Merge pull request #9220 from masterleinad/test_python_bindings

Test python bindings

Merge pull request #9379 from krishnakumarg1984/attemp2_fix_boundaryid_manifoldid

Simplifies the example code for glossary entries of boundary_id and manifold_id

Documentation: Simplify example code for boundary_id and manifold_id

This commit simplifies and modernizes a code snippet in the glossary
entries of boundary_id and manifold_id

In reference to #9320

Merge pull request #9487 from lpsaavedra/fix-step-40-typo

Fix rhs typo in introduction of step-40

Fix rhs typo in introduction of step-40

Merge pull request #9478 from bangerth/20-3

Say something about local conservation in step-20.

Merge pull request #9483 from masterleinad/ignore_check_for_merges

Ignore merge commits in author check

Merge pull request #9482 from rumajo/fix_index_step_12

Fix subscript in step-12 intro

Fix subscript in step-12 intro

Merge pull request #9486 from bangerth/rename

Move a changelog entry.

Move a changelog entry.

Merge pull request #9484 from simonsticko/asserts_sparsity_pattern_add

Add an assert on row index in SparseMatrix::add(..)

Merge pull request #9481 from bangerth/undo

Revert introduction of deprecated functions.

Add an assert on row index in SparseMatrix::add(..)

Ignore merge commits in author check

Merge pull request #9480 from tjhei/function_map_doc

improve FunctionMap deprecation message

improve FunctionMap deprecation message

I was confused by this help message and decided to clarify. Also fix one
occurrence of FunctionMap in a code example.

Add a changelog entry.

Revert introduction of deprecated functions.

In #6830, @masterleinad introduced a whole bunch of functions that retained
backward compatibility for functions that @davydden had changed in #6818.
This was before the 9.1 release. It is time to remove these backward
compatibility functions again.

Say something about local conservation in step-20.

Merge pull request #9457 from jppelteret/improve_symmetric_tensor_and_tensor_01

Improve some operations in symmetric tensor and tensor

Merge pull request #9476 from bangerth/face_indices-2

Convert more places to use GeometryInfo::face_indices().

Merge pull request #9477 from bangerth/face_indices-3

Convert one more place for GeometryInfo::face_indices().

Merge pull request #9435 from bangerth/deprecated

Avoid using deprecated functions

Convert one more place for GeometryInfo::face_indices().

Avoid use of deprecated DoFTools functions in tests/.

Avoid the use of deprecated functions in tutorials.

Avoid the use of deprecated functions in DoFTools.

Add missing instantiations.

Rename a deprecated function.

Convert more places to use GeometryInfo::face_indices().

Merge pull request #9470 from bangerth/20

Address a question on the mailing list about step-20.

Clarify something about the matrix in step-20.

Merge pull request #9393 from krishnakumarg1984/step7_fix_norms

In step-7, removes the explicit listing of various norms since the list is anyway outdated

Merge pull request #9428 from agrayver/add_quadrature_python_binds

Add python wrappers for Quadrature

Merge pull request #9467 from bangerth/faces

Use cell->face_iterators() or GeometryInfo::face_indices() in the tutorials.

Fix indentation

Merge pull request #9471 from peterrum/consensus_template

Move implementation of ConsenusAlgorithm into mpi.templates.h

Merge pull request #9466 from bangerth/dataout

Fix an overzealous assertion related to Dataout

Merge pull request #9468 from bangerth/bb

Update documentation of NeighborType.

Merge pull request #9469 from tamiko/fix_test_regex

CMake: Make TEST_PICKUP_REGEX stricter

Move implementation of ConsenusAlgorithm into mpi.templates.h

Merge pull request #9465 from peterrum/consensus_change_type

Fix types in ConsensusAlgorithmProcess

CMake: Make TEST_PICKUP_REGEX stricter

When applying TEST_PICKUP_REGEX we now only match against
"${category}/${basename}" of a test (excluding all configuration options
after the first period (".").

Closes #9420

Update documentation of NeighborType.

Use cell->face_iterators() or GeometryInfo::face_indices() in the tutorials.

Add a changelog entry.

Add a test.

Fix an overzealous assertion.

Fix types in ConsensusAlgorithmProcess

Merge pull request #9464 from tjhei/doxygen_fixes2

doxygen documentation fixes

Use constructor instead of operator= in SymmetricTensor operations

Preferentially initialise values as doubles in SymmetricTensor

Merge pull request #9463 from bangerth/dataout

Really minor stuff.

doxygen documentation fixes

Merge pull request #9456 from jppelteret/fix_compiler_error_01

Fix SymmetricTensor and Tensor ProductType

Merge pull request #9458 from jppelteret/fix_trilinos_sacado_cmake_test

Fix a broken Trilinos Sacado CMake test

Merge pull request #9461 from masterleinad/fix_doftools_doxygen

Add a missing @endcode in DoFTools documentation

Add a missing @endcode in DoFTools documentation

Add missing include to a Trilinos Sacado CMake test

Preferentially use internal number cast operation in SymmetricTensor

Fix SymmetricTensor and Tensor ProductType

Fixes a compiler error on the old Apple Clang 8.0.0 compiler, where the product type between complex numbers and tensors could not be determined.

Clarify a sentence.

Reindent a couple of comments.

Merge pull request #9454 from tjhei/mpi_check_return

check MPI return value in one location

check MPI return value in one location

Merge pull request #9453 from simonsticko/fix_solution_transfer_spelling

Fix a few misprints in the SolutionTransfer documentation.

Fix a few misprints in the SolutionTransfer documentation.

Merge pull request #9450 from bangerth/warnings

Avoid a few warnings about unused variables.

Merge pull request #9449 from bangerth/ice

Avoid an internal compiler error in gcc 7.4.0.

Merge pull request #9448 from GrahamBenHarper/graham_dev_hhs_doc

Update GridGenerator::half_hyper_shell documentation for correctness

Avoid a few warnings about unused variables.

Leave a comment.

Avoid a warning about an unused variable.

Add test for boundary ids for GridGenerator::half_hyper_shell

Avoid an internal compiler error in gcc 7.4.0.

Merge pull request #9434 from peterrum/ph_json_optional

Further changes to ParameterHandler::parse_input_from_json

Update GridGenerator::half_hyper_shell documentation for correctness

Merge pull request #9445 from elauksap/parameter_handler_path_exists

Add ParameterHandler::subsection_path_exists

Merge pull request #9447 from GrahamBenHarper/graham_dev_polynomials_adini

Update PolynomialsAdini to derive from ScalarPolynomialsBase

Update PolynomialsAdini to derive from ScalarPolynomialsBase and add a test for it

Add ParameterHandler::subsection_path_exists()

Merge pull request #9156 from peterrum/ecl-partitioner

ECL: add partitioners

Merge pull request #9407 from simonsticko/semi_flux_sparsity_pattern

make_flux_sparsity_pattern with flux couplings on a subset of the faces

Add ecl partitioners

Further changes to ParameterHandler::parse_input_from_json

Conflicts:
source/base/parameter_handler.cc

Merge pull request #9171 from luca-heltai/symbolic-function

Symbolic function.

make_flux_sparsity_pattern with flux couplings on a subset of the faces

Add an optional std::function input parameter to
make_flux_sparsity_pattern which describe over which faces there should
be flux couplings in the created sparsity pattern.

internal::make_flux_sparsity_pattern has one implementation for a
generic DoFHandlerType and a specialization for hp::DoFHandler. To
circument a bug where MSVC can't deduce which of these internal
functions should be called, change DoFHandlerType to
dealii::DoFHandler in the generic function.

To avoid another bug where MSVC can't construct a templated class,
call one of the overloaded versions of make_flux_sparsity_pattern with
always_couple_on_faces (even if this is already the default value).

Merge pull request #9443 from tjhei/parameter_handler_cleanup

make two ParameterHandler members local to .cc

Merge pull request #9444 from masterleinad/fix_fulldistributed_tests

Fix a few parallel::fullydistributed tests

make two ParameterHandler members local to .cc

These two (static) private member functions can also be in the anonymous
namespace instead. Follow-up to #9263

Fix a few parallel::fullydistributed tests

Merge pull request #9441 from GrahamBenHarper/graham_dev_fully_dist

Remove fully_distributed_tria_util files

Merge pull request #9263 from elauksap/parameter_handler_sorting

ParameterHandler in unsorted order

Remove fully_distributed_tria_util files

Merge pull request #9437 from GrahamBenHarper/graham_dev_clean_compute

Update uses of compute() to evaluate()

Symbolic function.

ParameterHandler can now print in unsorted order

Merge pull request #9430 from peterrum/ph_json_action

Fix ParameterHandler::read_xml_recursively for actions

Merge pull request #9432 from peterrum/tria_new_create_triangulation_followup

Fix remaining issues for #9195