Merge pull request #17475 from tjhei/step-81-print-output

step-81: print something more to the screen

Merge pull request #17468 from drwells/fix-petsc-extract-subvector

PETScWrappers::VectorBase: avoid hard-coding unsigned int indices.

step-81: print something more to the screen

Merge pull request #17467 from tjhei/disable-complex-inst

step-81: do not require WITH_COMPLEX_VALUES

Merge pull request #17470 from tamiko/strict_aliasing

CMake: do not set -fstrict-aliasing explicitly

Merge pull request #17465 from tjhei/kokkos-cuda-warn-return

Kokkos+CUDA: disable warning

also enable test

CMake: do not set -fstrict-aliasing explicitly

This flag is part of the -O2 optimization set already. So let's not set
it manually.

PETScWrappers::VectorBase: avoid hard-coding unsigned int indices.

Part of #16528.

step-81: do not require WITH_COMPLEX_VALUES

We are not using any of the SP/Matrices with complex

Kokkos+CUDA: disable warning

nvcc decides that it should produce a warning about a missing return in
a situation like this:
```
{
  if (check)
    return true;
  else
    return false;
}
```
Disable this warning.

Merge pull request #17449 from bangerth/assertion-text

Improve an error message.

Merge pull request #17463 from marcfehling/ref-nedelec

Move some references out of the NedelecSZ class.

Move some references out of the NedelecSZ class.

Merge pull request #17460 from masterleinad/fix_nedelecsz

Fix documentation for FE_NedelecSZ

Merge pull request #17430 from masterleinad/tpetra_on_device_new

Fix Tpetra with MemorySpace::Default

Merge pull request #17457 from masterleinad/fix_depreacted_errors

Fix tests after removing deprecated code

Merge pull request #17452 from marcfehling/step-86

step-86: Fix mathjax error.

Fix documentatioj for FE_NedelecSZ

Fix tests after reoving deprecated code

Merge pull request #17454 from bergbauer/fix_tpetra

Fix Tpetra for 13.0

Merge pull request #17447 from eterrell11/fix_step_86_dependencies

Edit step-86 CMakeLists.txt such that it recognizes dependency on P4EST

Fix Tpetra for 13.0

step-86: Fix mathjax error.

Merge pull request #17446 from bangerth/assertion

Add missing assertions.

Improve an error message.

Merge pull request #17441 from masterleinad/fix_cuda-ci

 GitHub Cuda CI: Remove large packages

Edit step-86 CMakeLists.txt such that it recognizes dependency on P4EST

Merge pull request #17444 from masterleinad/fix_deprecatins

Remove deprecations in 9.5.0 release

Add missing assertions.

Remove 9.5 release deprecations

Merge pull request #17424 from tjhei/kokkos-nvcc-ignore-cast-qual

silence a Kokkos+CUDA warning

Merge pull request #17437 from masterleinad/fix_tpetra_aliases

Use aliases for TpetraTypes::[Dual]View[Unmanaged]

Merge pull request #17425 from tjhei/nvcc-particle-get_prop-hack

fix nvcc compilation in particle handler

Merge pull request #17415 from QY-Shi/fix_petsc_vector_entry_ptr

Fix pointer traversal range of PETSc vectors on each process

Merge pull request #17423 from drwells/petsc-partitioner-deprecated

PETScWrappers: don't use deprecated functions.

Don't install nsight compute

Replace ghc with nsight-compute

Merge pull request #17396 from peterrum/vt_interpolate_mg

VT::interpolate() for multigrid levels

GitHub Cuda CI: Remove large packages

Define HostViewType in terms of DualViewType

Merge pull request #17436 from masterleinad/update_print_deprecations

Update print_deprecated.py for python3

Use aliases for TpetraTypes::[Dual]View[Unmanaged]

Update print_deprecated.py

Merge pull request #17410 from chaos-polymtl/fix_tutorial_input_files

[9.6] Fix p2_adaptive.prm file for step-42

Prefer KOKKOS_ENABLE_* over HAVE_TPETRA_INST_*

Merge pull request #17388 from marcfehling/check-examples

Enable `setup_tests_examples` in Windows workflow.

Merge pull request #17432 from peterrum/mf_matrix_fix

Fix MatrixFreeTools::compute_matrix()

Fix MatrixFreeTools::compute_matrix()

Merge pull request #17428 from peterrum/mf_diagonal_fix

Fix MatrixFreeTools::compute_diagonal

Merge pull request #17427 from tjhei/step-75-add-ref

step-75: add a missing reference

Fix MatrixFreeTools::compute_diagonal

Merge pull request #17431 from masterleinad/redundant_type_qualifier

Remove redundant type qualifiers in dynamic_casts

Give make_tpetra_map a default argument

Remove redundant type qualifiers in dynamic_casts

Avoid duplicated template instantiation

Guard explicit template instantiations from doxygen

Fix Tpetra with MemorySpace::Default

step-75: add a missing reference

Merge pull request #17422 from drwells/petsc-viewer

PETScWrappers: don't call deprecated viewer functions.

fix nvcc compilation in particle handler

nvcc at least in CUDA 12.5 and 12.6 (current) with gcc 13 is not able to
match the implementation with the declaration for two get_properties()
functions unless we define them inline.

fixes #17148

silence a Kokkos+CUDA warning

- sort list of warning flags
- ignore diag: type qualifier is meaningless on cast type

Merge pull request #17421 from bangerth/smart-pointer-2

Make SmartPointer operations easier to read.

PETScWrappers: don't use deprecated functions.

PETScWrappers: don't call deprecated viewer functions.

This was deprecated in PETSc 3.7 - since we require at least that version we can
use the new function.

Merge pull request #17420 from tjhei/bundled-boost-immintrin-hack-nvcc

patch bundled boost: nvcc and immintrin.h

fix format of changelog

add changelog for PR fix_petsc_vector_entry_ptr

Make SmartPointer operations easier to read.

patch bundled boost: nvcc and immintrin.h

boost compiler detection macro logic about immintrin.h seems to be
incorrect when using nvcc leading to the compiler error
```
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/13/include/amxtileintrin.h(42): error:
identifier "__builtin_ia32_ldtilecfg" is undefined
    __builtin_ia32_ldtilecfg (__config);
```

Work around this by patching at least the bundled boost.

closes #17401

Merge pull request #17417 from tjhei/kokkos-in-tril-warnings

Kokkos: disable CUDA warnings when using Kokkos from Trilinos

Merge pull request #17418 from tjhei/step-64-info

step-64: update info

fix pointer traversal range of PETSc vectors on each process

step-64: update info

Kokkos: disable CUDA warnings when using Kokkos from Trilinos

We disable a bunch of nvcc warnings for the project, but so far not if
Kokkos comes bundled inside Tilinos. Fix that.

part of #7037

Merge pull request #17413 from drwells/matrixfree-warnings

MatrixFree: initialize more std::array objects.

MatrixFree: initialize more std::array objects.

This fixes some GCC warnings.

Merge pull request #17411 from tjhei/step-64-no-cuda

step-64: cleanup intro, remove CUDA, mention Kokkos

Merge pull request #17412 from chaos-polymtl/fix_step-89-Cmakelist

Remove extra hyphen from CMakeList of step-89

Remove extra hyphen from CMakeList of step-89

step-64: cleanup intro, remove CUDA, mention Kokkos

step-64 does not use CUDA directly anymore

Fix p2_adaptive.prm file for step-42

Merge pull request #17407 from tjhei/step-64-keywords

tutorial step-64: update keywords

tutorial step-64: update keywords

Merge pull request #17399 from AE7TB99/namespace-dealii-in-stepxx

Use 'using namespace dealii' within StepXX namespace in tutorials

Merge pull request #17402 from tjhei/kokkos-info

kokkos: print version to detailed.log

Revert changes to step-49 and step-50

kokkos: print version to detailed.log

Refactor tutorials to use 'using namespace dealii' within StepXX namespace

Closes #17249.

VT::interpolate() for multigrid levels

Merge pull request #17395 from bangerth/52

Deprecate step-52.

Merge pull request #17394 from bangerth/smartpointer-clear

Deprecate SmartPointer::clear().

Deprecate step-52.

Add a changelog entry.

Deprecate SmartPointer::clear().

Merge pull request #17392 from AE7TB99/const-mapping-variables

Make 'mapping' variables 'const' in example files

Update doc/news/changes/minor/20240725AE7TB99

Add entry to 'doc/news/changes/minor'

Make 'mapping' variables 'const' in example files

Merge pull request #17390 from tamiko/fix_test

Test examples/step-75: do not compare test output