Update PETScWrappers for the next backward-compatibility failure...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25212 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test for quarter_hyper_shell & no_normal_flux

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25211 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New: GridGenerator::quarter_hyper_shell() in 3d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25210 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use new scheme for #include paths.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25206 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

clarify comment in test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25200 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25199 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix vtu data output with 0 own cells. Before we wrote an empty file, but then the collection can not be read in with visit or paraview.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25198 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test that compare the kelly estimator for the same mesh, when consider
as codim 0 or as codim 1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New: DataOut::write_vtu_in_parallel(). This routine uses MPI I/O to write a big vtu file in parallel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25195 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A couple more notes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25194 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Final version.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25193 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First attempt to update 2011 and move it to 2012.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25188 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another flag necessary for xlC as per email from Basic Kanneth to
WB today.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25187 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Step-44: Deleted old pictures

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25186 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 minor changes to code and results.dox

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25185 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor editorial changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow serialization of TriaObjects again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25181 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduction of types::boundary_id_t and types::material_id_t

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Resize the images.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add more pictures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25176 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

further possible extentions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25175 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixing bugs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25174 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

extend the output by the contact force

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25173 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 updated intro

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25172 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo bogus commit to a figure. Add a sentence to Joerg's affiliation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25171 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert intro from latex to doxygen format.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25170 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Last minor mods.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25169 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 fixed some multiline comment warnings

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25168 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor latex fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25167 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixing the definition of G_i

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25166 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

modification of update_solution_and_constraints ()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25165 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 fixed intial J projection error, updated documentation, intro and results

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 spelling correted within results.dox

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25162 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 rewording and formatting of results.dox

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25161 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 changes to documentation in cc file. Needs final check and format

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25160 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 changes to documentation in cc file (texify); more to come

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25158 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 updated introduction, part of cc file and results. More work needed to make the notation uniform

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25157 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixing inequality signs and formulations

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify where the output is from.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25155 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Delete information about other compilers that has been out of date for years already.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25149 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 updated introduction

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25142 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix markup error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25138 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step:44 updated introduction, corrected tex, minor changes in cc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25133 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note about the sense or nonsense of the model.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25132 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use std::size_t instead of int in ExcDimensionMismatch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25127 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use common style and re-indent function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25126 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Go through the rest.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an omission in parallel::distributed::Triangulation<dim>::clear.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25123 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indent the whole file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25122 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a pedantic warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25121 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Derive InterGridMap from Subscriptor so that it is usable with a SmartPointer

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25120 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around one problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25119 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a sentence.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Much reorganization but no functional changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25117 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Step-44: renamed images per correct format

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25116 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a small typo in doc/news/changes.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25115 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Fix a small bug in VectorTools::interpolate_to_different_mesh

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25114 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

updated the examples html docs to include step-44

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25112 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

redo change commited in r25109

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undoing change commited in r25107

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25109 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link in step-44.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25108 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Deletion of old results in step-44

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Step-44: new images in results section

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25106 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

updated results

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A number of minor changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

updated parameter file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added the possibility to compute laplacians of a FEFieldFunction.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25102 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test for FEFieldFunction

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25101 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added the possibility to compute laplacians of a FEFieldFunction.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

changed definition of vol free energy to match standard

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25099 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more small changes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25098 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25095 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

some more small changes and references

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25094 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge Andrew's changes with mine.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Just minor edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25091 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor doc update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Since all png files are copied into the same directory, they need to have a unique prefix, for which we typically choose 'step-xx.'. Do so here. Also fix a typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

tut 44 near completion, final touches needed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent the whole file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Formatting fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't use ExcNeedsUMFPACK but instead be explicit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new image for updated docs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated docs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated source, seems to be working but needs checking

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test for computing generalized eigenvalue problem with LAPACK added. Unlike full_matrix_05 this tests the more general function compute_generalized_eigenvalues_symmetric which allows specifying the accuracy up to which the generalized eigenvalues are computed and gives the option to set an interval in which eigenvalues are computed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test for computing generalized eigenvalue problems with LAPACK added - this tests the simple version of compute_generalized_eigenvalues_symmetric

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Additional LAPACK routine for solving generalized eigenvalue problems added. The new function compute_generalized_eigenvalues_symmetric provides more functionality than then one with the same name already included in the library. In particular one can specify an interval where eigenvalues should be computed. Also one can provide the accuracy up to which eigenvalues are computed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write a nother paragraph.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish documenting.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Markup improvements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't output the residual any more. Next, move the force_residual
function into the only function that still uses it. Some more documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow IndexSet as a vector type in FEValues::get_function_values and friends; consequently, also allow it as the data type for DataOut::add_data_vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25066 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a completely outdated comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d