Add a glossary entry on colorization.

Merge pull request #6923 from bangerth/cleanup

Clean up some code in AffineConstraints::is_consistent_in_parallel.

Merge pull request #6921 from jppelteret/ad_updates_01

Minor AD updates

Clean up some code in AffineConstraints::is_consistent_in_parallel.

The existing code has a lambda function that either returns a reference to
an existing element of a vector, or to a dummy member variable. But to
make things confusing, it *modifies* this dummy variable, which means that
what looks like some 'const' dummy object is not actually.

All of this is done to avoid copies, but in reality a copy is still
made at a later point where we insert the result of this lambda
function into a vector. This patch cleans this up by removing the
non-const dummy variable and instead just returning a copy that is
then moved into the vector. That's the same number of copies as before,
in most cases, and it's clearer to read because there is no more
potential for two parts of the code stepping on each others' toes
modifying the dummy variable.

These things are important to me because modifying the dummy variable
is a sure way to introduce really hard to find errors if anyone ever
wanted to multi-thread this function. It's not likely that anyone
will try this for this function soon, except possibly by using
things like parallel-for loops should they ever become available.
But it's worth not even getting into the habit of using this style.

Extend template specialisations for intermediate AD number types.

Its not likely, but it might be possible that in some complex chain of
operations we're left with one of these intermediates that needs to be
operated on or used. If this is the case then having these
specialisations facilitate the driver and helper classes to function
with these number types.

Fix some stale comments at the end of preprocessor directives

Merge pull request #6851 from eldarkh/ReduceScatter-p2p

ReduceScatter for compute p2p communication pattern

Merge pull request #6915 from masterleinad/iterate_trilinos_sparsity_parallel

Iterate trilinos sparsity parallel

Merge pull request #6892 from davydden/feature/plate_with_a_hole

add GridGenerator::plate_with_a_hole()

fix incode comment

ReduceScatter for compute p2p comm pattern

Merge pull request #6916 from bangerth/cleanup

Better document TrilinosWrappers::SparsityPattern::row_length().

Merge pull request #6914 from dangars/project_boundary_values

Add instantiations of project_boundary_values() with complex arguments

Changelog entry

Allow iterating over TrilinosSparsityPattern in parallel and after compress

Merge pull request #6912 from masterleinad/fix_quick_tests

Fix quick_tests

Merge pull request #6910 from dangars/interpolate_boundary_values

Add instantiations for complex arguments

Better document TrilinosWrappers::SparsityPattern::row_length().

Fix quick_tests

Merge pull request #6913 from Rombur/fix_quicktests

Fix a bug with DEAL_II_TRILINOS_WITH_SACADO

Add instantiations of project_boundary_values() with complex arguments

Fix a bug where DEAL_II_TRILINOS_WITH_SACADO was set even if
DEAL_II_WITH_TRILINOS was not

fix typos

Merge pull request #6906 from Rombur/cmake_sacado

Make Sacado an optional dependency

rename internal function to be more explicit

Add instantiations for complex arguments

minor fix to plate_with_a_hole

Merge pull request #6885 from bangerth/step-22

Yet another variation of documenting the bilinear form in step-22.

Merge pull request #6908 from bangerth/cleanup

Remove an unused global variable in a test.

Remove an unused global variable in a test.

Make Sacado an optional dependency

Merge pull request #6907 from masterleinad/fix_assert_indenting

Fix Assert indenting

Merge pull request #6873 from jppelteret/solution_transfer_tests

Improve SolutionTransfer documentation

Merge pull request #6905 from Rombur/cuda_tensor

Static variable cannot be allocated inside a __device__ function

Fix Assert indenting

Add some MPI based tests for SolutionTransfer class

These new tests check the transfer of BlockVectors, augmenting the
previously added tests for standard Vectors.

Add some MPI based tests for SolutionTransfer class

Enhance parallel::distributed::SolutionTransfer documentation

Includes a note on how the old solution vector must be configured with
access to locally relevant data

Enhance SolutionTransfer documentation

Includes a note on how to use with MPI partitioned grids

Merge pull request #6903 from Rombur/static_assert

Use std::is_same instead of typeid in static_cast

Static variable cannot be allocated inside a __device__ function

Fix the following error:
dynamic initialization is not supported for function-scope static
variables within a __device__/__global__ function

Use std::is_same instead of typeid in static_cast

Merge pull request #6901 from masterleinad/fix_lac_headers

Fix comments in @code blocks in lac headers

Fix schur_complement.h

Merge pull request #6894 from marcfehling/mpi-interface-squashed

Replace MPI_Comm functions by those of Utilities namespace.

Fix variable assignment

Merge pull request #6899 from masterleinad/avoid_clang_warning

Avoid spurious warning for older clang compiler

Fix comments in @code blocks in lac headers

Merge pull request #6897 from masterleinad/fix_hp_headers

Fix comments in @code blocks in hp headers

Avoid spurious warning for older clang compiler

Replace MPI_Comm functions by those of Utilities namespace.

Merge pull request #6895 from marcfehling/changes-6864

Cleanups for #6864

Add incompatibility changelog on 'p::d::Tria' data transfer interface.

Fix comments in @code blocks in hp headers

Unpack functions take buffers as call-by-reference.

Pack functions return the packed data.

add  GridGenerator::plate_with_a_hole()

Merge pull request #6864 from marcfehling/callback-utilities

Refactored data transfer across distributed meshes.

Merge pull request #6893 from masterleinad/fix_grid_headers

Fix comments in @code blocks in grid headers

Refactored parallel::distributed::Triangulation w.r.t. the new p4est transfer API.

Include new p4est transfer API to wrapper functions.

Introduced class DataTransfer in private scope of Triangulation.

Let API use 'vector<char>' instead of 'void*' for buffers.

Dynamic determination of pack/unpack sizes.

Fix comments in @code blocks in grid headers

Merge pull request #6818 from drwells/reflow-code-samples-1

Reflow some code samples.

Merge pull request #6887 from masterleinad/fix_fe_headers

Fix comments in @code blocks in fe headers

Merge pull request #6876 from bangerth/simplify

Simplify some code in DataOut_DoFData.

Merge pull request #6858 from masterleinad/indent_example-step-39

examples/step-39: Update indenting and modernize

Simplify some code in DataOut_DoFData.

Merge pull request #6788 from schoeder/parallelvector_min_max_operation

Introduce min and max to VectorOperation

Expand lambda body

Fix comments in @code blocks in fe headers

Reflow some code samples.

The content of @code/@endcode blocks must be less than 80 characters per
line to prevent clang-format from rewrapping it in strange ways.

Merge pull request #6888 from bangerth/fix-formula

Fix a formula in a comment in step-14.

Merge pull request #6819 from masterleinad/fix_numerics_headers

 Fix comments in @code blocks in numerics headers

Merge pull request #6820 from masterleinad/fix_physics_headers

Fix comments in @code blocks in physics headers

Fix a formula in a comment in step-14.

Merge pull request #6889 from kronbichler/disable_tests_without_p4est

Restrict tests requiring p4est to the case when we actually have it

Merge pull request #6807 from davydden/feature/component_is_part_of_tensor

add component_is_part_of_tensor

Restrict some tests requiring p4est to the case when we actually have it.

Merge pull request #6869 from masterleinad/indent_example-step-14

examples/step-14: Update indenting and modernize

Merge pull request #6870 from masterleinad/indent_example-step-27

examples/step-27: Update indenting and modernize

Merge pull request #6871 from masterleinad/fix_kdtree_docu

Fix kdtree documentation and reflow comments manually

Address my own review comments.

add component_is_part_of_tensor and its support to vtu

Yet another variation of documenting the bilinear form in step-22.

Merge pull request #6874 from bangerth/doc-update

Update the documentation of the Rannacher Turek element.

Merge pull request #6884 from kronbichler/line_break_changelog

Make sure to add a line break in the changelogs

Merge pull request #6883 from masterleinad/fix_dofs_headers

Fix comments in @code blocks in dofs headers

Merge pull request #6882 from masterleinad/fix_distrributed_headers

Fix comments in @code blocks in distributed headers

Merge pull request #6793 from drwells/require-tbb-4.2.0-or-newer

Require TBB 4.2.0 or newer.

Make sure to add a line break in the changelogs.

Fix comments in @code blocks in dofs headers

Require TBB 4.2.0 or newer.

TBB 4.1 is not compatible with newer versions of GCC due to some missing
std::atomic::load calls, so lets blacklist all older versions.

Merge pull request #6879 from marcfehling/p4est-2.0

 Increase minimum version of p4est to 2.0.

Fix comments in @code blocks in distributed headers

Merge pull request #6881 from marcfehling/attach_data_01_fix

Let 'attach_data_01' consider case with more procs than cells.

Merge pull request #6878 from masterleinad/restrict_wclass-memaccess

Disable -Wclass-memaccess for non-CXX17 builds and in bundled boost

Let 'attach_data_01' consider case with more procs than cells.

Fix comments in @code blocks in physics headers

Fix up error text

Fix comments in @code blocks in numerics headers

Disable -Wclass-memaccess for non-CXX17 builds and in bundled boost

Drop backward compatibilities to older versions of p4est than 2.0.