Merge pull request #14211 from drwells/update-ad-checks

Merge pull request #14216 from peterrum/PreconditionChebyshev_precond_specialization

Add specializations of PreconditionChebyshev functions

Handle a test which fails under GCC 5.4

Update checks for AD-types.

At some point these stopped working and something like

#include <deal.II/lac/vector.h>
#include <deal.II/lac/vector.templates.h>

#include <adolc/adouble.h>

int
main()
{
  using namespace dealii;

  Vector<adouble> vec;
}

managed to compile (but compiling Vector<adouble>::l2_norm() fails).

In practice we don't support any type here which we cannot call std::abs() on,
so lets just switch to a simpler check for these types.

Merge pull request #14167 from zjiaqi2018/normal_flux_constraints_on_level

Merge pull request #14220 from kronbichler/tria_merge_loops

Merge pull request #14227 from drwells/omp-fix

Set another OMP environment variable.

Add specialization of PreconditionChebyshev functions

Merge two loops in setup of triangulation

Set another OMP environment variable.

Both of these environment variables control the number of threads - if we set
one we should set the other.

In my shell I always set OMP_THREAD_LIMIT=1 since I don't want to use OpenMP.
For whatever reason stopped working recently, resulting in OpenBLAS trying to
yield execution to nonexistent other threads since some functions expect one
thread to exist and others expect two.

Merge pull request #14224 from kronbichler/fix_bug

Fix bug in matrix-free operators regarding diagonal

Merge pull request #14212 from marcfehling/feindex-type-1

Move invalid_fe_index to numbers.

Merge pull request #14223 from peterrum/rpe_update_output

Update output

Fix bug in matrix-free operators regarding diagonal

Update output

Merge pull request #14222 from kronbichler/fix_test

Fix test case with clang compiler

Merge pull request #14213 from bangerth/doc

Clarify comments about get_generalized_support_points().

Fix test case with clang compiler

Merge pull request #14214 from bergbauer/fix_docker_build

Merge pull request #14219 from kronbichler/fix_matrixfree_bug

Merge pull request #14218 from kronbichler/fix_warning

Avoid warning about unused variable

MatrixFree: Fix bug in setup of new cell_index for MG

Avoid warning about unused variable

Merge pull request #14209 from peterrum/PreconditionRelaxation_optimize

Optimize PreconditionRelaxation

Merge pull request #14203 from masterleinad/fix_kokkos_falgs

Fix Kokkos flags

Merge pull request #14140 from peterrum/point_gradient_vectorial

Generalized VT::point_gradients() for multiple components

Optimize PreconditionRelaxation

Merge pull request #14097 from luca-heltai/cgal-clean_utilities

Clean cgal utilities

Generalized VT::point_gradients() for multiple components

Co-authored-by: Peter Munch <peterrmuench@gmail.com>
Co-authored-by: Martin Kronbichler <martin.kronbichler@uni-a.de>
rename file

Fix find_package for boost python

Merge pull request #14130 from peterrum/get_matrix_free_cell_index

Introduce inverse of MF::get_cell_iterator()

address comments

Move invalid_fe_index to numbers.

Clarify comments about get_generalized_support_points().

Merge pull request #14208 from marcfehling/getset_future

Added get/set functions for future FE indices.

Merge pull request #14210 from marcfehling/feindex-type

Move active_fe_index_type to types.

Merge pull request #14178 from peterrum/apply_inverse_tmp

Add second version of TensorProductMatrixSymmetricSum::apply_inverse()

Merge pull request #14207 from marcfehling/getset_active

Change get_active_fe_indices() to return the result.

Merge pull request #14159 from bergbauer/fpe_float

FEPointEvaluation fix compilation for float

Merge pull request #14190 from peterrum/feevaldata_vd

FEEvaluationData: add virtual destructor

Fix Tensor assignment of nested Tensors and provide a function overload of apply_transformation to get rid of casts in FEPointEvaluation

Merge pull request #14160 from zjiaqi2018/manifold-documentation

Merge pull request #14206 from tamiko/cmake_date

address comments

Move active_fe_index_type to types.

Added get/set functions for future FE indices.

Change get_active_fe_indices() to return the result.

CMake: Avoid --date=iso-strict for git versions older than 2.2

Fix Kokkos flags

Merge pull request #14199 from drwells/cleanup-mapping-q1-inclusions

Cleanup mapping q1 inclusions

Merge pull request #14201 from drwells/vector-relations-headers

Add a missing header to vector_relations.h.

Merge pull request #14202 from drwells/more-trilinos-header-fixes

Add some more missing Trilinos headers.

Add some more missing Trilinos headers.

Clean up inclusions of mapping_q1.h

Merge pull request #14197 from peterrum/FE_Q_iso_Q1_2_MF

Fix MatrixFree + FE_Q_iso_Q1(2)

Add a missing header to vector_relations.h.

Merge pull request #13895 from bangerth/ca-free-2

Use ReferenceCell instead of StaticMappingQ1.

Merge pull request #14198 from marcfehling/zoltan

Fix more headers in Zoltan tests.

Add second version of TensorProductMatrixSymmetricSum::apply_inverse()

Fix MatrixFree + FE_Q_iso_Q1(2)

Fix more headers in Zoltan tests.

Merge pull request #14191 from drwells/trilinos-utilities

Trilinos utilities

Merge pull request #14196 from marcfehling/zoltan

Fix header in Zoltan tests.

Merge pull request #14193 from marcfehling/assert-soltrans

Assert for released handle on parallel::distributed::*Transfer classes.

Move Trilinos utilities into a separate header.

Remove an unused forward declaration.

Fix header in Zoltan tests.

address comments

fix a bug

stokes test

add more tests

combine into one function

no normal flux on levels

Assert for released handle on Transfer classes.

Merge pull request #14194 from mschreter/fix_missing_mpi_header

Add missing header to `lac/trilinos_tpetra_vector.templates.h`

Introduce inverse of MF::get_cell_iterator()

fix missing header

FEEvaluationData: add virtual destructor

Merge pull request #14192 from marcfehling/set

Added missing header.

Added missing header.

Merge pull request #14186 from drwells/misc-header-cleanup

Merge pull request #14185 from drwells/mpi-stub-header

Move 'using MPI_Comm = int' et al to a separate header.

Merge pull request #14187 from marcfehling/cleanup-hpref

Remove now redundant namespace identifier.

Remove now redundant namespace identifier.

Clean up some header inclusions.

Pass ReferenceCell by reference in QProjector.

This lets us use a forward declaration.

Move 'using MPI_Comm = int' et al to a separate header.

Most of the time we only need declarations of MPI classes (like MPI_Comm) and
not our own utility functions in headers. To this end, we can just put mpi.h (or
our equivalent stub declarations) in a separate header and use that most of the
time.

Merge pull request #14182 from drwells/remove-qanisotropic-specializations

Remove some template specializations for QAnisotropic.

Merge pull request #14188 from marcfehling/typo-52

Fix typo in step-52.

Merge pull request #14177 from peterrum/ConstraintInfo_new_reinit

Add second version to initialize MFF::ConstraintInfo

Fix typo in step-52.

Merge pull request #14184 from jppelteret/docfix-step_44-01

Fix some theory in step-44 introduction

Consistently update notation in SymmetricTensor docs

Fix some theory in step-44 introduction

The deviator tensor involves the  4th-order symmetric identity tensor, not the "normal" 4th-order identity tensor.

Merge pull request #14181 from drwells/refactor-mutex-wrapper

Move Threads::Mutex to a dedicated header.

Most files don't need anything in Threads other than Threads::Mutex so we can
decouple them from TBB et. al. by moving this class to its own header.

Remove some template specializations for QAnisotropic.

Clang now complains about adding undeclared specializations in the source file -
besides, we can combine them pretty easily.

Merge pull request #14174 from drwells/refactor-sacado

Add second version to initialize MFF::ConstraintInfo