Merge pull request #1107 from kronbichler/master

Make compile gcc-4.4

Make compile gcc-4.4

Merge pull request #1105 from drwells/fix-step-32-references

Fix some minor doxygen issues in step-32.

Merge pull request #1106 from tjhei/fix_tests2

fix tests

fix tests

- 2 tests require functionparser
- update another libc++ typename string replacement

Fix some minor doxygen issues in step-32.
Doxygen did not pick up the quoted text next to a @ref correctly, so I
reworded the paragraph to not need the quoted text.

Merge pull request #1104 from kronbichler/master

Avoid compile error on gcc-4.6 (and probably older).

Avoid compile error on gcc-4.6 (and probably older).

Merge pull request #1103 from drwells/remove-wrapcomments-string-import

Remove a deprecated function usage.

Remove a deprecated function usage.
This function (string.find) was deprecated in python 2.4 in favor of the
.find() method of strings and was and removed in python 3.

Merge pull request #1099 from tjhei/formatting

Formatting

run wrapcomments.py

Conflicts:

include/deal.II/numerics/error_estimator.h

fix to wrapcomments.py

fix doxygen errors

manual formatting

This makes doxygen and wrapcomments.py happy

Merge pull request #1097 from tjhei/grid_distort_random_boost

switch GridTools::distort_random to boost::random

Merge pull request #1100 from tjhei/muelu_in_doxygen

make muelu preconditioner appear in doxygen

make muelu preconditioner appear in doxygen

Merge pull request #1083 from tjhei/cell_id_to_str

add CellId::to_string()

move implementation to .cc

clean up tests and use to_string()

add CellID::to_string()

switch GridTools::distort_random to boost::random

Use boost::random instead of std::rand(). This makes calls to the
function deterministic (distortion will always be the same for the same
mesh) and hopefully makes the testsuite more robust (differences in
rand() on MAC OS).

Merge pull request #1096 from tjhei/fix_tests

MAC: maybe fix test

MAC: maybe fix test

Forcing all computations to be done as long double with the hope that
this fixes the numerical differences on the MAC tester.

Merge pull request #1072 from kronbichler/master

Introduce vectorized transposition for array-to-structure conversions

Introduce vectorized transposition for array-to-structure conversions

Introduce vectorized transposition for array-to-structure conversions

Merge pull request #1094 from tjhei/fix_tests

fix tests

Merge pull request #1087 from tjhei/clang_warnings

disable clang warnings with cxx11 disabled

disable clang warnings

compiling the bundled boost with clang without cxx11 causes hundreds of
warnings.

fix tests

Merge pull request #1091 from drwells/fix-single-digit-output-time

Fix single digit output time

Remove 'if (true)' statements.
These are redundant and the related comment is no longer correct (there
are, as of the previous commit, no new variables declared in that
scope).

Fix strange VTK timestamps with refactoring.
VTK files, based on when they are written, may save output with text
like

This file was generated by the deal.II library on 2015/7/6 at 17: 3:49

which, while correct, is a bit strange to read. This behavior may occur
in other output file formats. I fixed this by calling utility functions
with the correct behavior.

Merge pull request #1088 from tjhei/remove_warnings

disable muparser warnings

Merge pull request #1086 from tjhei/fix_test_output

fix test output

Merge pull request #1085 from tjhei/mac_fix_tests

fix tests on MAC OS

Merge pull request #1089 from tjhei/clang_warning_pragma_warnings

fix pragma warnings warnings... sigh :-(

fix pragma warnings warnings

PR #1076 disabled warnings due to disabling unknown warnings with a
pragma. This causes the warning

src.cxx:4:3: error: unknown warning group '-Wpragmas', ignored [-Werror,-Wunknown-pragmas]
  _Pragma("GCC diagnostic ignored \"-Wpragmas\"")

with Clang 3.4.0. It seems it supports Wunknown-pragmas which is okay to be
used with gcc too. Sigh.

fix tests

- do not use pow(int, int)
- fix unify_pretty_function()
- replace typenames

disable muparser warnings

suppress -Wnested-anon-types warning with clang 3.6 in muParser.

fix test output

This due to the recent changes in the vtk GridOut

Merge pull request #1084 from guidokanschat/fix_2_multigrid_tests

Fix the ordering of renumbering in two tests

Fix the ordering of renumbering in two tests

Merge pull request #1082 from tjhei/string_replace

new Utilities::replace_in_string() which returns a string with all occurrences of one substring replaced by another

new Utilities::replace_in_string()

Merge pull request #1077 from guidokanschat/improve_svg

Fix font sizes in SVG output

The font scaling in GridOut::write_svg() was broken since the units were missing. It has been fixed and an additional parameter GridOutFlags::Svg::cell_font_scaling has been introduced for tuning.

adjust test output

Fix font sizes in SVG output

Merge pull request #1076 from guidokanschat/diagnostic_pragmas

Remove warnings due to disabling unknown warnings

reduce pragma test to the necessary

Merge pull request #1081 from guidokanschat/fix_vtu_tests

Adjust test output for VTU tests to additional manifold id

test for all the pramas used in DEAL_II_DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS to avoid warnings in clang 3.4

Adjust test output for VTU tests to additional manifold id

Merge pull request #1078 from guidokanschat/partial_grid_out

VTK and VTU output with level number, material id, and subdomain ids

astyle

add manifold id to output and adjust output files

remove include

ignore mpirun tests without mpi

add test for multiple subdomains and convert huge unsigned to negative values

VTK and VTU output in GridOut restructured to use iterator ranges internally
Add output of level number, material id, and subdomain ids

Merge pull request #1079 from tjhei/testsuite_pretty_function

rework unify_pretty_function() in testsuite so that sed is not needed anymore

Merge pull request #1080 from tjhei/remove_warning

remove warning

remove warning

gcc gives the nonsensical warning "comparison of unsigned expression < 0
is always false". Work around this.

rework unify_pretty_function() in testsuite

We used to call into sed to do some string replacement in order to
normalize the output of __PRETTY_FUNCTION__. This is crazy and won't
work on MAC OS (sed doesn't accept -e). Do this using string replacement
instead.

Merge pull request #1075 from tamiko/compilation_fixes

Bugfix: Compile fixes for Functions::Polynomial<dim>

Bugfix: Compile fixes for Functions::Polynomial<dim>

Change dealii::Vector to std::vector to not have to include vector.h in
function_lib.h. This fixes a compilation error encountered with several
compilers.

Further, fix the corresponding test

Merge pull request #1074 from tamiko/null_operator_cleanup

Restructure null_operator

Restructure null_operator

This commit restructures the null_operator optimization in LinearOperator
slightly and removes an ambiguous constructor variant.

Merge pull request #1067 from angelrca/Function_Polynomial

New class Function::Polynomial

Merge pull request #1073 from guidokanschat/fix_mac

Fix problems where the library did not compile on MacOS with clang 3.3

check for std::isnan and make sure we never use a function that does not exist

fix more powers
compiling on Mac with clang 5.0.0 (3.3) again

Fix the problems on Mac with isnan and pow

Merge pull request #1047 from guidokanschat/new_meshes

Add three new meshes to GridGenerator: simplex, cheese and hyper_cross

Add three new meshes to GridGenerator: simplex, cheese and hyper_cross

Merge pull request #1070 from davydden/step36-eigenvalues

fixed the expression for expected eigenvalues in Step-36

Merge pull request #1071 from tamiko/restructure_cmake_cxx11

CMake: Restructure logic in check_01_cxx_features

CMake: Restructure logic in check_01_cxx_features

fixed the expression for expected eigenvalues in Step-36

New class Function::Polynomial

New class Function::Polynomial

New class Function::Polynomial

New class Function::Polynomial

Merge pull request #1065 from drwells/fix-trivially-copyable-cmake-test

[RFC] Fix trivially copyable cmake test

Merge pull request #1068 from bangerth/add-missing-function

Add a declared but not implemented function.

Add a declared but not implemented function.

This addresses a linker error recently posted to the mailing list. The issue
is that we have iterators that represent faces of cells and a specialization
for the faces of 1d cells, i.e., vertices. These class specializations have
most of the regular accessor members declared, but here is one that was
declared without being defined.

This patch adds a definition of the function. The issue is relatively
uncritical since the so-defined function does not actually have to do
anything other than return an invalid object (vertices have no children).

Merge pull request #1066 from QiaoLei-88/fix_max_n_cells

Fix max n cells

update mpi/refine_and_coarsen_fixed_number_07 and it's output.
  1. Increase number of cells by global refinement to weaken influence of float truncation error;
  2. Because number of cells increased, construct refinement indicator as test _01 to avoid float overflow;
  3. Update test drivers interface because it is too complicated to calculate global number of cells;
  4. Update reference output.

fix bug introduce by commit 594dc87 in function GridRefinement::refine_and_coarsen_fixed_number()

Check for 'std::is_trivially_copyable' correctly.
This should be checked whenever C++11 is enabled; more specifically, it
should be checked when compiling with C++14 too.

Fix a spelling error in a comment.

Merge pull request #1059 from bangerth/fix-isfinite

Verify that a number is not a NaN before testing for finiteness.

Add a changelog entry.

Verify that a number is not a NaN before testing for finiteness.

While not intuitive, std::isfinite triggers a floating point exception when called
on a signalling NaN. Avoid this.

Merge pull request #1063 from tjhei/cmake_depend_msg

clarify cmake dependency message

clarify cmake dependency message

change the message:
BLA has unmet configuration requirements: MPI
has to be set to "ON".

to:
BLA has unmet configuration requirements: DEAL_II_WITH_MPI
has to be set to "ON".

Merge pull request #1061 from bangerth/fix-test-6

Avoid computing atan(y/x) where x=0.

Merge pull request #1057 from angelrca/Monomial_gradient

Functions::Monomial

Merge pull request #1062 from bangerth/fix-gmres-breakdown

Handle the case of lucky breakdown in GMRES better, without testing whether 1/a is actually finite

Merge pull request #1060 from bangerth/fix-test-5

Avoid setting boundary objects that don't fit.

Fix Functions::Monomial::gradient

Fix Functions::Monomial::gradient

Fix Functions::Monomial::gradient

Fix Functions::Monomial::gradient

Fix Functions::Monomial::gradient