Merge pull request #4602 from bangerth/doc-update

Clarify that namespace GridRefinement is about *marking*, not *refinement*.

Merge pull request #4593 from bangerth/dofhandler-cleanup-2

Make hp::DoFHandler work with parallel::shared::Triangulation

Clarify that namespace GridRefinement is about *marking*, not *refinement*.

Merge pull request #4604 from bangerth/avoid-raw-pointers

Use a std::unique_ptr instead of a raw pointer in (Chunk)SparseMatrix.

Merge pull request #4603 from bangerth/make-sync-iterators-private

Make SynchronousIterators::iterators private.

Use a std::unique_ptr instead of a raw pointer in ChunkSparseMatrix.

Use a std::unique_ptr instead of a raw pointer in SparseMatrix.

Add changelog.

Make SynchronousIterators::iterators private.

This is a member that should have been private all along, but wasn't. It
is now possible to access it via operator*.

Merge pull request #4599 from drwells/remove-manifold-1d-check

Make some manifold checks in MappingQGeneric dimension independent.

Make some manifold checks in MappingQGeneric dimension independent.

As of db5ea0f52db we support get_manifold on 1D manifolds, so we can remove the
overload workaround here for 1D. This changes the behavior of this function
slightly: we now correctly calculate all_manifold_ids_are_equal = false if the
cell manifold, in 1D, does not equal one of the face (vertex) manifolds.

Note that in 2D lines are faces, so we still check all lines.

Merge pull request #4596 from bangerth/simplify-data-structures

No longer store dofs_per_vertex for each MG vertex.

Merge pull request #4592 from drwells/namespace-free-functions

Improve namespaces for non-member functions.

Add a test that truly tests hp::DoFHandler on shared triangulations.

In particular, extend a previously added test to really do use different
finite elements on different cells.

Comparing the output for these two tests shows that indeed
the test with different (and higher order) elements is more
accurate, as one might have surmised.

Add some more converted tests.

Merge pull request #4527 from tcclevenger/periodicity_for_MG_transfer

add periodicity to MGTransfer matrix free and prebuilt

Merge pull request #4595 from bangerth/reduce-code-duplication

Reduce code duplication.

No longer store dofs_per_vertex for each MG vertex.

In #4564, I already noted that the way we store vertex DoF indices in the MG
case was not particularly efficient because we kept around a dynamically
sized 'offset' array for each vertex whose entries were computable: they were
successive multiples of dofs_per_cell. So #4564 replaces that by just storing
dofs_per_cell itself for each vertex.

But that, of course, is also wasteful: why store it once per vertex when that
will be the same number for every vertex. Rather, what this patch does is
to pass that number to the functions that access these DoF indices, so that
we can use the global fe.dofs_per_vertex instead. This saves 4 bytes per
vertex, and maybe a few cycles of CPU time on top of it.

Add changelog entry.

Add tests.

Reduce code duplication.

The (hp::)DoFHandler::n_boundary_dofs() functions were specialized for
the 1d case back in the day when faces in 1d were not usable the same
way faces in 2d/3d were accessible via iterators. Because C++ doesn't
allow partial specialization of member functions, the code was also
replicated three times for the <1,1>, <1,2>, and <1,3> cases.

Fix this: We can now always use the generic approach since the necessary
iterators were added several years ago. This also fixes a bug: in <1,2>
and <1,3>, we allow triangulations to have more than 2 end points,
which the existing code was not equipped to deal with.

Merge pull request #4594 from drwells/nedelec-umfpack-tests

Require UMFPACK explicitly in some Nedelec element tests.

Reorganize the internal mapping functions.

If we want to ultimately use a unity build then we will need to avoid duplicate
function names. This commit adds a new policy for avoiding these (a namespacing
scheme) and applies the fix to the mapping classes.

Require UMFPACK explicitly in some Nedelec element tests.

Add tests for hp::DoFHandler on shared::Triangulation.

These are simply all tests in that directory with DoFHandler changed to
hp::DoFHandler.

Relax a couple of assertions for parallel cases.

The code I replace it by here is taken verbatim from the ::DoFHandler
class, so seems correct and well tested.

Simplify logic a bit.

In particular, do not follow an if-statement that tests '!=null_ptr' by one that
tests '==null_ptr' since this is almost impossible to understand at a short
glance.

Simplify the logic in an instantiation file.

Provide the ParallelShared policy with a DoFHandlerType template argument.

Also instantiate it for hp::DoFHandler (which miraculously works
already without any further changes!).

Rewrap comments.

Simplify some code that parallelizes operations.

While there, make some other code more general if we ever get to
spacedim>3.

Merge pull request #4591 from drwells/mappingmanifold-1d

Change MappingManifold<1, spacedim> to use face manifolds.

Merge pull request #4590 from drwells/detemplatize-copy-from

de-templatize SparsityPattern::copy_from.

Merge pull request #4588 from bangerth/simplify-declaration

Simplify the template signature of DoFRenumbering::compute_component_wise().

Change MappingManifold<1, spacedim> to use face manifolds.

As of db5ea0f52db we support get_manifold on 1D manifolds, so we can look up the
manifold on a 1D face in a dimension-independent way. This is a slight change
from the current behavior, but using Manifolds in 1D is a very obscure use case.

de-templatize SparsityPattern::copy_from.

This template is instantiated for only SparsityPattern and is overloaded for
DynamicSparsityPattern, so it is a bit simpler to just overload a non-template
method.

Merge pull request #4578 from bangerth/dofhandler-cleanup

Move distributing DoF indices from hp::DoFHandler to the policy class.

Merge pull request #4589 from bangerth/doc-update

Minor update to a glossary entry.

Minor update to a glossary entry.

Add a changelog entry.

Simplify the template signature of DoFRenumbering::compute_component_wise().

We previously had two template arguments because the types of, for example,
DoFHandler::begin_active() and DoFHandler::end() are different. But this makes
no sense. Just cast the end iterator to the same type as the begin iterator.

add periodicity to MGTransfer matrix free and prebuilt

Merge pull request #4586 from bangerth/add-test

Add a shared::tria test where one processor has no cells.

Merge pull request #4585 from bangerth/unify-function

Unify the implementation of two functions.

Merge pull request #4584 from bangerth/update-tests

Update a couple of tests.

Merge pull request #4583 from drwells/generalize-fallthrough-attribute

Add a more general fallthrough attribute.

Add a shared::tria test where one processor has no cells.

Add a changelog entry.

Unify the implementation of two functions.

Remove unnecessary #include files.

Remove outdated svn version markers.

Add a more general fallthrough attribute.

GCC7 raises implicit fallthrough warnings in a lot of places when we
compile without C++17 support. This patch adds a second check for the
GCC extension `__attribute__((fallthrough))` that works in C++11 and
C++14 and fixes these warnings.

Merge pull request #4582 from masterleinad/fix_serialize_hp

Fix serialize_hp_dof_handler

Fix serialize_hp_dof_handler

Merge pull request #4580 from jppelteret/fix_missing_header_01

Add missing header to tests/physics/step-44*

Add missing header to tests/physics/step-44*

Rewrap all comments in this file.

This saves ~200 lines of code.

Run some operations in parallel.

Let some functions return data, rather than fill a reference argument.

Also change the data structure that is being filled.

Also move identifying DoFs into the policy classes.

Restrict work on vertices to those that are actually used.

Move the main part of distributing hp DoFs to the policy.

Simplify code a bit.

Merge pull request #4568 from tamiko/remove_iterative_inverse

Remove IterativeInverse class

Merge pull request #4576 from tjhei/remove_warning

remove a compiler warning

Merge pull request #4575 from tjhei/disable_petsc_handler

Disable PETSc exception handling

remove a compiler warning

Disable PETSc exception handling

Disable PETSc exception handling. This just prints a large wall
of text that is not particularly helpful for what we do.

Merge pull request #4571 from bangerth/doc-update

Better document VectorTools::create_point_source_vector().

Better document VectorTools::create_point_source_vector().

Merge pull request #4570 from jppelteret/fullmatrix_left_right_invert_01

Fix FullMatrix left/right inversion

Fix FullMatrix left_ and right_invert for square matrices

Add determinant calculation for FullMatrix and LAPACKMatrix

Merge pull request #4566 from bangerth/dofhandler-cleanup

Move hp::DoFHandler::renumber_dofs() functionality to the policy class.

Merge pull request #4573 from tjhei/trilinos_block_jacobi_no_rows

Fix TrilinosWrappers::PreconditionBlock* with no local rows

Fix TrilinosWrappers::PreconditionBlock* with no local rows

work around the ifpack error by pretending to use a point smoother on
processors without any local rows.

Add missing header to step-44

Merge pull request #4572 from bangerth/remove-todo

Remove a TODO.

Remove a TODO.

The TODO isn't really addressed, but previous to #4560, the functions
in question simply did the wrong thing, whereas since #4560, we at
least get an ExcNotImplemented().

Bugfix: Remove unnecessary "iterative_inverse.h" include

Remove obsolete "iterative_inverse.h" includes from all tests and
example steps.

make broken astyle-2.04 happy

Tests: Remove unused solver_control_lin

doc: Update news/changes placeholder

port arpack/tep-36_parpack_trilinos to inverse_operator

Port arpack/parpack_advection_diffusion_trilinos to use inverse_operator

Port arpack/step-36_parpack_mf to use inverse_operator

Bugfix: Add ReinitHelper for LinearAlgebra::distributed::Vector

Add a ReinitHelper that correctly initializes a
LinearAlgebra::distributed::Vector from available partition information
of a Matrix object.

testsuite: remove iterative_inverse from a test

doc: Remove and update references to IterativeInverse

lac: Remove deprecated IterativeInverse

This class is superseded by the LinearOperator framework.

Merge pull request #4569 from tamiko/deprecate_parpack_shift

Deprecate ParpackSolver::Shift

add a news/changes entry

Deprecate ParpackSolver::Shift

Simplify two exceptions.

Move the DoF renumbering functionality.

Specifically, move it out of the DoFHandler class and into the policy class
where it can use shared infrastructure.

Make a class a friend.

Provide the hp::DoFHandler class with a policy object.

Merge pull request #4560 from bangerth/more-dofhandler-work

More DoFHandler work

Merge pull request #4564 from bangerth/improve-mg-vertex-dof-storage

Improve the storage of MG vertex dofs.

Use a smart pointer instead of a raw pointer.

Note that std::unique_ptr<T[]> automatically calls operator delete[]
upon destruction.