Linux gcc 332 with multi and contributed UMFPack

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

indicate 64 bit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9774 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Solaris 64 bit with multithreading and contributed UMFPack

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

sun 64 bit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9772 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mail relay

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9771 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

file not needed anymore

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9770 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make PDF version default ad delete HTML

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to PDF in Nedelec

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9768 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

With the new code to construct hanging node constraints for FE_Q in 3d in-place, instead of precomputed, we now test a few more element combinations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo erroneous checkin.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9766 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

DataOutBase<2,3> was fixed for tecplot output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9765 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify wording.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo erroneous check-in

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9762 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9761 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9760 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bogus assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove html formatted article assemble

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

path fixed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9757 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

assemble not in html anymore

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9756 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new directory structure

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9755 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

gcc 332 configurations

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9754 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

superfluous line removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9753 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9752 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Err on the safe side (avoid some make errors with high -j flags)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9751 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect and work with intel fortran compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9750 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect and work with Intel Fortran compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9749 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use one-stage process to build make_dependencies.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9748 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9747 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify a bunch of places with this->

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9746 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a really stupid problem with icc7.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9745 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added columns to the comment of the TableHandler::tex_write function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9744 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected the description of the boolean variable "with_header".

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9743 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow multiline hrefs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9742 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo Ralf's change until we have a real fix for the problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9741 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo Ralf's change until we have a real fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9740 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modified TableHandler::write_tex.
Added TableHandler::tex_set_table_label
Added TableHandler::tex_set_table_caption

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9739 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added with_header to the write_tex method.
Added two new functions:
set_tex_table_caption
and
set_tex_table_label.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9738 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix grammar.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9737 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention Michael's 3d algorithm.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9736 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention Oliver's latest achievements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9735 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another patch for the 3D version of initialize_constraints. Actually
numerical inaccuracies caused the ConstraintMatrix to complain about
different values for the same entry. The reason for these problems is
the loss of symmetry in the FP-approximation of the shape functions
for higher polynomial degrees (cf. comment in code).
This problem is now fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9734 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix of CellAccessor<3>::neighbor_child_on_subface function

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9733 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

DataOutBase<2,3>::write_tecplot did not write the variable name z. This is now fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9732 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change of results due to fix of neighbor_child_on_subface (see patch 1.71 of tria_accessor.cc)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9731 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix check for neighbor_child_on_subface

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9730 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix neighbor_child_on_subface function. When face orientations do not match, run over all neighbor children until the right one is found. This might not be optimal in terms of time, but at least it works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9729 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use correct include guard.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9728 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in GridGenerator::cylinder<3>

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9727 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9726 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small test case for which neighbor_child_on_subface fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9725 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve the message sent by one exception.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9724 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Expand comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9723 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add assertion to neighbor_child_on_subface function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9722 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implemented a small fix, which sets near zero elements in the constraint
matrix, which stem from numerical inaccuracies, to zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9721 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When HAVE_HSL_MA27 and HAVE_HSL_MA47 are undefined, the errno.h file is not included which is needed for errno==EINTR to be compiled. Therefore revert last patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9720 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a note about the changes in class FE_Q for 3D.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9719 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a testcase for the FE_Q class in 3D, which tests the automatically
generated constraint matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9718 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Now the constraint matrices for 3D FE_Q elements are generated
automatically for arbitrary degree, which makes the use of these
elements possible.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9717 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move some code under #ifdef guards. This works, but the main reason we
do it is that if we include these header files icc71 can't be used any
more on newer linux systems due to a stupid interaction with
/usr/include/linux.h that simply kicks out non-gcc versions (icc8
identifies itself as gcc, so isn't affected)...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9716 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be fine with tiny differences.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9715 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9714 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert to previous state whenever possible and add comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9713 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

GridGenerator::laplace_transformation function: don't request all boundary points being included in new_points.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9712 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix of the StraightBoundary<3>::get_new_point_on_quad function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9711 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extension of CylinderBoundary class to represent circular tubes also along the y- and z-axis.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9710 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bug fix: the StraightBoundary<3>::get_new_point_on_quad requested for children of lines of the quad which in general do not exist. Get around this by using the centers of the lines.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9709 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to define USE_CONTRIB_HSL so that it shows up in
common/Make.global_options and can be used in contrib/Makefile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9708 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add umfpack to defaults.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9707 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for functions in -lumfpack.a

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9706 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention PETSc 2.2.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9705 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9704 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

and missing \ ... don't do this if you are tired

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9703 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing parts of path

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9702 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove vanished variables

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9701 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make two variables const only for newer petsc versions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9699 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two patches that are necessary for the upgrade to petsc 2.2.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9697 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test and add comment to old one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9696 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around interface changes in PETSC 2.2.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9695 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make things compile with PETSc 2.2.1, which has changed interfaces again...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9694 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix formatting.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9692 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Blow away Makefile.dep if it was created but is empty. This usually indicates a problem with running make_dependencies, but it only shows up by very distracting follow-up problems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9691 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

# rules to generate the program. let is be dependent on the global flags for
# the following reason: if you go to a different system, but keep with the
# same directory, you get into trouble because make_dependencies is not
# deleted by "make clean"; following this, we generate empty Makefile.dep's
# because we can't run the executable. So better be careful and regenerate
# make_dependencies whenever we think it may be beneficial

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9690 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce a field that stores which constraints exist already. This is desirable since we would otherwise have to walk through the list of existing constraints in add_line, which is an O(N) operation that has to be repeated O(N) times. This quadratic algorithm is now gone, making the SPEC testcase a full 5% faster than previously. The main reason is that it used to walk through a lot of memory and create a horrific number of cache misses, which are now all gone.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9689 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace #if by the proper #ifdef.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9688 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some profiling shows that loops over dim are not always unrolled. Do
so by hand for the two most often called functions in Tensor<1,dim>:
operator= and operator* (the latter is most often called during matrix assembly).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9687 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few more words.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9686 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some graphics.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9685 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove comments that aren't accurate. Update other comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9684 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove comments that aren't accurate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9683 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9682 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

missing @p

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9681 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

last @em removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9680 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert patch 1.66. Lines are given only once for following cases: no mapping given, no additional boundary face points required and for cells that have no boundary lines. Now the regression tests: constraints, grid_out produce the old results.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9679 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove test output to std::cout

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9678 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9677 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9676 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9675 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extension of get_interpolation_matrix to arbitrary source fe's.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9674 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make class exist, but empty if not configured

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9673 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d