add functionality to FETools::compute_block_renumbering

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19346 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one more place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19345 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use better markup for comp(i) and base(i).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19344 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few wrong indices, as pointed out by Till Heinemann.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19343 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape 'parallel'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19342 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a different symbol (U_i) for the expansion coefficients, to
differentiate it from the components u_i of the vector-valued solution u.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19341 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't include header files that aren't present any more in current Trilinos dev.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19340 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve wording.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide one more instatiation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19338 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide an implemention for a Chebyshev polynomial preconditioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The method Jacobi_step now uses vmult and other pre-defined functions instead of implementing the sweep by itselfs. This makes sure that the function gets parallelized by threads.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19336 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The first few operations in the CG algorithm can be written in a more compact form.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19335 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set one more parameter in AMG preconditioner setup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19334 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Print maximal velocity.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19333 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a file that is seriously outdated.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19332 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add explicit cast.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19331 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write a couple of paragraphs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19330 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Choose parameters correctly, at least for 2d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19329 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19328 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide parallelized versions of some more vector-vector operations like assignments, adds.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19327 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Since TBB 2.2 (which we have just imported), there is no longer a need to create by hand a scheduler object of type tbb::task_scheduler_init in each thread. Rather, the TBB can do that itself whenever necessary. Make use of that feature and get rid of code that was hard to get right in the first place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19326 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend hierarchy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19325 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document --with-cpu=native.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19324 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document --with-cpu=native.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19323 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo in aclocal.m4. Regenerate configure.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19322 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow --with-cpu=native.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19321 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Switch to using the newer version of the TBB.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19320 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over adjustments to build system from previous versions of the TBB in our directories.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19319 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove examples and tests directories.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19318 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new release TBB 2.2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19317 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

already FEFaceValuesBase has an integration dimension

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19316 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape 'parallel' in a bunch of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19315 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix determination of c_R in the program, and document our value.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19314 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

allow printing to deallog

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19313 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in a formula.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19312 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a small language problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19311 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a compile problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19310 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove reference to 3D in 2D

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19309 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Back down again on the time step -- this wasn't the problem with stability.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19308 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove assertions. It is true that they are satisfied all the time but
just not on very coarse meshes where sometimes we have quadrature
points inside the inner ring because we only use a Q1 mapping.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19307 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be more consistent in using sizeof(type) instead of sizeof(variable).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19306 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape 'parallel'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19305 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19304 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add pictures to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19303 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19302 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19301 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use Dirichlet boundary conditions for temperature instead of natural conditions. Use ConstraintMatrix for implementing this. Comment the things that have changed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19300 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated version.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19299 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more check for inhomogeneous constraints. Correct one mistake in distribute_local_to_global function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19298 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to the geodynamics demonstration suite.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19297 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set props correctly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19296 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19295 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Wording change, set props.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19294 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on the testcase shown.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19293 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better document what we were doing here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19292 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also escape 'parallel'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19291 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape 'numbers'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19290 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix grammar.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19289 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ConeBoundary and GridGenerator::truncated_cone. Implementation by Markus Buerg.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19288 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Style police.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19287 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Grammar police.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19286 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set end time to 30 million years.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19285 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Discuss end times.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19284 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set end time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19283 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Choose a reasonable end time. Leave TODOs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19282 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish writing the testcase part.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix more places where we referenced the Rayleigh number.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19280 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We were incorrectly referring to something as the 'Rayleigh' number, but it wasn't actually. Correct this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19279 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19278 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a wording problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19277 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the constant density sphere gravity model.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19276 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo include file change from r19268. mpi.h cannot be included if we do not use MPI.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19275 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write a decent part of the testcase section. Much to go, though.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19274 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Break out the function that computes the gravity vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19273 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change things so that the gravity vector actually points down, rather than up.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19272 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix math error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19271 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Switch to circular/spherical shell testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19270 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify a detail.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19269 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Utilities::System::job_supports_mpi.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19268 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave notes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19267 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use standard name for variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19266 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Call compress() on the rhs vector in project_initial_temperature. This
didn't appear to matter so far because we always projected a zero
function, but if the initial temperature is spatially variable we get
very hard to track down errors without this call :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19265 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use 'beta' instead of 'β' in a heading as it appears to confuse doxygen.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19264 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add three more references.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19263 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add these directories as they are necessary for a number of math related functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19262 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape "parallel" in two places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19261 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19260 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a couple of places where output_results needed to be adjusted.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19259 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix copyright year.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19258 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some more results.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also output partition information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use proper function name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make output_results not const, so that we can use computing_timer in there.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19254 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Time output_results. A couple more minor text edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19253 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor text editing in a couple of places. Move one block in output_results
into the part that is only worked on by one of the processors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19252 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some web browsers (like Firefox) seem to not understand that the images should not take more than 49 precent of available text width, so the second image is completely unvisible to me. Put them in a vertical array instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finished writing in-code comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19250 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Say what problem we are solving.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19249 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some initial results.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19248 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some more comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19247 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d