Merge pull request #9484 from simonsticko/asserts_sparsity_pattern_add

Add an assert on row index in SparseMatrix::add(..)

Merge pull request #9481 from bangerth/undo

Revert introduction of deprecated functions.

Add an assert on row index in SparseMatrix::add(..)

Merge pull request #9480 from tjhei/function_map_doc

improve FunctionMap deprecation message

improve FunctionMap deprecation message

I was confused by this help message and decided to clarify. Also fix one
occurrence of FunctionMap in a code example.

Add a changelog entry.

Revert introduction of deprecated functions.

In #6830, @masterleinad introduced a whole bunch of functions that retained
backward compatibility for functions that @davydden had changed in #6818.
This was before the 9.1 release. It is time to remove these backward
compatibility functions again.

Merge pull request #9457 from jppelteret/improve_symmetric_tensor_and_tensor_01

Improve some operations in symmetric tensor and tensor

Merge pull request #9476 from bangerth/face_indices-2

Convert more places to use GeometryInfo::face_indices().

Merge pull request #9477 from bangerth/face_indices-3

Convert one more place for GeometryInfo::face_indices().

Merge pull request #9435 from bangerth/deprecated

Avoid using deprecated functions

Convert one more place for GeometryInfo::face_indices().

Avoid use of deprecated DoFTools functions in tests/.

Avoid the use of deprecated functions in tutorials.

Avoid the use of deprecated functions in DoFTools.

Add missing instantiations.

Rename a deprecated function.

Convert more places to use GeometryInfo::face_indices().

Merge pull request #9470 from bangerth/20

Address a question on the mailing list about step-20.

Clarify something about the matrix in step-20.

Merge pull request #9393 from krishnakumarg1984/step7_fix_norms

In step-7, removes the explicit listing of various norms since the list is anyway outdated

Merge pull request #9428 from agrayver/add_quadrature_python_binds

Add python wrappers for Quadrature

Merge pull request #9467 from bangerth/faces

Use cell->face_iterators() or GeometryInfo::face_indices() in the tutorials.

Fix indentation

Merge pull request #9471 from peterrum/consensus_template

Move implementation of ConsenusAlgorithm into mpi.templates.h

Merge pull request #9466 from bangerth/dataout

Fix an overzealous assertion related to Dataout

Merge pull request #9468 from bangerth/bb

Update documentation of NeighborType.

Merge pull request #9469 from tamiko/fix_test_regex

CMake: Make TEST_PICKUP_REGEX stricter

Move implementation of ConsenusAlgorithm into mpi.templates.h

Merge pull request #9465 from peterrum/consensus_change_type

Fix types in ConsensusAlgorithmProcess

CMake: Make TEST_PICKUP_REGEX stricter

When applying TEST_PICKUP_REGEX we now only match against
"${category}/${basename}" of a test (excluding all configuration options
after the first period (".").

Closes #9420

Update documentation of NeighborType.

Use cell->face_iterators() or GeometryInfo::face_indices() in the tutorials.

Add a changelog entry.

Add a test.

Fix an overzealous assertion.

Fix types in ConsensusAlgorithmProcess

Merge pull request #9464 from tjhei/doxygen_fixes2

doxygen documentation fixes

Use constructor instead of operator= in SymmetricTensor operations

Preferentially initialise values as doubles in SymmetricTensor

Merge pull request #9463 from bangerth/dataout

Really minor stuff.

doxygen documentation fixes

Merge pull request #9456 from jppelteret/fix_compiler_error_01

Fix SymmetricTensor and Tensor ProductType

Merge pull request #9458 from jppelteret/fix_trilinos_sacado_cmake_test

Fix a broken Trilinos Sacado CMake test

Merge pull request #9461 from masterleinad/fix_doftools_doxygen

Add a missing @endcode in DoFTools documentation

Add a missing @endcode in DoFTools documentation

Add missing include to a Trilinos Sacado CMake test

Preferentially use internal number cast operation in SymmetricTensor

Fix SymmetricTensor and Tensor ProductType

Fixes a compiler error on the old Apple Clang 8.0.0 compiler, where the product type between complex numbers and tensors could not be determined.

Clarify a sentence.

Reindent a couple of comments.

Merge pull request #9454 from tjhei/mpi_check_return

check MPI return value in one location

check MPI return value in one location

Merge pull request #9453 from simonsticko/fix_solution_transfer_spelling

Fix a few misprints in the SolutionTransfer documentation.

Fix a few misprints in the SolutionTransfer documentation.

Merge pull request #9450 from bangerth/warnings

Avoid a few warnings about unused variables.

Merge pull request #9449 from bangerth/ice

Avoid an internal compiler error in gcc 7.4.0.

Merge pull request #9448 from GrahamBenHarper/graham_dev_hhs_doc

Update GridGenerator::half_hyper_shell documentation for correctness

Avoid a few warnings about unused variables.

Leave a comment.

Avoid a warning about an unused variable.

Add test for boundary ids for GridGenerator::half_hyper_shell

Avoid an internal compiler error in gcc 7.4.0.

Merge pull request #9434 from peterrum/ph_json_optional

Further changes to ParameterHandler::parse_input_from_json

Update GridGenerator::half_hyper_shell documentation for correctness

Merge pull request #9445 from elauksap/parameter_handler_path_exists

Add ParameterHandler::subsection_path_exists

Merge pull request #9447 from GrahamBenHarper/graham_dev_polynomials_adini

Update PolynomialsAdini to derive from ScalarPolynomialsBase

Update PolynomialsAdini to derive from ScalarPolynomialsBase and add a test for it

Add ParameterHandler::subsection_path_exists()

Merge pull request #9156 from peterrum/ecl-partitioner

ECL: add partitioners

Merge pull request #9407 from simonsticko/semi_flux_sparsity_pattern

make_flux_sparsity_pattern with flux couplings on a subset of the faces

Add ecl partitioners

Further changes to ParameterHandler::parse_input_from_json

Conflicts:
source/base/parameter_handler.cc

Merge pull request #9171 from luca-heltai/symbolic-function

Symbolic function.

make_flux_sparsity_pattern with flux couplings on a subset of the faces

Add an optional std::function input parameter to
make_flux_sparsity_pattern which describe over which faces there should
be flux couplings in the created sparsity pattern.

internal::make_flux_sparsity_pattern has one implementation for a
generic DoFHandlerType and a specialization for hp::DoFHandler. To
circument a bug where MSVC can't deduce which of these internal
functions should be called, change DoFHandlerType to
dealii::DoFHandler in the generic function.

To avoid another bug where MSVC can't construct a templated class,
call one of the overloaded versions of make_flux_sparsity_pattern with
always_couple_on_faces (even if this is already the default value).

Merge pull request #9443 from tjhei/parameter_handler_cleanup

make two ParameterHandler members local to .cc

Merge pull request #9444 from masterleinad/fix_fulldistributed_tests

Fix a few parallel::fullydistributed tests

make two ParameterHandler members local to .cc

These two (static) private member functions can also be in the anonymous
namespace instead. Follow-up to #9263

Fix a few parallel::fullydistributed tests

Merge pull request #9441 from GrahamBenHarper/graham_dev_fully_dist

Remove fully_distributed_tria_util files

Merge pull request #9263 from elauksap/parameter_handler_sorting

ParameterHandler in unsorted order

Remove fully_distributed_tria_util files

Merge pull request #9437 from GrahamBenHarper/graham_dev_clean_compute

Update uses of compute() to evaluate()

Symbolic function.

ParameterHandler can now print in unsorted order

Merge pull request #9430 from peterrum/ph_json_action

Fix ParameterHandler::read_xml_recursively for actions

Merge pull request #9432 from peterrum/tria_new_create_triangulation_followup

Fix remaining issues for #9195

Merge pull request #9436 from GrahamBenHarper/graham_dev_clean_ex6

Remove unused included file from step-6

Merge pull request #9431 from MFraters/fix_particle_probability_density_mpi_problem

Fix particle probability density mpi problem

Merge pull request #9362 from peterrum/pft-order

New p:f:t tests

Merge pull request #9409 from bangerth/utilities

Update the documentation of int_to_string() and to_string().

Update documentation/implementation of some polynomial classes

Remove unused included file

Fix remaining issues for #9195

Fix ParameterHandler::read_xml_recursively for actions

Merge pull request #9433 from masterleinad/fix-gcc-4.9.4

Fix gcc 4.9.4 warning

Merge pull request #9388 from drwells/add-replicated-triangulation

Implement GridGenerator::replicate_triangulation().

Merge pull request #9413 from bangerth/type-erasure

Add a note to two .h files about the design pattern used there.

Fix gcc 4.9.4 warning

Tests to ensure that the order of pft and be the base triangulations are the same