Trilinos: updated ParMETIS and SuperLU findings

SuperLU: create install folders

candi: default project is now deal.II-toolchain

candi/deal.II: updated unpack and build dirs and optimised candi output

deal.II: corrected project and softlink candi.cfg

candi/deal: every package is installed in its own dir (untested)

deal.II: renamed project deal.II to deal.II-toolchain

candi: updated comments

candi: cleaned up command line options

candi: updated comment

Merge pull request #50 from koecher/cleanups-for-dealii

Cleanups for dealii

Merge pull request #47 from Rombur/repo_path

Repo path

candi: updated authors info

candi: dorsal clean ups

candi: removed dorsal utilities

candi: removed support for mpi

candi: removed support for kile

candi: removed support for kdevelop

candi: removed support for FEniCS.

candi: removed support for cmake only

Install hdf5 and Trilinos in their own directory.

Move INSTALL_PATH for third-party library to dealii-prepare.package.

Change repository layout.

Merge pull request #48 from Rombur/export_metis

deal.II: Export METIS_DIR if the parmetis.package is installed.

Export METIS_DIR

Update README.md

Update README.md

Update README.md

Update README.md

Extend the readme documentation for the newly available command line options.

Merge pull request #44 from koecher/candi-package-fetch

candi: package_fetch restructuring

candi: download_archive minor fix; check for rm ARCHIVE_FILE success and comments.

deal.II: @tjhei (Timo Heister) provides a mirror server from Clemson for deal.II

candi: allow insecure ssl downloads for curl

candi: Tested download looping and download MIRROR; disable SNAPSHOT downloads

Merge pull request #45 from koecher/trilinos-compiler-variables

deal.II: Trilinos compiler variables and fixing ParMETIS for Trilinos

Merge pull request #46 from tjhei/detect_petsc_configure_fail

detect PETSc configure fail

detect PETSc configure fail

Only execute make if configure succeeds

deal.II: undo Trilinos v11 patching for SuperLU, since it will not work with SuperLU v4.x

deal.II: apply Trilinos 11 Amesos/SuperLU patch

deal.II: dealii-prepare fixes bug for auto SuperLU

deal.II: SuperLU/ParMETIS/Trilinos patch; Minor fix due to a comment of @tjhei

candi: included loop over MIRROR and SOURCE for archives
NOTES:
* untested version
* MIRROR variable in project-deal.II.cfg must be disabled for the final version

TODOs:
* MIRRORS for hg, git, svn ...

deal.II: ParMETIS, SuperLU_Dist + Trilinos: fixes some small errors.

deal.II: trilinos: set up compilers safely, if $CC, $CXX and/or $FC are present

candi:
* package_fetch redesign: for archives (.tar.bz2, .tar.gz, ...) a new download_archive function is called.
* package_verify: this is only needed for archives, and thus it is moved little above under the name verify_archive
* verify_archive is called by download_archive
* Further devolopment: make the download + checksumming process more dynamic (auto rm corrupted file, mirrors)

Merge pull request #42 from tjhei/update_cmake2

deal.II: cmake: ubuntu12: switch to cmake 3.4.0 in binary form

switch to cmake 3.4.0 in binary form

Merge pull request #40 from koecher/trilinos-v11

deal.II: Trilinos v11 update and ubuntu14 update

deal.II: Trilinos (v11) updated version to 11.14.3

deal.II: ubuntu14 (14.04): set Trilinos to v11 if STABLE_BUILD + deal.II v8.3.0

deal.II: switched off the parameter gui by default; Issue #34

Merge pull request #38 from koecher/trilinos-multiversion

Trilinos multiversion
Closes #22. Update of cmake.package and trilinos.package (version 11) may be given later.

deal.II: trilinos package: safe major versioning

deal.II: updated ubuntu12 first comment to set additionally the PATH variable

deal.II: ubuntu12 added more recent cmake to be able to compile deal.II v8.3.0

deal.II: ubuntu12 compiler set help message

deal.II: ubuntu12 environment-modules package not available

deal.II: Moved some variables for Trilinos versioning out of candi.sh

Merge pull request #37 from Rombur/trilinos-multiversion

Add support for automatic choice of Trilinos version.
Okay, thank you, but I will reorder it a bit, since now we have a new package specific variable in the main bash script, which is not very easy to maintain in future.

Clean auto-choice of Trilinos version.

Revert change in candi.cfg.

Add support for Ubuntu12.

Add support for automatic choice of Trilinos version.

deal.II: allows to build Trilinos 11 or 12

Merge branch 'release_preparings_v0.6'

Merge branch 'master' into release_preparings_v0.6

Merge pull request #31 from koecher/allow_overwriting_vars

Allow overwriting vars

Merge pull request #35 from tjhei/opencascade

add opencascade

add missing opencascade references

disable opencascade by default

add opencascade to platforms

add opencascade

Merge pull request #33 from Rombur/mkl_trilinos

If MKL is ON, setting MKL_DIR is enough when using Trilinos.
Ah, perfect. Thx for working that out.

If MKL is ON, setting MKL_DIR is enough when using Trilinos.

deal.II: petsc / MKL bug fix

deal.II: MKL usage for PetSC and Trilinos

deal.II: corrected version folder to master, if unstable build is forced

deal.II: updated ubuntu 14 description

Merge remote-tracking branch 'origin/allow_overwriting_vars' into release_preparings_v0.6

deal.II: updated centos7 platform information for CentOS 7.1

deal.II: minor work on p4est; added CHECKSUM for v1.1 and removed unnecessary code lines

Merge pull request #32 from koecher/keyword_load_instead_of_skip

Keyword load instead of skip

candi: unsets LOAD variable appropriately

candi: introducing a new keyword 'load' for package handling.
Details: preparation packages such as dealii-prepare were set to skip:dealii-prepare
which is confusing the users.
The patch of this branch introduces a new keyword load for optimising the user
experience.

Merge pull request #23 from tjhei/avoid_forcing_superlu

avoid forcing SuperLUDist/ParMETIS to on
This is correct, the opposite of having metis off is not having parmetis and superlu on.

Merge pull request #20 from tjhei/fix_p4est_unset

fix unset in p4est

Merge pull request #30 from tjhei/p4est_from_tarball

use p4est tarball
Looks good. Thx a lot.

Merge tjhei:candi:allow_overwriting_vars into koecher:candi:allow_overwriting_vars

use p4est tarball

candi/deal.II: corrected creation of modulefiles

replaces ~ by $HOME in the given prefix dir string

candi: major work: allows to set the PREFIX_PATH and PROCS variable from the outside.
Warning: the usage interface is now:
./candi.sh
./candi.sh --prefix=<PREFIX_PATH> or -p=* | --PREFIX_PATH=*
./candi.sh --np=<PROCS> or -np=* | --procs=* | --PROCS=* | -j*
./candi.sh --platform=<PROJECT/platform/supported/myplatform>  or -pf=*

candi: work on some comments, reorded global timer start

Merge pull request #27 from Rombur/blas_lapack

Make linux_cluster more robust

Make platform linux_cluster more robust and warn that BLAS_DIR and LAPACK_DIR need to be set to use Trilinos.

Merge pull request #25 from tjhei/catch_package_spec_fail

fix error handling in package_specific_setup
Thx a lot for figuring that out.

Merge pull request #18 from tjhei/catch_and_fix_errs

fix bugs in candi.sh and fail if download fails
Cool thing. Thx for working this out.

Merge pull request #17 from Rombur/boost_1.59

Update boost to boost-1.59

fix error handling in package_specific_setup

avoid forcing SuperLUDist/ParMETIS to on

If a platform defines SuperLUDist=OFF it will be forced to ON if we have
METIS, which then causes packages fail to build because they think
SuperLUDist is being installed. Fix this.