from drwells/EulerVectorType-to-VectorType

Prefer VectorType to EulerVectorType.

Prefer VectorType to EulerVectorType.

This followis from the discussion in #2714 and commit d0a0b8c916. The
header file uses VectorType, so we should use that in the source file
too.

Merge pull request #2729 from drwells/improve-cell-data-tests

Do not use mpi_initlog where initlog will do.

Do not use mpi_initlog where initlog will do.

Since these tests are run without mpi (i.e., without mpirun) mpi_initlog
is not necessary. This also fixes the tests in the case where deal.II is
configured without support for MPI.

Merge pull request #2726 from spco/constness_of_tensors

Fix constness of tensors

Two tensors in measure() changed to const.

Merge pull request #2727 from dealii/increase_boost_version

CMake: Require at least boost version 1.54

CMake: Require at least boost version 1.54

In reference to #2196
closes #2199

Merge pull request #2725 from bangerth/add-instantiations-for-Mapping-Eulerian

Systematize instantiations for MappingQEulerian and MappingQ1Eulerian.

Merge pull request #2717 from bangerth/add-instantiations-for-MappingFEField

Add instantiations for MappingFEField

Systematize instantiations for MappingQEulerian and MappingQ1Eulerian.

Add changelog.

Instantiate class for other vector types.

Make class compile with other vector types.

Merge pull request #2724 from davydden/bugfix/step-27

fix a whitespace bug in step-27

fix a whitespace bug in step-27

Merge pull request #2723 from drwells/fix-gnuplotflags-memory

Update GnuplotFlags::memory_consumption().

Update GnuplotFlags::memory_consumption().

Commit 32d9748d4e added new fields to GnuplotFlags but did not change
the way it reported its own memory consumption.

Merge pull request #2720 from bangerth/fix-test

Fix test output.

Fix test output.

Merge pull request #2719 from drwells/update-newton_01-test-output

Update newton_01 test output.

Update newton_01 test output.

Commit 11c94ad5e fixed a bug where the update vector was initially
empty. This commit fixes the corresponding test output file to show that
the update vector, at the first Newton step, contains one entry and that
entry is equal to zero.

Merge pull request #2714 from bangerth/update-MappingQ1Eulerian-doc

Deprecate constructor and replace it by another one.

Merge pull request #2718 from drwells/improve-step-25

Improve step 25

Several matching updates in MappingQ{,1}Eulerian.

Get rid of a temporary matrix in step-25.

One can just use the action of the Laplace and mass matrices to make
this easier to understand.

Make some temporary variables const.

Fix some matrix coefficients in the step-25 intro.

The above formula has the correct sign on N. Additionally, the Laplace
matrix here is missing the coefficients.

Fix a sign error in step-25.

Credit for this fix belongs to Anup Basak, who mentioned it on the
mailing list in March 2016.

Even with the sign error the Newton solver converged to the right
solution: changing the sign only altered the solution in the fifth
decimal place.

The fixed version now only requires three, instead of four, Newton steps
in 2D.

Remove trailing whitespace.

Merge pull request #2716 from bangerth/make-conversions-explicit

Make conversion constructors of ::Vector explicit.

Add changelog entry.

Make conversion constructors of ::Vector explicit.

Deprecate constructor and replace it by another one.

Also update the documentation in a number of places.

Update documentation.

Merge pull request #2705 from danshapero/sync-iterators

operator* for SynchronousIterators

Added entry to changes.h

derivative approximation uses operator* of SynchronousIterators

Using operator* in examples with SynchronousIterator

Added operator* to SynchronousIterators