Merge pull request #9124 from luca-heltai/particle-set-id

New set id method in particle.

Merge pull request #8187 from starki0815/fix_step_46

Fix bug in tutorial step-46

Merge pull request #9069 from luca-heltai/insert-global-particles

Insert particles globally.

Merge pull request #9071 from luca-heltai/map-dofs-to-support-points-mask

Map dofs to support points

Merge pull request #9143 from drwells/cleanup-function-parser

Cleanup function parser

Merge pull request #9158 from bangerth/doc-88

Better document WorkStream and mesh_loop().

Clarify the destructor for FunctionParser.

Delete some used code.

Remove an unused using declaration.

Use a ranged-for loop.

Merge pull request #9154 from peterrum/ecl-access-neighbors

ECL: access neighboring cells

Merge pull request #9053 from luca-heltai/compute_mesh_predicate_bounding_box_bug

Bug in grid_tools compute_mesh_predicate_bounding_box for dim!=spacedim triangulations

Better document WorkStream and mesh_loop().

Access neighbors during ECL

Merge pull request #9152 from masterleinad/typsest_lame

Spell Lamé correctly

Merge pull request #9150 from masterleinad/fix_warnings_python_bindings

Avoid some warnings in python-bindings

Typeset Lame correctly

Avoid some warnings in python-bindings

Merge pull request #9140 from marcfehling/fixed-number-threshold

Adjusted thresholds for 'refine_and_coarsen_fixed_number'.

Merge pull request #9083 from bangerth/includes

Make sure all .h files include config.h.

Merge pull request #9142 from blaisb/colorize_subdivided_hyper_cube

Added the colorize option to subdivided_hyper_cube grid generator

Merge pull request #9146 from masterleinad/compile_lapack_separately

Compile files using the LAPACK wrappers separately

Merge pull request #9145 from bangerth/direct

Simplify references to tutorial programs.

Adjusted test output after changes to GridRefinement and parallel::distributed::GridRefinement.

Merge pull request #9109 from agrayver/add_manifold_python_support

Add python wrappers for manifolds and extend tria wrappers

Merge pull request #9093 from tcclevenger/solver_idr

add idr(s) solver

Added the colorize option to subdivided_hyper_cube grid generator

The subdivided_hyper_cube is the one of the only grid generator which
does not allow the boundaries to be colorized. This is a non-standard
behavior, because all of the other generators (hyper_cube,
hyper_rectangle, subdivided_hyper_rectangle) allow one to colorize the
boundaries. This small pull request addresses this by adding the
colorize option to the subdivided_hyper_cube grid. It also fixes the
grid_generator_from_name to make it coherent with the new
implementaiton.

Compile files using the LAPACK wrappers separately

Adjusted ranges for GridRefinement::refine_and_coarsen_fixed_fraction().

Adjusted thresholds for refine_and_coarsen_fixed_number() for both GridRefinement and parallel::distributed::GridRefinement.

Add more methods to work with manifolds. Add python tests

Simplify references to tutorial programs.

Clean up FunctionParser's documentation a bit.

Reflow comments, use doxygen commands, improve some formatting.

changelog

add idr(s) solver

- Fixed indentation
- Fixed documentation of dof_tools
- Added the const modified for the dof_comp

Merge pull request #9141 from marcfehling/hp-threshold

hp::Refinement: Adjusted comparator defaults to be in accordance with GridRefinement equivalents

Merge pull request #9139 from bangerth/grammar

Be consistent in capitalizing text. Other minor updates.

hp::Refinement: Adjusted comparator defaults to be in accordance with GridRefinement equivalents.

Merge pull request #9067 from marcfehling/hpref-assert

hp::Refinement::predict_error: Detangle assertions.

Merge pull request #9126 from bangerth/doc

Add some documentation.

Merge pull request #9138 from bangerth/doc-87

Minor grammar updates.

Merge pull request #9136 from bangerth/61-5

Link to a paper that describes step-61.

Merge pull request #9128 from bangerth/61-2

Break postprocessing the velocity out of the function that computes errors

Be consistent in capitalizing test. Other minor updates.

In the first column, all but one entry were capitalized. This greatly irks me. While there,
also capitalize all other places where text starts. Finally, there is no need to
abbreviate 'info' -- we have plenty of space in the table heading to use proper
words in their full glory.

Minor grammar updates.

Merge pull request #9130 from bangerth/61-4

Use a better way to create graphical output in step-61.

Merge pull request #9133 from bangerth/std_cxx11

Deprecate the files in base/std_cxx11 -- we no longer need them.

Link to a paper that describes step-61.

Use DEAL_II_WARNING instead.

Add changelog entry.

Deprecate the files in base/std_cxx11 -- we no longer need them.

Add a changelog entry.

Use a better way to create graphical output in step-61.

Specifically, rather than creating two output files for the cell pressures
and the Darcy velocities, put them all into a single file using a method
that @kronbichler introduced a while ago.

Addressed last comments by WB.

Added missing headers in tests.

Restructured with fix of some_to_some.

Merge pull request #9127 from bangerth/61-1

Augment step-61 documentation.

Merge pull request #9117 from marcfehling/fix-pthread

Fixed cmake 3.16.0 incompatibility.

Merge pull request #9132 from bangerth/std_cxx1x

Remove long deprecated headers for C++1x.

Merge pull request #9131 from bangerth/mpi

Clarify Utilities::MPI::some_to_some().

Applied suggestions.

New set id method in particle.

Merge pull request #9129 from bangerth/61-3

Use 5 refinements in step-61 as default.

Added comments in tests.

Code review.

Apply suggestions from code review

Co-Authored-By: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Removed unused variable.

ChangeLog.

Moved implementation to .cc file.

Insert particles globally.

Create and insert a number of particles into the collection of
particles.
This function takes a list of positions and creates a set of particles

at these positions, which are then distributed and added to the local

particle collection of a procesor. Note that this function uses

GridTools::distributed_compute_point_locations. Consequently, it can

require intense communications between the processors.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>

Merge pull request #9104 from masterleinad/mf_cuda_float

Allow using float shape functions

Add a changelog entry.

Remove long deprecated headers for C++1x.

Remove references to old std_cxx1x namespace.

Remove a test no longer necessary.

Clarify Utilities::MPI::some_to_some().

Merge pull request #9121 from luca-heltai/fix-some-to-some

Fix some to some.

Make sure all .h files include config.h.

Use 5 refinements in step-61 as default.

hp::Refinement::predict_error: Detangle assertions.

Refactored map_dofs_to_support_points to allow for the use of a mask and removed the additional function that had been introduced

Map dofs to support points

Same function as the old ones, but returns an IndexSet
per component.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>

Add a changelog entry.

Break postprocessing the velocity out of the function that computes errors.

The step-61 program now has a separate function
'compute_postprocessed_velocity' that computes the velocity field as
a postprocessing step after computing the pressure variable. The
resulting velocity field is used in both computing errors and when
creating graphical output.

There is really no functional change, it just rearranges the code
and makes it a bit simpler to read. The only functional simplification
is that we don't compute the velocity at quadrature points from shape
function times coefficient, but use FEValues::get_function_values()
instead.

Merge pull request #9115 from tamiko/do_not_export_bundled

Do not export bundled subdirectory if empty

Augment step-61 documentation.

Add some documentation.

Fixed deadlock.

Merge pull request #9122 from drwells/unused-var-warning

Silence some unused variable warnings.

Allow using float shape functions

Fixed cmake 3.16.0 incompatibility.

Replace compute_point_to_point_communication_pattern with compute_n_point_to_point_communications

Silence some unused variable warnings.

Applied suggestion.

Fix some to some.

Merge pull request #9110 from masterleinad/serial_tria_particle_handler

Allow using serial triangulations with ParticleHandler

Merge pull request #9119 from masterleinad/disable_warning_python_wrappers

Disable warning in python-wrappers only for newer clang

Merge pull request #9118 from peterrum/get_size_info

Remove MF::get_size_info()

Disable warning in python-wrappers only for newer clang