Merge pull request #3992 from kronbichler/fix_transfer_matrix_free

Make sure to clear all variables in MGTransferMatrixFree.

Make sure to clear all variables in MGTransferMatrixFree.

Merge pull request #3991 from drwells/old-petsc-fixes

Old PETSc version fixes

Merge pull request #3975 from drwells/add-missing-dof-accessor-instantiations

Add missing instantiations for DoFAccessor<0 ...>.

Merge pull request #3980 from kronbichler/fe_evaluation_no_template_path

Equip FEEvaluation with code path without template on polynomial degree

Do not destroy a PETSc matrix twice.

Add a check for a PETSc 3.2 feature.

Add picture of performance

Add missing DoFAccessor<0, ..> member functions.

Move some function definitions around.

These match the declaration order.

Clarify documentation in DoFAccessor<0, ...>.

Merge pull request #3988 from kronbichler/cleanup_fe_evaluation_vector_access

Cleanup fe evaluation vector access

More tests

Test accessing block vectors with a component offset.

Simplify vector access in FEEvaluation.

Merge pull request #3987 from kronbichler/step-37_doc_fix

Fix documentation in step-37

Fix documentation in step-37

Merge pull request #3982 from jppelteret/update_deriv_approx_func

Change template arguments in DerivativeApproximation::approximate_derivative_tensor

Rename original numerics/derivative_approximation tests for consistency

Change template arguments in
DerivativeApproximation::approximate_derivative_tensor

Fixes #3979

Add test for mg transfer

Use non-templated evaluator also in matrix-free MG transfer

Simplify project function in VectorTools, non-templated FEEvaluation

Add test case for large polynomial degree

Augment documentation

Add changelog

Tests for FEEvaluation without template on polynomial degree

Add code path without template on FEEvaluation

Merge pull request #3981 from masterleinad/fix_symmetric_tensor_39

Fix symmetric_tensor_39.cc for non C++11 compilers

Fix symmetric_tensor_39.cc for non C++11 compilers

Merge pull request #3967 from MathiasMen/Vectorization_SymmetricTensor

Vectorization of SymmetricTensor

Merge pull request #3978 from masterleinad/c++_symmetric

Use C++11 instead of boost in base/symmetric_tensor_36

Use C++11 instead of boost in base/symmetric_tensor_36

Merge pull request #3977 from masterleinad/fix_fe_enriched_test

Fix fe/fe_enriched_step-36b for 64bit indices

Fix fe/fe_enriched_step-36b for 64bit indices

Merge pull request #3976 from davydden/tests/disable_petsc_complex

disable tests which are not meant for complex-valued PETSc

disable tests which are not meant for complex-valued PETSc

Removed use of constructor of Number in SymmetricTensor as this could
also call the non-existant constructor of VectorizedArray. Replaced
by call to static member of template struct defined in
vectorization.h and numbers.h

Merge pull request #3974 from masterleinad/fix_linear_operator_10

Don't allow 64bit-indices in PreconditionAMGMueLu

Don't allow 64bit-indices in PreconditionAMGMueLu

Merge pull request #3970 from davydden/doc/fe_evaluation_dim

hack doxygen to show additional methods of FEEValution

hack doxygen to show additional methods of FEEValution for partial specialization

Merge pull request #3971 from davydden/fe_enriched_prolongation

FE_Enriched: add prolongation/restriction matrices

FE_Enriched: add prolongation/restriction matrices

Merge pull request #3932 from sairajat/master

Fixes bug in Pattern::Selection

Fix indentation

Fix Tests

Merge pull request #3966 from drwells/remove-petsc-vector-base-copy

Remove the PETSc VectorBase copy operator.

Fixed Typo and added comment in output of test

Added space at end

Make VectorBase::operator= private and undefined.

This operator was formerly implicitly defined, which provides, almost surely,
the wrong behavior since the underlying Vec will then be destroyed twice.

Since both inheriting classes (Vector and MPI::Vector) define their own
operator= overloads this operator is also not necessary.

Fix, and deprecate, a PETSc parallel vector copy constructor.

The former implementation of this copy constructor contained a subtle bug: since
VectorBase::operator= is implicitly defined, calling it simply copies (byte for
byte) the members of a VectorBase. This is erroneous because now two different
destructors will call VecDestroy on the underlying Vec.

The fix is simple: (nearly) preserve the current behavior by just deep copying
the vector.

Since one should never have an explicit instance of VectorBase (and there is no
reasonable way to copy a parallel vector and then enforce a possibly different
local_size) this constructor I also marked this constructor for deprecation: one
should use one of the concrete classes (Vector or MPI::Vector) in applications.

Reindent some sample code comments.

Merge pull request #3963 from drwells/fix-block-vector-deprecation-warning

Fix a deprecation warning in user codes.

Merge pull request #3961 from drwells/fix-clang-warnings-2

Fix some clang warnings.

Merge pull request #3964 from drwells/remove-preceding-underscore

Rename an identifier that started with an underscore.

Rename an identifier that started with an underscore.

Identifiers starting with a single underscore followed by a capital letter are
reserved by the C standard.

Fix a deprecation warning in user codes.

Since supports_distributed_data is deprecated, instantiating a BlockVector
raises a deprecation warning in user codes. Fix this by simply using the type
trait replacement.

Merge pull request #3962 from masterleinad/restrict_test

grid_out_per_processor_vtu_02 requires METIS

Remove some unused function arguments.

grid_out_per_processor_vtu_02 requires METIS

Silence some warnings in OpenCascade.

Clang complains that OpenCascade checks whether or not a certain undefined macro
evaluates to true. Get around this with diagnostic guards.

Merge pull request #3960 from kronbichler/classify_tests_with_p4est

Mark tests that need p4est

Mark tests that need p4est

Merge pull request #3959 from masterleinad/fix_distribute_flux_sparsity_pattern

Fix mpi/distribute_flux_sparsity_pattern

Fix mpi/distribute_flux_sparsity_pattern

Merge pull request #3953 from tjhei/test_checksum

replace call to md5sum in tests

Merge pull request #3952 from tcclevenger/write_mesh_per_processor_as_vtu_fixed_bug

fixed bug in write_mesh_per_processor_as_vtu, added test

Added change to doc/news/minor

Merge pull request #3955 from davydden/doc/submit_symmetric_gradient

fix documentation of FEEvaluationAccess<dim,dim,Number>::submit_symme…

fix documentation of FEEvaluationAccess<dim,dim,Number>::submit_symmetric_gradient

replace call to md5sum in tests

fixed bug in write_mesh_per_processor_as_vtu, added test

Previous implementation did not account for non-distributed multilevel
hierarchy or active cells having different level_subdomain_id and
subdomain_id.

made requested changes

typo in changes. GridOut function, not GridTools

Merge pull request #3947 from jppelteret/trilinos_lin_ops-enable_deal_II_solver

Enable deal.II solver use with Trilinos LinearOperator

Fix comment indentation

Enable deal.II solver use with Trilinos LinearOperator

By making a distinction between an `inverse_payload` created for
Trilinos solvers/preconditioners and all other solver/preconditioner
types, we allow a `TrilinosPayload` to be created when the
solver/preconditioner is incompatible with `Epetra_Multivector`. In
turn, it is now possible to use the deal.II solvers (e.g.
`dealii::SolverCG<TrilinosWrappers::MPI::Vector>`) with `Trilinos`
`LinearOperator`s as such a call no longer results in a compiler error.

Merge pull request #3931 from jppelteret/fix_tests_03

Refactor schur_complement operator

Test: Make lac/schur_complement_05 a bit more robust

Do not output residuals and convergence numbers. We now only check
whether we do the right thing by comparing the difference of the result
to a reference computation.

Merge pull request #3951 from Rombur/step_18

Fix typo.

Fix typo.

Merge pull request #3950 from dealii/revert-3914-fix_tests_3

Revert "Tests: output variants for opencascade 6.9.1"

Revert "Tests: output variants for opencascade 6.9.1"

Merge pull request #3914 from tamiko/fix_tests_3

Tests: output variants for opencascade 6.9.1

Merge pull request #3946 from davydden/tests/fe_enriched_step_36

use jacobi preconditioner in fe_enriched test eigenproblems

Merge pull request #3940 from davydden/tests/parallel_block_vector_03

add extra output for parallel_block_vector_03

Merge pull request #3949 from masterleinad/reduce_fe_abf_02

Simplify fe/abf_02

Simplify fe/abf_02

tests: use jacobi preconditioner in fe_enriched test eigenproblems

Merge pull request #3945 from drwells/clang-warnings

Fix some simple clang warnings.

Remove some unused variables.

This was caught by clang 3.9.

Check if a preprocessor variable is defined before use.

Clang complains about this with -Wundef on.

Merge branch 'master' of https://github.com/sairajat/dealii

Bug Fix in Patterns::Selection

Merge pull request #3936 from davydden/tests/memory_consumption_01

tests: extra output for memory_consumption_01

Merge pull request #3938 from davydden/tests/oce_step_create_write

extra output for OCE 0.18

Merge pull request #3943 from davydden/tests/no_flux_constraints_extra

extra output for no_flux_constraints when md5sum is not installed

Merge pull request #3941 from davydden/tests/fix_slepc_solve_04

fix slepc/solve_04

Bug Fix in Patterns::Selection

Fixed bug in Patterns::Selection

tests: extra output for no_flux_constraints when md5sum is not installed