Merge pull request #1024 from davydden/kelly_modified

more options in Kelly error estimator

extend KellyErrorEstimator to calculate the boundary residual term of the reliable hp estimator

Merge pull request #1027 from bangerth/davydden-branch_petscscalar_complex_bits_rebased

Make data types more generic

Reindent fe_tools_interpolate.cc.

Adjust scalar type of a local matrix to match that of the global one.

Adjust scalar type of a local matrix to match that of the global one.

Match the template arguments of matrix and vector for MatrixCreator::create_mass_matrix. This also allows us to re-enable the float-instantiations of this class, thereby fixing umfpack/umfpack_07.

Avoid a warning.

limit instantiation of MatrixCreator::create_mass_matrix to matching scalar types

extend ConstraintMatrix to cover complex-valued cases

define MatrixBlock::value_type

modify check of non-zero diagonal element in PETScWrappers::apply_boundary_values to complex case

FullMatirx.vmult for vectors based on std::complex<double>

modify Assert in fe_tools_interpolate for complex numbers

preliminary changes in pack_callback and unpack_callback to use complex numbers

add real/imag to PETSc vector. Adjust description of operator* for complex case

modify methods description in PETSc sparse matrix for complex numbers

extend operator= for PETSc MPI vector to handle complex-valued case

make column_values use value_type in BlockMatrixBase

Merge pull request #1025 from mtezzele/fix_mappingfe

fix of get_position_vector

matrix dimensions

fix of get_position_vector

Merge pull request #1021 from Rombur/deprecate_vector_3

Deprecate more vector functions

Improve step-35 and step-44.

Deprecate the following functions: sadd with 5 arguments and equ with 4 arguments.

Merge pull request #1019 from bangerth/extrude-cleanups

General cleanups of GridGenerator::extrude_triangulation().

General cleanups of this function, and documentation.

Merge pull request #1020 from Rombur/silence_warning

Silence a few warnings in the tutorials.

Fix typo and indentation.

Silence a few warnings in the tutorials.

Merge pull request #1016 from Rombur/vector_tools_fix

Fix a bug in vector_tools interpolate for DGQ(0).

Fix a bug in vector_tools interpolate for DGQ(0).

Merge pull request #1006 from drwells/refactor-data-out-streams

Refactor data out streams

Refactor output streams to use a base class.
The various output format stream classes have very similar properties.

Merge pull request #1014 from Rombur/deprecate_vector_2

Deprecate more vector functions

Deprecate the following functions: sadd with 7 arguments, equ with 6 arguments, and print with 3 arguments.

Merge pull request #1010 from bangerth/update-reference

Update a reference.

Merge pull request #1011 from bangerth/improve-ascii-art

Improve ASCII art.

Improve ASCII art.

The original rendering eats the leading spaces, see
https://www.dealii.org/developer/doxygen/deal.II/step_42.html#PlasticityContactProblemmake_grid
The patch adds something at the front that ensures that this doesn't
happen. It's not pretty, but it works.

Update a reference.

Merge pull request #1009 from bangerth/grid-orientation-tests

Add two tests.

Add two tests.

2d meshes always have correctly oriented edges, and this should enable us to create extruded 3d
meshes that also have correctly oriented faces. This is not the case currently for some 2d meshes
at least, and these tests document this. Someone will eventually have to debug this. In the
meantime, these two tests simply document and test the current state.

Merge pull request #1007 from bangerth/guard-for-libz

Ensure that certain tests are only run when zlib has been detected.

Ensure that certain tests are only run when zlib has been detected.

This addresses in part the issues listed in #1005.

Merge pull request #999 from bangerth/fix-formulas-in-step-42

Fix some formulas.

Merge pull request #1004 from bangerth/add-links-to-more-videos

Add links to more videos

Fix a bug in this script: the regex
  ([abc])(,[abc])*
matches the text
  a,b,c
but while $1=="a", we get $2=",c", not ",b,c" as expected. Another parenthesis is required.

Provide links to recently recorded video lectures.

Merge pull request #1003 from kronbichler/master

Improve documentation

Improve documentation

Merge pull request #1002 from bangerth/fix-test-3

Fix test output.

Merge pull request #1001 from bangerth/minor-cleanups-2

Clean up DoFRenumbering::Cuthill_McKee

Merge pull request #1000 from bangerth/minor-cleanup

Remove an odd and unnecessary pair of braces.

Fix test output.

The test had one too many empty lines at the top.

Merge pull request #991 from Rombur/deprecate_vector

[RFC] Clean distributed vectors

Provide documentation for a function's arguments.

This addresses #977.

Allow Cuthill_McKee() to also use starting indices in parallel.

This was previously not possible and likely yielded at best results that were not intended.

Cleanup: only revert the global-to-local numbering in the parallel case.

Reuse a variable already defined, rather than recompute the value.

Remove an odd and unnecessary pair of braces.

The whole function's body was enclosed in an extra set of braces. That's
not wrong, but it's at least unnecessary.

Fix some formulas.

We use things like $\sigma \cdot n$ in a number of places, but common
notation would denote the product between a tensor and a vector without
the cdot.

This fixes #928.

Merge pull request #995 from drwells/auto-ptr-to-scoped-ptr

Auto ptr to scoped ptr

Merge pull request #979 from QiaoLei-88/paraMaxCellNumber

enable max cell number limit for parallel grid refinement

Merge pull request #993 from ESeNonFossiIo/triangular_operator

Triangular operator

Merge pull request #998 from drwells/update-memory-consumption-test

Update the memory consumption values for DataOut.

Update the memory consumption values for DataOut.
I removed three 'dummy' integers in commit 95a5595 to silence warnings
about unused private members. Most C++ compilers use 4 bytes for an int
and 1 byte for an empty class, so the net result was a loss of 9 bytes
for DataOutInterface (inherited by DataOut). This commit updates the
expected memory usage values to match.

Merge pull request #997 from drwells/remove-unused-scoped-ptr-include

Remove an unused header inclusion.

Remove an unused header.

Ignore deprecation warnings from BOOST headers.
To the best of my knowledge, only the headers in boost/signals2/,
boost/smart_ptr/, and boost/serialize/ contain references to auto_ptr that may
trigger warnings in deal.II headers included in user applications.

Delete a redundant comment.
The contents of this comment are covered by either std::unique_ptr's
documentation or comments around reset_pointer_in_place_if_possible.

Replace std::auto_ptr with std_cxx11::unique_ptr.
std::auto_ptr has been deprecated by new C++ standards. The official
replacement is std::unique_ptr.

Base std_cxx11::unique_ptr on boost::scoped_ptr.
Previously this class was a wrapper around boost::shared_ptr, which
requires one more memory allocation than boost::scoped_ptr. The
scoped_ptr class is more restrictive (it cannot be copied or moved) than
unique_ptr (which cannot be copied but can be moved), but non-C++11
compilers do not have move semantics anyway.

Merge pull request #992 from ESeNonFossiIo/null_operator

Null operator

rewrite old upper and triangular operators in terms of new ones

fixing rebase

tests for new specifications of upper and lower triangular operators

upper and lower triangular operator for array of array of linear operator

is_null_operator

null_operator for rectangular and square matrices

Merge pull request #985 from drwells/remove-unused-private-members

Silence warnings about unused private members.

Clean distributed vectors (Trilinos, PETSc, and deal.ii vectors).

add tests for maximal cell number limit of parallel refine_and_coarsen_fixed_number

add maximal cell number limit to parallel version of refine_and_coarsen_fixed_number

separate refinement and coarsening fraction adjustment into an individual function

Merge pull request #987 from angelrca/vtools_interp_fenot

VectorTools::interpolate changed to allow FE_Nothing

Merge pull request #990 from ESeNonFossiIo/upper_triangular_block_bug

a bug fixed

changes.h, blocks moved

interpolate_nothing_03.cc date changed

test case interpolate_nothing_03 added

doc/news/changes.h line added

a test for upper triangular matrix with non trivial block matrices

indentation corrected

Silence a warning about an unused private member.
The GmvFlags struct is not used in the current implementation, but it
may be used in the future.

Remove 'dummy' members and allow empty structs.
Empty structs are implementation-dependent in C, but are acceptable in
C++. Therefore unused private members are not needed (and they cause
clang to generate warnings).

a bug fixed

Merge pull request #988 from tjhei/intel_simd

intel and openmp-simd

Merge pull request #989 from tjhei/muparser_v2_2_4

update muparser to 2.2.4

update muparser to 2.2.4

intel and openmp-simd

- Intel 13 does not support -openmp-simd and generates a bogus warning
(confusing it with -o). Do not try to check for it.
- Intel 15 renamed the flag to -qopenmp-simd (see
https://software.intel.com/en-us/node/522965)

vector_tools::interpolation identation corrected