Testsuite: Fix globbing command for all-headers tests, cleanup code

Turns out that globbing together a full path and manually extracting
relative paths is not the best idea. Clean up this mess by using
FILE(GLOB_RECURSE [base path] [...]) that produces nice relative paths.

Merge pull request #132 from tamiko/fix_step53

Bugfix: step-53 requires enabled DEAL_II_WITH_ZLIB

Bugfix: step-53 requires enabled DEAL_II_WITH_ZLIB

step-53 uses boost's <iostreams/filter/gzip.hpp> in order to unpack the
file topography.txt.gz.

If the internal boost variant is used this requires external linkage to
zlib.

Merge pull request #131 from bangerth/sort-changelog

A couple of entries had ended up in the wrong place (general changes instead of specific changes). While it's debatable where exactly the line is, these items should probably be in the second category. Move them there.

Move a couple of entries in the changelog to their correct place.

Merge pull request #130 from bangerth/fix-up-step-53-2

Fix up step 53. This was supposed to be addressed by #127 but the merge of that issue apparently encountered some problems. Here's a respin.

Fix language.

Reference the correct picture.

Fix up a few places that accidentally didn't get changed when downsampling data.

Merge pull request #126 from tamiko/refactor_openmp_simd_setup

Refactor openmp simd setup

Refactor openmp-simd setup

 * The check for support of -(f)openmp-simd is now done in
   checks/check_01_cpu_features.cmake and guarded by
   DEAL_II_ALLOW_PLATFORM_INTROSPECTION

   The guard is important in order to allow for platform independent
   compilations (as required by Linux distributions)

   Furthermore, this allows for manual override via
   DEAL_II_HAVE_OPENMP_SIMD.

 * The pragma statement is refactored into a macro defined in
   config.h.in. With this, no -Wno-unknown-pragmas workarounds are
   necessary and picky compilers that choke on "#pragma" are happy.

Small bugfixes wrt DEAL_II_HAVE_AVX512

 - Use the same logic as for DEAL_II_HAVE_(SSE|AVX)
 - Update documentation

Merge pull request #129 from bangerth/install-step-53-topography.txt.gz

Install the topography.txt.gz file of step-53.

Install the topography.txt.gz file of step-53.

Merge pull request #125 from kronbichler/master

Assert valid matrix row in TrilinosWrappers::SparseMatrix::add/set

Merge branch 'master' of https://github.com/dealii/dealii

Add assertion for row index in TrilinosWrappers::SparseMatrix::set/add

Merge pull request #123 from kronbichler/master

Avoid setting the templated 'Number' to '0' (double) in trace(Tensor<2,dim,Number>)

Merge pull request #120 from bangerth/step-53

Replace the original attempt at providing step-53 by something real.

In particular, provide a step-53 that shows how to describe geometries
using charts and use a section of Earth under Eastern Africa as an
example. This has about the right level of complexity, and produces
awesome pictures.

Closes #120

Cleanup stray merge conflict

Clarify where the data comes from.

Add a changelog entry.

Show some more results.

Provide some cross-references to the new step-53.

Replace the original attempt at providing step-53 by something real.

In particular, provide a step-53 that shows how to describe geometries
using charts and use a section of Earth under Eastern Africa as an
example. This has about the right level of complexity, and produces
awesome pictures.

This commit was generated from a number of smaller one:

More text.

Implement the Africa model for the WGS 84 geometry (actual topography still missing).

Provide the actual data set. Provide a way of reading it when not compressed.

Results and finish the program. Much still to be done.

More text.

Finish documenting everything.

Remove a picture we now no longer need.

Merge pull request #124 from bangerth/fix-c++11-namespace

Fix an oversight in the previous patch in which we did not put stuff into
the correct namespace.

Avoid setting the templated 'Number' to '0' (double) in trace(Tensor<2,dim,Number>).

Enables using trace also with e.g. Tensor<2,dim,VectorizedArray<double> >.

Fix an oversight in the previous patch in which we did not put stuff into the correct namespace.

Merge pull request #111 from bangerth/replace-std_cxx1x-by-std_cxx11

Replace all occurrences of std_cxx1x by std_cxx11.

Replace all occurrences of std_cxx1x by std_cxx11 also in tests/.

Replace all occurrences of std_cxx1x by std_cxx11.

Keep the old files and namespace for backward compatibility.

Merge pull request #121 from tjhei/clang_boost_warnings

Suppress clang warnings when compiling bundled boost 1.56

Suppress clang warnings when compiling bundled boost 1.56

Clang generates a bunch of warnings of the type:
bundled/boost-1.56.0/include/boost/preprocessor/tuple/eat.hpp:23:26: warning: variadic macros are a C99 feature [-Wvariadic-macros]
bundled/boost-1.56.0/include/boost/mpl/if.hpp:131:1: warning: empty macro arguments are a C99 feature [-Wc99-extensions]

This patch just disables those warnings. Also see https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=252

Merge pull request #119 from tjhei/fix_petsc_compile

Fix compilation of Vector when configured with PETSc

Fix compilation of Vector when configured with PETSc

this was introduced in e5f7ade

Merge pull request #109 from Rombur/branch_vectorization

Vectorization (SIMD) of Vector

Replace transform by vectorized_transform.

Replace initialize_val by allocate and clear_val by deallocate.

Add vectorization to changes.h

Align the underlying array of Vector and add runtime switched between add and vectorized add.

Add the first vectorized add and add flags to use OpenMP SIMD pragmas.

Merge pull request #118 from luca-heltai/fix_travis_ci

Removed all builds. Only indent test.

I implemented here Matthias' suggestion. Removing all unnecessary comments and lines from the Travis CI configuration scripts. This should also make it much faster, since we don't need to install anything anymore (except astyle). This is the one that closes #89.

Moved download and install of astyle into before_install section. Renamed files.

Removed all builds. Only indent test.

Merge pull request #117 from luca-heltai/travis_ci_indent_check

Only test indentation on pull requests. This closes issue #89, where we discussed about possibly testing with Travis CI the indentation of the pull request.

Since most of the pull requests are failing anyway on Travis (time limit for a pull request is 25 minutes, and we hit it pretty regularly), this pull request configures Travis CI to only check indentation in pull requests, and do the full build only when the pull request is merged on master.

Only test indentation on pull requests.

Merge pull request #116 from bangerth/add-missing-spirit-lib

Add back the spirit sublibrary of boost.

Add forgotten header file.

Add back the spirit sublibrary of boost.

We apparently need it from the serialization sublibrary.

Merge pull request #91 from tjhei/pr_astyle

indent with astyle

indent with astyle

Merge pull request #115 from bangerth/more-manifold-documentation

More manifold documentation

Add another cross reference.

Provide a link to the manifold documentation module.

Also provide more discussion and fix a number of oversights in the
current version of the documentation.

Add documentation to the manifold module.

In particular, give an example of why it matters and a few code snippets and pictures
that show how it works.

Merge pull request #107 from bangerth/update-boost

This is a patch to update boost to the latest version, 1.56.0.

Merge pull request #114 from bangerth/fix-default-template-argument

Add a default value for spacedim.

This matches all other existing places where we have both
'dim' and 'spacedim' as template arguments.

Add a default value for spacedim.

This matches all other existing places where we have both
'dim' and 'spacedim' as template arguments.

Merge pull request #113 from bangerth/fix-test-output

Fix test output.

Fix test output.

The recent changes to what get_name() returns for finite element objects did not update this output file.
Fix this.

Merge pull request #112 from bangerth/doc-fixes-7

Remove an obscure comment that does not enlighten anything at all.

Remove an obscure comment that does not enlighten anything at all.

Merge pull request #108 from tamiko/make_icc_happy

Do not output CG messages in memory_consumption_01

Do not output CG messages in memory_consumption_01

Do not output the number of cycle and final residual in the test
memory_consumption_01

Merge pull request #110 from Rombur/fix_gcc_4_4

Fix a compilation error with gcc 4.4.

Fix a compilation error with gcc 4.4.

Adapt a patch from around the internet to fix an issue with gcc 4.6.

Update test output.

Import those parts of BOOST 1.56.0 that we need for deal.II.

This includes renaming the existing directory and overwriting every
file with the corresponding one from BOOST 1.56.0. Then removing thos
parts of the boost sublibraries that we don't need but that for
some reasons were included previously. Specifically, this applies to
documentation and build directories in libs/ and to the fusion and
spirit libraries that consist exclusively of header files.

Merge pull request #106 from agrayver/optimize_fe_nedelec

Optimize construction of high-order FE_Nedelec by moving out some non-essential computations

Merge pull request #105 from bangerth/make-cast-explicit

Use an explicit cast when need a bool from optional<...>.

Construct restriction and prolongation matrices on first request. This reduces construction time of high-order FE_Nedelec substantially.

Log changes.

Use an explicit cast when need a bool from optional<...>. source/base/parameter_handler.cc

The implicit cast was previously allowed, but newer versions of BOOST together with C++11 mark
the cast as 'explicit', and it fails in the current context.

Merge pull request #104 from tamiko/cmake_fixes

Cmake fixes

CMake: Remove all "help" targets

It turns out that CMAKE_PROPERTY is too buggy to be useful. We cannot
set property CMP0037 to the old behavior in order to define a custom "help"
target in a macro without a warning. o_O

CMake: Remove non-functional code

This actually never worked...

Merge pull request #103 from bangerth/move-functions

These functions were previously in GridTools, but conceptually they create
meshes and so should be in GridGenerator. Move them there but leave the
old functions in GridTools with a note that they are now deprecated.

Also structure the documentation of the functions in GridGenerator better.

Move create_union_triangulation() and extract_boundary_mesh().

These functions were previously in GridTools, but conceptually they create
meshes and so should be in GridGenerator. Move them there but leave the
old functions in GridTools with a note that they are now deprecated.

Also structure the documentation of the functions in GridGenerator better.

Merge pull request #102 from tamiko/make_icc_happy

Fix test memory_consumption_01 for icc

Fix memory_consumption_01 for icc

The comparison file for compiler=Intel=yes was just invalid. Current icc
does not miscompile the test in release mode anymore. So remove all special
comparison files.

Merge pull request #88 from guidokanschat/fe_from_name_codim_ready

FETools::get_fe_from_name() implemented for nonzero codimension

- Existing testbits/get_fe_from_name passes
- Modified all get_name functions to include the spacedim parameter. …
- Added one test for codimension one finite element generation from names.
- Reintroduce get_fe_from_name<dim>() with one template parameter as deprecated
- New function get_fe_by_name<dim,spacedim>()

Modified all get_name functions to include the spacedim parameter.
Added one test for codimension one finite element generation from names.
Reintroduce get_fe_from_name<dim>() with one template parameter as deprecated
New function get_fe_by_name<dim,spacedim>()

Start with instantiation of FETools::get_fe_from_name()
Existing testbits/get_fe_from_name passes

Merge pull request #101 from bangerth/fix-uninitialized-variable

Fix a warning about undefined behavior.

Merge pull request #100 from bangerth/silence-warning-2

Silence a warning from gcc 4.9.1. The warning pertained to the fact that we define a function in an anonymous
namespace that is only called from a function inside an #ifdef ... #endif
block. The solution is to move the function into #ifdef ... #endif as well.

This addresses this test result: http://cdash.kyomu.43-1.org/viewBuildError.php?type=1&buildid=11683

Fix a warning about undefined behavior.

I get an error of the form
  /u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/include/deal.II/meshworker/dof_info.h:69:9: runtime error: load of value 216, which is not a valid value for type 'bool'
when running the testsuite with the ASAN framework. This is caused by the DoFInfo
class having a member variable that is left uninitialized in the constructor.
Fix this.

Silence a warning from gcc 4.9.1.

The warning pertained to the fact that we define a function in an anonymous
namespace that is only called from a function inside an #ifdef ... #endif
block. The solution is to move the function into #ifdef ... #endif as well.

This addresses this test result: http://cdash.kyomu.43-1.org/viewBuildError.php?type=1&buildid=11683

Merge pull request #99 from bangerth/fix-test-signature

Rename output of tests that need PETSc, not Trilinos. The tests actually use PETSc, but their output names suggested that they need Trilinos. This was wrong.

Rename output of tests that need PETSc, not Trilinos.

Merge pull request #95 from luca-heltai/flatten_triangulation

GridGenerator::flatten_triangulation: Gives the ability to copy a flattened version of a Triangulation, with possibly different spacedims.

GridGenerator::flatten_triangulation.

Added GridTools::flatten_triangulation + one test.

Fixed WB comments.

Moved flatten triangulation to GridGenerator.

Fixed TH and WB comments.

Fixed indentation issue.

Merge pull request #98 from bangerth/require-newer-external-boost

Require BOOST 1.48 or later when looking for an external installation. This addresses issue #246.

Require BOOST 1.48 or later when looking for an external installation.

Merge pull request #96 from bangerth/implement-face-measure

Patch by k3daevin: Implement at least compute the area of planar faces of 3d cells.

Further improve test to avoid square roots.

Patch by k3daevin: Implement at least compute the area of planar faces of 3d cells.

Merge pull request #97 from tamiko/fix_a_test

Remove JobId line so that after normalization the test succeeds.

Fix test output project_bv_curl_conf_02.output

Remove JobId line so that after normalization the test succeeds.

Merge pull request #94 from bangerth/silence-warning

Some newer compilers kept warning about an out-of-bounds array access
in Point::operator() but didn't indicate where exactly it came
from. This turned out to be in DataOutBase::write_eps(), a function
that is implemented only for dim==2 but was compiled also for dim==1
and dim==3 and contained this statement: 'pointsvertex'. The patch
reorganizes the code so that the function is only compiled for dim==2
and a more general specialization that does nothing but abort is used
for all other dimensions.

Silence a warning.

Some newer compilers kept warning about an out-of-bounds array access
in Point<1>::operator() but didn't indicate where exactly it came
from. This turned out to be in DataOutBase::write_eps(), a function
that is implemented only for dim==2 but was compiled also for dim==1
and dim==3 and contained this statement: 'points[vertex](1)'. The patch
reorganizes the code so that the function is only compiled for dim==2
and a more general specialization that does nothing but abort is used
for all other dimensions.

Merge pull request #90 from bangerth/fix-more-c++11-auto-variables

Fix a couple more files that accidentally use C++11 auto variables.

Fix a couple more files that accidentally use C++11 auto variables.