Merge pull request #10953 from tjhei/doxygen_subscriptor

doxygen: put subscriptor function into group

Merge pull request #10960 from bangerth/29

Avoid use of deallog in step-29.

Merge pull request #10955 from kronbichler/fix_fe_face_evaluation_read

Fix bug in multi-component FEFaceEvaluation::gather_evaluate

Merge pull request #10954 from kronbichler/fix_mf_template

FEFaceEvaluation: Fix fast vector access case of gather_evaluate

Merge pull request #10959 from bangerth/logstream

Merge pull request #10961 from bangerth/changelog

Rename a changelog entry.

Rename a changelog entry.

I must have been in the wrong place with my finger when writing it.

Add a changelog entry.

Avoid use of deallog in step-29.

In the process, make the output more readable since we can avoid the obscuring
prefix that doesn't actually provide any kind of information.

Clarify documentation.

Don't even mention logstream in step-4.

The only place where we do is to set the depth of output to zero, but that is already
the default.

Merge pull request #10952 from kronbichler/fix_step-68

step-68: A few updates to documentation + slight code cleanup

Fix bug in multi-component FEFaceEvaluation::gather_evaluate

New test cases

Fix fast vector access case of FEFaceEvaluation

Several improvements to step-68:

- Consistently use mapping object of the class itself
- Use MappingQ1 rather than MappingQ because the latter class is somewhat brittle
- Only set up background dofs for the case of interpolated_velocity
- Do not call Utilities::MPI::this_mpi_rank in inner loop

Improve wording in some comments

Merge pull request #10956 from peterrum/simlex_test

Fix simplex test failure

Fix simplex test failure

doxygen: put subscriptor function into group

These functions now appear (see #10914) in each derived class like
SparsityPattern. Provide a heading for these functions.

Merge pull request #10914 from tjhei/doxygen_show_inherited

doxygen: enable showing inherited members

Merge pull request #10946 from peterrum/n_face_orientations

Remove n_face_orientations template argument within FEEvaluation

Work on warning

Merge pull request #10926 from tamiko/fix-step-69

step-69: Remove boundary c_ij fix

Remove n_face_orientations template argument within FEEvaluation

Conflicts:
include/deal.II/matrix_free/evaluation_kernels.h

Merge pull request #10951 from peterrum/namespace

Specify namespace

Modified dox and cc. Now they are consistent.

Merge pull request #10942 from kronbichler/improve_step_19

[step-19] Correct & simplify some computations

Merge pull request #10950 from masterleinad/fix_clang_tidy

Fix clang-tidy complains

Specify namespace

Merge pull request #10840 from rezarastak/improve_step52_timestep

Use DiscreteTime in step-52

Merge pull request #10887 from elauksap/simplex_hdf5_workflow

Use HDF5 for testing simplex workflows

Merge pull request #10886 from elauksap/simplex_hdf5_parallel

Test for HDF5 now runs in parallel

Fix clang-tidy complains

Merge pull request #10927 from kronbichler/fix_9794

Provide more general factory class for FEEvaluation

Merge pull request #10949 from masterleinad/replace_restrict

Replace __restrict by DEAL_II_RESTRICT

Merge pull request #10944 from masterleinad/fix_compiling_with_icc

Fix comping with ICC

Merge pull request #10948 from lethe-cfd/fix_step_68_animations

Replace __restrict by DEAL_II_RESTRICT

Fixed height

Fixed the youtube links for the three animations in step-68

Merge pull request #10417 from peterrum/mg-transfer

Add inter-grid transfer operators

Merge pull request #10915 from zjiaqi2018/step50_err_estimator

step-50: fix the error estimator

Add documentation

Add inter-grid transfer operators

Clean up some parts of tutorial

Fix comping with ICC

Merge pull request #10940 from drwells/cleanup-quadrature

Cleanup quadrature

Merge pull request #10943 from bangerth/typo

Fix 'and and' -> 'and'.

Fix 'and and' -> 'and'.

Cleanup the header inclusions.

Reflow some comments.

Remove some commented-out code.

We changed this code to assume the base quadrature is already set up in
e4b860bbba680a002d5fd80035cff71ec39708eb.

Add another explicit dim 0 instantiation.

This gets around a GCC -Wtype-limits warning in the loop when dim = 0.

Test for HDF5 now runs in parallel

Use HDF5 for testing simplex workflows

Changelog

Remove obsolete code

New test cases for CellwiseInverseMassMatrix<dim,-1>

Convert a few tests to template parameter -1

Merge pull request #10937 from peterrum/pft_manifold

Add note to Triangulation::create_triangulation

Merge pull request #10930 from bangerth/code-gallery

Also install missing files from the code gallery.

Merge pull request #10938 from masterleinad/fix_gcc-10-warnings

Fix some more gcc-10 warnings

Fix some more gcc-10 warnings

Merge pull request #10936 from masterleinad/fix_scalapack_test_again

Fix SCALAPACK tests again

Add note to Triangulation::create_triangulation

show less results

print error estimate and update screen output

fix the error estimator

Fix SCALAPACK tests again

Merge pull request #10898 from bangerth/cc

Mention Code Complete as a resource.

Merge pull request #10935 from masterleinad/deprecated_parallel_triangulation

Avoid gcc-10 warning about deprecated parallel::Triangulation

Avoid gcc-10 warning about deprecated parallel::Triangulation

Exclude cmake-generated files.

Merge pull request #10308 from lethe-cfd/particle_advection_step

Step-68 : Particle tracking of a massless tracer in a vortical flow

Add inverse mass matrix with degree -1

Add 3/2 over-integration to list of instantiated quadratures

Finalized step-68
Fixed a bug related to deal.II distributed vector and to the particle
loop in interpolated euler.

Merge pull request #10933 from elauksap/doc_muparser_fix

Fix broken link to muParser website

Fix broken link to muParser website

Use new factory class within library

Implement factory class for FEEvaluation and FEFaceEvaluation

Merge pull request #10931 from peterrum/feeval_functions

Add some functions to FEEvaluation

Add some functions to FEEvaluation

Add a changelog entry.

Also install missing files from the code gallery.

Merge pull request #10929 from bangerth/period

Use proper grammar.

Use proper grammar.

Merge pull request #10301 from bangerth/66

step-19: A simple particles tutorial.

Merge pull request #10923 from bangerth/1

Make the tolerance in step-1 relative.

Merge pull request #10925 from bangerth/1.2

Better link to what one can do with iterators.

Merge pull request #10922 from kronbichler/refactor_fe_eval_impl

Refactor access to FEEvaluationImpl and friends

Adjust return parameter. Add inverse mass matrix

Add a reference to step-68.

Make whitespace more uniform.

Edit euler_step_interpolated() somewhat.

Leave a note about step-68.

Edit the remainder of the program.

Apply suggestions from code review by bangerth

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>
Applied the final round of comments from Wolfgang

Remove boundary fix

We compute the boundary normal by averaging the normal over the
quadrature points weighted with the shape function. It turns out that
this is sufficient to preserve mass and total energy. No change of the
c_ij's are needed.

Better link to what one can do with iterators.

Merge pull request #10924 from bangerth/1.1

Better explain something in step-1.

Make the tolerance in step-1 relative.

Better explain something in step-1.

Refactor access to FEEvaluationImpl and friends