Merge pull request #1480 from tamiko/testsuite_fixes_2

Testsuite: Also adjust location in disctributed_grids and mpi

Testsuite: Also adjust location in disctributed_grids and mpi

We have a small number of tests under distributed_grids/ and mpi/ that read
in external grids from deal.II/ (which is now removed).

Update those references to the new location "../grid/grid_in*".

Merge pull request #1475 from tamiko/fix_testsuite

Testsuite: Bugfix: Port forgotten test to new variant runs

Testsuite: Bugfix: Port forgotten test to new variant runs

Wow. How did I miss it?

Merge pull request #1473 from kronbichler/master

Fix non-MPI case

Fix non-MPI case

Merge pull request #1468 from tamiko/resurrect_tests

Ressurect tests that rely on Boost's Cuthill-McKee implementation

Testsuite: dof_renumbering_0{4|7}: Add alternatives

Add alternative comparison files for Cuthill McKee renumbering tests that
use boost and are version and platform dependent.

Revert "Testsuite: Disable tests for Boost's Cuthill-McKee implementation"

This reverts commit 6d2e952dcfc6097a39da36a0e5eac1f67b855d30.

Merge pull request #1472 from bangerth/fix-formula

Fix a formula.

Merge pull request #1467 from tamiko/testsuite_test_variants

Testsuite: Allow comparison against multiple output files

Documentation: Fix typos

Fix a formula.

Testsuite: fix a typo

Update news/changes.h

Testsuite: Adjust all tests to last previous change

Testsuite: Remove compiler constraints

compiler constraints are a failed concept.

They try to provide "variants" for platform dependent and compiler
dependent output by means of awkward constraints that lead to unmanageable
complex conditions. Just imagine a three variant test:

  test.compiler=Intel=false.compiler=GNU=true.output
  test.compiler=Intel=true.compiler=GNU=false.output
  test.compiler=Intel=false.compiler=GNU=false.output

Now, add two more variants (e.g. depending on an compiler version)... it is
much more natural to just have output files like those:

  test.output
  test.output.gnu
  test.output.icc

(or whatever naming convention is imposed)

Documentation: Update testsuite.html to mention multiple comparison files

Testsuite: Let the diff target depend on all comparison file variants

Testsuite: Output which variant was used for comparison

Testsuite: Allow comparison against output variants

This commit modifies run_test.sh such that it also considers all variants
of the form

  [...].output
  [...].output.[STRING]

for comparison. If a numdiff/diff against one of those variants succeeds a
test is considered succesful.

Merge pull request #1462 from cpraveen/tecplot-solutiontime

Save solution time into tecplot ascii files for animating time depend…

Merge pull request #1463 from drwells/update-bernstein-polynomial

Update bernstein polynomial

Merge pull request #1471 from tamiko/small_cleanup

Bugfix: Replace 'size_t' with 'unsigned int' where appropriate

Merge pull request #1470 from kronbichler/master

Clean up parallel::Triangulation

Fix compilation with MPI but without P4EST

Cleanup interface of parallel::Triangulation without MPI

Bugfix: Replace 'size_t' with 'unsigned int' where appropriate

A this places 'unsigned int' is more appropriate than 'size_t' because it
matches the signature of the underlying methods it deals with. 'size_t' is
only used to match std::array.

Merge pull request #1276 from shakirbsm/dev

advection residuals added and tested

Remove strand_id since it is not clear how to use it. A default strand_id of 1 will be used.

Merge pull request #1465 from drwells/update-real-to-unit-comment

Add a comment describing the real to unit logic.

Merge pull request #1466 from mrak1990/patch-2

Outdated the step-3 tutorial

Outdated tutorial step-3

Related commit: https://github.com/dealii/dealii/commit/f37ee0a6a5140a57cc6195eac2372ed149c030ad#diff-e3b138b667b4793715e99ca4fa4ac5e4

Merge pull request #1464 from drwells/update-flags-deprecation

Update UpdateFlags documentation

Add a comment describing the real to unit logic.

This explains the choices made when switching between the closed formula
and the newton iteration algorithm.

Merge pull request #1461 from QiaoLei-88/doc_interpolate_boundary_values

reword documentation of VectorTools::interpolate_boundary_values()

Update UpdateFlags documentation

The '@deprecation' attribute creates a new block, so descriptions of
deprecated features should be complete sentences.

I also added additional hover text descriptions.

Use an anonymous namespace.

This function is only called at one place in the same translation unit.

Compute powers of -1 by checking exponent parity.

Use the boost implementation of binomials.

reword documentation of interpolate_boundary_values()

Merge pull request #1449 from tamiko/fix_fpe_guard

CMake: Refactor DEAL_II_HAVE_FP_EXCEPTIONS

Merge pull request #1453 from tamiko/purge_deal.II_testdirectory

Testsuite: Remove "deal.II" category and try to find sensible alternatives

Save solution time into tecplot ascii files for animating time dependent data.

Testsuite: Move the last bits out of deal.II

Testsuite: another iteration...

Testsuite: Move matching tests from deal.II

Use newly created dofs/ and numerics/ (and lac/)

Testsuite: Move matching tests: deal.II -> fe/

Testsuite: Move matching tests: deal.II -> grid/

Merge pull request #1460 from drwells/update-flags-doc-formatting

Fix a doxygen issue with quoted italics.

Merge pull request #1457 from tamiko/cmake_workarounds

CMake: Drop /.../include/scotch from include dirs

Fix a doxygen issue with quoted italics.

Under certain circumstances Doxygen treats text surrounded by double
quotes as a verbatim environment, e.g., doxygen will convert '<i>' into
'&lt;i%gt;', which is not what we want when italicising text.

Merge pull request #1458 from bangerth/fix-test-11

Update test results.

CMake: FindTRILINOS.cmake: Drop /.../include/scotch from include dirs

scotch has the very unfortunate bad habit of containing a header file

  /usr/include/scotch/metis.h

If above directory is in our list of include directories, we will
accidentally pick up this header instead of /usr/include/metis.h

I assume it is safe to drop /usr/include/scotch/, this should be only
internally used in Trilinos...

Further, deduplicate library and include directory lists. *wow*

Also update 64-bit results.

Also update 64-bit results.

CMake: FindPETSC.cmake: Drop /.../include/scotch from include dirs

scotch has the very unfortunate bad habit of containing a header file

  /usr/include/scotch/metis.h

If above directory is in our list of include directories, we will
accidentally pick up this header instead of /usr/include/metis.h

I assume it is safe to drop /usr/include/scotch/, this should be only
internally used in PETSc...

Update test results.

These are the test results for METIS 5.1.0 via PETSc 3.6, on linux. 32-bit.

Merge pull request #1452 from tamiko/fix_compute_active_cell_halo_laye

Testsuite: Fix deal.II/grid_tools_halo_layer* tests

Testsuite: work around a bug with <gcc-4.9

Bugfix: Test for <cfenv> header instead of <fenv.h>

We include the C++11 version <cfenv> in the testuite.

Silently, fix another test as well.

This fixes the testsuite for use in C++98/03 mode.

CMake: Refactor DEAL_II_HAVE_FP_EXCEPTIONS

 - this is a language feature, not a platform feature, so move it to
   check_01_cxx_features.cmake

 - A test that _runs_ code *_must_* be guarded with
   DEAL_II_ALLOW_PLATFORM_INTROSPECTION

 - Demote DEAL_II_HAVE_FP_EXCEPTIONS to an ordinary variable. Naming
   convetion: Variables starting with "DEAL_II_HAVE" must be ordinary
   variables, or internal, cached variables.

   Note: It is not necessary to promote DEAL_II_HAVE_FP_EXCEPTIONS to cache
   in order to override it with -DDEAL_II_HAVE_FP_EXCEPTIONS...

Merge pull request #1456 from tjhei/glossary_update

Glossary update

more glossary fixes

update mg paper in glossary

Merge pull request #1310 from tamiko/block_linear_operator_overhaul

BlockLinearOperator overhaul

add a changes.h entry

Update documentation

A BlockLinearOperator class for storing linear operator block structures

Merge pull request #1451 from tamiko/fix_tests

Various testsuite fixes

Merge pull request #1450 from QiaoLei-88/doc_interpolate_boundary_values

Reword documentation of VectorTools::project_boundary_values()

Bugfix: Fix an include in filtered_iterator.h

reword documentation of VectorTools::project_boundary_values() and add in/out specification.

Testsuite: Avoid c++11isms

Testsuite: Avoid c++11isms

Merge pull request #1447 from bangerth/doc-update-36

Fix documentation text.

Fix documentation text.

Merge pull request #1446 from tamiko/fix_compilation

Fix compilation in c++98/03 mode

Fix compilation in c++98/03 mode

">>" for closing brackets is only valid syntax in C++11, and later.

Avoid c++11'ism and fix compilation for C++98/03 mode

Merge pull request #1442 from tamiko/complex_support

Support complex number types in Function, TensorFunction

Bugfix: Use Tensor<...,Number>() instead of Tensor<...>()

Add a changes.h entry

add a test for complex support in Function, TensorFunction

Instantiate dealii::Function and dealii::TensorFunction for complex scalars

Bugfix: Use Tensor<...,Number>() instead of Point<dim>()

Refactor template definitions into tensor_function.templates.h

Refactor template definitions into function.templates.h

Refactor template definitions into function_time.templates.h

Advection residuals for boundary and face fixed

Merge pull request #1436 from tamiko/refined_version_support

Testsuite: Allow for comparison operators in feature and compiler matches

small cleanup

add a changes.h entry

Documentation: Update to reflect changes in version constraint handling

Testsuite: Allow for comparison operators in feature and compiler matches

Merge pull request #1437 from tjhei/fix_halo_layer_compilation

fix compilation error in compute_ghost_cell_halo_layer

Merge pull request #1440 from drwells/fix-doc-typos-2

Fix doc typos 2

Remove trailing whitespace in the documentation.

Update the example cmake output.

The options provided by cmake have changed slightly since this was
originally written.

Fix some typos in the documentation.