Further improve test to avoid square roots.

Patch by k3daevin: Implement at least compute the area of planar faces of 3d cells.

Merge pull request #90 from bangerth/fix-more-c++11-auto-variables

Fix a couple more files that accidentally use C++11 auto variables.

Fix a couple more files that accidentally use C++11 auto variables.

Merge pull request #87 from agrayver/latest_slepc_support

Add workaround to be able to use SLEPc >= 3.5.0 with deal.II.

Add workaround to be able to use SLEPc >= 3.5.0 with deal.II. This requires disabling support for STFOLD spectrum transformation type since it was removed in SLEPc 3.5.0 and newer.

Also log the corresponding entry in changes.h

Merge pull request #85 from bangerth/fix-invalid-auto

Replace use of 'auto' for variables.

This is only allowed in C++11.

Replace use of 'auto' for variables. This is only allowed in C++11.

Merge pull request #79 from bangerth/introduce-cxx11-ranges

Provide functions for C++11 range-based for loops. Document C++11 interaction

Mention range-based for loops in the tutorials.

Add a test that uses range-based fors.

Provide functions for C++11 range-based for loops. Document C++11 interaction.

This commit consists of the following individual commits:

Specifically, add Triangulation::cells(), Triangulation::active_cells() and
similar for the ones on a single level.

Fix up code to make it compile.

Fix one compile error.

Also provide similar functions for the two DoFHandler classes.

Augment documentation.

Update the specification of how we implement C++11 range-based for loops.

Link to the new documentation module (still coming up).

Document C++11 features and interaction.

Merge pull request #83 from bangerth/return-invalid-value

Follow a suggestion by k3daevin:
In TriaAccessor<2,3>::measure(), return a NaN instead of -1e10
to make the error condition clearer.

Merge pull request #82 from agrayver/high_order_nedelec

Fix project_boundary_values_curl_conforming for high-order FE_Nedelec

Return a NaN instead of just a very large value to make the error condition
clearer.

Add test output

Fix test for project_boundary_values_curl_conforming

Add test for project_boundary_values_curl_conforming

Fix bug in project_boundary_values_curl_conforming related to the wrong indexing of high-order DoFs in internals::compute_face_projection_curl_conforming.

Merge pull request #81 from tamiko/new_testsuite_track

Testsuite: Remove 'Nightly' Track, add 'Continuous'

Testsuite: Small documentation update

Testsuite: Remove 'Nightly' Track, add 'Continuous'

This commit removes the obsolete support for a 'Nightly' track and adds a
new 'Continuous' track. The idea is that in future 'tester' uses
exclusively the 'Regression Test' track and simserv04 uses 'Continuous'.

Both testing sites have different strategies: tester goes through all
commits with one configuration (for 32 and 64 bit indices), simserv04 just
checks the latest merge available but for a number of compilers and
configuration. The current mix of test results is just confusing and very
horrible to read :-/

Merge pull request #80 from bangerth/doc-fixes-6

Minor documentation fixes.

Minor documentation fixes.

Merge pull request #70 from tjhei/parallel_condense

ConstraintMatrix::condense() working with parallel distributed vectors

Merge pull request #78 from tamiko/silence_warning

Silence a warning and reindent.

Silence a warning

A logical construct of the form "EXPR && EXPR || EXPR" in manifold_lib.cc
triggered a bunch of warning. Silence them by explicitly enclosing the
intended precedence: (EXPR && EXPR) || EXPR.

Also run reindent on the file.

Merge pull request #75 from luca-heltai/travis_mixed_compilation

Removed release builds from the Travis tests.

Merge pull request #74 from guidokanschat/doxygen_steps_missing

Fix a bug in doxygen causing missing tutorials

The tutorial steps were missing in the online documentation.
This bug fix makes them reappear by creating the string of input directories and files only after the list has been competed.

Removed release builds.

Fix a bug in the generation of the input string for doxygen... now the tutorial should appear again in the online documentation

Merge pull request #73 from tjhei/pr_documentation

update notify_ready_to_unpack() documentation

update notify_ready_to_unpack documentation

Merge pull request #72 from masterleinad/fix_Epetra_Import

Adjust TrilinosWrappers::VectorBase::add

Adjust TrilinosWrappers::VectorBase::add according to the fix of [Bug 6079] Epetra_Import does not work for anything but Zero flags

Merge pull request #61 from luca-heltai/travis_ci

Setup Continuous Integration on Travis CI

Let's see what happens...

add test

improve patch slightly

Merge pull request #67 from luca-heltai/function_manifold_chart

Function manifold chart

patch by Alexander Grayver for condense()

Merge pull request #69 from bangerth/doc-fixes-6

Fix a typo in the documentation of MappingChart.

Provide some more documentation.

Made FlatManifold tolerance relative.

Refactored ManifoldChart to ChartManifold.

Refactored FunctionManifold.

Added relative tolerance, and better comment for owns_pointers.

Merge pull request #65 from bangerth/fix-muparser-if

Change the parsing of functions in muparser.
muparser requires that there be no space between the name of a function and its argument
list. This is incompatible to the behavior we had with fparser that allowed for spaces
in this position. To allow for backward compatible behavior, this patch changes the
parsing in such a way that it eats spaces after the function name for all built-in
and deal.II-defined functions before passing the expression to muparser.

This addresses bug #218 at https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=218 .

Fix a typo.

Then continue to add some more to the documentation in the form of an example.

Added changelog

Added two test files for FunctionManifoldChart

Added FunctionManifoldChart

Merge pull request #63 from tamiko/fix_manifold_instantiations

This commit reverts the quick fix in commit 982b0683.

The issue why we encountered unresolved references to
dealii::FlatManifold::FlatManifold(dealii::Point, double)
etc. was due to boilerplate instantiations of Triangulation::get_manifold
for cases with spacedim < dim (in order to make TriaAccessor happy).

This commit fixes the issue by using a nullptr-dereference in order to
return an invalid object - the specific code throws an error message before
that and should actually not be reachable at all.

Merge pull request #66 from tjhei/fix_doxygen_warnings

fix several doxygen warnings

Also update the parsing of all other builtin functions.

Fix instantiation issue with FlatManifold properly

This commit reverts the quick fix in commit 982b0683.

This commit closes #56

The issue why we encountered unresolved references to
dealii::FlatManifold<3, 2>::FlatManifold(dealii::Point<2, double>, double)
etc. was due to boilerplate instantiations of Triangulation::get_manifold
for cases with spacedim < dim (in order to make TriaAccessor happy).

This commit fixes the issue by using a nullptr-dereference in order to
return an invalid object - the specific code throws an error message before
that and should actually not be reachable at all.

fix several doxygen warnings

Merge pull request #64 from tamiko/cleanup_whitespace

This commit reindents some manifold and tria related files in order to
remove some bogus whitespace.

Take the chance to cleanup whitespace and indent

Restore backward compatible by converting 'if (' to 'if(' in expressions we pass down to muparser.

Fixed Matthias suggestions.

Removed also build tests, added osx

Merge pull request #60 from bangerth/fix-instantiations

Eric Heien reports that he can't compile deal.II on one Mac machine with missing
symbols. I think we just forgot to instantiate them.

Added .travis.yml

Fix missing instantiations.

Eric Heien reports that he can't compile deal.II on one Mac machine with missing
symbols. I think we just forgot to instantiate them.

Reindent some of the documentation and code.

Merge pull request #59 from tjhei/fix_latex_formula

fix error in latex formula

Merge pull request #58 from tjhei/fix_doxygen_generation

Fix steps no longer in doxygen documentation

fix error in latex formula

eqnarray can not have more than two &s.

add steps back to doxygen

This fixes the bug introduced in 17479c593.

Merge pull request #57 from luca-heltai/hot_fix_manifold

Fix missing instantiations introduced with merges 6a36497 and
commit bfe1138.

This closes #56

Instantiated all possible Manifolds, FlatManifolds and ManifoldCharts

Merge pull request #54 from luca-heltai/cylindrical_manifold

CylindricalManifold implementation

Made CylindricalManifold derived from Manifold instead of FlatManifold.

Merge pull request #55 from bangerth/tutorial-fixes

Write the steps in lowercase.

Remove a duplicate section (thanks to Martin Kronbichler for pointing it out).

Write the steps in lowercase.

This way, the filter script can replace them automatically with references to
the corresponding pages for each of the tutorial programs. This does not
currently work on http://dealii.org/developer/doxygen/deal.II/Tutorial.html .

Added cylindrical Manifold and two tests.

Merge pull request #50 from luca-heltai/manifold_id_step0

This is the first backward compatible version of the manifold id branch. Four methods were added to a class named Manifold, which contains a subset of the Boundary methods. Boundary is now derived from FlatManifold. This fixes issue #27.

Fixed spelling and indentation.

Replied to most comments by Wolfgang.

Fixed constness of sub_manifold in ManifoldChart, fixed a few comments.

Fixed constness in a few places.

Removed references for simple doubles, and removed empty lines.

Added back references to quad when they are arguments of get_new_point

Made get_default_quadrature query itself the manifold when vertices are not available on subobjects.

Fixed instatiations for invalid Triangulations.

Fixed last reference, and failing test.

Some changes to the documentation.

Added tolerance to FlatManifold

Added corner case to test flat_manifold_03

Fixed spherical manifold in 3D. This is a bit of a hack, but I don't knonw how else to do this...

Added buggy spherical manifold.

Fixed compilation bug on Mac.

Modified tests for spherical manifold.

Fixed documentation, and made default behavior do what we say it does.

Fixed compilation bug in manifold.cc

Added instantiations of ManifoldChart, and fixed a little bug.

Fixed instantiation bug, and tolerance error.

Made the default Manifold objects inside Triangulation be Manifold. Now get_boundary and get_manifold do different things.

Fixed indentation of almost all comments in tria.cc

Added manifold, copying over the old concept, but retaining dim. Made Boundary<dim,spacedim> derived from Manifold<dim,spacedim>.

Added specific instantiations for invalid accessors. Moved get_default_quadrature into an anonymous namespace.

Made Boundary derived from FlatManifold, and made sure that nothing broke. Added get_new_point_on_cell/hex. Made get_new_point_on_quad not throw an exception in 2d.

Created Manifolds namespace, and made specialization of get_new_point_on_hex only in 3d, instead of multiple specializations for when dim not equal 3.

Added test flat_manifold_01

Fixed 2d problems.

Fixed 3d. Now all tests work, except from machine precision errors.

Added a new test for flat manifold checks on faces.

Completed documentation of manifold and tria_boundary.

Removed commented out functions from Boundary<dim,spacedim>, whose default has been moved to Manifold<dim,spacedim>

Fixed periodicity of FlatManifold, and added a test for it.

Fixed comment on periodicity.

Removed commented instantiations.

Merge pull request #52 from kronbichler/master

New initialize method for Trilinos AMG preconditioner with Epetra_RowMatrix

List change in doc/news/changes.h

Improve documentation

Correct return type of n_global_rows for 32 bit integers.

Merge branch 'master' of https://github.com/dealii/dealii

Merge pull request #45 from guidokanschat/doxygen_cleanup

Some cleanup of doxygen issues:
simplify doxygen input path
reduce warnings from thousands to hundreds as long as major code is undocumented
fix displayed include paths in doxygen output
fix some of the warnings

Merge pull request #53 from bangerth/fix-nedelec-interpolation-matrix

Patch by Alexander Grayver: Fix face interpolation between FE_Nedelec elements.

This patch fixes a bug in the FE_Nedelec::get_face_interpolation_matrix related to the wrong indexing of the DoFs located on element faces. This patch ensures that the code produces an interpolation matrix with full column rank meaning that all DoFs of the FE with lower order are constrained.

Patch by Alexander Grayver: Fix face interpolation between FE_Nedelec elements.

This patch fixes a bug in the FE_Nedelec::get_face_interpolation_matrix related to the wrong indexing of the DoFs located on element faces. This patch ensures that the code produces an interpolation matrix with full column rank meaning that all DoFs of the FE with lower order are constrained.

Improve the documentation for the new initialize methods.

simplify doxygen input path
reduce warnings from thousands to hundreds as long as major code is undocumented
fix displayed include paths in doxygen output
fix some of the warnings

Implement new initialize method for Trilinos AMG preconditioner: It can be based on an Epetra_RowMatrix object. We can use this code path for the standard initialize method with TrilinosWrappers::SparseMatrix as well.

Merge pull request #51 from tjhei/fix_data_attach

fix, test, document Triangulation::register_data_attach

 * fix a bug in an assertion
 * add a test
 * document how the CellStatus in the callback function works

add documentation to register_data_attach

add test

fix wrong assert in notify_ready_to_unpack

The offset will always be >=4 because we store the CellStatus in the
data sent to p4est in front of the user data. This means the smallest
offset will 4, no matter how much data is attached.