Merge pull request #9327 from bangerth/gmsh

Better document gmsh's features.

Better document gmsh's features.

Merge pull request #9288 from krishnakumarg1984/krishna_constraints_doc_fix

Update constraints documentation module to reflect recent updates to step-6

Merge pull request #9337 from masterleinad/fix_some_coverity

Fix some coverity complains

Merge pull request #9328 from bangerth/write-svg

Fix the instantiations of GridOut::write_svg().

Merge pull request #9340 from krishnakumarg1984/step49_fixes

Lots of documentation fixes to Step-49 tutorial

Lots of documentation fixes to Step-49 tutorial

aims to wrap create_coarse_grid function in monospace font

fixes a minor typo

trying to fix the monospace font of step-49.cc file

in step 49, simplify the boundary_count loop by directly using active_face_iterators

In step-49, updates the transform code to directly correspond 1:1 with the given math formula

semantic font use for code in step-49 results/extension

Fixes a documentation error. Move extract_boundary_mesh from GridTools to GridGenerator namespace in step-49

semantic font use for code in step-49 results/extension

Merge pull request #9272 from bangerth/deprecate

Make DoFTools::count_dofs_per_{component,block} return its data.

Merge pull request #9300 from krishnakumarg1984/krishna_fix_step6_results

In step 6 results doc, move the header file inclusion sentence to reflect that we need it for Sparse_ILU and not Jacobi preconditioner

Merge pull request #9333 from bangerth/pre

Use @pre instead of @note in a number of places.

Fix some coverity complains

Merge pull request #9332 from bangerth/changelog

Add a changelog for step-71.

Merge pull request #9331 from krishnakumarg1984/fix_gmsh_url

Fix url to the gmsh website

Use @pre instead of @note in a number of places.

Add a changelog for step-71.

Updates the www URL to gmsh website

Add a set of new python wrappers (#9178)

Add a set of new python wrappers

Merge pull request #9329 from bangerth/hyperball

Better document an issue with curved boundaries.

Merge pull request #9297 from drwells/improve-deduplicate

Make GridTools::delete_duplicate_vertices() faster.

Better document an issue of curved boundaries.

Merge pull request #9111 from bangerth/step-71

step-71: the biharmonic equation.

Merge pull request #9326 from tjhei/tests_add_pack_unpack_07_output

add alternative output for tests/base/utilities_pack_unpack_07

Add a changelog entry.

Fix the instantiations of GridOut::write_svg().

By accident, we didn't instantiate the <3,3> case and users consequently
get funny linker errors that they have a hard time interpreting. Fix this.

Merge pull request #9301 from tjhei/half_hyper_shell_warning

GridGenerator::half_hyper_shell warning

add alternative output for tests/base/utilities_pack_unpack_07

Merge pull request #9318 from krishnakumarg1984/fix_l2_second_attempt_krishna

converts l_2 to LaTeX code

Merge pull request #9321 from bangerth/jump

Use the jump and average latex macros.

Use the jump and average latex macros.

Merge pull request #9259 from simonsticko/high_deriv_jumps_fe_interface

Implement jump_hessian and jump_3rd_derivative on FEInterfaceValues.

converts l_2 to LaTeX code

Merge pull request #9313 from krishnakumarg1984/step6_krishna_fix_outdated_doc

In step6, removes outdated sentence on destructor

Merge pull request #9315 from krishnakumarg1984/step6_fix_gausspoint

In step 6, removes the documentation sentences relating to quadrature formula degree since already done in Step-5

In step 6, removes the documentation sentences relating to quadrature formula degree since already done in Step-5

In step6, removes outdated sentence on destructor

Add a set of new python wrappers

Merge pull request #9280 from tjhei/mg_transfer_build

Multigrid Transfer cleanup

Make GridTools::delete_duplicate_vertices() faster.

This change makes this function, for cube-like geometries, O(n^(3/2)) in 2D and
O(n^(5/3)) in 3D rather than O(n^2) by presorting vertices by value in a single
component and then only comparing vertices which are nearby in that component.

Apply David Well's comments.

Co-Authored-By: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Merge pull request #9311 from bangerth/6

Add a few links to step-6.

Correctly name the variable that denotes gamma/h.

Address the comments by peterrum.

Replace 2gamma in boundary_worker by gamma,and update tables.

add keywords

Hook step-71 into the tutorial page.

Only build on step-12 to avoid tutorial graph clutter.

More edits for step-71, and also address Timo's comments.

small grammar fixes

Write the remainder of the documentation.

Provide more material for the introduction.

Document the remainder of the program.

Very substantially accelerate the assembly.

Verified step-71 uses the best penalty and corrected a typo

Update results.dox

Add initial version of results.dox

Write most of the rest of the in-code documentation for step-71.

Several cleanups.

Start with an introduction.

Initial version of step-71 for the biharmonic equation.

Add a few links to step-6.

Merge pull request #9310 from bangerth/disentangle

Disentangle the dependency graph some more.

Disentangle the dependency graph some more.

Merge pull request #9304 from krishnakumarg1984/krishna_fix_minor_typo_step6

In step 6 doc, fixes a really minor grammar/typo

Merge pull request #9281 from tjhei/github-ci

use github CI for OSX

In step 6 doc, fixes a really minor grammar/typo

Merge pull request #9282 from tjhei/update_git_export

update .gitattributes

In step 6 results doc, move the header file inclusion sentence to reflect that we need it for Sparse_ILU and not Jacobi preconditioner

Addresses reviewers comments for the PR

Merge pull request #9293 from krishnakumarg1984/step6_fixes_krishna

minor grammar fixes to step-6 tutorial doc

GridGenerator::half_hyper_shell warning

- remove unused variable warning in release mode
- document that n_cells is not used

update .gitattributes

- add .github/ and contrib/ci/ and Jenkinsfile to ignore list
- reorder things

Merge pull request #9286 from bangerth/jump-average

Introduce \jump and \average commands to be used in the documentation.

Merge pull request #9289 from peterrum/step18-removeinclude

Remove filtered_iterator include in step-18

Merge pull request #9291 from krishnakumarg1984/krishna_fix_kellyestimator_doc

In the doc for KellyErrorEstimator class, trying to fix couple of doxygen links

In the doc for KellyErrorEstimator class, trying to fix doxygen links to couple of functions in the GridRefinement namespace

fixes a typo (gradiend) in the documentation of KellyErrorEstimator class

Update include/deal.II/numerics/error_estimator.h

Co-Authored-By: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>
Update include/deal.II/numerics/error_estimator.h

Co-Authored-By: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>
trying to reindent the pull request

Merge pull request #9290 from tjhei/fix_write_vtu_in_parallel_partly_empty

fix write_vtu_in_parallel invalid file if partly empty

Merge pull request #9295 from krishnakumarg1984/step6_krishna_fix_boundarydoc

fixes stale documentation about boundary_object for hyper_ball function

Update examples/step-6/step-6.cc

Co-Authored-By: David Wells <drwells@email.unc.edu>

fixes stale documentation about boundary_object for hyper_ball function

minor grammar fixes to step-6 tutorial doc

fix write_vtu_in_parallel invalid file if partly empty

Fix generating an invalid vtu file when the first piece written is empty
(this will crash paraview). There is no reason to write empty pieces
anyway, so just skip them.

Remove reference to step-18

Remove filtered_iterator include in step-18

Use \jump and \average commands in the documentation.

This makes sure that we can be consistent in how we denote these operators:
single or double brackets/braces; with or without spaces, etc.

In the constraints module doc, fixes a header level to be consistent with others in the page

fixes another reference to step-6 missed in the previous commit

Update constraints documentation module to reflect recent updates to step-6

Removes a stale sentence that incorrectly stated that the step-6
tutorial uses the condense->distribute method for constraint-handling.
It now appears that step-6 has been updated to use the
distribute_local_to_global() approach.

Introduce \jump and \average commands to be used in the documentation.

address comment

fix deprecated position

Multigrid Transfer cleanup

- rename mg_dof argument to dof_handler everywhere
- deprecate build_matrices() in favor of build() in MGTransferSelect,
MGTransferComponentBase, MGTransferPrebuilt, ... to be identical to
MGTransferMatrixFree
- remove redundant dof,mg_dof parameters

Merge pull request #9284 from bangerth/coloneq

Fix \coloneq again.

Merge pull request #9285 from masterleinad/fix_gcc_4.9.4

Avoid gcc-4.9.4 error

Merge pull request #9283 from masterleinad/remove_tensoe_cc

Remove tensor.cc

Avoid gcc-4.9 error

Fix \coloneq again.

Remove tensor.cc

Merge pull request #9268 from masterleinad/use_assert_index_range

Use AssertIndexRange some more

Use AssertIndexRange

Remove specialization for GeometryInfo<1>::face_to_cell_lines

Fix external declaration of Tensor::n_independent_components