Merge pull request #2582 from bangerth/doc-update-59

Rewrap some comments. No functional changes.

Rewrap some comments. No functional changes.

Merge pull request #2577 from Rombur/vector_optimization

Vector optimization

Rename vector_internal.h to vector_operations_internal.h

Use multithreading for ReadWriteVector and LinearAlgebra::Vector

Move the functions of the internal namespace of vector.templates to their own file.

Use constant variable for end value of for loop.

Merge pull request #2581 from davydden/quadrature_point_data_fix

include base/config before checking for cxx11 in quadrature point data

include base/config before checking for cxx11 in quadrature point data

Merge pull request #2578 from drwells/add-measure-checks

Add measure checks

Merge pull request #2579 from drwells/gcc6-fixes-1

Get around a GCC 6 warning.

Use index sets to simplify some assertions.

GCC 6.1 now warns (-Waddress) that (since the dynamic cast of an object
back to its own type always succeeds) the address of an object is always
nonzero. Fortunately these dynamic casts are not needed anymore due to
better support for generic programming in the library.

Since local_size is not available for scalar vectors, perform (stricter)
checks with index sets instead.

Regardless of the new GCC warning, these assertions are useful for all
distributed vectors (and may be run now for sequential vectors too) and
dof handler type, so they should always be checked.

Make a test start with a valid triangulation.

The goal of this test is to verify that an exception is thrown when the
mapped cell is distorted: the original triangulation should be valid.

Fix a bug in the parallelepiped mesh generator.

This function generated cells with negative volume due to an orientation
issue. In particular, the function used to generate cells (see
tests/grid/grid_parallelepiped.output) with vertices (given here in
lexical order)

0 0
0 0.5
0.5 0.5
0.5 0

which results in a twisted cell, instead of

0 0
0.5 0
0.5 0.5
0 0.5

which is correct.

Don't throw exceptions if distorted cells are OK.

Add extra checks based on the cell measure.

Add codimension versions of cell_measure.

These just raise exceptions, but their existence is useful for writing
generic code.

Rewrite an inaccurate comment.

GridReordering is not called, so do not say that it is called.

Remove a blank line in a copyright statement.

Merge pull request #2575 from jgedicke/relaxation_block_Jacobi

fix overlapping block Jacobi

fix overlapping block Jacobi in relaxation preconditioner

Merge pull request #2580 from drwells/gcc6-fixes-2

GCC 6 fixes 2

Add a warning note to the documentation.

Get around a GCC 6 warning.

GCC 6.1 now warns (-Waddress) that (since the dynamic cast of an object
back to its own type always succeeds) the address of an object is always
nonzero, so these casts result in tautologies for valid vector types.

Merge pull request #2567 from drwells/star-decoration

Consistently format decorate block error messages.

Merge pull request #2552 from davydden/qph_data

Quadrature point data manager

add classes to manage quadrature point data, including transfering between cells

Merge pull request #2576 from tamiko/cmake_bugfixes

Revert merges #2542, #2543

Revert "Merge pull request #2542 from davydden/cmake_user_projects"

This reverts commit 1ed97ee3164e968e18b596b67895443b9d327a0d, reversing
changes made to 6c7ecef6dd5a40583442ccaeb993779cffeca9cb.

Revert "Merge pull request #2543 from tamiko/cmake_support_target_interface"

This reverts commit 0a2e3810e2588fc49ee56dae410513dee094f687, reversing
changes made to 44221ed46559bb87ab3fc36b4fa226de7e80731f.

Merge pull request #2574 from luca-heltai/gsl-interface

Fixed GSL cmake interface.

Minor edits.

Added correct interface to FindGSL.

Merge pull request #2573 from drwells/remove-unused-dof-handler-code

Remove some unused functions.

Remove some unused functions.

These seem to be remainders from a time before DoFs were distributed by some
explicit policy and have not been used since about 2013.

Merge pull request #2572 from drwells/remove-const-cast-2

Remove unnecessary const_cast.

Remove unnecessary const_cast.

The non-multigrid algorithms have never needed to use user flags to
indicate progress.

Merge pull request #2570 from tjhei/doxygen_exceptions

Fix Doxygen exceptions

Consistently format block error messages.

indent

remove unused doxygen filter for exceptions

move exception outsequence from signature into a note

Merge pull request #2569 from tjhei/doxygen_fixes

small doxygen fixes

fix doxygen include path and expand DeclExceptionMsg

small doxygen fixes

Merge pull request #2568 from kronbichler/master

Fix test without MPI

Fix test without MPI

Merge pull request #2566 from drwells/cmake-quick-test-error

Return a nonzero value if the quick tests fail.

Make the quick test error message more accurate.

Errors occured, so this should be labeled as an error with the same
style used elsewhere in the CMake configuration.

Return a nonzero value if the quick tests fail.

Previously 'make test' would return 0 regardless of whether or not any
quick tests failed.

Merge pull request #2565 from bangerth/doc-update-59

Improve an error message.

Merge pull request #2557 from davydden/function_spline

Functions::CSpline via GSL

Improve an error message.

Merge pull request #2564 from bangerth/doc-update-58

Add a note about evaluating point values/gradients.

Add a note about evaluating point values/gradients.

Specifically, say that this is likely going to lead to heartbreak
if done close to a cell boundary.

Merge pull request #2325 from drwells/flux-sparsity-pattern-parallel

Fix a distributed sparsity bug.

Merge pull request #2563 from kronbichler/master

Fix test of exception in FE_Q at degree 0

Fix test of exception in FE_Q at degree 0

Merge pull request #2562 from tcclevenger/changelog_typo

fixed typo in changes.h

fixed typo in changes.h

Merge pull request #2519 from tcclevenger/write_parallel_vtu

add GridOut::write_mesh_per_processor_as_vtu

add a GSL entry to changes.h

Add GSL compilation instructions and mention it among other external libraries to which deal.ii has an interface

fixed order of changes.h entry

add GridOut::write_mesh_per_processor_as_vtu

Writes vtu with values "level", "subdomain", "lvl_subdomain", and "proc_writing". Also combines these into a .pvtu file. The motivation for this function is to visually debug geometric multigrid for parallel computations.

Added entry in changes.h

minor cleanup of Functions::CSpline class

Merge pull request #2561 from kronbichler/master

Bugfixes without MPI

Fix tests without MPI

Fix compilation without MPI

Fix make_flux_sparsity_pattern on parallel meshes.

This fixes my erroneous work in 9b037871bb. The function previously
skipped faces based on the total ordering: however, we will not revisit
the face if it is between a locally owned and ghost cell, so the
resulting sparsity pattern is rather weird (and wrong). Instead, only
skip the face if we meet the previous ordering condition and both cells
are locally owned.

Merge pull request #2559 from luca-heltai/fix-manifold-04

Try to fix a failing test.

Try to fix test.

Merge pull request #2558 from luca-heltai/manifold-assert

Added some Asserts to Manifold.

use with_gsl=on in CSpline's filename

Added asserts to Manifold::get_normals_at_vertices

add and use DEAL_II_WITH_GSL

add Functions::CSpline

Merge pull request #2542 from davydden/cmake_user_projects

extend documentation to show how to use only native CMake commands

add GSL library as an optional dependency

Merge pull request #2556 from kronbichler/master

Use consistent exception name for FE_Q of degree 0.

Use consistent exception name for FE_Q of degree 0.

Merge pull request #2554 from kronbichler/master

Remove long double instantiations.

Add changelog entry

Remove long double instantiations.

Merge pull request #2553 from drwells/trilinos-elide-zeros-early-exit

Exit early if there are no matrix entries to add.

Add a test for zero elision in Trilinos matrices.

This test fails (in debug mode) on commits before ba14c79afa. See the
long note at the top of the test for more information.

Exit early if there are no matrix entries to add.

This gets around an issue where, if one is using a sparsity pattern
created by make_flux_sparsity_pattern and the 'nonzero' coupling option,
one may end up trying to add zeros to entries that do not exist in the
sparsity pattern on the current processor. This problem shows up when
adding fluxes between locally owned and ghost cells.

This commit sidesteps the issue by exiting early if there is
nothing (i.e., the only thing to do is add zero) to do.

Merge pull request #2550 from kronbichler/fix_instantiations

Add missing instantiations

Add missing instantiations

Merge pull request #2548 from kronbichler/fix_mmult_test

Fix memory leak in Trilinos vector

Merge pull request #2549 from kronbichler/master

Fix warning without threads

Fix warning without threads

Fix memory leak in Trilinos vector

Merge pull request #2543 from tamiko/cmake_support_target_interface

CMake: Export a number of INTERFACE target information

Merge pull request #2547 from kronbichler/fix_mmult_test

Fix test in 64 bit mode

Fix test in 64 bit mode

Merge pull request #2538 from tjhei/readme_trilinos_explicit_inst

advertise explicit instantiation setting for Trilinos

extend documentation to show how to use only native CMake commands

Merge pull request #2546 from tamiko/fix_multiple_parameter_loop

Bugfix: Update MultipleParameterLoop::read_input to cb72c13

Bugfix: Update MultipleParameterLoop::read_input to cb72c13

Fix a regression introduced by cb72c13 that changed the signature of
ParameterHandler::read_input.

In reference to #2526
Fixes #2545