Merge pull request #9670 from tjhei/remove_refs_to_step_19

remove references to step-19

Merge pull request #9673 from tjhei/clang_4_constexpr

clang 4 constexpr detection

Merge pull request #9674 from peterrum/vectorized_array_disance

VectorizedArrayIterator enable std::distance and add operator+

Merge pull request #9509 from marcfehling/bug-serialization

Explicitly call p4est's repartition functions instead of p::d::Tria::repartition().

VectorizedArrayIterator enable std::distance and add operator+

Merge pull request #9658 from tjhei/check_doxygen_disallow_h2

disallow h2 in tutorial headers

disallow h2 in tutorial headers

address comment

Merge pull request #9671 from tjhei/tests_hdf5_fix

Fix hdf5 tests

clang 4 constexpr detection

At least clang 4.0.1 complains about the use of non-const constexpr
functions. Fix this by setting
DEAL_II_HAVE_CXX14_CONSTEXPR_CAN_CALL_NONCONSTEXPR only if we actually
have CXX14 support.

use templated version

address comments

remove references to step-19

part of #2046

Merge pull request #9669 from jodlbauer/master

MF::copy_from: add missing fields

MF::copy_from: add missing fields

Fix hdf5 tests

std::vector<hsize_t> is sent to deallog in several hdf5 tests
(get_dimensions()). Re-add the operator overload.

Merge pull request #9644 from peterrum/dofhandlerpolicy_distributedofs

Simplify internal::DoFHandlerImplementation::Policy::ParallelDistributed::distribute_dofs()…

Merge pull request #9667 from Rombur/warning_clang_10

Fix clang 10 warnings

Merge pull request #9631 from nfehn/master

new free function LinearAlgebra::set_zero_mean_value()

Merge pull request #9660 from peterrum/vectorizedarray_stdmax

Enable std::max_element for VectorizedArray

Enable std::max_element for VectorizedArray

Simplify ParallelDistributed::distribute_dofs() by using get/set_dof_indices

Merge pull request #9663 from peterrum/dofhandlerpolicy_distributedofs_pre

Make enumeration consistent in internal::DoFHandlerImplementation::Policy::ParallelDistributed::distribute_dofs()

Merge pull request #9664 from kronbichler/improve_tensor_product_no_template

Manually unroll a loop in matrix-free tensor product kernel

Merge pull request #9666 from tamiko/fix_step69_for_clang4

examples/step-69: use std::atomic::load()

Merge pull request #9662 from kronbichler/fix_tests

Fix two tests after elimination of logfile

Manually unroll a loop in matrix-free tensor product kernel

examples/step-69: use std::atomic::load()

This fixes a compilation issue with clang-4

Closes: #9665

Make enumeration consistent in internal::DoFHandlerImplementation::Policy::ParallelDistributed::distribute_dofs()

Fix two tests after elimination of logfile

Merge pull request #9650 from masterleinad/remove_global_log_var_clean

Replace logfile in more tests

Merge pull request #9648 from blaisb/improve_sort_particles_into_subdomains_and_cells

Cache the vertex_to_cells and vertex_to_cell_centers structure in the particle_handler

Fix clang 10 warnings

Merge pull request #9657 from kronbichler/remove_types_are_equal

Replace a few types_are_equal by std::is_same

Replace a few types_are_equal by std::is_same

Merge pull request #9654 from kronbichler/split_mapping_info_instantiations

Split instantiations of matrix-free MappingInfo

Added the change list

Minor re-editing of the text

Update include/deal.II/particles/particle_handler.h

Co-Authored-By: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Merge pull request #9653 from peterrum/ecl_std_function

ECL: fix variable names and a std::function version

Split instatiations of matrix-free MappingInfo

Fix up tests

Completely reworked the pull request.
The particle handler now has a GridTools::Cache that is used to obtain the vertex_to_cell_centers and vertex_to_cells
This enables the same feature as before but is a lot cleaner and flexible.
However, the cache has to be stored in a unique pointer because the particlehandler has a constructor that enables it to be constructed without a triangulation.
This is not the case for the GridTools::Cache. Consequently, I thought that unique an std::unique was a good compromise here.

As always, looking forward to your comments :)!

ECL: fix variable names and a std::function version

Merge pull request #9651 from bangerth/lbb

Add links to step-20 and 22.

Merge pull request #9652 from bangerth/22

Clarify step-22.

Remove initlog() from gsl quick test

Clarify step-22.

Add links to step-20 and 22.

Replace logfile in more tests

Merge pull request #9646 from tjhei/precondition_cehbyshev_move_eig_computation

PreconditionChebyshev: make estimate_eigenvalues public

Merge pull request #9649 from kronbichler/avoid_global_logfile_variable

Avoid global logfile variable for matrix-free tests

Avoid global logfile variable for matrix-free tests

Merge pull request #9565 from kronbichler/matrix_free_update_mapping

Enable refreshing of MatrixFree geometry data for changed mapping

Merge pull request #9647 from tjhei/precondition_cheby_cleanup

PreconditionChebyshev: minor documentation cleanup

Added two cached variables to the particle handler that stores the required information of the triangulation
that is used to identify in which cells or subdomain the particle lies. This function
is directly connected to the triangulation which enforces a reconstruction of the cached variable if the triangulation is changed in any way
This change greatly boosts execution speed in the case where the number of cells and the number of particles is comparable.

PreconditionChebyshev: minor documentation cleanup

PreconditionChebyshev: make estimate_eigenvalues public

estimate_eigenvalues() is a private function called at the first
invocation of vmult(). Make it public so one can call it ahead of time
to avoid slowing down the first iteration (and one can time how long the
CG solve for eigenvalue estimation takes).

Merge pull request #9643 from peterrum/accessor_geometryInfo

Replace some hard coded constants by using GeometryInfo

new function set_zero_mean_value()

Use range-based iterators

Replace some hard written constants by using GeometryInfo

Merge pull request #9642 from kronbichler/step-69-include

Add missing include file for step-69

Add missing include file for step-69

Merge pull request #9641 from peterrum/step69-fixwarning

Step-69: fix warnings

Merge pull request #9640 from peterrum/step69-fixinclude

Step-69: add missing include cmath

Changelog

Add test case

Enable refreshing MatrixFree geometry data for changed mapping

Step-69: fix warnings

Step-69: add missing include cmath

Merge pull request #9635 from drwells/clarify-manifolds-step-49

Clarify some discussion on Manifolds in step-49.

Merge pull request #9634 from peterrum/nonconti_warning_fix

Remove auto from test mpi_noncontiguous_partitioner_02.cc

Merge pull request #9633 from peterrum/NoncontiguousPartitioner_default_constructor

Add default constructor to NoncontiguousPartitioner

Add default constructor to NoncontiguousPartitioner

Merge pull request #9638 from drwells/improve-spelling-step-69

step-69: improve spelling.

Merge pull request #9637 from drwells/fix-variable-names-step-69

step-69: fix some timer variable names.

step-69: improve spelling.

step-69: fix some timer variable names.

Clarify some discussion on Manifolds in step-49.

Merge pull request #8445 from tamiko/hydrodynamics_example_step

step-69: A first order hydrodynamics code for compressible Euler

final touches

de-generic-alize lambdas, use boost::make_iterator_range uniformly

rename Scope object to scope

remove asynchronous IO mechanism

Address some more review comments

simplify code

Address some more review comments

Intro added stuff addressing some comments.

Address some more review comments

use face_indices

address some more review comments

add a news/changes entry

Almost done

try to work around an internal compiler error

adjust argument order of write_vtu_with_pvtu_record to latest changes

Intro.dox almost done. Minor stuff pending in the cc file.

address @bangerth's review comments

More polishing

Minor modifications